genome.fa.s7721.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007721.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3738426

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821828--821858	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
825515--825570	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
825958--826165	32	5.9	33	75	19	129	55	3	15	25	1.57
825941--826105	35	4.4	39	72	19	113	53	3	15	27	1.56
825950--826160	74	3.0	71	86	8	297	54	3	15	25	1.58
825956--826169	68	3.1	67	87	7	295	54	3	16	25	1.59
827569--827937	134	2.8	134	85	0	434	25	16	30	27	1.96
828027--828204	37	5.2	36	64	14	108	42	15	14	27	1.85
827939--828199	67	3.9	66	84	6	294	41	17	14	26	1.88
827938--828201	137	1.9	135	85	4	361	41	17	15	26	1.88
828547--828655	37	2.9	37	80	2	139	39	11	16	33	1.84
828547--828687	75	1.9	73	82	5	176	39	12	17	31	1.87
830203--830264	24	2.7	23	80	12	65	53	3	8	35	1.47
831101--831125	13	1.9	13	100	0	50	0	20	8	72	1.10
833358--833390	14	2.2	16	89	10	52	69	15	0	15	1.19
834475--834791	158	2.0	158	100	0	634	34	12	16	36	1.86
835305--835334	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
835580--835631	16	3.3	15	75	5	50	51	5	19	23	1.67
835707--835954	32	7.2	32	77	13	210	54	4	14	27	1.59
835727--835954	35	6.5	36	79	15	232	54	3	14	26	1.58
835707--835954	68	3.6	67	81	9	250	54	4	14	27	1.59
838825--838897	7	10.6	7	79	8	78	19	0	34	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839400--839462	11	5.9	11	73	14	51	39	1	1	57	1.18
839718--839744	14	1.9	14	100	0	54	81	3	0	14	0.82
839842--839867	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
839677--839940	124	2.1	127	89	2	399	46	13	15	23	1.81
839959--839999	22	2.0	20	85	9	55	63	0	7	29	1.21
841740--841810	28	2.5	28	90	6	108	47	22	5	23	1.72
842249--842293	16	2.8	16	83	9	56	55	20	6	17	1.64
842965--843036	13	5.5	13	80	6	83	45	13	12	27	1.80
842968--843064	26	3.7	26	81	8	99	44	10	15	29	1.80
844936--845047	47	2.4	45	86	4	152	17	14	22	45	1.84
844989--845069	15	5.4	15	71	11	58	19	16	19	44	1.87
844996--845069	30	2.5	30	77	0	85	20	16	18	44	1.87
844984--845092	45	2.4	45	84	0	128	19	17	18	44	1.86
846031--846141	56	2.0	56	94	0	195	46	26	1	25	1.62
857384--857441	15	3.6	16	76	19	66	15	1	3	79	0.95
861027--861079	24	2.2	24	82	0	70	77	1	16	3	1.01
862614--863196	22	26.5	22	87	3	816	40	0	11	47	1.42
863220--863278	31	1.9	31	85	0	82	45	6	5	42	1.52
863731--863934	58	3.6	56	73	14	170	32	11	18	38	1.86
864694--865321	273	2.3	273	97	0	1184	36	16	22	24	1.94
864681--865321	91	7.0	91	91	1	1025	36	16	22	24	1.94
866750--866774	9	2.8	9	100	0	50	12	0	16	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869044--869251	105	2.0	105	97	0	389	40	14	14	29	1.87
870391--870445	22	2.5	22	100	0	110	40	18	21	20	1.92
883675--883731	26	2.2	26	90	3	89	50	7	3	38	1.46
883865--883904	14	2.9	14	88	0	53	77	0	10	12	0.99
883864--883917	19	2.8	18	74	20	56	75	0	9	14	1.03
884069--884145	41	1.9	39	81	5	91	49	5	28	16	1.67
884422--884486	27	2.5	26	76	14	62	60	1	6	32	1.31
884520--884555	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
884934--885040	35	3.1	35	97	0	196	27	18	12	42	1.86
885524--886071	106	5.3	105	82	5	625	23	19	22	34	1.96
885524--886071	210	2.6	209	85	4	702	23	19	22	34	1.96
885878--886060	95	1.9	95	89	0	285	21	20	20	37	1.95
886010--886114	43	2.4	43	90	0	156	20	20	22	36	1.95
894168--894213	4	10.5	4	86	13	56	73	0	4	21	1.00
894168--894213	9	5.2	9	87	10	60	73	0	4	21	1.00
894167--894213	13	3.5	13	94	2	67	74	0	4	21	0.99
894510--894559	24	2.1	23	85	3	64	74	0	4	22	0.99
894750--894783	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
894827--894862	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
895241--895312	35	2.1	35	91	0	117	26	19	11	43	1.84
897082--897135	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
901465--901542	32	2.5	32	83	10	106	10	26	32	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902304--902346	22	2.0	23	86	9	63	41	9	16	32	1.80
902869--902913	17	2.6	17	85	0	63	62	2	15	20	1.43
902962--903004	16	2.6	16	85	10	52	67	13	11	6	1.41
902962--902992	16	2.0	15	93	6	53	67	12	12	6	1.40
904439--904484	20	2.3	20	100	0	92	50	13	0	36	1.41
907826--908027	63	3.2	61	78	9	230	37	12	11	37	1.81
908727--908784	21	2.9	21	73	14	59	62	3	1	32	1.22
909149--909178	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
910991--911243	82	3.1	82	84	2	294	21	16	23	38	1.92
911389--911504	37	3.2	37	83	2	153	25	18	17	37	1.93
911454--911561	57	1.9	56	92	1	180	21	17	23	37	1.94
911505--911886	37	10.5	36	86	5	520	21	19	18	39	1.92
912030--912159	62	2.1	62	84	5	174	35	13	25	25	1.93
912108--912231	38	3.3	37	77	5	124	39	12	19	29	1.87
913349--913442	39	2.4	40	83	3	111	31	23	12	31	1.92
914435--914624	99	1.9	99	91	2	310	30	21	16	31	1.95
916239--916278	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
916351--916404	10	5.2	10	78	14	56	18	3	0	77	0.91
916362--916400	21	1.9	21	89	5	62	17	0	0	82	0.68
918021--918080	2	30.0	2	96	0	111	51	0	0	48	1.00
918600--918639	11	3.8	11	87	9	57	22	5	0	72	1.04
923821--923898	21	3.7	21	80	0	75	34	25	10	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927394--927537	72	2.0	72	93	0	243	26	22	18	32	1.97
928734--928816	41	2.0	41	86	9	116	34	16	21	26	1.95
930121--930990	123	7.1	123	88	2	1162	39	16	17	26	1.91
935267--935331	31	2.0	34	82	8	82	61	6	7	24	1.46
936714--936783	22	3.3	21	70	16	63	44	4	2	48	1.37
936755--936917	90	1.8	89	93	1	281	45	9	11	34	1.71
943618--943687	22	3.3	21	70	16	63	44	4	2	48	1.37
944643--944672	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
946935--947075	60	2.3	63	80	7	155	38	10	9	41	1.73
948644--948677	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
949180--949235	17	3.4	17	76	18	73	50	7	8	33	1.61
949172--949236	32	2.0	32	100	0	130	53	6	9	30	1.57
950389--950459	3	24.7	3	91	8	121	69	0	0	30	0.89
950388--950467	6	14.6	5	86	12	56	70	0	0	30	0.88
950620--950732	40	2.7	44	70	12	110	28	19	28	23	1.98
950646--950958	134	2.3	134	89	0	473	25	19	30	24	1.98
951905--951965	16	3.9	15	85	8	68	6	19	0	73	1.04
951907--951963	15	3.9	14	81	9	51	7	21	0	71	1.08
963633--963666	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
965342--965407	3	21.7	3	90	9	107	69	0	0	30	0.88
965340--965402	16	4.0	16	95	4	119	68	0	0	31	0.90
968367--968425	20	2.7	23	82	17	81	52	1	0	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968411--968455	19	2.4	19	81	7	56	37	2	2	57	1.23
985842--985883	16	2.7	16	88	3	59	30	9	11	47	1.72
990111--990143	14	2.4	14	90	10	50	69	0	0	30	0.88
993015--993046	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
993826--993865	16	2.5	16	100	0	80	47	7	12	32	1.69
994259--994284	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1007211--1007414	36	5.7	35	75	6	162	47	17	15	19	1.83
1009094--1009121	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
1009696--1009720	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
1011141--1011179	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16