genome.fa.s7725.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007725.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109972_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3026330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019--1099	41	1.9	44	80	12	98	35	9	4	49	1.58
4334--4371	15	2.5	16	87	12	62	55	5	28	10	1.56
7175--7232	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
8454--8501	17	3.1	15	77	13	53	68	2	2	27	1.11
8450--8504	16	3.5	15	83	16	76	69	1	1	27	1.09
9092--9140	23	2.1	22	85	7	62	63	0	4	32	1.13
23152--23267	42	2.7	43	72	6	112	33	22	13	30	1.93
27434--27880	223	2.0	225	98	1	864	30	19	28	21	1.98
28503--28710	29	7.2	29	78	1	148	17	17	17	47	1.83
30185--30340	21	7.5	21	71	4	84	25	21	17	34	1.96
30248--30355	41	2.6	41	75	8	105	28	21	16	33	1.95
30227--30422	20	9.6	21	72	12	113	33	19	18	28	1.96
30962--31028	18	3.9	18	79	16	88	47	20	20	10	1.79
30983--31041	14	3.9	14	74	20	55	45	22	22	10	1.81
30968--31058	33	2.8	33	91	1	139	47	24	18	9	1.79
31059--31111	26	2.0	26	92	0	88	11	15	22	50	1.75
31110--31173	20	3.1	21	82	8	78	12	25	15	46	1.81
32948--32996	24	2.0	24	84	7	64	28	20	10	40	1.85
33359--33446	41	2.1	41	80	2	104	21	37	17	23	1.94
34817--34852	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
34958--35044	32	2.7	32	89	3	122	44	24	18	12	1.84
34988--35044	14	3.3	18	72	20	59	45	26	15	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34972--35029	14	3.9	14	75	16	53	48	24	18	8	1.76
35040--35157	19	6.7	19	67	19	85	11	24	20	43	1.85
35044--35137	33	2.8	33	96	0	170	11	24	19	44	1.84
35110--35203	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
38437--38608	20	8.7	20	81	7	181	22	20	26	31	1.98
38513--38647	21	6.7	20	79	6	114	19	21	22	37	1.95
38458--38611	41	3.9	41	87	7	201	21	20	25	32	1.97
38637--38689	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
40080--40120	19	2.1	20	86	4	57	41	0	2	56	1.13
45047--45092	23	2.0	23	86	0	65	50	15	15	19	1.79
45755--45779	10	2.5	10	100	0	50	0	20	28	52	1.47
51266--51310	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
51939--51970	15	2.1	15	94	0	55	78	0	6	15	0.95
52141--52200	31	1.9	31	86	6	86	23	18	21	36	1.95
52205--52333	64	2.0	66	92	3	217	49	13	1	34	1.52
53617--53661	22	2.0	22	95	0	81	31	0	15	53	1.43
53926--54108	30	6.4	30	74	12	132	34	7	1	56	1.36
53990--54052	23	2.6	24	82	5	74	34	7	1	55	1.39
54106--54162	29	1.9	30	86	10	82	31	3	0	64	1.10
56320--56360	18	2.3	18	87	8	57	51	9	4	34	1.56
56434--56471	20	1.9	20	84	10	51	34	2	5	57	1.35
56569--56600	12	2.8	12	95	4	57	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57318--57359	22	1.9	22	85	0	57	42	19	16	21	1.89
58114--58234	31	3.9	31	91	0	170	38	20	19	22	1.94
61145--61621	129	3.7	130	79	5	509	32	21	18	28	1.96
65951--66031	42	1.9	42	89	0	126	38	11	1	49	1.46
70350--70415	30	2.2	30	78	7	73	33	22	6	37	1.79
81920--82023	29	3.6	29	79	11	113	54	0	4	40	1.21
82371--82463	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
82371--82463	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
82390--82524	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
82452--82566	20	5.7	19	78	11	86	34	24	17	23	1.96
82734--82777	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
84398--84442	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
84918--84984	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
84973--85062	14	5.9	14	71	19	63	47	21	16	14	1.82
84957--85079	32	3.8	33	91	2	196	47	20	17	14	1.83
85110--85175	20	3.5	19	81	6	80	15	22	24	37	1.92
87043--87078	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
87185--87238	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
87262--87319	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
87559--87613	14	3.6	14	73	21	56	14	20	21	43	1.87
87550--87631	33	2.5	33	100	0	164	15	21	20	41	1.90
88412--88465	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90945--91038	33	2.8	33	93	0	161	45	18	22	13	1.84
90945--91042	19	5.7	19	65	22	72	45	18	22	13	1.84
91038--91080	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
91066--91099	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
91221--91257	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
92615--92681	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
92615--92737	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
94739--94799	20	3.1	19	79	9	68	44	18	24	13	1.85
94764--94839	33	2.3	34	90	2	118	36	26	25	11	1.90
94837--94879	19	2.3	19	91	0	68	46	20	20	11	1.82
94875--94922	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
95440--95533	20	4.7	20	77	7	82	25	18	24	31	1.97
96184--96239	23	2.5	21	81	18	60	50	1	0	48	1.11
97130--97186	29	2.0	29	82	6	71	31	5	8	54	1.53
119425--119586	29	5.7	29	87	5	197	39	22	4	33	1.75
119425--119586	56	2.8	57	81	8	195	39	22	4	33	1.75
119425--119587	85	1.9	85	87	5	240	39	22	4	33	1.75
119601--119633	17	1.9	17	93	0	57	18	24	39	18	1.92
119645--119690	19	2.4	19	85	0	56	26	34	26	13	1.92
138729--138805	36	2.1	36	97	0	145	53	6	16	23	1.66
149071--149128	24	2.5	24	83	5	66	31	27	15	25	1.96
149114--149202	30	2.9	30	78	6	90	34	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151135--151825	348	2.0	342	91	1	1112	38	18	11	32	1.86
152960--153011	24	2.2	24	96	0	95	15	28	7	48	1.73
154858--154928	32	2.2	32	87	5	99	26	15	16	40	1.89
159183--159207	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
160193--160250	31	1.9	31	85	3	82	32	5	15	46	1.68
169231--169276	22	2.2	22	88	7	69	28	19	10	41	1.85
172126--172199	22	3.4	22	96	0	139	36	4	12	47	1.60
181687--181966	38	7.5	36	71	20	121	43	2	6	47	1.42
181718--181781	29	2.2	29	97	0	119	45	3	7	43	1.48
181684--181819	67	2.0	68	88	7	206	44	3	6	45	1.47
181692--181843	67	2.3	63	82	11	171	46	3	5	45	1.42
181832--181900	13	5.0	13	83	16	86	40	1	5	52	1.34
181744--181965	38	5.7	38	78	17	183	42	1	6	49	1.38
181959--182015	3	19.3	3	76	20	50	28	1	0	70	0.98
181959--182012	16	3.4	16	78	16	60	27	1	0	70	0.98
183035--183059	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
184038--184134	29	3.3	29	82	8	81	41	5	18	35	1.73
184056--184134	29	2.6	30	84	8	97	43	5	18	32	1.72
185302--185340	20	2.0	20	85	10	53	28	0	30	41	1.57
187071--187104	12	2.7	13	90	4	52	52	0	20	26	1.46
187134--187216	39	2.1	39	86	0	112	25	6	16	51	1.67
190519--190549	16	1.9	16	93	0	53	19	9	16	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190726--190757	10	3.3	10	95	4	57	0	6	18	75	1.01
197744--197792	20	2.5	20	93	3	82	55	18	20	6	1.64
218592--218623	15	2.1	16	88	11	50	18	12	3	65	1.38
220205--220235	15	2.1	14	94	5	53	35	29	3	32	1.73
221023--221053	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
221665--221846	56	3.3	56	83	6	228	41	13	14	29	1.85
221883--221907	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
222218--222324	56	1.9	56	83	7	137	36	16	11	35	1.85
226017--226065	22	2.3	21	83	13	64	75	6	0	18	1.00
226505--226557	21	2.7	18	71	18	52	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14