genome.fa.s7721.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3738426

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422580--2422669	43	2.1	43	87	4	128	31	13	17	37	1.89
2422658--2422782	43	2.9	43	82	5	155	32	16	22	28	1.96
2422674--2422782	43	2.6	43	86	4	159	35	18	19	26	1.95
2425313--2425348	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2426450--2426537	6	14.8	6	84	7	72	55	0	2	42	1.12
2426450--2426537	9	9.2	9	73	16	70	55	0	2	42	1.12
2426450--2426537	12	7.4	12	81	7	81	55	0	2	42	1.12
2426668--2426981	123	2.6	119	84	6	400	22	19	15	42	1.88
2426918--2427019	39	2.6	39	92	0	159	19	22	10	47	1.80
2426798--2427129	162	2.0	164	88	4	501	22	19	15	42	1.89
2426957--2427403	123	3.6	123	89	4	666	24	19	14	41	1.89
2426677--2427267	286	2.1	279	85	4	765	23	19	14	41	1.88
2432142--2432167	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
2432698--2437715	836	6.0	836	99	0	9874	26	19	17	36	1.93
2439976--2440009	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2440238--2440356	23	5.2	23	100	0	238	29	26	12	31	1.93
2441171--2441241	3	24.0	3	82	2	90	60	0	2	36	1.11
2441480--2441559	39	2.1	37	90	6	126	46	8	26	18	1.78
2441480--2441577	36	2.7	37	81	9	114	44	10	23	21	1.82
2441357--2441697	156	2.1	158	88	4	499	41	15	19	23	1.90
2441516--2441823	123	2.6	115	78	8	296	42	14	17	24	1.88
2441955--2442015	3	20.7	3	86	3	88	36	1	0	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443196--2443233	20	1.9	20	88	0	58	31	2	0	65	1.06
2449141--2449167	12	2.2	12	100	0	54	14	7	33	44	1.73
2450345--2450409	31	2.1	31	88	0	94	26	24	13	35	1.93
2452499--2452544	19	2.4	19	89	7	67	41	0	0	58	0.98
2463655--2464174	81	6.4	81	87	2	713	32	20	10	36	1.87
2464455--2464495	19	2.2	19	95	0	73	36	12	4	46	1.63
2468815--2468866	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2472815--2472866	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
2475798--2475888	23	4.0	23	92	0	137	15	18	27	38	1.91
2477977--2478411	81	5.4	80	84	1	492	32	20	11	34	1.89
2478004--2478413	161	2.5	161	84	0	516	33	20	10	34	1.88
2481090--2481216	17	7.4	17	80	3	119	37	10	14	37	1.81
2483052--2483091	21	2.0	20	85	14	55	62	20	5	12	1.48
2484759--2484912	17	8.9	17	79	2	137	39	7	16	37	1.76
2488229--2488253	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
2488221--2488275	3	18.3	3	78	14	60	65	0	7	27	1.19
2488358--2488434	37	2.1	38	95	2	138	62	18	3	15	1.47
2490146--2490174	13	2.2	13	100	0	58	31	31	13	24	1.94
2490178--2490258	2	40.5	2	100	0	162	50	0	0	49	1.00
2494753--2494835	29	2.8	29	92	1	139	40	14	14	30	1.86
2499356--2499410	24	2.3	24	83	0	65	61	18	10	9	1.54
2499400--2499460	24	2.5	24	89	5	88	63	11	13	11	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517051--2517090	14	2.9	14	88	0	62	37	7	12	42	1.71
2517227--2517258	15	2.1	15	94	0	55	50	3	0	46	1.17
2521333--2521378	22	2.1	22	88	8	67	69	2	2	26	1.11
2521333--2521387	22	2.7	20	76	18	51	70	3	1	23	1.12
2521412--2521481	37	1.9	36	82	8	88	72	1	10	15	1.17
2522595--2522641	4	11.2	4	86	8	51	74	0	2	23	0.93
2523088--2523126	20	2.0	20	94	0	69	79	2	5	12	1.00
2523018--2523096	3	26.7	3	71	16	58	63	1	2	32	1.16
2523095--2523138	20	2.2	20	83	0	52	84	2	6	6	0.86
2525090--2525171	43	1.9	43	89	0	128	21	12	31	34	1.91
2525249--2525727	110	4.3	110	91	1	771	23	18	22	34	1.96
2525249--2525730	221	2.2	220	90	1	779	24	18	22	34	1.96
2527496--2527570	37	2.0	37	100	0	150	57	5	18	18	1.59
2529420--2529462	14	3.2	14	87	6	54	58	2	0	39	1.11
2529471--2529496	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2529483--2529525	19	2.3	19	87	0	68	81	2	4	11	0.93
2529412--2529493	3	27.7	3	71	11	62	63	1	2	32	1.15
2530779--2530835	30	1.9	30	88	0	87	49	5	0	45	1.24
2531981--2532107	62	2.0	62	100	0	254	39	16	4	39	1.70
2532105--2533422	3	439.3	3	84	10	1598	2	30	1	65	1.13
2537580--2537620	20	2.0	20	85	0	55	63	0	2	34	1.08
2539028--2539165	7	19.6	7	73	20	94	56	4	0	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539028--2539165	36	4.1	34	80	15	153	56	4	0	39	1.19
2539027--2539144	5	23.2	5	74	16	100	58	4	0	37	1.18
2539153--2539207	20	2.6	21	72	16	60	43	3	1	50	1.30
2539191--2539322	36	3.6	35	81	8	138	43	8	4	43	1.55
2539185--2539355	73	2.3	75	82	6	206	41	9	4	44	1.57
2551370--2551418	20	2.5	20	80	9	64	67	0	4	28	1.09
2561575--2561624	23	2.2	22	83	16	59	70	0	8	22	1.13
2562097--2562168	35	2.1	35	97	0	135	27	22	11	38	1.88
2562623--2563056	109	4.0	109	95	0	751	21	20	25	32	1.97
2563967--2563997	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
2563970--2564004	16	2.2	16	89	0	52	5	17	0	77	0.96
2574480--2574526	13	3.5	14	80	8	53	72	2	10	14	1.21
2574496--2574557	33	1.9	33	87	9	92	74	3	8	14	1.18
2576929--2576966	19	2.0	20	89	5	60	13	2	21	63	1.42
2580166--2580194	13	2.2	13	100	0	58	48	17	27	6	1.72
2584559--2584600	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2584721--2584755	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2584800--2584841	23	1.9	22	85	9	59	71	0	4	23	1.05
2588896--2589063	89	1.9	90	84	1	230	21	13	7	57	1.62
2588896--2589115	30	7.4	30	75	6	171	19	12	9	58	1.62
2592930--2592992	22	2.8	23	78	4	65	23	31	20	23	1.98
2592906--2593009	23	4.7	23	75	11	92	18	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592906--2593009	45	2.3	45	73	4	104	18	27	29	24	1.98
2596793--2596832	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2603187--2603323	64	2.2	64	81	9	156	37	19	18	24	1.94
2616801--2616843	18	2.4	18	88	7	61	18	11	32	37	1.87
2620217--2620283	33	2.0	33	91	0	107	25	16	25	32	1.96
2620343--2620385	20	2.2	20	86	0	59	18	4	18	58	1.56
2620382--2620530	44	3.4	43	84	6	165	38	6	22	31	1.80
2625064--2625116	18	2.9	18	82	0	61	22	18	28	30	1.98
2626454--2626531	31	2.5	31	80	0	84	35	17	16	29	1.93
2628911--2628946	18	1.9	19	94	5	65	33	36	2	27	1.72
2631252--2631343	45	2.1	44	87	2	130	25	17	4	53	1.62
2631857--2632265	59	7.0	59	90	2	628	34	20	11	33	1.88
2632631--2632812	95	1.9	95	89	0	283	26	23	16	32	1.96
2632781--2632832	20	2.6	20	100	0	104	25	26	17	30	1.97
2632843--2632895	21	2.5	21	90	0	79	35	13	16	33	1.88
2633792--2633880	21	4.3	21	67	13	58	28	14	22	34	1.93
2638027--2638117	48	1.9	47	88	2	137	34	8	8	48	1.65
2641325--2641428	31	3.4	31	85	7	140	11	25	31	31	1.91
2643569--2643638	27	2.6	27	93	0	113	27	28	20	24	1.99
2643590--2643637	13	3.6	13	73	15	53	29	33	16	20	1.95
2644782--2644816	19	1.9	19	88	11	56	34	8	25	31	1.86
2648354--2648386	16	2.0	17	88	5	50	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2649566--2649626	10	5.7	10	80	14	68	11	11	21	55	1.66
2649566--2649636	34	2.1	34	91	0	115	12	11	19	56	1.66
2649571--2649636	24	2.8	24	86	4	71	13	10	18	57	1.64
2650989--2651105	42	2.8	42	97	0	216	36	13	14	35	1.86
2653960--2654032	34	2.1	34	84	0	92	43	20	12	23	1.85
2653976--2654045	34	2.1	34	83	0	86	48	18	8	24	1.76
2656411--2656475	29	2.2	31	81	8	73	35	20	7	36	1.81
2659031--2659088	16	3.6	16	75	9	55	50	22	10	17	1.76
2663250--2663290	21	2.0	21	85	9	57	26	17	24	31	1.97
2663316--2663365	20	2.6	20	84	6	68	28	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16