genome.fa.s7754.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3698414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  1  of  15  ( 1710 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15701--15741	18	2.3	18	87	4	57	60	4	4	29	1.38
17809--17972	70	2.4	69	80	11	185	40	13	17	28	1.87
26878--27151	29	9.4	29	100	0	548	34	10	24	30	1.89
27648--27689	21	2.0	21	86	9	59	33	11	2	52	1.51
28335--28509	60	2.9	59	80	8	165	36	19	4	40	1.72
28635--28820	60	3.1	58	81	6	210	40	4	23	30	1.75
29068--29526	112	4.1	113	92	2	729	45	14	14	24	1.82
29398--29852	182	2.5	182	90	1	707	43	12	15	27	1.84
30471--30518	23	2.1	23	96	0	87	37	16	8	37	1.79
43496--43556	30	1.9	30	83	9	77	26	6	8	59	1.51
52440--52489	24	2.1	24	100	0	100	24	38	30	8	1.84
53901--53960	31	1.9	31	96	0	111	31	6	15	46	1.71
55868--55900	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
55971--56031	16	3.8	16	95	0	113	55	22	13	8	1.64
56872--56897	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
57133--57180	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
57120--57174	24	2.3	24	90	0	83	60	16	10	12	1.60
57140--57170	14	2.2	14	94	0	53	54	22	12	9	1.67
57133--57181	24	2.0	24	96	0	89	53	22	14	10	1.71
58952--59013	20	3.1	20	97	0	115	41	9	11	37	1.74
59350--59421	28	2.5	30	80	15	96	52	1	0	45	1.09
59351--59517	29	5.9	27	71	17	94	50	1	0	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59466--59509	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
59470--59526	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
59406--59526	54	2.3	51	77	19	133	50	0	0	47	1.12
59716--59833	42	2.8	42	87	1	166	51	16	13	17	1.76
62047--62101	3	18.7	3	75	17	53	34	0	0	65	0.93
62052--62105	28	2.0	28	85	3	74	33	0	0	66	0.92
62054--62108	17	3.2	16	80	14	65	32	0	0	67	0.91
62047--62104	17	3.2	19	67	23	52	34	0	0	65	0.93
62614--62638	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
69129--69176	16	3.2	16	69	22	50	47	27	2	22	1.62
69606--69905	105	2.9	105	84	3	372	31	16	12	39	1.86
70057--70128	29	2.5	29	86	11	103	27	12	13	45	1.80
70088--70145	30	2.0	29	86	3	80	31	12	12	44	1.78
70120--70244	64	1.9	65	90	1	198	35	12	14	38	1.83
70237--70307	29	2.5	28	82	11	83	35	9	15	39	1.81
70175--70371	92	2.2	89	81	8	218	33	11	13	41	1.80
70174--70371	91	2.2	89	82	6	227	33	11	13	41	1.80
70079--70383	156	1.9	157	84	3	400	32	12	13	41	1.83
71134--71229	28	3.3	28	83	12	106	26	15	13	44	1.83
71339--71675	174	1.9	171	93	4	577	29	29	17	23	1.97
71339--71675	86	3.9	86	94	3	579	29	29	17	23	1.97
71823--71877	3	18.7	3	75	17	53	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71828--71881	28	2.0	28	85	3	74	33	0	0	66	0.92
71830--71884	17	3.2	16	80	14	65	32	0	0	67	0.91
71823--71880	17	3.2	19	67	23	52	34	0	0	65	0.93
73306--73395	29	3.1	29	75	0	81	12	15	11	61	1.57
76639--76678	21	1.9	21	89	0	62	15	27	25	32	1.95
86989--87100	59	1.9	59	84	0	152	28	16	17	36	1.93
88427--88468	21	2.0	21	86	9	59	66	4	14	14	1.40
88427--88470	22	2.0	21	82	8	52	68	4	13	13	1.36
98063--98095	15	2.2	15	100	0	66	12	30	12	45	1.78
102803--102931	40	3.2	40	83	0	177	34	16	16	33	1.91
123110--123233	23	5.3	23	79	4	133	31	23	19	25	1.98
123112--123233	46	2.6	47	90	2	185	31	22	19	26	1.98
123240--123560	103	3.1	103	95	0	570	36	23	13	27	1.91
129034--129158	23	5.3	23	77	2	124	30	23	20	25	1.99
129039--129158	47	2.6	47	93	1	197	30	23	21	25	1.99
129168--129484	103	3.1	103	94	0	555	36	23	12	27	1.91
139789--139840	24	2.2	23	83	10	61	28	9	13	48	1.74
140479--140541	24	2.7	24	82	7	67	25	15	12	46	1.82
169124--169173	21	2.4	21	93	0	82	28	28	22	22	1.99
169184--169364	21	8.7	21	78	10	144	21	19	22	36	1.95
169210--169300	40	2.2	42	92	3	150	19	18	24	37	1.94
169191--169363	63	2.8	62	86	5	244	20	19	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169462--169491	6	5.2	6	92	8	53	33	50	16	0	1.46
170120--170273	21	7.4	21	71	17	117	36	24	19	20	1.95
170141--170318	21	8.6	21	76	11	179	33	26	20	19	1.96
170116--170294	42	4.3	42	97	1	335	35	25	19	20	1.96
170680--170725	2	22.5	2	88	4	65	45	4	2	47	1.34
172934--173111	91	2.0	91	97	0	338	25	24	15	34	1.94
174192--174228	15	2.4	16	86	13	51	18	5	59	16	1.55
175944--175981	9	4.0	10	80	13	53	15	13	0	71	1.16
176629--176740	35	3.2	35	83	5	145	41	22	0	35	1.60
178510--178622	35	3.2	35	83	2	136	35	0	21	42	1.59
183721--183757	18	2.0	19	89	5	58	45	2	2	48	1.30
184121--184229	21	5.2	21	81	7	125	31	22	22	23	1.99
184176--184248	20	3.6	20	79	17	96	35	19	21	23	1.96
184172--184263	41	2.2	41	100	0	184	33	20	21	23	1.97
184172--184274	21	5.0	21	74	18	92	32	20	21	26	1.98
184194--184285	21	4.4	21	71	13	73	34	21	19	23	1.96
194908--195451	118	4.7	117	78	7	497	35	21	8	35	1.83
196538--196587	23	2.2	23	78	3	57	64	0	2	34	1.05
196546--196594	23	2.2	22	86	10	73	63	0	0	36	0.95
198614--198675	26	2.4	25	100	0	88	51	0	3	45	1.17
198615--198659	12	3.6	12	78	21	56	53	0	2	44	1.13
198627--198673	14	3.5	14	78	21	64	51	0	4	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198780--198821	14	2.7	15	82	17	50	59	0	0	40	0.97
198782--198811	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
198782--198821	15	2.5	16	88	8	55	60	0	0	40	0.97
200253--200300	23	2.1	23	88	0	69	35	6	20	37	1.78
200941--201572	182	3.5	181	89	1	901	29	15	11	43	1.82
201443--201790	112	3.1	112	93	0	588	27	14	12	45	1.81
208404--208444	16	2.6	16	88	3	57	31	19	9	39	1.84
213597--213656	31	1.9	31	89	0	93	31	10	5	53	1.56
219962--220946	490	2.0	491	97	0	1864	37	15	19	27	1.92
222186--222244	29	2.0	29	93	0	100	49	11	13	25	1.76
225551--225692	63	2.2	64	80	5	153	35	21	18	25	1.95
226036--226104	30	2.3	30	90	5	104	40	4	21	33	1.73
226330--226398	23	3.0	23	74	4	68	24	26	21	27	1.99
231964--232032	23	3.0	22	87	8	93	20	24	26	28	1.99
234728--234786	29	2.0	29	93	0	100	50	15	10	23	1.74
238743--238799	22	2.6	21	73	15	53	40	1	5	52	1.34
239793--239845	26	2.0	26	100	0	106	50	11	7	30	1.65
243062--243092	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
243283--243349	35	1.9	35	87	0	98	26	20	19	32	1.97
243330--243404	35	2.1	35	87	4	107	21	14	22	41	1.89
253692--253748	3	19.0	3	96	0	105	33	1	0	64	1.04
257123--257372	131	1.9	131	83	3	324	33	10	16	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258279--258305	14	1.9	14	100	0	54	66	7	25	0	1.17
261965--262083	21	5.8	20	80	8	114	36	22	18	21	1.95
261960--262083	42	3.0	41	72	12	126	35	23	17	23	1.95
261965--262102	21	6.7	20	76	12	84	37	23	18	20	1.94
262050--262339	20	14.5	20	82	5	284	37	25	17	20	1.94
262070--262339	60	4.5	60	87	3	321	36	25	17	20	1.94
263022--263068	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
265494--265658	33	4.7	34	80	13	174	47	18	20	13	1.82
265508--265696	19	10.7	19	77	17	210	46	17	20	15	1.85
265494--265696	52	3.9	52	85	10	272	45	18	21	14	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15