genome.fa.s7716.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4364108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777164--777253	26	3.6	25	76	11	96	28	0	15	55	1.41
777173--777245	22	3.1	22	68	21	58	28	0	15	56	1.40
777141--777258	48	2.5	48	88	0	182	32	0	14	53	1.41
777301--777353	14	3.5	14	72	18	52	37	0	7	54	1.29
777360--777420	22	2.8	22	97	0	113	34	0	13	52	1.40
777078--777689	242	2.5	242	85	9	783	34	0	12	52	1.39
777512--777554	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
777566--777689	22	4.9	23	72	23	99	34	0	13	51	1.42
777566--777751	81	2.4	80	91	5	308	34	0	11	53	1.38
777701--777745	22	2.1	22	87	4	65	35	0	8	55	1.31
777768--777826	31	1.9	31	85	0	82	44	8	5	42	1.57
787758--787797	12	3.3	12	100	0	80	35	7	7	50	1.59
787559--787980	215	2.0	216	97	0	801	23	22	14	39	1.91
791247--791502	127	2.0	125	96	1	476	25	13	13	47	1.79
805992--806026	6	5.8	6	93	0	52	0	22	8	68	1.16
805992--806026	12	2.9	12	91	0	61	0	22	8	68	1.16
807261--807305	19	2.4	19	100	0	90	28	13	24	33	1.93
810208--810496	54	5.4	54	85	3	377	25	21	20	32	1.97
815244--815274	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
815738--815765	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
815765--815793	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
827704--827743	20	2.0	20	90	4	64	37	2	22	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828273--828318	23	2.0	23	100	0	92	43	4	21	30	1.72
829046--829098	25	2.1	24	83	13	63	33	15	18	32	1.92
830416--830475	31	1.9	31	100	0	120	36	6	6	50	1.55
833522--833586	30	2.2	30	88	0	94	43	7	21	27	1.80
834744--834789	20	2.3	20	92	3	76	39	0	23	36	1.55
836064--836170	26	4.1	26	83	0	142	34	12	24	28	1.91
836064--836170	52	2.1	52	89	0	160	34	12	24	28	1.91
837420--837493	37	2.0	37	97	0	139	51	12	5	31	1.61
841975--842006	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
842189--842234	22	2.1	22	95	0	83	36	6	13	43	1.69
842540--842571	17	1.9	16	93	6	55	40	0	0	59	0.97
844588--844642	22	2.7	19	77	20	58	27	1	1	69	1.09
846057--846098	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
846057--846098	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
853890--854090	54	3.8	53	79	6	194	39	15	20	24	1.92
854463--854517	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
855075--855483	124	3.3	122	81	5	484	40	15	20	23	1.90
855622--855690	3	22.0	3	79	8	75	39	0	0	60	0.97
863112--863578	183	2.6	181	85	6	638	43	14	14	27	1.84
865609--865823	46	4.8	45	89	5	328	39	7	21	31	1.81
865609--865809	90	2.2	90	95	0	357	38	7	21	31	1.82
867108--868426	447	3.0	443	88	2	1921	39	13	14	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870698--871205	226	2.2	226	87	3	718	33	14	13	38	1.85
871066--871307	108	2.2	107	91	1	385	33	11	13	41	1.81
871066--871334	108	2.5	106	86	4	376	33	13	13	39	1.84
879591--879999	59	6.9	59	87	1	577	30	18	12	37	1.89
880319--880375	22	2.7	21	84	7	71	26	29	12	31	1.92
882482--882527	18	2.5	18	85	3	56	0	30	21	47	1.51
882495--882542	18	2.6	19	83	6	55	4	29	18	47	1.67
884099--884204	23	4.7	23	88	3	137	19	27	31	21	1.98
895045--895106	2	31.5	2	96	3	117	48	0	0	51	1.00
896696--896860	29	5.7	29	77	6	109	32	4	7	55	1.48
896695--896825	59	2.2	58	85	4	165	30	3	8	58	1.43
896696--896859	59	2.8	57	80	9	161	31	4	7	56	1.48
904089--904141	20	2.7	20	82	5	63	45	22	16	15	1.85
904128--904302	20	8.6	21	77	10	136	34	24	19	21	1.96
904150--904300	40	3.7	40	87	1	194	35	23	19	21	1.96
904859--904937	20	3.9	21	86	5	94	51	17	18	11	1.75
904915--904994	33	2.4	33	89	0	115	50	22	17	10	1.76
905039--905093	20	2.8	20	89	8	78	14	23	23	38	1.92
905951--905993	21	2.0	22	82	13	54	41	6	2	48	1.43
908457--908492	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
908599--908657	19	3.4	18	73	22	63	45	18	20	15	1.85
908608--908683	19	4.3	19	77	15	74	47	19	22	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908631--908693	19	3.3	19	86	4	83	44	22	19	14	1.86
908689--908846	19	8.7	19	71	15	129	13	22	19	44	1.85
908693--908782	33	2.7	33	96	0	162	11	24	18	45	1.82
908759--908879	59	2.2	56	82	11	142	15	21	21	41	1.90
908852--908925	20	3.7	20	69	16	62	24	17	25	32	1.97
911394--911447	24	2.2	24	86	0	72	40	18	18	22	1.91
912332--912377	21	2.2	21	84	0	56	36	15	28	19	1.92
918888--918944	14	4.0	14	79	6	53	15	10	17	56	1.67
919703--919792	10	9.3	9	77	11	63	15	30	26	27	1.96
919702--919758	19	2.8	20	85	12	73	15	26	24	33	1.95
919703--919792	9	9.3	10	78	13	59	15	30	26	27	1.96
919702--919767	29	2.2	30	81	10	82	16	27	25	30	1.97
919789--919854	5	13.8	5	81	9	84	21	53	21	4	1.64
919787--919853	14	5.1	14	77	17	72	20	52	20	5	1.68
919789--919854	19	3.5	19	100	0	132	21	53	21	4	1.64
919851--919880	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
919851--919880	13	2.2	14	94	5	53	16	30	30	23	1.96
921843--921884	22	1.9	22	85	9	59	42	4	4	47	1.45
925147--925236	23	3.9	23	82	2	99	13	8	16	61	1.56
927177--927233	29	1.9	30	85	3	80	31	15	7	45	1.73
928382--928541	80	2.0	80	100	0	320	35	10	26	28	1.89
930698--930759	2	33.5	2	83	15	80	51	0	1	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932783--932807	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
937433--937525	46	2.0	47	91	2	152	24	12	13	48	1.78
938948--939305	41	8.7	41	91	0	538	30	11	22	35	1.90
944224--944580	177	2.0	179	98	1	700	35	16	15	32	1.90
952807--952850	21	2.0	21	86	4	61	20	22	20	36	1.95
952868--952915	21	2.3	20	78	3	51	29	12	29	29	1.93
956748--957196	54	8.3	54	90	0	655	30	15	18	36	1.92
957540--957586	24	1.9	25	86	4	69	44	4	10	40	1.59
963289--963337	21	2.3	20	77	19	55	40	0	6	53	1.26
965891--965915	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
968028--968091	20	3.3	20	68	16	62	23	6	17	53	1.66
990304--990360	21	2.7	22	76	10	57	12	22	38	26	1.89
997179--997257	26	3.4	22	75	16	63	10	10	1	78	1.02
997202--997231	15	2.0	15	93	0	51	16	10	0	73	1.09
997203--997442	8	31.7	7	69	17	67	15	6	2	75	1.09
997315--997442	11	11.1	11	70	22	77	17	1	2	78	0.94
997320--997437	5	23.8	5	70	20	63	17	1	2	77	0.96
997320--997436	9	12.9	9	73	16	73	17	1	2	77	0.96
997335--997437	42	2.4	42	84	9	120	18	0	2	77	0.95
997366--997435	29	2.4	30	87	2	97	20	1	1	77	0.93
997359--997447	38	2.4	37	87	9	119	20	2	1	76	0.96
997315--997442	41	3.1	39	80	14	111	17	1	2	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
997367--997459	45	2.0	46	84	10	120	18	5	1	75	1.05
1002522--1002555	12	2.8	13	91	8	54	14	35	0	50	1.44
1003532--1003588	20	2.6	22	81	10	73	29	19	26	24	1.98
1004342--1004394	18	2.9	18	91	0	88	20	20	30	28	1.98
1004685--1004723	17	2.2	18	86	13	55	56	0	15	28	1.40
1008928--1008981	18	3.0	18	94	0	90	16	22	33	27	1.95
1011403--1011435	14	2.4	14	100	0	66	21	6	30	42	1.77
1012544--1012596	18	2.9	18	94	2	88	50	11	18	18	1.76
1014112--1014158	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
1016549--1016574	12	2.2	12	100	0	52	57	19	15	7	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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