genome.fa.s7721.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3738426

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172249--2172311	25	2.6	25	83	14	78	68	3	6	22	1.27
2173846--2174077	106	2.2	107	88	0	340	21	18	26	34	1.96
2174391--2174583	67	2.8	67	85	3	260	37	12	21	27	1.91
2174538--2174652	33	3.5	33	89	5	162	32	11	19	37	1.87
2174693--2175030	36	9.9	36	70	18	174	38	11	18	30	1.87
2174821--2174879	30	2.0	30	86	6	84	32	10	16	40	1.82
2174834--2175113	100	2.8	101	91	2	438	36	12	19	31	1.89
2175000--2175179	66	2.8	65	87	5	249	33	12	22	32	1.91
2174898--2175283	166	2.3	166	89	4	587	35	12	20	31	1.90
2175063--2175310	102	2.4	104	86	4	349	34	13	20	31	1.91
2175131--2175215	37	2.3	37	85	2	109	40	14	21	24	1.90
2176503--2176852	183	1.9	183	95	0	628	29	21	21	27	1.98
2180815--2180865	21	2.4	21	84	12	61	68	1	7	21	1.25
2181047--2181077	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2186466--2186506	21	2.0	21	90	0	64	21	24	29	24	1.99
2188295--2188325	10	3.1	10	90	0	53	29	0	22	48	1.51
2189970--2190020	18	2.9	17	85	5	75	54	7	0	37	1.29
2190059--2190122	33	1.9	33	90	6	103	65	6	9	18	1.42
2191691--2191741	26	2.0	26	84	7	68	66	9	0	23	1.21
2192197--2192225	15	2.0	15	93	6	51	58	13	0	27	1.36
2192201--2192279	23	3.5	23	83	6	90	67	6	2	24	1.27
2192220--2192258	19	2.1	19	90	4	62	69	5	2	23	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192277--2192338	23	2.6	23	92	5	97	40	8	17	33	1.79
2193075--2193111	10	3.8	10	89	7	58	29	32	0	37	1.58
2193153--2193193	18	2.3	18	91	4	66	29	7	0	63	1.21
2197481--2197643	83	2.0	83	90	0	254	24	24	30	20	1.98
2199150--2199208	20	3.2	19	71	20	52	45	5	0	49	1.24
2199623--2199721	50	2.0	50	95	0	180	32	7	10	50	1.63
2200904--2201143	30	7.2	32	70	20	131	75	1	5	18	1.05
2200927--2201036	43	2.5	42	80	16	118	73	1	5	19	1.12
2200911--2201143	61	3.7	61	71	19	149	75	1	5	18	1.05
2200908--2201111	8	24.2	8	73	16	112	75	0	4	18	1.04
2203281--2204346	94	11.0	94	94	1	1538	22	18	25	33	1.97
2203929--2204356	106	4.0	106	95	0	730	23	17	25	33	1.97
2208172--2208217	4	11.0	4	82	17	58	73	0	2	23	0.94
2208232--2208271	19	2.1	19	85	0	53	77	0	5	17	0.94
2208246--2208279	10	3.5	10	88	8	52	76	0	0	23	0.79
2208316--2208380	9	8.4	7	76	18	51	81	0	1	16	0.77
2208319--2208408	19	4.9	18	74	15	71	80	0	3	16	0.85
2208188--2208372	99	1.9	99	83	10	245	74	1	5	19	1.08
2225244--2225287	17	2.4	18	81	14	54	79	0	15	4	0.89
2238012--2238849	414	2.0	416	93	1	1419	36	22	12	28	1.90
2243888--2243931	23	1.9	23	90	0	70	18	20	20	40	1.91
2245790--2245827	20	1.9	20	100	0	76	34	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246543--2246602	30	2.0	30	100	0	120	23	20	23	33	1.97
2246808--2246860	19	2.9	19	71	23	51	52	5	11	30	1.60
2247080--2247149	4	17.5	4	96	0	131	27	0	22	50	1.50
2248202--2248283	30	2.7	30	98	0	155	24	19	20	35	1.96
2248768--2248793	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
2251288--2251312	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2256057--2256086	15	2.0	15	100	0	60	33	0	26	40	1.57
2256060--2256095	15	2.4	15	90	0	54	33	0	33	33	1.58
2279420--2279487	20	3.2	21	78	10	68	23	30	27	17	1.97
2281922--2281961	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
2282984--2283491	54	9.3	54	84	4	608	36	20	15	27	1.93
2282986--2283491	110	4.6	109	86	3	662	36	20	15	27	1.93
2287760--2287816	26	2.1	27	87	3	80	82	0	8	8	0.85
2287765--2287837	6	11.7	6	76	15	51	79	0	15	5	0.90
2288780--2289297	283	1.8	283	86	0	757	37	17	17	27	1.92
2289272--2289335	32	1.9	32	84	6	83	28	23	17	31	1.97
2289304--2289385	40	2.0	40	83	4	103	30	20	21	26	1.98
2301054--2301128	20	3.8	20	80	5	89	40	16	17	26	1.90
2301995--2302069	31	2.5	30	82	4	87	24	20	22	33	1.97
2302011--2302070	30	2.0	31	86	3	86	23	20	25	31	1.98
2306093--2306168	20	3.8	20	87	5	118	35	17	19	27	1.94
2307055--2307121	30	2.2	31	81	2	73	22	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310773--2310804	15	2.1	15	100	0	64	53	0	28	18	1.45
2311147--2311222	20	3.8	20	87	5	118	35	17	19	27	1.94
2312109--2312175	30	2.2	31	81	2	73	22	20	23	32	1.98
2316187--2316261	20	3.8	20	87	5	116	36	17	20	26	1.94
2317150--2317216	30	2.2	31	83	2	82	22	20	25	31	1.98
2318963--2319028	32	2.1	32	100	0	132	12	24	13	50	1.76
2319505--2319534	11	2.7	11	89	0	51	20	33	23	23	1.97
2322791--2322832	19	2.2	19	86	4	57	47	2	7	42	1.43
2323116--2327229	4	1056.8	4	90	7	6550	49	25	0	24	1.52
2327421--2327458	11	3.4	11	88	3	58	44	0	2	52	1.14
2346140--2346200	25	2.4	25	86	0	86	29	4	4	60	1.38
2354272--2354330	23	2.9	19	85	12	66	22	33	27	16	1.95
2354313--2354350	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
2358638--2358678	20	2.0	21	85	4	57	17	19	7	56	1.64
2360075--2360222	18	7.6	19	75	9	97	75	5	16	2	1.10
2360111--2360216	36	2.9	35	79	19	126	79	1	16	1	0.92
2362117--2362478	54	6.7	55	78	5	328	32	8	16	42	1.78
2362135--2362478	109	3.2	109	79	2	388	31	8	16	42	1.79
2362117--2362473	163	2.2	163	80	4	389	32	8	16	42	1.79
2362526--2362597	20	3.5	20	73	3	63	27	25	19	27	1.99
2365225--2365275	24	2.3	22	78	15	59	27	3	7	60	1.42
2365867--2365994	62	2.0	65	95	4	235	33	10	15	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371304--2371349	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2374283--2374328	18	2.6	18	93	6	76	43	17	8	30	1.79
2377104--2377192	30	3.0	30	74	8	83	39	14	5	40	1.70
2377104--2377192	29	3.0	29	72	4	79	39	14	5	40	1.70
2379672--2379705	18	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
2380335--2380532	38	5.3	38	84	1	229	39	9	26	24	1.86
2380348--2380532	75	2.5	76	81	1	203	38	10	26	24	1.87
2381868--2381944	26	3.0	27	90	3	79	42	1	11	44	1.49
2381881--2381958	26	3.2	25	92	7	117	42	0	14	43	1.45
2381927--2382107	73	2.4	74	81	12	210	43	4	10	41	1.59
2382072--2382268	22	8.2	24	71	16	124	42	3	9	45	1.51
2381926--2382108	38	5.0	37	77	17	168	42	4	10	42	1.60
2382072--2382268	47	4.1	46	70	18	120	42	3	9	45	1.51
2382209--2382256	21	2.3	21	85	0	60	45	4	6	43	1.48
2382079--2382250	71	2.5	69	80	11	208	45	3	8	42	1.52
2383774--2383806	17	1.9	17	93	0	57	27	3	0	69	1.03
2393599--2393740	68	2.1	68	95	0	257	41	11	18	28	1.86
2395083--2395129	24	2.0	23	83	8	58	44	21	19	14	1.86
2396046--2396101	26	2.2	26	83	6	69	48	1	7	42	1.41
2396033--2396096	28	2.2	29	78	10	69	48	1	6	43	1.37
2396082--2396301	38	5.9	36	78	13	191	41	5	9	42	1.61
2396090--2396301	75	2.8	78	79	10	192	41	6	9	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396279--2396391	22	5.0	22	80	8	129	45	0	8	45	1.41
2396274--2396391	46	2.6	46	79	15	147	46	1	8	43	1.44
2397896--2397927	16	2.1	16	94	5	57	12	6	0	81	0.87
2397896--2397932	14	2.5	15	87	12	51	13	5	0	81	0.86
2397891--2397934	16	2.6	19	73	26	53	15	4	0	79	0.89
2397896--2397945	15	3.4	15	80	5	57	16	8	0	76	1.02
2411511--2411851	45	7.6	45	89	3	454	30	20	9	39	1.85
2418781--2418817	18	2.1	18	94	0	65	13	2	5	78	1.03
2421041--2421225	61	3.1	58	87	6	264	23	7	23	44	1.79
2421049--2421224	59	3.0	59	91	2	282	23	6	25	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16