genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000482.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2886609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688345--2688403	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2689666--2689697	16	2.1	16	94	5	57	0	12	0	87	0.54
2691724--2692750	511	2.0	511	94	0	1815	36	15	13	34	1.87
2696234--2696319	23	3.7	23	80	6	75	29	17	20	32	1.96
2696253--2696326	23	3.2	23	78	0	94	27	17	18	36	1.94
2696521--2696560	19	2.1	19	85	0	53	15	2	17	65	1.39
2697063--2697105	17	2.6	16	85	7	50	60	11	16	11	1.59
2705172--2705215	17	2.6	16	82	7	52	61	11	15	11	1.57
2715126--2715189	23	2.8	23	97	0	119	26	14	28	31	1.95
2719544--2719581	19	2.0	19	89	0	58	36	21	2	39	1.67
2724285--2724335	23	2.2	23	85	0	66	35	27	13	23	1.93
2724474--2724516	15	2.8	16	82	3	52	32	18	13	34	1.90
2738736--2738778	20	2.2	20	82	0	50	51	9	6	32	1.61
2741105--2741193	15	5.7	15	75	21	69	30	15	23	30	1.96
2745489--2745531	18	2.4	18	80	7	52	0	34	6	58	1.25
2746873--2746915	21	2.3	19	84	15	54	27	18	23	30	1.98
2753399--2753761	36	10.1	36	84	2	415	25	20	14	39	1.90
2753399--2754392	72	14.1	72	79	7	779	26	19	13	39	1.89
2753611--2753708	21	5.2	21	64	26	76	22	27	16	33	1.95
2753779--2754191	36	11.4	37	79	11	385	27	18	13	41	1.87
2754178--2754288	31	3.5	31	71	16	100	29	19	11	38	1.88
2754141--2754391	133	1.9	134	84	5	339	26	21	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754646--2754819	91	1.9	91	86	2	251	37	16	22	23	1.93
2760267--2760308	14	3.0	14	96	0	75	57	2	0	40	1.12
2760860--2760894	10	3.5	10	85	14	54	77	8	5	8	1.13
2760859--2760905	20	2.3	20	96	0	85	76	8	4	10	1.13
2761252--2761295	22	2.1	21	87	8	63	27	2	4	65	1.23
2761495--2761540	21	2.2	21	100	0	92	43	4	21	30	1.72
2763550--2763584	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2767402--2767495	3	30.7	3	81	6	100	39	0	1	59	1.04
2768061--2768088	5	5.6	5	100	0	56	60	0	39	0	0.97
2768837--2768899	3	22.0	3	77	18	55	26	1	1	69	1.06
2769201--2769238	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
2773992--2774028	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2774336--2774409	32	2.3	30	78	17	78	50	2	2	44	1.30
2775790--2775827	21	1.9	20	89	10	60	68	0	13	18	1.21
2777241--2777274	5	6.4	5	87	12	50	76	0	0	23	0.79
2777242--2777313	23	3.1	22	73	15	65	70	2	0	26	1.00
2777309--2777430	36	3.3	36	81	11	149	45	6	0	47	1.34
2777407--2777454	24	2.0	24	88	12	71	43	6	4	45	1.48
2777407--2777458	26	2.0	25	85	11	68	44	5	3	46	1.45
2777444--2777485	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
2777465--2777567	39	2.7	39	92	4	165	45	5	1	46	1.38
2778052--2778403	183	1.9	183	88	1	535	32	20	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780367--2780491	62	2.0	64	81	10	150	32	21	22	23	1.98
2782927--2782954	6	4.7	6	100	0	56	32	0	53	14	1.41
2789218--2789279	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
2790854--2790979	63	2.0	65	85	6	177	32	23	21	22	1.98
2794787--2794841	19	2.7	20	83	8	67	30	16	23	29	1.96
2795202--2795354	55	2.8	55	84	2	200	35	12	18	33	1.88
2795202--2795362	54	2.9	55	84	1	198	36	11	17	34	1.86
2795549--2795867	68	4.8	67	86	2	394	29	14	23	32	1.94
2795548--2795867	136	2.4	136	87	2	434	29	14	23	32	1.94
2795834--2796353	81	6.4	81	85	3	690	35	11	23	29	1.90
2796425--2796851	45	9.5	45	89	0	631	46	7	19	26	1.76
2800462--2800499	20	1.9	20	94	0	67	68	0	13	18	1.21
2802787--2802875	31	2.9	30	88	3	124	24	20	20	34	1.96
2804303--2804367	21	3.2	19	72	20	51	69	1	0	29	0.98
2804385--2804674	37	7.7	37	85	10	351	43	6	3	46	1.48
2808428--2808470	21	2.0	21	100	0	86	34	9	23	32	1.87
2810570--2810608	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2811898--2811932	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2812445--2812584	60	2.3	60	86	2	192	31	17	19	32	1.95
2812802--2812926	60	2.1	60	86	0	169	36	16	14	32	1.89
2819979--2820012	2	16.5	2	87	6	50	47	0	5	47	1.26
2822119--2822251	42	3.2	42	97	0	248	19	32	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828001--2828046	23	2.0	23	95	0	83	58	21	6	13	1.57
2833323--2833439	2	59.5	2	96	3	220	49	0	0	50	1.00
2835012--2835058	3	16.0	3	82	12	53	65	0	4	29	1.11
2835217--2835543	42	7.8	41	71	14	195	25	18	31	25	1.97
2835258--2835572	46	7.5	41	70	16	170	25	18	31	24	1.98
2835244--2835559	128	2.5	128	93	4	552	24	18	31	25	1.97
2835425--2835582	80	1.9	83	83	10	205	24	18	31	25	1.98
2835993--2836034	13	2.9	15	79	13	52	42	4	19	33	1.72
2836002--2836029	13	2.2	13	100	0	56	46	7	17	28	1.75
2836149--2836388	62	4.0	59	70	17	140	43	12	14	29	1.83
2836244--2836327	27	2.9	28	84	12	100	46	13	11	28	1.78
2836241--2836327	29	3.1	27	82	12	104	44	12	11	31	1.78
2836240--2836334	28	3.4	26	76	17	75	45	13	10	30	1.77
2836816--2836917	35	2.9	35	85	1	134	35	13	19	31	1.91
2837207--2837265	4	14.2	4	77	19	59	23	0	23	52	1.47
2837201--2837263	14	4.5	14	81	14	69	25	0	22	52	1.47
2837201--2837265	30	2.2	30	91	5	105	24	0	23	52	1.48
2842983--2843013	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2849849--2849880	15	2.1	15	94	0	55	31	18	21	28	1.97
2853999--2854050	13	3.9	13	78	12	52	21	23	28	26	1.99
2860832--2860870	19	2.1	19	95	0	69	33	28	15	23	1.95
2860954--2861000	20	2.3	20	96	0	85	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2861148--2861185	17	2.2	17	100	0	76	31	36	5	26	1.79
2864348--2864601	20	13.6	20	73	14	195	34	22	18	24	1.96
2864356--2864509	54	2.9	54	92	0	245	35	25	16	22	1.94
2864421--2864601	94	1.9	93	86	1	254	33	22	19	24	1.97
2864591--2864651	20	3.0	20	90	0	95	11	18	22	47	1.80
2864787--2864823	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2864720--2864886	77	2.1	78	93	4	282	50	17	2	29	1.58
2864741--2864867	36	3.4	36	70	14	112	53	15	3	27	1.57
2864801--2864974	63	2.6	67	85	9	214	51	17	3	28	1.61
2866103--2866225	42	2.9	42	79	7	142	22	19	37	20	1.94
2866103--2866217	21	5.5	21	72	4	88	21	20	37	20	1.95
2866723--2866767	20	2.2	20	88	0	63	35	24	20	20	1.96
2866813--2866879	20	3.7	19	77	20	81	13	19	17	49	1.80
2866819--2866892	33	2.2	34	90	2	114	13	20	18	47	1.82
2866884--2866952	20	3.5	20	88	7	104	17	21	26	34	1.95
2866866--2866953	40	2.4	37	80	14	101	17	22	23	36	1.94
2868869--2868988	20	6.1	20	88	1	161	48	21	16	13	1.80
2868892--2869014	59	2.1	60	95	1	221	41	22	17	17	1.90
2868872--2869014	20	7.2	20	85	1	153	43	22	17	16	1.88
2869391--2869444	22	2.5	22	84	0	81	18	18	42	20	1.89
2869582--2869657	21	3.7	21	73	16	77	18	18	25	38	1.93
2869583--2869679	41	2.4	41	85	0	140	18	18	22	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873804--2873841	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
2875952--2876007	19	3.2	18	82	12	71	41	1	5	51	1.35
2875980--2876016	16	2.4	16	95	4	67	51	0	5	43	1.24
2877042--2877090	25	2.0	25	87	0	71	34	10	4	51	1.55
2879276--2879323	23	2.1	23	88	0	69	45	8	12	33	1.72
2879235--2879401	87	1.9	86	90	1	262	43	10	11	34	1.74
2882917--2883619	180	3.9	183	92	5	1200	33	16	13	36	1.88
2882917--2883619	359	2.0	360	93	4	1215	33	16	13	36	1.88
2884981--2885060	32	2.7	29	85	12	108	3	43	0	52	1.19
2884977--2885052	34	2.4	32	84	8	102	3	46	0	50	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16