genome.fa.s7716.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109945_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4364108

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375662--2375738	30	2.6	30	97	0	145	25	25	2	45	1.66
2377080--2377131	28	1.9	27	84	7	70	38	1	1	57	1.21
2377488--2377546	12	4.7	12	76	17	57	33	0	0	66	0.92
2377492--2377528	14	2.5	15	83	16	51	32	0	0	67	0.91
2377483--2377542	24	2.4	25	83	8	77	33	0	0	66	0.92
2382258--2382734	42	11.2	40	77	11	273	43	5	2	48	1.39
2382293--2382785	28	17.4	28	72	16	145	43	4	3	48	1.39
2382258--2382716	70	6.7	69	75	12	367	44	5	2	48	1.39
2382543--2382802	14	18.4	14	72	14	160	43	4	3	49	1.39
2382628--2382806	8	23.0	8	66	21	69	44	3	3	48	1.35
2384921--2385270	173	2.0	173	95	0	628	37	18	4	39	1.71
2385734--2385797	24	2.8	24	77	13	80	25	45	20	9	1.80
2395509--2395568	31	1.9	32	89	3	95	51	10	8	30	1.64
2398158--2398205	20	2.4	20	92	0	78	41	8	0	50	1.33
2406261--2406306	20	2.2	22	88	7	69	52	4	4	39	1.41
2419163--2419314	45	3.4	45	88	2	225	37	7	24	30	1.82
2426773--2426925	45	3.4	45	85	6	211	38	6	23	31	1.80
2433544--2433621	31	2.5	31	89	4	113	35	7	16	39	1.78
2441384--2441430	24	2.0	24	95	0	85	55	17	17	10	1.69
2441389--2441440	24	2.2	24	85	0	68	59	15	11	13	1.61
2446132--2446427	92	3.2	91	88	1	414	38	20	9	31	1.85
2446944--2447008	34	1.9	34	90	0	103	38	24	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446979--2447107	41	3.1	41	90	0	186	34	22	10	31	1.89
2447102--2447181	41	2.0	41	89	0	124	40	18	6	35	1.76
2451360--2451415	28	2.0	28	100	0	112	39	7	10	42	1.67
2454088--2454386	92	3.2	92	83	1	377	36	20	9	33	1.85
2454776--2454811	14	2.3	17	81	18	51	36	13	5	44	1.68
2454915--2454983	34	2.0	34	86	5	95	39	26	10	24	1.87
2456767--2456845	35	2.4	32	83	10	88	46	6	11	35	1.65
2457297--2457324	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
2457948--2457988	19	2.1	20	90	4	66	9	9	19	60	1.55
2462232--2462301	22	3.2	22	100	0	140	34	21	18	25	1.96
2463710--2463760	12	4.2	12	82	5	57	35	0	25	39	1.56
2470251--2470355	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
2470579--2470612	18	1.9	17	88	5	50	20	8	0	70	1.13
2476108--2476644	183	2.9	183	95	0	959	27	20	20	30	1.98
2477825--2477941	36	3.1	36	70	4	99	28	17	14	40	1.88
2477784--2477945	72	2.2	76	85	8	219	28	17	12	41	1.86
2478011--2478050	15	2.7	14	81	11	53	30	25	10	35	1.88
2478053--2478131	39	2.0	39	85	4	106	29	21	11	37	1.88
2478030--2478349	106	3.1	104	89	4	470	30	20	11	37	1.88
2478249--2478324	36	2.1	36	90	4	118	25	19	14	40	1.89
2478524--2479259	105	7.0	105	90	2	1034	34	26	17	22	1.96
2479802--2479907	37	2.9	37	85	0	140	42	14	14	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480099--2480126	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2482028--2482072	16	2.8	16	79	0	54	17	24	15	42	1.88
2483279--2483344	27	2.4	28	84	2	80	42	1	1	54	1.18
2483502--2483581	27	3.0	27	77	17	78	51	1	5	42	1.31
2483581--2483613	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2488793--2488870	34	2.3	34	95	0	138	37	14	19	29	1.91
2488846--2488896	22	2.2	22	86	10	66	43	17	13	25	1.86
2489248--2489745	55	9.2	55	80	6	491	36	18	16	27	1.93
2489248--2489729	218	2.2	217	83	6	575	36	19	16	27	1.93
2489280--2489716	109	4.0	108	83	5	479	36	18	16	28	1.93
2491721--2491843	30	4.1	30	71	6	97	18	13	8	59	1.59
2492078--2492115	16	2.3	16	86	13	51	28	5	5	60	1.40
2493148--2493209	32	1.9	32	83	0	79	19	19	9	51	1.74
2496925--2497391	200	2.3	201	82	1	535	34	18	20	27	1.96
2497781--2498025	65	3.8	65	83	3	266	38	19	15	26	1.92
2497790--2498025	66	3.7	66	85	3	297	37	19	16	26	1.92
2499640--2499750	30	3.7	29	75	8	80	16	10	8	64	1.47
2500909--2501275	201	1.8	200	79	2	432	34	17	17	29	1.94
2501666--2501919	65	3.9	65	81	4	266	38	20	13	27	1.90
2501674--2501870	66	3.0	65	84	6	263	38	19	14	27	1.91
2501911--2501993	32	2.6	32	86	3	114	34	28	16	19	1.94
2503522--2503613	30	3.2	27	77	13	78	17	13	7	61	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2507455--2507508	25	2.2	25	100	0	108	38	12	11	37	1.79
2517392--2517556	58	2.9	56	83	7	188	33	8	20	36	1.83
2517766--2518424	67	9.8	67	85	0	859	32	15	23	28	1.95
2518374--2518770	81	4.9	81	89	0	542	37	11	21	29	1.89
2518807--2519247	45	9.8	45	87	0	630	41	9	19	29	1.82
2521383--2521436	24	2.5	21	82	11	56	11	11	22	55	1.66
2521394--2521449	24	2.3	24	87	0	85	10	8	19	60	1.55
2524898--2525006	57	1.9	57	90	3	175	34	11	17	35	1.87
2524905--2525040	57	2.4	57	80	8	161	39	10	14	35	1.80
2525211--2525884	67	10.0	67	92	0	1017	29	14	26	29	1.95
2525818--2526215	81	4.9	81	92	0	616	35	12	21	30	1.90
2526249--2526580	45	7.4	45	87	2	436	41	10	19	28	1.85
2526253--2526635	90	4.3	89	86	2	419	41	10	19	28	1.84
2532113--2532164	21	2.5	21	81	15	63	28	19	17	34	1.94
2532647--2532714	33	2.1	33	91	5	111	29	5	27	36	1.80
2545188--2545353	77	2.2	77	98	0	323	34	10	7	46	1.67
2545461--2545607	31	4.8	30	76	5	123	46	6	7	40	1.57
2545461--2545607	61	2.4	62	75	5	145	46	6	7	40	1.57
2545648--2545705	22	2.6	23	75	21	61	63	8	3	24	1.38
2549589--2549711	64	1.9	64	80	3	140	20	7	21	51	1.71
2562141--2562200	16	3.8	16	90	0	102	63	21	6	8	1.45
2562426--2562497	11	6.4	11	84	6	90	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562429--2562492	23	2.8	23	90	0	92	26	23	18	31	1.98
2563018--2563044	14	1.9	14	100	0	54	59	25	7	7	1.51
2563995--2564043	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2564015--2564224	65	3.2	64	76	7	210	27	17	22	32	1.96
2564570--2564610	18	2.2	19	91	8	75	39	24	0	36	1.56
2564681--2564710	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2564682--2564707	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2564681--2564709	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2567672--2568028	178	2.0	178	100	0	714	37	17	15	29	1.90
2572484--2572569	43	2.0	42	97	2	163	19	13	20	45	1.85
2572812--2572908	46	2.1	45	83	5	124	28	19	20	30	1.97
2572848--2572993	65	2.2	64	81	4	168	26	17	23	32	1.97
2576982--2577382	139	2.9	138	82	4	470	44	12	12	30	1.79
2577496--2577571	29	2.7	30	80	13	90	55	10	14	19	1.68
2577614--2577698	29	2.9	29	77	5	82	54	4	15	25	1.61
2589997--2590033	16	2.3	17	81	13	51	24	0	5	70	1.08
2590727--2590805	31	2.5	31	93	0	131	20	22	12	44	1.85
2598946--2598998	25	2.3	23	81	12	63	11	16	47	24	1.80
2606150--2606193	22	2.0	21	91	4	70	72	6	6	13	1.25
2607986--2608023	20	1.9	20	88	0	58	34	18	10	36	1.85
2610565--2610643	34	2.3	34	85	8	99	36	22	17	22	1.95
2619118--2619169	23	2.3	23	74	12	54	36	1	7	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619369--2619456	33	2.6	34	81	3	106	23	14	21	39	1.91
2640265--2640460	103	1.9	103	81	4	234	31	21	14	32	1.94
2657761--2657851	42	2.2	42	82	7	107	26	14	21	37	1.92
2659099--2659152	28	1.9	28	84	0	72	35	14	16	33	1.90
2667038--2667135	21	4.7	21	75	5	81	39	17	39	3	1.65
2667476--2667595	43	2.8	43	81	8	136	32	20	21	25	1.98
2667561--2667767	43	4.8	42	80	2	164	30	23	20	25	1.98
2667560--2667773	86	2.5	85	77	4	196	30	23	20	25	1.98
2669648--2669704	16	3.4	17	77	15	57	31	5	7	56	1.49
2678983--2679220	35	6.6	36	82	6	259	43	3	8	43	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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