genome.fa.s7721.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3738426

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1769	4	447.0	4	89	6	2679	49	24	0	25	1.56
6034--6170	72	1.9	72	89	0	211	47	10	16	25	1.79
6092--6222	46	2.8	46	80	12	151	45	10	19	23	1.82
6035--6327	118	2.5	118	90	0	442	47	10	18	23	1.80
6139--6293	72	2.2	72	86	2	213	47	10	19	22	1.79
6210--6327	46	2.6	46	83	0	137	47	11	19	22	1.80
13086--13381	46	6.4	46	86	1	423	42	13	21	21	1.87
13284--13362	20	3.7	20	73	18	77	40	12	26	20	1.88
13300--13460	72	2.2	72	91	0	259	44	14	22	19	1.86
13254--13519	118	2.2	117	86	2	370	43	13	21	21	1.86
13372--13504	46	2.9	46	87	2	187	44	12	20	22	1.85
16355--16413	30	2.0	30	86	0	82	35	5	23	35	1.77
22954--22992	20	1.9	20	84	5	51	28	28	5	38	1.78
24064--24134	29	2.4	30	77	15	85	29	19	8	42	1.81
40878--40914	19	1.9	19	89	10	58	21	27	0	51	1.48
47121--47152	16	2.0	16	93	0	55	28	6	43	21	1.77
58233--58258	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
58893--58917	6	4.2	6	100	0	50	32	32	0	36	1.58
64706--64743	20	1.9	20	88	0	58	26	18	21	34	1.96
65870--65936	32	2.1	32	88	0	98	35	14	22	26	1.93
73900--73943	19	2.3	19	100	0	88	27	25	27	20	1.99
74078--74149	33	2.2	33	94	2	126	34	8	22	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74037--74354	79	4.0	79	96	0	573	35	7	20	36	1.81
74162--74225	33	1.9	33	96	0	119	37	9	18	34	1.83
74236--74308	33	2.2	33	92	2	119	36	6	21	34	1.81
74270--74387	46	2.6	46	95	1	211	33	6	23	36	1.81
77245--77341	27	3.6	27	74	18	76	79	2	13	5	0.99
77254--77321	7	9.9	7	84	12	79	77	1	13	7	1.03
77221--77307	41	2.1	40	85	12	115	78	3	13	4	1.04
77251--77339	7	12.6	7	76	15	58	78	2	13	5	1.02
77243--77343	16	6.6	14	71	22	62	79	1	13	4	0.99
90128--90186	31	1.9	31	89	0	91	40	6	6	45	1.57
100105--100618	54	9.6	54	83	4	610	32	20	16	31	1.94
100105--100616	162	3.2	162	85	3	676	32	19	16	31	1.94
107117--107615	54	9.3	54	89	3	693	32	19	16	31	1.95
107669--107700	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
120022--120095	33	2.3	33	83	6	89	75	8	13	2	1.13
122000--122040	16	2.6	16	96	3	75	36	4	34	24	1.77
122364--122396	12	2.8	12	90	4	50	36	33	0	30	1.58
122527--122619	37	2.5	37	84	6	134	33	18	8	39	1.81
122527--122648	37	3.3	36	80	8	115	31	17	8	43	1.78
122926--123059	68	2.0	68	93	0	232	34	14	11	38	1.84
123106--123470	137	2.7	135	83	7	447	25	28	17	28	1.97
127599--127647	21	2.4	20	82	3	53	38	4	18	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129515--129563	3	16.0	3	87	12	73	32	2	0	65	1.04
130978--131340	137	2.6	138	82	8	382	38	8	7	46	1.62
137120--137209	18	5.1	18	74	16	71	72	0	22	5	1.05
137129--137185	16	3.4	16	84	15	64	73	0	19	7	1.05
137117--137206	26	3.4	26	76	11	76	73	0	22	4	1.01
141238--141314	22	3.5	22	80	3	93	33	14	14	37	1.86
141979--142552	45	12.8	45	96	0	1004	22	22	19	35	1.96
142681--142733	3	17.3	3	88	11	81	32	1	1	64	1.15
144259--144305	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
149106--149167	21	3.0	21	83	9	81	24	4	22	48	1.70
149499--149677	84	2.1	84	100	0	358	36	16	14	32	1.89
149499--149626	41	3.1	41	67	12	125	36	17	13	32	1.88
160429--160486	19	3.1	19	75	5	55	53	6	20	18	1.67
162837--162889	21	2.5	21	81	0	61	20	24	18	35	1.95
162879--163149	20	13.2	20	79	6	240	36	17	21	25	1.94
162858--163364	41	12.3	41	85	2	364	29	18	18	32	1.95
162879--163149	85	3.3	82	87	5	359	36	17	21	25	1.94
163097--163365	123	2.2	122	90	2	423	24	20	15	39	1.92
165377--165431	20	2.8	19	83	2	65	40	21	20	18	1.92
165404--165530	33	3.8	33	94	0	218	45	18	23	12	1.83
165384--165495	19	6.4	19	70	20	91	45	19	21	13	1.84
165384--165534	19	8.7	18	67	22	83	45	19	23	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165693--165729	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
167080--167140	21	3.0	20	73	7	59	21	19	36	22	1.95
167599--167667	19	3.5	19	82	4	75	49	21	17	11	1.78
167712--167749	20	1.9	20	100	0	76	5	15	28	50	1.66
167882--168235	94	3.8	94	91	3	549	46	17	13	22	1.83
169933--170038	19	5.7	19	76	13	105	44	18	24	12	1.84
169937--170069	52	2.5	53	87	2	187	45	21	23	10	1.82
170652--170723	20	3.5	20	86	5	83	20	22	20	36	1.96
170713--170867	41	3.8	40	82	4	166	38	20	21	19	1.93
170713--170847	61	2.2	61	92	2	200	40	21	20	18	1.92
170713--170866	20	7.5	21	88	3	181	38	20	21	18	1.93
172620--172712	31	3.0	31	86	7	127	54	17	9	18	1.69
176104--176171	33	2.1	33	100	0	136	45	5	16	32	1.71
176849--176998	80	1.9	80	95	0	273	39	9	18	33	1.82
186187--186211	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
186664--186692	12	2.4	12	100	0	58	0	41	31	27	1.56
192054--192093	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
198409--198528	54	2.2	54	85	1	161	39	20	14	26	1.90
200804--200848	24	1.9	23	86	13	65	64	6	0	28	1.19
201155--201210	23	2.4	23	96	0	103	32	8	41	17	1.81
204781--204930	76	2.0	76	81	6	178	37	16	10	36	1.82
204934--204981	20	2.4	20	92	0	78	47	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205561--205664	51	2.0	51	98	0	199	28	22	17	31	1.96
209410--209457	26	1.9	24	91	8	78	20	0	6	72	1.05
209410--209453	5	8.6	5	80	5	52	18	0	6	75	1.02
209924--209962	20	1.9	21	84	5	53	25	2	2	69	1.14
222731--222772	13	3.2	13	77	12	50	59	9	0	30	1.29
223040--223091	21	2.5	21	96	3	97	42	3	9	44	1.55
223315--223474	65	2.5	65	88	5	236	32	21	15	30	1.95
223699--223723	10	2.5	10	100	0	50	72	20	8	0	1.10
231885--232043	65	2.5	64	88	6	234	32	21	16	30	1.95
231986--232089	44	2.3	46	88	6	151	31	19	16	32	1.94
231921--232131	109	1.9	109	99	0	413	33	20	16	30	1.94
233389--233463	37	2.0	37	100	0	150	33	5	8	53	1.53
234357--234414	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
243782--243818	17	2.1	18	85	14	51	18	2	0	78	0.87
247605--247711	53	2.0	53	98	0	205	42	28	13	15	1.84
251729--251783	9	6.6	9	78	16	64	21	21	1	54	1.54
251729--251783	16	3.3	18	80	14	64	21	21	1	54	1.54
254959--255003	19	2.4	19	92	0	72	33	8	11	46	1.70
256841--257308	12	38.8	12	97	0	612	35	33	14	16	1.89
256835--257315	6	79.8	6	93	0	332	36	32	13	17	1.89
257576--257630	23	2.4	24	81	9	60	36	21	21	20	1.95
259879--259921	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261863--262030	87	1.9	87	95	0	300	49	14	3	32	1.60
261875--262025	29	5.2	29	81	9	173	49	14	3	33	1.60
264340--264400	26	2.3	26	91	0	104	24	21	22	31	1.98
269211--269411	29	7.0	28	82	8	208	49	15	1	32	1.56
269211--269410	85	2.3	88	83	7	248	50	15	2	33	1.55
270340--270394	29	2.0	28	89	7	85	47	7	10	34	1.66
270342--270415	31	2.5	29	82	8	87	47	8	13	31	1.72
273041--273069	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
276010--276057	19	2.5	19	80	12	53	75	0	18	6	1.01
277397--277488	44	2.1	44	83	4	123	26	22	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16