genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  12  of  16  ( 1801 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173414--2173529	21	5.5	21	78	11	112	22	35	18	24	1.96
2173412--2173529	42	2.8	41	87	7	157	22	35	17	24	1.95
2174996--2175037	20	2.1	20	86	0	57	33	21	19	26	1.97
2175041--2175100	20	3.0	20	87	0	66	13	20	21	45	1.85
2175049--2175101	20	2.7	20	90	0	79	15	18	20	45	1.85
2175084--2175146	29	2.2	29	94	0	108	30	28	19	22	1.98
2175478--2175518	18	2.3	18	91	0	64	19	2	24	53	1.57
2177781--2177834	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2177781--2177848	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2177960--2177993	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2178588--2178625	15	2.4	16	86	4	51	65	0	5	28	1.14
2178736--2178908	20	8.6	20	68	15	90	32	12	24	30	1.92
2178738--2178887	40	3.8	40	75	5	124	34	12	23	30	1.92
2178739--2178906	60	2.8	60	76	12	148	33	12	23	29	1.92
2179958--2180000	15	2.7	16	82	7	52	72	0	27	0	0.85
2180587--2180643	30	1.9	30	85	0	78	42	12	7	38	1.70
2180746--2180803	3	19.0	3	89	3	89	34	1	1	62	1.16
2182267--2182427	30	5.4	30	79	1	128	20	13	7	58	1.59
2186806--2186836	14	2.2	14	100	0	62	35	35	0	29	1.58
2187975--2188176	67	3.0	66	82	3	237	32	12	15	39	1.85
2188000--2188176	66	2.7	66	83	2	212	32	12	15	38	1.85
2190152--2190307	30	5.3	30	77	8	113	19	13	8	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190152--2190296	60	2.4	60	82	1	166	20	13	8	58	1.60
2190186--2190312	30	4.3	29	78	9	114	19	11	8	59	1.57
2191426--2191460	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
2200915--2200993	21	3.8	21	89	0	104	12	27	37	21	1.90
2209901--2210016	29	4.0	29	86	4	146	45	10	7	36	1.67
2209882--2210003	58	2.1	59	90	4	194	44	11	8	36	1.71
2210098--2210155	29	2.0	29	90	6	91	43	10	10	36	1.73
2211711--2211748	20	1.9	20	94	0	67	34	18	21	26	1.96
2212586--2212634	21	2.2	21	82	10	53	16	32	22	28	1.95
2216373--2216410	19	2.0	20	84	5	51	23	7	7	60	1.51
2216497--2216530	14	2.4	14	90	0	50	38	8	0	52	1.33
2216509--2216547	20	1.9	21	89	5	62	38	5	0	56	1.22
2216866--2216953	2	43.5	2	97	2	167	50	1	0	48	1.08
2223993--2224038	21	2.2	21	88	0	65	8	26	39	26	1.85
2226997--2227048	27	1.9	27	84	7	70	73	1	5	19	1.14
2227007--2227080	20	3.7	20	80	7	78	71	0	5	22	1.06
2227038--2227194	16	10.6	14	65	20	54	72	1	7	18	1.16
2228710--2229920	80	14.6	81	85	4	1358	23	18	23	34	1.97
2228710--2229920	164	7.3	165	85	3	1476	23	18	23	34	1.97
2228710--2229920	244	4.9	246	86	3	1465	23	18	23	34	1.97
2230970--2231177	100	2.1	99	90	1	328	31	16	15	36	1.90
2233783--2233811	10	2.7	11	89	10	51	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233783--2233889	21	5.0	21	70	17	78	74	3	2	18	1.09
2233841--2233904	26	2.5	26	77	7	69	70	1	1	26	1.05
2233856--2233945	41	2.2	41	79	16	98	68	3	3	24	1.19
2243512--2243561	18	2.9	17	82	11	59	10	12	14	64	1.51
2251176--2251223	18	2.8	17	81	12	55	8	12	16	62	1.53
2254525--2254583	29	2.1	28	83	3	73	18	3	10	67	1.33
2256790--2256852	3	20.0	3	88	3	72	39	1	0	58	1.07
2256791--2256852	24	2.4	27	84	10	85	40	1	0	58	1.08
2257297--2257335	17	2.3	17	90	0	60	79	5	12	2	1.00
2262295--2262326	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2269656--2269758	7	16.5	6	78	13	86	78	0	20	0	0.81
2269656--2269758	12	8.2	13	78	14	78	78	0	20	0	0.81
2269656--2269758	20	5.2	19	80	14	118	78	0	20	0	0.81
2271091--2271479	83	4.7	83	97	0	733	27	13	21	38	1.90
2272215--2272967	113	6.7	113	97	0	1381	37	16	19	26	1.93
2272909--2273100	36	5.1	36	88	8	285	48	10	22	18	1.78
2272909--2272967	20	3.2	20	66	24	56	49	8	23	18	1.75
2272911--2272968	18	3.2	18	65	26	50	50	8	22	18	1.74
2272914--2273100	76	2.5	76	97	0	347	48	10	21	19	1.79
2273003--2273064	20	3.3	20	63	23	53	50	11	22	16	1.76
2272914--2273098	40	4.8	40	87	10	262	48	10	21	19	1.79
2273340--2273406	3	22.0	3	83	6	73	40	1	0	58	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2273817--2273846	10	3.0	10	95	0	51	43	16	40	0	1.48
2273850--2273888	17	2.3	17	90	0	60	79	5	12	2	1.00
2276283--2276320	19	2.0	20	84	5	51	52	0	5	42	1.24
2285668--2285718	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2291904--2291938	12	2.9	12	86	0	52	34	20	14	31	1.92
2292463--2292577	61	1.9	60	82	10	144	32	25	17	25	1.97
2299260--2299318	19	3.4	19	71	22	65	47	18	20	13	1.82
2299260--2299386	33	3.8	33	84	4	175	45	18	19	15	1.85
2299261--2299393	66	2.0	66	92	0	221	44	18	19	17	1.87
2299386--2299475	33	2.7	33	92	0	144	12	22	21	44	1.85
2299415--2299475	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
2299401--2299457	14	3.7	14	72	20	51	7	24	22	45	1.77
2299582--2299618	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2301274--2301458	89	2.0	89	86	8	257	47	18	11	22	1.81
2301371--2301396	13	2.0	13	100	0	52	69	23	7	0	1.14
2301620--2301750	63	2.1	63	95	0	235	24	35	17	22	1.95
2302284--2302326	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2303179--2303279	52	1.9	53	83	2	132	44	18	22	13	1.85
2303171--2303301	38	3.6	38	81	11	173	45	17	22	13	1.84
2303171--2303301	19	7.1	19	80	10	137	45	17	22	13	1.84
2303937--2303990	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
2304061--2304101	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305556--2306085	196	2.7	199	85	3	689	31	14	14	39	1.86
2309950--2309978	15	1.9	15	100	0	58	27	6	37	27	1.82
2310281--2311448	201	5.8	201	89	1	1662	31	14	14	39	1.86
2316110--2316711	182	3.3	182	87	2	859	27	17	13	42	1.86
2320374--2320428	23	2.4	23	100	0	110	38	21	16	23	1.93
2322824--2322947	23	5.3	23	90	0	185	33	25	17	24	1.97
2326025--2326081	3	19.7	3	89	7	91	33	0	1	64	1.04
2327695--2327736	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
2327591--2327827	120	2.0	117	86	4	325	37	6	8	46	1.62
2327792--2327850	31	2.0	31	83	12	79	47	1	0	50	1.11
2332877--2333005	8	16.4	7	71	23	73	75	2	17	3	1.05
2332866--2332918	26	2.0	26	100	0	106	69	11	15	3	1.31
2332903--2332996	7	11.4	8	78	19	79	77	0	18	4	0.92
2332905--2333005	17	5.9	16	77	20	107	77	0	18	3	0.93
2332899--2333006	26	4.1	25	78	12	110	77	0	18	3	0.91
2332880--2333006	42	2.9	43	87	9	170	75	2	18	3	1.06
2332899--2333006	10	12.2	9	74	14	57	77	0	18	3	0.91
2332903--2333006	9	12.4	8	77	17	88	77	0	18	3	0.91
2337671--2337769	22	4.5	22	92	0	162	35	12	11	41	1.78
2338614--2338912	76	3.9	76	97	0	562	24	20	21	34	1.97
2338912--2339349	113	3.9	113	87	2	603	37	14	20	28	1.91
2339664--2339702	3	13.7	3	84	10	55	33	0	2	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339653--2339710	28	2.1	28	84	9	75	34	1	3	60	1.24
2341199--2341434	119	2.0	116	83	7	298	38	8	8	44	1.65
2341399--2341455	29	2.0	29	82	6	71	49	1	0	49	1.11
2346527--2346627	21	4.7	21	74	11	89	21	18	24	34	1.96
2348087--2348117	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2351484--2351525	15	2.7	15	80	16	50	64	4	0	30	1.14
2352146--2352174	3	9.7	3	100	0	58	0	31	34	34	1.58
2356575--2356628	2	28.5	2	81	10	60	44	0	5	50	1.25
2356575--2356628	16	3.3	17	84	7	76	44	0	5	50	1.25
2361339--2362967	106	15.4	106	95	0	2825	33	25	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16