genome.fa.s7725.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007725.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109972_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3026330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568025--2568111	31	2.9	29	78	6	102	17	37	31	13	1.89
2568211--2568297	29	3.0	29	84	0	120	17	41	27	13	1.87
2568017--2568380	181	2.0	181	96	3	671	18	40	26	14	1.89
2568407--2568465	29	2.0	29	86	0	82	10	33	32	23	1.88
2568421--2568495	29	2.6	29	80	4	80	16	25	38	20	1.92
2571800--2571847	21	2.3	21	88	0	69	45	12	14	27	1.81
2576340--2576381	21	2.0	21	100	0	84	42	14	19	23	1.87
2577484--2577532	19	2.8	16	80	17	53	61	0	4	34	1.15
2590586--2590618	17	1.9	17	93	0	57	6	39	27	27	1.80
2590666--2590739	10	7.0	10	69	22	53	22	33	29	13	1.93
2590686--2590739	20	2.7	20	91	0	81	24	31	29	14	1.95
2590736--2590843	33	3.3	33	98	0	207	25	25	41	8	1.83
2590847--2590902	29	1.9	29	96	0	103	19	30	37	12	1.89
2590961--2591017	29	2.0	29	93	6	98	21	31	35	12	1.90
2592409--2592591	2	94.0	2	77	5	133	1	61	0	37	1.03
2615116--2615364	122	2.0	122	96	2	466	35	10	12	41	1.76
2615455--2615811	173	2.1	172	96	1	651	40	10	12	36	1.77
2616285--2616420	68	2.0	68	100	0	272	33	14	14	36	1.87
2628213--2628268	8	7.2	8	75	22	57	42	0	0	57	0.99
2628219--2628277	30	1.9	31	96	3	111	40	0	0	59	0.97
2629041--2629071	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2636985--2637028	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2638933--2638994	3	21.0	3	83	9	65	64	1	4	29	1.23
2640884--2640948	30	2.2	29	83	8	78	49	29	6	15	1.68
2641375--2641600	120	1.9	120	92	3	384	39	2	6	51	1.39
2641683--2641728	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2641986--2642021	17	2.1	17	89	0	54	58	0	2	38	1.13
2645122--2645146	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
2648273--2648311	20	2.0	19	85	14	53	15	7	25	51	1.70
2647978--2648491	257	2.0	256	85	6	707	29	11	18	40	1.85
2651066--2651201	68	2.0	68	94	0	236	35	6	8	50	1.58
2654878--2654936	30	2.0	29	93	3	100	42	28	15	13	1.85
2655619--2655670	24	2.1	26	85	7	72	38	3	23	34	1.73
2655613--2655673	26	2.3	27	75	16	65	39	3	19	37	1.68
2657508--2657541	15	2.2	16	89	5	52	23	0	23	52	1.47
2659128--2659173	24	1.9	25	82	8	60	45	0	2	52	1.13
2659369--2659409	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2663293--2663386	31	3.1	30	80	9	109	54	7	15	22	1.66
2668349--2668646	20	14.6	20	77	7	161	39	19	23	17	1.92
2668453--2668635	83	2.2	83	90	0	285	36	18	26	19	1.94
2668453--2668644	40	4.7	40	81	5	231	36	18	26	19	1.94
2668734--2668778	6	7.5	6	100	0	90	33	51	15	0	1.44
2668841--2668901	6	10.5	6	94	1	99	1	16	52	29	1.53
2669011--2669221	20	10.4	20	89	3	287	20	26	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2669024--2669242	103	2.1	103	88	0	330	21	25	17	35	1.95
2669256--2669309	20	2.7	20	94	0	90	11	18	18	51	1.74
2669296--2669346	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2672582--2672639	29	2.0	29	86	0	80	13	34	27	24	1.93
2672678--2672715	20	1.9	20	94	0	67	26	36	26	10	1.89
2672716--2672800	33	2.6	33	88	3	118	25	27	38	8	1.84
2672889--2672950	29	2.1	29	96	0	115	20	27	35	16	1.94
2673577--2673875	163	1.8	164	89	3	469	42	9	9	38	1.69
2675855--2675897	20	2.3	19	88	8	61	34	25	9	30	1.87
2684891--2684942	21	2.5	21	93	0	86	75	7	7	9	1.21
2685072--2685106	15	2.3	15	85	0	52	42	0	0	57	0.99
2686433--2686537	3	35.0	3	100	0	210	66	0	0	33	0.92
2688447--2688480	11	3.1	11	86	0	50	67	0	0	32	0.91
2693802--2693922	61	2.0	61	98	0	233	42	9	13	33	1.77
2705074--2705115	22	1.9	22	95	0	75	52	9	9	28	1.65
2705679--2705825	59	2.5	59	84	5	181	31	21	6	40	1.78
2711762--2711864	52	2.0	53	90	1	163	33	15	28	22	1.94
2720548--2720604	30	1.9	30	92	0	96	42	21	7	29	1.79
2720842--2720907	31	2.1	31	97	0	123	45	21	13	19	1.85
2728796--2728849	21	2.6	21	93	0	90	29	27	22	20	1.98
2728858--2728952	21	4.6	21	76	17	90	23	22	24	30	1.99
2728833--2728952	62	1.9	62	83	9	156	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728878--2728955	41	1.9	41	86	5	113	21	21	21	34	1.97
2728858--2728968	21	5.2	21	74	8	82	24	22	21	31	1.98
2729050--2729094	6	7.7	6	92	2	74	31	51	15	2	1.56
2729695--2729753	21	2.8	20	73	16	57	30	20	22	27	1.98
2729755--2729823	20	3.4	20	77	18	88	24	20	18	36	1.95
2729744--2729827	41	2.0	41	97	0	159	25	21	19	34	1.96
2729765--2730004	21	11.0	23	70	24	125	24	21	23	30	1.99
2729840--2730018	62	2.9	63	82	10	240	22	21	26	30	1.99
2729840--2729998	83	1.9	83	89	2	248	22	21	25	30	1.99
2729837--2730018	21	8.7	21	83	8	237	23	20	26	29	1.99
2745823--2745857	18	1.9	18	94	0	61	48	17	17	17	1.81
2746043--2746099	16	3.6	16	76	9	62	17	22	21	38	1.93
2753530--2753655	60	2.1	60	88	4	184	52	11	4	31	1.58
2753886--2753925	18	2.2	19	86	4	55	50	2	0	47	1.14
2755609--2755696	46	1.9	46	88	0	131	28	20	14	36	1.92
2756879--2756908	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2762111--2762162	23	2.2	23	82	3	59	36	7	13	42	1.73
2764458--2764488	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2764719--2764791	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
2765362--2765524	65	2.5	65	82	6	181	27	19	19	33	1.96
2771685--2771753	18	3.7	18	81	7	84	30	31	18	18	1.96
2771680--2771756	38	2.0	38	92	0	127	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775379--2775445	23	2.9	23	78	14	75	22	2	10	64	1.39
2777080--2777152	35	2.1	35	97	0	137	30	8	27	34	1.86
2783595--2783664	3	23.3	3	88	0	95	64	5	0	30	1.17
2784450--2784528	39	2.0	39	100	0	158	41	10	22	25	1.85
2788999--2789057	31	1.9	31	89	0	91	38	16	16	27	1.91
2789002--2789068	31	2.2	31	83	0	80	37	19	11	31	1.88
2790153--2790185	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
2790541--2790580	18	2.2	18	86	8	55	12	30	12	45	1.79
2790716--2790749	18	1.9	17	88	5	50	11	26	8	52	1.67
2790867--2791230	195	1.9	194	83	4	482	22	23	17	35	1.95
2790824--2792394	495	3.2	489	89	2	2424	22	23	18	34	1.96
2791961--2792823	429	2.0	429	93	0	1458	23	22	19	34	1.97
2792760--2793124	195	1.9	195	79	4	414	23	22	17	36	1.95
2791504--2793312	918	2.0	921	93	0	3086	22	23	19	34	1.96
2792390--2793619	489	2.5	489	92	0	2113	22	23	18	35	1.96
2793779--2793812	18	1.9	17	88	5	50	11	26	8	52	1.67
2793948--2795024	339	3.2	336	81	5	1222	25	23	14	35	1.94
2794772--2795318	294	1.9	294	85	3	760	22	25	15	36	1.94
2795220--2795868	320	2.0	320	84	2	845	23	24	16	35	1.95
2796209--2798139	276	7.1	275	88	3	2755	20	25	16	37	1.93
2798546--2798737	39	4.9	40	82	4	187	24	31	16	27	1.96
2798546--2798747	78	2.6	78	78	6	212	25	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802973--2803009	14	2.6	14	95	4	65	8	21	8	62	1.49
2805583--2805623	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2805693--2806027	36	9.5	34	69	17	143	45	3	6	44	1.46
2805697--2805811	35	3.4	34	78	9	101	47	2	6	43	1.41
2805718--2805894	72	2.5	68	82	7	210	44	3	6	44	1.49
2805927--2806027	33	2.9	35	76	13	100	44	2	6	45	1.45
2805927--2806028	34	2.9	34	77	11	100	45	2	6	45	1.45
2807357--2807394	20	1.9	20	84	10	51	28	2	0	68	1.03
2808335--2808482	31	4.9	30	64	18	83	40	3	22	33	1.71
2808335--2808564	61	3.8	60	83	5	270	42	4	20	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14