genome.fa.s7716.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4364108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181--300	52	2.3	52	100	0	240	28	27	13	30	1.94
3368--3450	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
5200--5292	42	2.2	42	94	0	159	35	21	6	36	1.79
7210--7259	23	2.2	23	92	0	82	38	10	14	38	1.79
9196--9240	22	2.0	24	82	8	58	53	6	0	40	1.27
16990--17058	32	2.2	32	82	10	81	33	21	10	34	1.87
17669--17725	3	19.3	3	92	3	98	33	1	0	64	1.04
19184--19350	29	5.6	30	77	7	126	18	13	10	57	1.64
19185--19304	59	2.1	59	83	1	152	20	11	9	58	1.60
19278--19350	31	2.4	29	88	6	101	12	15	13	58	1.63
20413--20476	25	2.6	24	82	4	76	25	4	20	50	1.67
27054--27263	65	3.3	62	77	11	190	30	23	18	27	1.97
42432--42499	26	2.5	27	81	15	95	33	2	13	50	1.56
43065--43148	3	28.0	3	88	9	127	30	1	0	67	0.98
43146--43200	29	2.0	27	82	7	65	36	34	18	10	1.86
44410--44456	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
44632--44665	18	1.9	17	94	5	59	32	0	0	67	0.91
45262--45303	21	2.0	20	82	13	50	26	7	0	66	1.17
54583--54644	19	3.2	20	70	6	65	40	17	22	19	1.91
55293--55360	33	2.1	33	94	0	118	26	27	17	27	1.98
58878--58982	37	2.8	37	83	0	138	40	16	14	29	1.87
59703--59770	21	3.2	20	71	20	57	23	4	0	72	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59706--59768	28	2.3	27	78	8	65	25	4	0	69	1.07
59856--59912	20	2.9	19	75	14	62	22	8	1	66	1.29
62528--62557	15	2.0	15	93	0	51	36	26	13	23	1.92
64204--64256	16	3.5	15	83	16	74	81	7	11	0	0.88
64200--64270	19	3.6	19	77	7	63	78	8	11	1	1.01
64204--64266	16	4.1	14	82	17	65	79	7	11	1	1.00
64796--64850	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
65809--67084	106	12.0	106	91	0	1962	34	25	18	22	1.96
67833--67912	37	2.2	37	88	0	133	37	16	17	28	1.91
68312--68358	23	2.0	23	84	15	62	27	2	0	70	0.99
68474--68530	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
68519--68598	29	2.8	28	73	15	67	30	3	3	62	1.30
68632--68686	22	2.5	22	80	11	60	29	3	0	67	1.08
68653--68720	22	3.2	21	75	15	68	25	2	0	72	0.99
68632--68720	43	2.1	43	83	8	110	28	4	0	67	1.10
68805--68860	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
76943--76980	18	2.1	18	100	0	76	31	10	5	52	1.58
78094--78138	19	2.4	19	92	0	72	53	11	20	15	1.72
78226--78289	20	3.2	20	67	20	62	42	10	21	25	1.85
78349--78412	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
78113--78784	123	5.5	122	90	2	933	40	14	19	25	1.89
79179--79251	3	25.0	3	91	5	123	32	1	0	65	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80774--80812	16	2.3	18	91	8	64	51	0	0	48	1.00
82731--82811	3	27.3	3	92	2	137	64	0	0	35	0.94
99037--99130	40	2.3	40	87	5	127	21	12	3	62	1.43
116620--116668	24	2.0	24	84	7	64	10	14	2	73	1.18
121339--121441	51	2.0	51	94	3	181	34	17	11	35	1.86
128682--128767	39	2.2	39	89	0	136	26	19	23	30	1.98
138127--138182	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
142824--142874	8	6.6	8	75	24	56	76	0	13	9	1.02
142813--142877	30	2.2	30	97	0	121	76	0	15	7	0.99
143385--143423	21	1.9	20	89	5	60	69	2	25	2	1.14
144519--144543	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
144607--144649	19	2.3	18	88	4	59	44	9	4	41	1.57
144840--144864	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
151657--151763	4	25.5	4	69	16	65	66	2	0	29	1.12
151657--151758	18	5.7	18	80	14	113	65	2	0	30	1.14
151693--151760	20	3.4	21	80	15	81	64	2	1	30	1.17
152515--152591	36	2.1	36	85	7	102	48	1	3	46	1.28
152567--152614	18	2.7	18	80	9	62	54	4	0	41	1.20
154182--154396	54	4.0	54	96	0	394	35	19	15	29	1.92
164097--164464	186	2.0	185	94	1	648	41	3	9	45	1.55
173329--173367	21	1.9	20	89	5	60	30	15	28	25	1.96
177993--178026	14	2.4	14	85	0	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178935--179064	60	2.2	60	94	0	233	30	14	32	23	1.94
180088--180148	29	2.1	29	90	0	95	24	24	6	44	1.77
180116--180281	81	2.1	77	86	4	233	26	22	12	38	1.89
180428--180820	55	7.1	55	87	0	554	27	18	19	35	1.95
192247--192293	15	3.1	15	84	3	58	42	2	6	48	1.40
193250--193284	16	2.2	16	100	0	70	57	11	11	20	1.64
206228--206402	90	2.0	89	95	1	314	38	8	6	46	1.60
207843--207967	61	2.1	61	83	7	157	24	18	2	54	1.56
216570--216622	23	2.3	23	96	0	97	22	30	7	39	1.82
216614--217084	243	1.9	243	87	1	685	32	19	10	38	1.86
216614--217084	81	5.8	81	85	1	584	32	19	10	38	1.86
222337--222430	49	1.9	49	88	0	143	29	22	17	30	1.96
222445--222926	81	6.0	81	86	0	662	31	20	11	36	1.88
222445--222926	161	3.0	161	86	2	646	31	20	11	36	1.88
222456--222925	242	1.9	242	88	0	699	31	20	11	36	1.88
223341--223513	94	1.8	95	83	1	231	27	20	12	39	1.88
228604--228649	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
238704--238749	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
242754--242818	32	2.0	32	100	0	130	43	27	6	23	1.77
254404--254439	15	2.4	15	100	0	72	47	16	0	36	1.47
254898--255026	67	1.9	67	87	0	186	27	26	17	28	1.97
257879--257908	8	3.6	8	95	4	51	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267314--267430	18	6.5	18	95	0	207	16	25	33	24	1.96
269780--269817	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
270731--270845	18	6.4	18	91	0	185	15	22	33	28	1.95
286474--286542	34	2.0	34	91	5	113	34	8	18	37	1.82
292566--292618	20	2.6	21	90	3	81	32	20	15	32	1.93
301522--301665	77	1.9	78	82	8	188	44	4	7	43	1.52
305402--305847	178	2.5	177	78	9	431	41	9	11	37	1.75
307092--307136	19	2.3	18	85	14	54	24	20	22	33	1.97
324913--324967	2	28.5	2	92	7	96	50	0	0	49	1.00
330983--331027	24	2.0	22	83	16	56	37	15	6	40	1.74
341884--341927	22	2.0	23	86	4	63	31	20	13	34	1.92
342168--342237	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
342497--342578	27	3.1	26	74	20	73	50	1	1	47	1.16
342721--342753	14	2.3	15	89	5	50	45	0	6	48	1.27
344925--345022	3	32.7	3	100	0	196	32	0	0	67	0.91
346056--346106	14	3.3	15	71	13	50	31	3	0	64	1.11
354257--354298	19	2.2	19	86	4	57	59	4	14	21	1.53
355727--356106	122	3.1	121	82	3	395	27	12	23	36	1.91
356264--356779	137	3.8	136	81	6	569	22	15	27	34	1.95
358384--358452	19	3.6	19	96	0	120	47	8	11	31	1.70
359215--359260	18	2.4	18	89	7	65	6	17	0	76	1.00
364726--364756	16	1.9	16	93	0	53	16	6	16	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367624--367658	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
370682--370723	21	1.9	21	85	9	57	38	19	19	23	1.93
372381--372451	14	5.1	14	76	6	72	28	11	14	46	1.78
372369--372460	28	3.3	28	75	6	87	26	9	15	48	1.75
376778--376821	20	2.2	20	87	4	61	34	25	4	36	1.76
377624--377665	21	2.0	21	95	0	75	38	16	16	28	1.91
377651--377693	17	2.4	18	84	7	52	23	9	18	48	1.76
382706--382756	24	2.1	24	89	7	77	58	11	17	11	1.62
388505--388538	6	5.7	6	92	0	50	20	0	8	70	1.13
398945--398986	19	2.2	19	100	0	84	28	28	21	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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