genome.fa.s7716.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4364108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  9  of  17  ( 1966 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073805--2073829	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
2075841--2075924	24	3.8	22	84	7	98	17	26	32	23	1.97
2080201--2080240	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
2084054--2084113	23	2.7	21	87	10	84	23	28	26	21	1.99
2084074--2084138	19	3.3	19	82	10	60	21	29	30	18	1.97
2089291--2089330	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2091635--2091721	41	2.1	41	84	0	111	34	14	12	37	1.85
2091657--2091756	41	2.4	41	81	0	110	34	11	16	39	1.83
2095719--2095758	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
2095836--2095884	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
2101582--2101661	24	3.5	22	78	14	92	22	26	23	27	2.00
2104168--2104207	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
2104233--2104271	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2104168--2104395	64	3.5	63	81	9	223	31	25	16	27	1.96
2104349--2104397	19	2.6	19	87	9	66	24	28	18	28	1.98
2109424--2109714	41	7.1	40	81	6	291	29	10	21	37	1.88
2109427--2109743	123	2.6	122	83	5	401	30	10	21	37	1.87
2119249--2119343	40	2.3	40	81	12	122	58	4	16	20	1.54
2136378--2136670	134	2.2	134	86	1	390	27	17	28	26	1.97
2136732--2136822	31	2.9	31	85	6	123	42	13	10	32	1.79
2136835--2136890	29	2.0	29	82	10	71	46	12	14	26	1.80
2136818--2136941	66	1.9	66	81	6	153	45	9	16	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144366--2144422	3	19.7	3	92	7	100	64	0	0	35	0.93
2149335--2149727	196	2.0	196	96	0	723	28	21	20	30	1.98
2155475--2155556	41	2.0	41	92	0	137	39	3	17	40	1.67
2161609--2161659	20	2.5	20	79	20	54	54	3	11	29	1.54
2168122--2168275	77	2.0	78	81	11	183	37	12	5	44	1.64
2171086--2171127	17	2.5	17	84	3	50	28	19	19	33	1.96
2174170--2174236	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
2175522--2175566	18	2.5	18	100	0	90	40	15	22	22	1.91
2179507--2179548	3	13.0	3	85	14	57	38	0	0	61	0.96
2179507--2179548	10	4.3	9	88	11	57	38	0	0	61	0.96
2179507--2179548	13	3.2	13	100	0	84	38	0	0	61	0.96
2185432--2185524	35	2.6	35	82	5	105	34	18	9	37	1.83
2185403--2185512	35	3.1	35	76	6	96	33	17	10	38	1.85
2185673--2185784	36	3.3	35	65	27	89	25	18	12	43	1.85
2185700--2185815	29	3.8	29	70	20	83	26	19	12	40	1.88
2185606--2185852	65	3.8	65	87	1	334	27	19	12	40	1.88
2185605--2185852	129	1.9	131	87	1	365	27	19	12	40	1.88
2185873--2185980	43	2.6	42	75	8	105	25	33	19	22	1.97
2185854--2186196	131	2.6	133	81	5	390	29	32	16	22	1.96
2192293--2192364	37	1.9	37	85	0	99	40	16	6	36	1.76
2192437--2192494	30	1.9	30	89	0	89	31	13	15	39	1.86
2192643--2193002	131	2.7	131	75	3	344	29	31	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193187--2193234	3	16.0	3	87	8	62	35	0	2	62	1.07
2194042--2194091	14	3.6	14	97	2	93	20	24	42	14	1.88
2199761--2199799	21	1.9	20	89	5	60	35	17	15	30	1.91
2215883--2215989	23	4.8	21	81	12	90	24	31	25	18	1.98
2215894--2215966	23	3.2	23	96	0	128	20	34	24	20	1.97
2215883--2215989	45	2.4	44	80	14	130	24	31	25	18	1.98
2217555--2217595	18	2.3	18	91	0	64	41	26	29	2	1.69
2222184--2222246	28	2.2	28	94	0	108	14	7	31	46	1.73
2222753--2222798	17	2.6	17	82	3	56	32	23	6	36	1.81
2224367--2224402	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2225477--2225513	19	1.9	19	88	0	56	59	8	8	24	1.53
2225648--2225893	121	2.0	120	92	3	404	46	13	10	29	1.77
2226449--2226473	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2227512--2227547	19	1.9	19	88	5	56	30	8	13	47	1.73
2227513--2227554	19	2.2	19	83	8	50	28	9	16	45	1.79
2230275--2230310	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
2235456--2235486	16	1.9	16	100	0	62	12	16	6	64	1.47
2240335--2240374	18	2.2	19	86	4	55	50	5	15	30	1.65
2241489--2241576	24	3.7	24	85	0	113	25	17	21	36	1.94
2241784--2241810	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2248225--2248316	47	2.0	46	95	2	166	43	20	5	30	1.74
2249259--2249288	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251307--2251447	35	4.0	35	79	7	151	34	19	19	27	1.96
2251306--2251444	71	2.0	71	89	0	215	33	18	20	28	1.96
2253091--2253126	18	2.0	18	94	0	63	33	19	22	25	1.97
2253161--2253217	20	2.8	20	81	0	69	15	21	33	29	1.94
2255156--2255235	22	3.6	22	74	0	70	37	21	17	23	1.94
2260477--2260736	137	1.9	137	83	3	335	27	12	16	44	1.83
2267584--2267841	137	1.9	136	85	6	360	27	13	16	42	1.86
2270649--2271269	58	10.7	58	87	5	848	32	12	19	36	1.89
2271823--2271907	2	43.5	2	82	13	97	45	2	2	49	1.27
2277924--2278602	58	11.7	58	89	2	1028	32	12	19	35	1.89
2277931--2278611	230	3.0	230	89	2	1032	32	12	19	35	1.89
2278919--2279018	4	25.0	4	87	0	128	56	0	1	43	1.06
2284152--2284203	27	2.0	26	81	11	61	51	1	0	46	1.12
2285554--2285594	21	1.9	22	90	5	66	34	17	21	26	1.95
2289542--2289583	22	2.0	22	85	4	59	52	7	4	35	1.50
2290232--2290418	60	3.1	60	83	3	243	34	27	21	16	1.94
2293544--2293577	11	3.0	11	86	4	50	52	8	8	29	1.62
2296014--2296078	29	2.2	30	81	10	80	21	15	9	53	1.69
2297861--2297986	65	1.9	65	90	3	182	31	18	21	28	1.97
2298334--2298363	13	2.3	13	94	0	51	36	0	10	53	1.35
2300006--2300045	22	1.9	20	85	10	53	25	10	0	65	1.24
2300024--2300052	15	2.0	15	93	6	51	27	10	0	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310552--2310668	42	2.8	41	83	3	119	26	19	20	33	1.97
2310946--2311108	44	3.7	44	80	0	191	35	19	17	27	1.94
2310946--2311108	88	1.9	88	86	2	238	35	19	17	27	1.94
2310962--2311145	88	2.1	88	79	6	194	36	20	15	27	1.93
2313946--2313983	20	1.9	20	94	0	67	39	7	13	39	1.73
2315009--2315259	124	2.0	124	100	0	502	41	12	7	38	1.71
2315864--2316100	58	4.1	58	80	8	275	32	22	16	28	1.96
2318872--2318980	54	2.0	54	100	0	218	29	9	33	27	1.88
2319102--2319145	18	2.5	18	96	3	81	45	25	0	29	1.54
2321949--2321985	13	2.9	13	96	4	67	48	16	0	35	1.46
2327664--2327715	20	2.5	20	81	12	61	17	9	23	50	1.75
2327744--2327919	44	4.0	45	92	1	284	38	8	22	30	1.84
2337094--2337150	10	5.6	10	80	12	62	68	3	5	22	1.25
2337095--2337150	20	2.8	20	84	10	69	67	3	5	23	1.27
2338101--2338151	10	4.9	10	77	15	50	23	3	5	66	1.30
2338101--2338149	20	2.3	22	83	13	59	24	4	6	65	1.33
2345263--2345351	44	2.0	44	89	4	135	40	10	20	29	1.85
2348078--2348118	20	2.0	21	90	4	66	41	17	2	39	1.62
2348776--2348821	24	1.9	24	82	8	58	23	2	10	63	1.38
2349752--2349789	19	2.0	20	89	5	60	57	2	0	39	1.12
2355469--2355544	20	3.8	20	91	0	125	30	18	26	25	1.98
2355597--2355627	14	2.1	15	94	5	55	32	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2358245--2358369	47	2.8	45	84	11	159	30	21	8	40	1.82
2358245--2358383	47	3.2	42	81	12	133	30	22	7	39	1.82
2364516--2364573	20	3.1	19	87	5	82	36	13	13	36	1.85
2364785--2364842	21	3.0	19	78	14	73	50	10	12	27	1.72
2364785--2364842	18	3.1	18	80	11	71	50	10	12	27	1.72
2367490--2367529	20	2.0	20	90	4	64	55	7	0	37	1.29
2371312--2371359	25	1.9	25	86	0	69	16	6	2	75	1.11
2371305--2371370	13	5.3	13	76	18	52	18	7	3	71	1.23
2373566--2373623	24	2.4	24	97	0	107	27	5	13	53	1.61
2374680--2374717	16	2.4	16	95	0	67	42	2	5	50	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17