genome.fa.s7725.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007725.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109972_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3026330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816695--2817347	274	2.4	274	84	4	832	33	18	11	36	1.87
2826895--2826937	5	8.6	5	89	0	68	18	2	60	18	1.47
2827758--2827794	14	2.6	14	95	0	65	18	8	40	32	1.80
2828998--2829037	21	1.9	21	85	10	55	57	0	7	35	1.27
2829228--2829265	20	2.0	19	90	10	60	50	10	21	18	1.76
2829770--2829883	20	5.7	20	80	7	97	32	24	16	26	1.96
2829771--2829883	40	2.8	40	75	16	117	31	24	16	26	1.96
2830049--2830091	22	2.0	22	90	0	68	20	46	16	16	1.84
2830355--2830397	20	2.2	20	91	0	68	9	18	20	51	1.74
2832324--2832417	19	5.5	19	65	31	68	45	21	21	11	1.83
2832324--2832412	33	2.7	33	96	0	160	47	21	20	11	1.81
2832424--2832503	33	2.4	33	93	0	133	11	18	22	47	1.80
2832445--2832503	19	3.4	19	70	29	67	13	20	20	45	1.84
2832488--2832542	20	2.8	20	94	2	94	16	29	23	30	1.96
2834572--2834636	19	3.7	19	82	15	86	47	18	20	13	1.82
2834662--2834730	20	3.5	20	91	0	120	15	21	24	37	1.93
2834643--2834749	40	3.0	33	76	19	106	14	24	22	38	1.92
2835099--2835171	20	3.7	20	94	0	128	31	20	27	20	1.97
2835090--2835171	40	2.0	40	90	0	128	29	19	28	23	1.98
2835268--2835314	22	2.1	22	96	0	85	29	31	8	29	1.87
2838422--2838463	20	2.2	19	91	4	66	35	19	21	23	1.96
2838429--2838579	19	8.6	19	65	22	80	43	19	23	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838449--2838576	33	3.8	33	85	2	175	45	18	22	13	1.84
2838449--2838580	67	2.0	66	90	1	210	44	18	22	13	1.85
2838576--2838651	19	4.3	19	79	16	83	11	18	23	46	1.82
2838616--2838659	19	2.3	19	88	0	61	15	20	18	45	1.85
2838758--2838796	14	2.8	13	88	11	60	46	17	0	35	1.49
2842458--2842541	19	4.6	19	80	15	106	47	19	21	11	1.81
2842550--2842605	14	3.6	14	74	21	58	12	21	23	42	1.86
2842542--2842626	33	2.5	33	94	1	143	12	22	22	42	1.87
2842564--2842632	20	3.8	19	70	20	67	13	21	21	43	1.86
2843175--2843268	20	4.7	20	82	2	125	20	20	19	40	1.92
2843175--2843268	41	2.3	40	87	1	125	20	20	19	40	1.92
2843152--2843312	20	7.9	21	74	10	120	26	19	19	34	1.96
2843298--2843354	20	2.7	22	73	13	66	19	17	22	40	1.91
2843218--2843412	82	2.4	82	78	9	193	27	18	21	32	1.97
2847346--2847475	48	2.7	49	96	2	244	59	19	7	13	1.58
2848259--2848304	23	2.0	23	83	12	58	30	0	2	67	1.03
2848667--2848724	29	2.0	29	89	0	89	13	36	27	22	1.92
2848767--2848799	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
2848781--2848861	33	2.5	33	87	4	110	25	27	38	8	1.85
2848869--2848924	29	1.9	29	88	0	85	19	28	35	16	1.93
2850359--2850403	23	2.0	23	90	0	72	64	13	6	15	1.47
2850366--2850411	23	2.0	23	83	8	58	63	19	6	10	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2850878--2850913	16	2.2	16	95	0	63	30	27	16	25	1.97
2851022--2851106	35	2.4	36	90	2	127	35	14	21	29	1.92
2856338--2856376	16	2.6	14	84	15	51	74	0	0	25	0.82
2870254--2870290	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2871034--2871061	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2874307--2874404	21	4.7	21	70	18	71	32	23	19	24	1.97
2874446--2874481	5	7.4	5	90	3	56	36	19	41	2	1.66
2875104--2875240	21	6.6	21	78	9	138	30	24	21	23	1.99
2875249--2875385	21	6.6	21	86	5	197	21	21	25	30	1.99
2875230--2875365	41	3.3	41	86	10	213	22	22	22	32	1.98
2875113--2875364	83	3.0	83	81	6	237	26	23	22	28	1.99
2875230--2875385	83	1.9	83	100	0	312	22	21	24	31	1.98
2875610--2875678	31	2.2	31	89	0	102	30	11	14	43	1.81
2876400--2876670	135	2.0	135	92	0	452	30	17	17	33	1.94
2876934--2877013	39	2.1	38	81	9	92	51	3	0	45	1.19
2878640--2878679	21	2.0	20	85	14	55	50	0	7	42	1.30
2879855--2879893	20	2.0	20	89	0	60	28	15	35	20	1.93
2884072--2884124	24	2.2	25	89	3	81	49	16	3	30	1.64
2885816--2885854	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
2892195--2892268	37	2.0	37	94	0	130	35	16	5	43	1.71
2892381--2892427	23	2.0	23	83	0	58	57	2	4	36	1.30
2896317--2896399	38	2.2	38	91	0	130	33	25	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897041--2897092	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2897022--2897259	122	2.0	122	88	6	358	31	21	19	28	1.97
2897026--2897234	41	5.1	41	68	14	126	32	20	20	26	1.97
2897041--2897236	20	9.6	20	75	8	130	33	19	20	25	1.97
2897777--2897825	20	2.5	20	100	0	98	38	26	20	14	1.91
2897774--2897874	20	5.5	19	74	12	68	46	24	17	10	1.80
2897906--2897963	20	2.9	20	80	14	66	15	22	18	43	1.88
2900061--2900174	42	2.7	40	81	5	102	23	35	18	22	1.96
2901531--2901566	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2901705--2901748	19	2.3	19	80	7	54	47	18	13	20	1.82
2901752--2901874	33	3.7	33	85	8	178	18	22	17	40	1.91
2904165--2904189	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2904364--2904417	24	2.2	24	93	0	90	42	20	14	22	1.88
2904364--2904431	24	2.8	24	86	0	64	39	20	14	25	1.91
2905407--2905503	19	5.6	18	68	24	75	44	20	23	11	1.84
2905407--2905500	33	2.8	33	93	0	152	44	20	23	11	1.84
2905500--2905557	19	3.3	19	73	26	65	10	17	25	46	1.79
2905500--2905655	33	4.7	33	91	2	224	11	21	23	44	1.84
2905548--2905636	14	5.6	14	71	23	70	11	24	20	43	1.84
2905531--2905623	19	5.4	18	71	23	85	11	22	19	46	1.82
2907636--2907703	20	3.5	20	81	2	84	39	23	22	14	1.91
2907692--2907812	14	7.7	14	70	21	80	50	22	16	10	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2907676--2907819	32	4.4	33	91	0	229	49	21	17	11	1.78
2907831--2907922	33	2.8	33	91	0	148	13	18	20	47	1.81
2907838--2907922	14	5.1	17	68	25	65	11	18	21	48	1.80
2907909--2907961	20	2.7	20	90	0	79	13	20	24	41	1.88
2909789--2909847	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
2910103--2910142	22	1.9	21	90	10	64	25	15	40	20	1.90
2910102--2910150	22	2.3	20	82	6	62	24	12	38	24	1.90
2910321--2910435	20	5.7	20	74	9	90	25	18	22	33	1.96
2910506--2910546	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
2918882--2918921	20	2.0	20	85	0	53	45	5	2	47	1.38
2929786--2929822	19	1.9	19	94	0	65	40	2	29	27	1.70
2930221--2930290	21	3.4	21	73	15	74	34	24	20	21	1.97
2930218--2930296	40	2.0	40	94	0	140	36	21	18	22	1.95
2930238--2930301	19	3.3	19	74	8	74	35	20	20	23	1.96
2930466--2930532	19	3.5	19	95	2	116	22	14	28	34	1.94
2937430--2937463	17	2.0	17	88	0	50	52	0	2	44	1.16
2941468--2941625	20	7.8	20	72	7	86	39	24	16	18	1.91
2941593--2941821	20	11.4	20	79	5	212	37	24	17	20	1.94
2942514--2942560	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2942735--2942759	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2945056--2945289	72	3.3	72	81	8	295	46	17	22	13	1.83
2945042--2945311	53	5.1	52	90	8	415	46	17	22	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2945023--2945316	72	4.2	68	78	13	276	45	18	22	13	1.85
2945042--2945311	105	2.6	105	91	7	426	46	17	22	13	1.83
2945288--2945403	53	2.2	52	84	3	151	19	23	18	38	1.93
2945326--2945413	19	4.8	19	79	14	114	14	22	14	47	1.81
2945504--2945540	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2947461--2947619	19	8.6	19	82	7	175	45	23	19	10	1.81
2947461--2947614	52	2.8	55	87	5	197	46	24	18	10	1.80
2947631--2947689	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
2947615--2947738	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
2947615--2947706	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14