genome.fa.s7725.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007725.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109972_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3026330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102276--2102390	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2102283--2102395	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2102407--2102461	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2102418--2102487	18	4.1	18	71	16	58	11	25	20	42	1.85
2102579--2102649	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2102829--2102883	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2103025--2103217	60	3.2	60	82	2	237	19	19	25	35	1.95
2103025--2103217	20	9.6	20	81	6	212	19	19	25	35	1.95
2103210--2103286	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2103272--2103323	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2106987--2107035	24	2.0	24	88	0	71	55	20	14	10	1.68
2107004--2107043	14	2.9	14	76	0	53	62	17	10	10	1.53
2109141--2109174	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
2109262--2109302	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2120931--2121120	23	8.2	23	78	4	168	23	18	23	35	1.96
2120951--2121106	47	3.3	47	78	5	138	21	19	23	34	1.96
2121494--2121603	45	2.6	43	81	8	145	52	11	12	22	1.72
2122427--2122452	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2132244--2132293	14	3.6	14	89	2	66	22	2	10	66	1.32
2132221--2132302	28	3.0	27	75	13	69	23	2	9	64	1.35
2134044--2134095	20	2.6	20	93	0	95	28	23	25	23	1.99
2139018--2139053	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143227--2143256	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2147699--2147748	25	2.0	25	84	7	66	62	0	0	38	0.96
2147919--2148036	38	3.1	39	77	12	111	44	2	17	35	1.63
2150010--2150034	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2150142--2150172	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2150170--2150207	15	2.6	15	83	4	51	73	2	0	23	0.95
2151029--2151715	102	6.6	102	92	2	1034	21	17	26	33	1.96
2151029--2151715	206	3.3	206	91	2	1074	21	17	26	33	1.96
2151029--2151671	308	2.1	310	92	1	1065	22	17	26	33	1.96
2152317--2152474	68	2.4	66	84	6	203	36	8	22	32	1.85
2152450--2152573	36	3.4	36	82	6	160	40	13	20	25	1.89
2153536--2153579	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
2154179--2154237	12	5.0	11	81	18	66	0	10	5	84	0.76
2154179--2154237	8	7.4	8	80	16	61	0	10	5	84	0.76
2154167--2154237	23	3.0	22	75	18	63	0	12	5	81	0.85
2154192--2154237	11	4.3	11	78	15	51	0	8	6	84	0.77
2154210--2154251	18	2.4	18	84	4	50	2	14	4	78	1.01
2154167--2154246	30	2.5	33	80	15	96	0	15	6	78	0.93
2157276--2157309	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
2157275--2157309	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
2157778--2157808	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2171951--2172055	48	2.2	48	92	0	174	47	6	19	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173427--2173496	31	2.3	31	94	0	122	18	17	10	54	1.70
2173675--2173718	20	2.3	19	84	7	54	54	0	4	40	1.21
2173674--2173707	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
2173706--2173780	24	3.0	24	73	13	71	48	2	5	44	1.39
2180158--2180206	25	2.0	25	100	0	98	30	12	40	16	1.85
2185332--2185365	6	5.7	6	96	0	50	8	32	17	41	1.80
2185329--2185365	12	3.1	12	92	0	56	8	35	16	40	1.78
2189341--2189500	64	2.5	64	84	8	193	31	20	22	26	1.98
2189404--2189519	19	5.7	19	72	23	85	31	18	25	24	1.98
2189404--2189584	83	2.2	83	82	2	211	32	20	21	24	1.98
2189891--2189926	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
2190070--2190113	15	2.9	15	86	0	61	22	22	27	27	1.99
2190071--2190118	15	3.2	15	84	0	60	20	20	29	29	1.98
2196239--2196402	64	2.6	63	83	10	185	31	19	21	26	1.97
2196286--2196462	64	2.8	64	84	5	207	32	22	19	25	1.98
2196768--2196803	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
2196800--2196850	24	2.2	23	82	10	59	47	5	23	23	1.73
2198612--2198773	64	2.5	63	82	9	168	33	19	21	25	1.97
2199388--2199464	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
2203015--2203259	118	2.1	119	93	3	422	26	8	26	37	1.85
2204291--2204536	119	2.0	120	94	3	433	26	8	26	37	1.85
2204845--2204896	25	2.1	24	82	10	61	42	1	3	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208624--2208653	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2209722--2209800	21	3.8	20	77	15	74	30	22	21	25	1.99
2209918--2209949	6	5.5	6	96	3	57	31	53	15	0	1.43
2210558--2210625	21	3.2	21	82	0	82	23	17	25	33	1.96
2210635--2210749	21	5.5	21	82	2	124	26	22	22	28	1.99
2211427--2211455	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
2212925--2213019	43	2.2	43	92	0	154	37	34	9	17	1.83
2213139--2213253	24	4.8	24	88	4	160	40	18	15	26	1.90
2213163--2213271	24	4.5	24	81	11	89	41	17	15	25	1.89
2213169--2213271	48	2.1	48	84	7	129	41	17	15	25	1.88
2239540--2239616	38	2.1	37	85	7	102	46	2	1	49	1.23
2241700--2241768	29	2.3	30	95	2	122	13	15	21	49	1.79
2244693--2244759	24	2.8	24	90	0	107	25	11	46	16	1.81
2266232--2266265	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2267273--2267327	27	2.0	27	93	6	94	27	7	20	45	1.77
2268464--2268488	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2271282--2271326	24	1.9	23	82	13	56	55	13	4	26	1.57
2273609--2273687	38	2.1	38	97	0	149	43	7	17	31	1.77
2279354--2279386	16	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
2284800--2284840	3	14.0	3	80	14	50	34	0	0	65	0.93
2284793--2284840	24	2.0	24	83	0	60	31	2	2	64	1.16
2284800--2284839	21	1.9	21	89	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292070--2292101	4	8.5	4	86	13	50	50	21	0	28	1.49
2292068--2292109	22	2.0	21	90	4	66	50	19	2	28	1.60
2292552--2292791	105	2.3	103	84	7	299	30	19	12	37	1.88
2292753--2292856	36	3.0	35	80	6	115	32	20	11	35	1.88
2293094--2293197	29	3.7	29	88	5	160	29	8	15	46	1.76
2293094--2293212	29	4.2	27	87	6	107	30	8	14	47	1.73
2293260--2293460	64	3.1	65	81	5	210	30	11	12	45	1.77
2293696--2293721	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2293809--2293869	31	2.0	30	81	12	70	34	14	9	40	1.79
2293862--2293905	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
2294070--2294095	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2294180--2294259	35	2.2	36	82	8	92	42	20	8	28	1.81
2294537--2294822	43	6.6	44	71	11	171	26	30	19	22	1.98
2294523--2294812	130	2.2	129	90	1	463	27	30	20	22	1.98
2294523--2294861	130	2.6	129	86	3	457	26	29	19	23	1.98
2295061--2295101	3	14.0	3	80	14	50	34	0	0	65	0.93
2295054--2295101	24	2.0	24	83	0	60	31	2	2	64	1.16
2295061--2295100	21	1.9	21	89	0	62	32	0	0	67	0.91
2298096--2298125	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2304028--2304104	31	2.5	31	85	2	102	22	12	16	48	1.80
2304028--2304095	30	2.2	30	89	2	100	22	11	16	50	1.77
2304403--2304434	13	2.5	13	89	0	55	12	43	6	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306694--2306735	11	3.8	11	78	9	50	61	0	9	28	1.27
2309817--2309843	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2313416--2313448	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2316718--2316787	3	24.0	3	88	11	110	67	0	32	0	0.91
2316718--2316787	22	3.1	22	91	8	115	67	0	32	0	0.91
2316718--2316798	25	3.2	25	87	8	110	65	1	33	0	1.01
2319791--2319857	33	2.0	33	85	0	89	43	22	1	32	1.62
2320813--2320873	26	2.3	26	82	5	68	45	1	3	49	1.28
2320953--2320986	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2321109--2321151	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14