genome.fa.s7754.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3698414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463214--2463280	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2468947--2468974	3	9.3	3	100	0	56	32	0	67	0	0.91
2469572--2469667	31	3.1	31	80	7	106	46	4	3	45	1.38
2469590--2469669	30	2.6	30	78	9	90	48	5	1	45	1.32
2478190--2478262	31	2.4	31	81	4	76	38	16	9	35	1.81
2478265--2478305	21	2.0	21	85	0	55	51	9	12	26	1.70
2479108--2479156	20	2.5	19	77	9	53	38	20	20	20	1.93
2479284--2479334	22	2.3	22	96	0	93	21	43	13	21	1.87
2479622--2479685	20	3.2	20	91	4	103	12	17	21	48	1.80
2481390--2481435	21	2.2	21	84	0	56	21	17	26	34	1.95
2481397--2481437	21	2.0	21	90	0	64	19	17	29	34	1.94
2481654--2481695	4	10.5	4	84	0	57	28	0	2	69	1.01
2481862--2481933	21	3.4	21	72	14	76	25	36	18	20	1.95
2482883--2482922	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
2482833--2482972	66	2.2	62	85	7	176	31	0	16	51	1.50
2483272--2483354	39	2.1	39	90	0	130	16	13	21	48	1.81
2483635--2483671	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2484058--2484107	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
2484173--2484239	20	3.3	20	82	0	98	38	22	17	20	1.93
2484184--2484247	20	3.2	20	76	12	69	35	20	20	23	1.96
2484250--2484313	20	3.2	20	82	8	94	17	20	23	39	1.92
2484322--2484366	20	2.2	20	92	0	72	15	17	22	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484657--2484692	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2489095--2489148	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2490040--2490189	19	7.6	20	75	12	114	26	16	24	33	1.96
2491370--2491447	12	6.5	12	69	8	52	32	2	5	60	1.32
2491442--2491474	18	1.9	17	88	11	50	18	9	9	63	1.49
2492055--2492092	20	1.9	20	84	10	51	52	0	7	39	1.31
2492078--2492105	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2492267--2492508	121	2.0	127	84	8	329	50	5	18	26	1.69
2492891--2492926	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2495126--2495168	20	2.2	20	87	4	61	60	2	4	32	1.30
2498324--2498400	32	2.5	31	81	6	93	44	6	5	44	1.52
2501826--2501853	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2505678--2505742	11	6.1	10	81	12	67	30	1	1	66	1.10
2505676--2505738	13	4.4	14	74	20	58	33	1	1	63	1.13
2505678--2505751	11	6.8	11	75	14	55	29	1	1	67	1.07
2505687--2505756	15	4.8	15	71	16	58	28	1	0	70	0.96
2505663--2505764	43	2.3	47	79	19	119	31	1	1	64	1.15
2505697--2505791	25	3.8	24	74	19	77	26	1	1	71	0.99
2505910--2505951	5	8.4	5	82	10	50	14	0	4	80	0.86
2505909--2505951	15	2.9	15	86	10	61	16	0	4	79	0.90
2506952--2506978	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2509660--2509719	19	3.1	19	78	2	57	65	5	1	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509725--2509784	29	2.2	26	79	8	66	50	5	0	45	1.23
2509752--2509815	22	2.9	22	88	11	96	46	4	0	48	1.23
2509820--2510024	39	5.4	38	84	6	263	44	8	3	43	1.51
2509820--2510007	79	2.4	78	88	5	267	44	7	3	43	1.51
2509812--2510024	115	1.8	116	89	3	340	45	8	3	41	1.53
2509781--2510024	76	3.2	75	80	11	284	44	8	3	43	1.51
2510012--2510053	21	2.0	22	85	4	59	45	16	0	38	1.48
2511809--2511839	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2535418--2535445	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2536639--2536675	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2545680--2545797	44	2.7	44	78	0	137	33	9	16	39	1.81
2553464--2553514	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
2553472--2553516	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
2553736--2553795	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
2553809--2553879	28	2.5	28	93	2	115	38	12	8	40	1.74
2553809--2553852	14	3.1	14	73	0	52	38	11	9	40	1.73
2554310--2554352	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2554183--2554353	65	2.6	66	82	5	184	16	26	26	29	1.97
2560389--2560455	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
2560675--2560734	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
2560748--2560818	28	2.5	28	93	2	115	38	12	8	40	1.74
2560748--2560791	14	3.1	14	73	0	52	38	11	9	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561122--2561272	68	2.2	67	84	3	187	15	28	27	28	1.96
2561252--2561294	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2562855--2562914	10	6.2	10	78	7	61	35	0	16	48	1.47
2562849--2562911	30	2.1	30	87	0	90	36	0	14	49	1.44
2562848--2562914	34	2.0	34	90	0	107	37	0	14	47	1.45
2574723--2574762	20	2.0	20	100	0	80	30	5	15	50	1.65
2576749--2576793	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
2576749--2576814	10	7.0	9	83	6	62	50	1	3	45	1.26
2589572--2589601	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2590913--2591009	48	2.0	48	95	0	176	16	25	16	41	1.89
2595133--2595175	22	2.0	22	81	9	52	34	2	4	58	1.32
2595438--2595471	16	2.1	16	89	10	52	11	0	5	82	0.83
2595424--2595478	22	2.6	23	83	13	66	12	3	5	78	1.06
2595438--2595471	15	2.2	16	89	5	52	11	0	5	82	0.83
2603912--2603970	31	1.9	31	82	6	75	55	1	8	33	1.40
2604047--2604078	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2604299--2604337	20	2.0	20	85	5	53	66	7	5	20	1.36
2613110--2613167	22	2.6	22	97	0	107	12	46	5	36	1.63
2613116--2613167	10	4.7	12	75	18	58	13	48	3	34	1.61
2614331--2614664	111	3.0	111	94	1	562	45	10	7	36	1.67
2620996--2621022	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2621741--2621790	23	2.1	24	88	7	75	32	24	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621914--2621950	19	2.0	19	89	5	58	24	21	2	51	1.61
2626654--2626736	22	3.9	22	75	16	66	49	2	4	43	1.37
2626657--2626780	11	12.0	11	68	23	56	47	1	4	46	1.31
2626723--2626788	19	3.5	19	76	15	73	43	1	3	51	1.26
2626723--2626802	38	2.0	40	86	9	112	45	1	2	51	1.22
2628545--2628587	21	2.0	22	86	4	61	44	2	0	53	1.13
2630582--2630611	15	2.1	15	93	6	53	36	0	3	60	1.14
2634153--2634192	19	2.1	19	86	9	55	50	10	0	40	1.36
2644344--2644402	29	2.0	29	93	0	100	23	25	11	38	1.89
2648542--2648586	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
2648664--2648707	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
2648721--2648853	43	3.2	42	81	9	173	21	24	17	36	1.94
2648718--2648831	20	5.6	20	78	10	113	21	25	17	35	1.95
2648845--2648896	20	2.6	20	93	0	86	11	17	19	51	1.75
2648674--2648874	83	2.4	85	76	12	223	18	22	17	40	1.91
2652897--2653139	112	2.2	112	90	0	387	30	15	27	26	1.96
2653750--2653924	20	8.6	20	78	5	181	38	17	20	22	1.93
2653750--2653904	41	3.8	41	87	3	197	38	18	20	22	1.93
2653750--2653924	41	4.3	41	86	2	192	38	17	20	22	1.93
2654114--2654183	22	3.2	22	91	0	113	28	38	11	21	1.88
2654508--2654581	33	2.2	34	85	7	98	10	18	25	44	1.82
2654553--2654600	20	2.4	20	89	0	69	14	14	22	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654563--2654602	20	2.0	20	95	0	71	12	15	17	55	1.70
2654567--2654610	20	2.2	20	83	0	52	15	13	18	52	1.75
2656491--2656542	20	2.6	20	93	0	77	40	25	17	17	1.90
2656514--2656628	34	3.4	34	76	7	126	45	21	20	13	1.84
2656514--2656639	33	3.8	33	76	7	112	45	21	19	13	1.85
2656657--2656720	20	3.2	20	90	0	92	21	18	21	37	1.94
2657204--2657302	21	4.7	21	71	6	67	23	34	20	22	1.97
2657229--2657311	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
2658826--2658921	33	2.8	33	87	3	129	43	19	22	13	1.86
2658936--2659031	33	2.9	34	84	3	122	14	22	19	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15