genome.fa.s7725.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007725.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109972_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3026330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321120--2321205	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
2324506--2324538	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
2324608--2324672	16	4.1	16	89	0	103	56	23	12	7	1.61
2324604--2324678	10	7.7	10	71	24	54	57	21	12	9	1.62
2325776--2325804	14	2.1	14	100	0	58	48	27	17	6	1.72
2329585--2329631	20	2.3	20	86	10	69	34	0	0	65	0.93
2333766--2333812	20	2.3	20	86	10	69	34	0	0	65	0.93
2343656--2343693	19	2.1	17	90	9	58	57	2	0	39	1.12
2348451--2348491	17	2.4	17	95	0	73	48	0	0	51	1.00
2354685--2354722	17	2.2	17	100	0	76	60	7	10	21	1.54
2354837--2354874	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2357273--2357392	31	3.9	31	87	8	172	36	20	18	25	1.94
2361271--2361301	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
2363060--2363107	24	2.0	24	100	0	96	33	20	16	29	1.95
2366529--2366599	29	2.5	28	82	8	81	30	25	4	39	1.75
2368630--2368661	15	2.0	17	88	11	50	31	15	6	46	1.71
2369240--2369282	15	2.8	16	82	10	54	44	4	0	51	1.22
2374088--2374121	10	3.4	10	92	8	52	38	32	17	11	1.86
2374117--2374191	33	2.3	33	85	0	96	24	26	36	13	1.92
2374228--2374312	33	2.6	33	90	0	125	8	36	28	27	1.85
2374232--2374386	10	14.1	10	66	15	58	10	32	30	25	1.89
2374294--2374326	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374316--2374364	20	2.5	20	93	0	80	12	28	32	26	1.92
2375240--2375292	22	2.5	21	81	6	61	69	7	0	22	1.13
2389456--2389500	24	1.9	23	86	4	63	22	8	37	31	1.85
2395103--2395162	30	2.0	30	90	0	93	41	28	10	20	1.84
2401050--2401202	32	4.9	31	81	9	193	32	16	18	31	1.94
2401048--2401226	31	5.7	31	80	9	202	31	17	19	31	1.95
2401048--2401202	63	2.5	63	98	0	301	32	16	19	31	1.94
2405979--2406142	80	2.0	80	100	0	328	42	13	14	30	1.83
2409773--2409824	22	2.3	23	83	6	63	59	0	0	40	0.97
2430831--2430866	14	2.6	14	100	0	72	33	19	30	16	1.94
2439386--2439412	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
2441268--2441341	33	2.3	33	83	4	89	39	2	4	54	1.34
2442177--2442287	56	2.0	55	98	1	213	32	18	9	40	1.81
2442929--2442963	16	2.2	16	90	5	54	57	2	0	40	1.14
2443036--2443106	36	2.1	34	92	7	117	40	0	11	47	1.39
2443973--2444063	40	2.2	42	94	3	159	32	17	16	32	1.93
2444852--2444920	30	2.4	30	90	7	108	46	0	0	53	1.00
2444850--2444923	25	2.9	26	81	16	77	44	0	0	55	0.99
2449853--2449910	20	2.9	20	94	5	100	44	10	20	24	1.82
2450068--2450141	37	2.0	37	82	7	89	47	4	1	47	1.29
2450896--2450945	14	3.6	14	71	15	50	54	16	18	12	1.72
2450895--2450958	27	2.3	28	89	2	94	56	15	17	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451177--2451416	20	11.9	20	76	11	161	39	22	21	17	1.92
2451235--2451429	40	4.8	41	87	6	258	37	23	22	16	1.94
2451239--2451429	20	9.4	20	78	11	165	36	24	21	17	1.94
2451537--2451658	6	21.2	6	93	6	209	33	50	15	0	1.44
2452391--2452427	6	6.2	6	100	0	74	0	16	48	35	1.46
2452462--2452541	20	4.1	20	77	1	72	16	17	16	50	1.79
2452674--2452730	14	4.4	14	70	20	52	57	15	14	12	1.65
2454417--2454461	23	2.0	23	82	8	56	33	2	55	8	1.43
2455080--2455459	190	2.0	190	97	2	719	33	13	13	39	1.84
2456516--2456550	17	2.0	18	94	5	63	34	14	17	34	1.90
2457765--2457836	29	2.4	30	88	4	110	34	8	1	55	1.39
2459045--2459076	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2459155--2459197	20	2.0	22	86	8	63	41	11	0	46	1.40
2459333--2459370	7	5.3	7	90	3	58	23	0	28	47	1.52
2463316--2463344	15	1.9	15	100	0	58	41	0	13	44	1.44
2485826--2485897	31	2.3	32	85	2	92	26	33	26	13	1.94
2486714--2486784	9	7.4	9	76	9	61	28	29	26	15	1.96
2486747--2486785	20	1.9	21	89	5	62	30	25	25	17	1.97
2492909--2492993	31	2.7	31	81	1	98	25	29	29	15	1.96
2492870--2492993	63	2.0	63	82	6	153	26	28	27	17	1.98
2493865--2493902	7	5.4	7	93	0	67	28	28	26	15	1.96
2493899--2493956	5	10.8	5	75	14	53	6	24	51	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493895--2493956	22	2.8	22	97	0	115	9	25	48	16	1.76
2493953--2494022	9	7.3	9	75	9	50	27	28	28	15	1.96
2493959--2494022	19	3.3	19	83	12	69	28	29	26	15	1.96
2493985--2494023	20	1.9	21	94	5	71	28	25	28	17	1.98
2495192--2495229	19	2.0	19	100	0	76	68	5	21	5	1.29
2495579--2495613	18	1.9	18	94	0	61	25	17	17	40	1.90
2496880--2496984	41	2.5	43	81	3	115	27	9	6	56	1.56
2496880--2497140	42	6.2	41	72	7	148	27	11	6	54	1.60
2497034--2497125	43	2.2	42	82	3	105	25	14	6	54	1.63
2499290--2499417	64	2.0	64	95	0	229	47	17	7	26	1.75
2499438--2499524	34	2.6	34	92	0	147	29	1	29	39	1.65
2507712--2507763	3	17.7	3	77	18	56	61	0	1	36	1.07
2507714--2507760	12	4.1	11	84	10	67	61	0	2	36	1.08
2507888--2507977	47	1.9	47	86	4	128	34	23	18	23	1.96
2507919--2508139	76	2.9	76	97	0	424	34	23	19	22	1.96
2508071--2508184	45	2.5	45	89	2	174	32	23	21	21	1.98
2508006--2508260	121	2.1	121	96	1	467	34	23	20	22	1.97
2508127--2508866	76	9.8	76	96	0	1349	34	23	18	23	1.96
2507888--2508336	197	2.3	197	94	1	783	34	23	19	22	1.96
2508127--2508866	227	3.3	228	96	0	1333	34	23	18	23	1.96
2508799--2509003	45	4.5	46	85	3	288	34	20	20	24	1.97
2508799--2509003	91	2.2	91	90	0	320	34	20	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509724--2509802	22	3.6	22	89	0	131	40	12	12	34	1.81
2514593--2514646	17	3.2	16	78	19	56	5	20	0	74	1.02
2514608--2514640	10	3.4	10	83	8	50	6	15	0	78	0.93
2514608--2514646	18	2.1	19	95	4	71	5	15	0	79	0.90
2514602--2514658	17	3.4	15	75	20	51	7	17	0	75	1.02
2517508--2517597	36	2.5	36	78	7	94	55	10	16	17	1.68
2522083--2522140	3	19.7	3	78	16	59	60	0	3	36	1.14
2522084--2522134	27	1.9	27	88	4	77	60	0	3	35	1.15
2522311--2522335	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2522505--2522534	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
2522504--2522536	13	2.5	13	86	13	50	51	0	0	48	1.00
2524733--2524780	25	1.9	25	95	0	87	16	14	14	54	1.72
2525993--2526091	49	2.0	49	100	0	198	55	10	2	32	1.45
2526207--2526264	25	2.3	25	90	0	89	18	36	1	43	1.61
2526537--2526672	71	1.9	71	93	3	238	27	27	27	17	1.98
2528699--2528842	71	2.0	72	98	1	281	36	26	13	23	1.93
2535206--2535245	14	2.9	14	100	0	80	45	5	22	27	1.73
2540630--2540736	33	3.4	33	81	13	136	42	34	8	14	1.75
2540637--2540720	28	2.8	30	85	8	109	47	28	5	17	1.71
2541465--2541530	31	2.2	29	75	12	71	54	4	1	39	1.30
2542168--2542214	24	2.0	24	86	0	67	46	2	0	51	1.13
2548676--2548728	24	2.2	24	79	0	61	41	3	5	49	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549504--2550278	390	2.0	389	94	4	1379	31	16	27	24	1.96
2550970--2551096	59	2.1	60	84	4	159	40	5	18	36	1.74
2555560--2555656	31	3.2	31	67	11	83	42	5	16	36	1.71
2555474--2555655	60	3.0	60	77	11	178	39	6	19	35	1.77
2561262--2561322	30	2.0	30	96	0	113	27	13	6	52	1.64
2561393--2561696	122	2.5	121	78	6	330	43	8	17	30	1.79
2564395--2564592	99	2.0	99	97	0	378	37	21	17	22	1.94
2566705--2566735	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2566904--2566955	13	3.9	13	75	22	54	48	3	0	48	1.20
2567681--2567766	29	3.0	29	82	1	111	15	29	39	16	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14