genome.fa.s7716.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4364108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678978--2679220	72	3.3	71	85	6	274	43	3	9	43	1.53
2679245--2679311	4	16.2	4	75	20	50	28	0	1	70	0.96
2679211--2679290	41	2.0	41	82	4	101	37	1	1	60	1.13
2681448--2681473	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2692485--2692594	35	3.1	36	78	2	134	39	3	10	46	1.57
2692658--2692705	5	10.2	5	76	19	50	22	0	0	77	0.78
2692653--2692705	14	3.8	14	90	5	72	24	0	0	75	0.80
2695644--2695744	38	2.6	37	87	10	141	39	11	8	39	1.73
2700911--2701021	58	1.9	58	92	3	188	27	24	18	30	1.97
2712749--2712786	3	12.7	3	94	0	67	2	0	63	34	1.09
2712743--2712792	9	5.6	9	90	0	55	10	0	56	34	1.33
2713602--2713634	16	1.9	18	88	11	52	27	6	12	54	1.60
2716152--2716194	20	2.2	20	100	0	86	41	9	16	32	1.80
2716890--2716983	49	2.0	48	85	4	127	37	0	4	58	1.18
2717447--2717504	25	2.3	24	80	11	62	32	15	5	46	1.68
2718150--2718183	3	11.0	3	87	6	50	67	0	2	29	1.05
2718299--2718336	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2719274--2719304	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2727686--2727720	18	1.9	18	88	0	52	51	22	8	17	1.72
2728012--2728066	23	2.5	22	77	14	58	9	16	7	67	1.40
2728283--2728329	24	2.0	23	84	16	60	57	2	21	19	1.51
2734369--2734409	21	1.9	22	90	5	66	46	12	24	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736067--2736102	17	2.1	17	94	0	63	33	22	13	30	1.93
2736434--2737302	434	2.0	433	83	2	1107	36	13	18	31	1.90
2739324--2739388	28	2.4	28	80	17	75	27	18	4	49	1.67
2742091--2742129	19	2.1	19	95	0	69	30	12	7	48	1.69
2745638--2745683	11	4.3	11	83	8	51	8	17	0	73	1.07
2748769--2748816	21	2.3	20	80	16	53	25	0	31	43	1.55
2760236--2760300	13	5.0	13	96	0	112	43	7	24	24	1.80
2764045--2764114	32	2.2	33	97	2	133	30	15	18	35	1.92
2767166--2767207	17	2.4	17	81	18	50	40	7	19	33	1.78
2777176--2777226	5	9.8	5	84	16	68	3	19	54	21	1.60
2784347--2784384	13	2.8	14	92	8	69	31	28	23	15	1.96
2784381--2784427	5	9.8	5	86	9	71	2	21	55	21	1.54
2784381--2784435	14	3.9	15	86	9	62	3	20	54	21	1.59
2784381--2784427	19	2.5	19	96	0	85	2	21	55	21	1.54
2784381--2784424	9	4.7	9	86	8	61	2	20	56	20	1.52
2784380--2784450	33	2.2	33	87	5	99	5	22	50	21	1.69
2784439--2784507	10	7.2	9	74	11	57	28	27	27	15	1.96
2784444--2784507	19	3.3	18	81	14	58	29	28	26	15	1.96
2784463--2784524	20	3.2	20	84	11	67	33	25	25	14	1.94
2794494--2794656	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
2794604--2794654	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2800395--2800434	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802352--2802514	65	2.5	64	82	3	211	26	15	26	30	1.96
2802462--2802512	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2803665--2803743	28	2.8	28	77	9	72	69	1	12	16	1.25
2804634--2804673	20	2.0	21	90	5	64	32	20	20	27	1.97
2812757--2812806	20	2.5	20	87	6	66	30	18	22	30	1.97
2817226--2817556	41	7.9	40	80	6	259	40	19	9	30	1.83
2817255--2817556	82	3.6	83	79	9	337	40	19	8	30	1.82
2817257--2817559	128	2.4	123	79	9	344	41	19	8	30	1.82
2819319--2819365	15	3.0	16	81	12	53	68	0	8	23	1.17
2835063--2835101	21	1.9	20	84	5	51	28	15	20	35	1.93
2839528--2839591	31	2.1	30	82	8	76	43	6	10	39	1.65
2840014--2840324	41	7.6	41	73	8	168	38	17	9	33	1.83
2840034--2840324	82	3.5	82	78	4	207	38	17	9	34	1.83
2840014--2840324	123	2.5	124	79	6	285	38	17	9	33	1.83
2844396--2844445	22	2.3	22	92	0	82	34	12	24	30	1.91
2848460--2848499	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2854587--2855404	426	1.9	425	91	1	1325	30	15	17	37	1.90
2863843--2863886	20	2.3	19	88	11	72	25	29	9	36	1.86
2863848--2863885	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
2867774--2867992	34	5.8	34	70	21	141	36	11	22	28	1.89
2867716--2868037	79	4.1	79	89	0	475	37	10	22	28	1.88
2867804--2868246	45	10.8	43	72	19	337	34	11	24	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2867887--2868262	124	3.0	122	85	4	484	35	11	23	29	1.90
2868233--2868284	26	2.0	25	85	10	70	50	9	19	21	1.76
2868793--2868817	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2873160--2873683	79	6.6	79	89	0	771	34	11	25	29	1.91
2873163--2873683	157	3.3	156	90	2	790	33	11	25	29	1.91
2873159--2873683	236	2.2	238	87	1	775	34	11	24	29	1.91
2875674--2875719	21	2.2	21	100	0	92	39	36	4	19	1.72
2876519--2876579	31	2.0	30	83	3	77	31	22	11	34	1.90
2883985--2884065	41	2.0	41	90	0	126	20	14	24	39	1.91
2888109--2888213	2	53.0	2	98	1	203	50	0	0	49	1.00
2889214--2889251	17	2.2	17	86	9	51	2	15	2	78	0.97
2890199--2890308	2	56.0	2	69	20	54	43	0	7	49	1.30
2890184--2890225	17	2.5	16	88	7	57	38	0	14	47	1.44
2890184--2890225	16	2.5	17	81	18	52	38	0	14	47	1.44
2890181--2890224	15	2.9	15	81	15	54	36	0	13	50	1.42
2890236--2890308	11	6.5	11	76	14	60	41	0	6	52	1.28
2890199--2890304	25	4.5	23	72	17	67	43	0	7	49	1.31
2890241--2890308	9	7.6	9	74	22	54	41	0	5	52	1.25
2890249--2890304	17	3.4	17	79	13	55	41	0	5	53	1.24
2891476--2891501	11	2.4	11	100	0	52	7	0	30	61	1.24
2904410--2904900	81	6.1	80	84	3	590	32	20	10	36	1.87
2904410--2904900	161	3.0	160	84	3	585	32	20	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2913995--2914047	22	2.4	22	100	0	106	35	16	11	35	1.85
2914017--2914519	81	6.2	80	89	1	702	32	19	11	36	1.87
2913925--2914129	103	2.0	102	84	2	268	31	20	11	36	1.89
2916506--2916802	49	6.1	49	84	3	357	27	19	15	38	1.91
2916525--2916802	99	2.8	97	85	3	382	27	19	15	38	1.91
2929377--2929416	19	2.1	19	86	9	55	2	15	2	80	0.93
2930364--2930467	2	53.0	2	74	17	76	45	0	4	50	1.23
2937961--2937987	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
2946744--2947234	81	6.1	81	84	2	594	32	20	10	36	1.87
2946790--2947234	161	2.8	161	87	2	606	33	20	10	35	1.87
2956273--2956845	81	7.1	81	88	1	765	32	19	11	36	1.88
2958831--2959127	49	6.1	49	86	3	366	26	18	15	38	1.91
2958850--2959127	99	2.8	98	86	1	407	26	18	15	38	1.91
2961330--2961534	75	2.7	76	82	7	240	21	22	31	23	1.98
2964125--2964164	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2964147--2964208	23	2.7	23	100	0	124	19	25	33	20	1.96
2968040--2968079	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2969791--2969826	18	2.0	18	100	0	72	11	11	22	55	1.66
2970022--2970226	74	2.7	76	86	3	272	21	23	31	22	1.98
2975193--2975241	24	2.0	24	84	0	62	40	8	16	34	1.78
2977189--2977288	50	2.0	50	96	0	182	34	13	21	32	1.91
2979630--2979661	16	1.9	17	93	6	57	56	9	0	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2979630--2979680	17	3.0	17	85	5	59	50	13	0	35	1.42
2981716--2981761	18	2.6	18	93	3	76	50	4	0	45	1.21
2982689--2982714	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2983495--2983561	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
2986009--2986119	49	2.3	49	84	3	134	45	16	1	36	1.58
2988109--2988185	39	2.0	39	89	0	118	22	41	18	18	1.90
2989673--2989713	12	3.5	12	84	15	59	29	0	2	68	1.03
2989636--2989712	23	3.5	22	71	20	70	31	3	1	63	1.20
2989651--2989713	11	5.8	11	75	17	60	28	3	1	66	1.16
2989968--2990011	19	2.2	20	84	11	56	45	2	0	52	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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