genome.fa.s7721.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3738426

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940378--1940498	43	2.8	42	84	5	143	28	17	28	26	1.98
1940394--1940606	43	5.0	43	80	1	203	23	19	25	31	1.98
1942421--1942467	22	2.1	22	96	0	85	51	10	19	19	1.75
1945617--1945768	41	3.7	40	74	10	128	26	18	20	34	1.95
1945807--1946039	83	2.8	84	84	3	278	33	20	16	30	1.95
1945899--1946059	41	3.9	41	73	11	148	32	20	18	28	1.96
1950316--1950342	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1950691--1950880	83	2.3	83	83	2	238	23	17	30	28	1.97
1950903--1951256	69	5.2	69	84	3	427	40	13	15	30	1.86
1950907--1951256	137	2.6	137	84	6	428	40	13	15	30	1.86
1951145--1951241	33	2.9	32	70	18	88	41	13	15	29	1.85
1952144--1952188	20	2.2	20	96	0	81	28	31	22	17	1.97
1952971--1953038	23	2.7	25	74	14	77	55	1	7	35	1.37
1953898--1953942	20	2.2	21	84	11	67	0	17	2	80	0.82
1963283--1963384	38	2.5	40	79	9	109	31	19	20	28	1.97
1965184--1965210	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1965731--1965762	14	2.3	14	94	0	55	25	9	18	46	1.79
1966598--1966640	3	14.7	3	90	4	70	37	0	0	62	0.95
1973300--1973364	21	3.2	20	72	10	60	47	33	0	18	1.49
1974055--1974090	19	1.9	19	88	5	56	8	52	13	25	1.68
1974118--1974163	23	2.0	24	91	4	76	17	19	15	47	1.82
1974491--1974595	36	2.6	41	76	14	112	40	0	11	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974520--1974612	43	2.2	43	80	7	109	38	1	12	47	1.49
1975329--1975429	38	2.7	38	79	0	112	31	21	22	23	1.98
1976248--1976498	104	2.4	101	77	12	242	27	2	13	56	1.51
1979128--1979179	17	3.1	17	72	5	61	55	0	3	40	1.18
1979630--1979689	25	2.4	25	88	0	93	35	5	1	58	1.30
1979662--1979706	19	2.3	20	81	11	58	37	6	0	55	1.26
1979668--1980306	302	2.1	302	93	2	1079	36	14	6	42	1.72
1980916--1981022	39	2.7	39	76	2	108	22	21	25	30	1.99
1984271--1984588	43	7.6	43	78	6	287	25	16	20	37	1.93
1984271--1984563	126	2.3	125	81	6	324	25	17	20	37	1.93
1984271--1984582	83	3.7	82	78	10	299	25	16	20	38	1.93
1990392--1990460	36	1.9	36	94	5	122	17	13	8	60	1.56
1992638--1992878	85	2.8	85	89	2	367	37	19	18	24	1.94
1994062--1994132	34	2.1	33	89	2	106	21	30	15	32	1.94
1994415--1994456	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
1994563--1994609	19	2.5	19	82	0	58	31	17	12	38	1.87
1994666--1994733	30	2.2	32	82	12	88	42	13	5	38	1.68
1994675--1994732	29	1.9	31	89	6	93	44	15	3	36	1.63
1995912--1995951	17	2.5	17	88	8	57	20	2	5	72	1.15
1998064--1998097	17	2.0	17	100	0	68	17	11	5	64	1.45
1998366--1998409	21	2.1	21	88	12	65	18	0	13	68	1.22
2001427--2001455	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001456--2001530	3	24.7	3	97	2	141	33	0	0	66	0.92
2002247--2002280	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
2003524--2003586	23	2.8	23	90	2	74	12	7	4	74	1.19
2003545--2003601	5	10.8	5	75	7	51	15	3	5	75	1.12
2003534--2003586	23	2.3	23	96	0	97	11	7	3	77	1.10
2008275--2010806	4	635.8	4	99	0	4987	50	25	0	24	1.50
2012175--2012219	3	15.0	3	90	9	74	33	0	0	66	0.92
2013926--2014003	30	2.6	30	81	0	84	19	8	7	64	1.47
2027224--2027286	19	3.2	19	85	12	83	31	0	20	47	1.51
2027233--2027286	19	2.7	21	91	8	87	29	0	20	50	1.49
2027604--2027728	2	61.5	2	71	17	71	39	3	4	53	1.36
2027611--2027749	45	3.1	44	80	10	140	36	3	5	54	1.40
2028003--2028035	6	5.5	6	100	0	66	51	15	0	33	1.43
2028256--2028429	2	88.0	2	68	20	91	40	7	2	48	1.46
2028418--2028611	104	1.9	104	88	4	293	34	5	15	44	1.69
2041988--2042045	23	2.7	23	81	7	68	24	34	22	18	1.96
2046417--2046537	60	2.0	60	95	0	215	30	23	24	20	1.99
2049391--2049443	4	13.5	4	82	11	65	77	3	0	18	0.92
2049498--2049695	36	5.4	36	73	16	122	42	6	5	45	1.50
2053411--2053741	36	8.9	36	84	5	419	33	23	25	16	1.96
2053546--2053741	80	2.5	81	84	10	259	34	21	27	16	1.95
2053510--2053741	117	2.0	117	88	2	351	34	21	27	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053852--2053897	16	2.7	17	80	10	58	34	4	30	30	1.77
2058126--2058191	21	3.5	20	66	28	54	43	19	4	31	1.71
2058077--2058192	35	3.3	35	89	4	171	45	18	5	30	1.71
2060887--2060931	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2065842--2065886	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2070698--2070812	35	3.3	35	89	4	169	46	20	3	30	1.67
2072290--2072377	44	2.0	44	100	0	176	29	31	9	29	1.88
2072295--2072365	22	3.2	22	64	28	60	30	30	8	29	1.87
2077798--2077855	30	1.9	30	89	0	89	20	3	37	37	1.70
2078076--2078122	20	2.3	20	92	0	76	27	12	6	53	1.63
2080327--2080352	3	8.7	3	100	0	52	0	69	0	30	0.89
2082745--2082827	39	2.1	39	93	0	139	48	15	8	27	1.74
2082940--2083039	19	5.3	19	73	4	78	35	17	6	42	1.73
2082940--2083039	37	2.6	37	79	3	101	35	17	6	42	1.73
2087175--2087228	18	2.9	18	83	2	63	48	9	1	40	1.46
2087218--2087322	43	2.5	41	83	7	131	40	6	0	51	1.35
2087364--2087467	29	3.6	27	75	19	93	59	0	2	36	1.19
2087464--2087598	29	4.7	29	77	9	127	51	0	8	39	1.37
2087540--2087588	23	2.1	24	84	3	64	59	0	6	34	1.22
2087588--2087639	18	2.8	18	85	2	68	36	0	15	48	1.45
2088475--2088522	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2093407--2093433	13	2.1	13	100	0	54	44	0	29	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093276--2094241	94	9.6	106	90	4	1280	23	18	25	32	1.97
2093668--2094105	43	9.4	43	64	17	146	22	18	24	33	1.97
2094009--2094212	102	2.0	102	93	0	345	25	17	25	32	1.97
2096914--2096938	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2101889--2101928	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2101909--2101971	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2105779--2105818	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2109265--2109312	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
2109933--2110386	183	2.5	183	93	0	768	26	16	13	42	1.85
2110260--2110718	111	4.1	111	94	1	765	25	14	14	45	1.83
2110915--2110956	16	2.6	16	96	0	75	30	4	14	50	1.63
2111476--2111540	32	2.0	32	90	0	103	20	9	20	50	1.74
2112495--2112533	21	2.0	20	90	10	62	38	0	2	58	1.12
2116526--2116929	137	2.9	140	81	4	478	26	15	27	30	1.96
2116924--2117022	36	2.8	36	93	0	162	41	15	17	26	1.88
2126632--2126665	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
2128930--2128979	17	2.8	18	74	17	59	44	0	4	52	1.20
2129267--2129313	7	6.7	7	85	9	69	42	14	0	42	1.46
2129375--2129416	16	2.6	16	96	0	75	35	26	16	21	1.94
2129463--2129500	14	2.7	14	80	15	51	50	15	0	34	1.45
2129505--2129590	14	6.2	14	67	15	54	47	23	2	26	1.63
2129563--2129615	21	2.5	21	81	9	63	45	20	0	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129825--2129873	25	2.0	25	91	0	80	46	12	0	40	1.41
2151264--2151304	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
2157134--2157164	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2157209--2157264	18	3.1	19	74	20	57	26	5	1	66	1.23
2157221--2157258	20	1.9	20	88	0	58	26	5	2	65	1.27
2158758--2158798	19	2.2	19	100	0	82	19	36	17	26	1.94
2162195--2162257	23	2.9	22	90	4	92	17	20	28	33	1.95
2168360--2168407	24	2.0	24	95	0	87	35	8	14	41	1.76
2170913--2171077	23	7.7	21	74	12	131	30	25	18	24	1.98
2170911--2171080	44	3.9	44	80	8	154	31	25	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16