genome.fa.s7754.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3698414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  9  of  15  ( 1710 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067033--2067147	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2067040--2067152	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2067164--2067218	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2067339--2067409	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2067591--2067645	22	2.5	22	75	0	65	21	16	38	23	1.93
2067791--2067984	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2067791--2067984	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2067977--2068053	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2068039--2068090	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2073953--2073979	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2076092--2076132	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2076795--2076852	25	2.3	25	100	0	116	43	13	32	10	1.78
2081285--2081364	24	3.4	24	89	3	117	30	17	18	33	1.94
2081285--2081374	24	3.8	24	88	2	110	30	16	18	34	1.94
2084618--2084659	18	2.3	18	95	4	75	35	7	9	47	1.64
2085533--2085582	26	1.9	26	84	8	66	48	0	2	50	1.12
2085100--2085925	337	2.5	333	89	4	1225	44	6	4	44	1.50
2085868--2085922	26	2.1	27	83	10	69	49	1	1	47	1.23
2086820--2086864	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
2087757--2087835	31	2.5	31	78	11	81	24	18	22	34	1.97
2087808--2088026	30	7.3	30	97	0	395	22	22	24	30	1.99
2089889--2090134	122	2.0	126	91	5	403	38	6	5	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090511--2090544	5	6.8	5	87	12	52	41	0	0	58	0.98
2090549--2090574	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2095021--2095067	14	3.2	15	88	11	71	57	6	12	23	1.58
2101748--2101787	13	3.0	13	85	3	53	55	2	40	2	1.27
2104453--2104491	20	2.0	20	84	0	51	48	7	5	38	1.54
2104752--2104799	23	2.1	23	88	0	69	35	6	18	39	1.76
2105188--2106002	182	4.5	182	92	1	1269	27	15	13	43	1.83
2105729--2105780	20	2.6	20	71	0	59	15	13	13	57	1.65
2105876--2106373	111	4.5	111	91	1	757	24	14	14	46	1.82
2118129--2118166	20	1.9	20	94	0	67	34	15	7	42	1.76
2126797--2126841	18	2.5	18	96	0	81	17	51	20	11	1.75
2126837--2126870	15	2.3	15	94	0	59	20	35	17	26	1.95
2128177--2128212	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2129367--2129436	12	5.8	12	78	6	70	15	15	18	50	1.79
2129367--2129438	24	3.0	24	89	0	117	16	15	18	50	1.79
2131194--2131253	27	2.2	27	96	0	111	23	50	6	20	1.71
2131293--2131360	33	2.1	33	83	5	84	20	44	7	27	1.78
2133128--2133157	2	15.0	2	92	0	51	0	0	46	53	1.00
2133157--2133187	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2140855--2140947	38	2.5	37	89	5	134	46	3	13	36	1.60
2152379--2152410	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2156530--2156579	11	4.2	12	72	12	50	56	2	0	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157051--2157164	14	8.8	14	66	22	70	42	0	1	55	1.10
2157080--2157164	38	2.2	36	81	12	98	42	0	2	55	1.12
2157028--2157185	64	2.5	66	90	7	256	39	0	3	56	1.15
2157180--2157241	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2157448--2157495	20	2.3	22	79	13	57	60	2	2	35	1.20
2160589--2160634	16	2.9	16	83	9	58	32	0	0	67	0.91
2164859--2164887	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2165747--2165781	11	3.2	11	87	0	52	40	8	20	31	1.82
2167655--2167765	18	5.9	18	86	6	132	20	20	30	27	1.98
2167655--2167765	38	3.0	38	87	7	140	20	20	30	27	1.98
2171312--2171367	27	2.2	24	77	19	69	53	1	1	42	1.21
2172095--2172153	20	3.2	20	66	28	58	55	10	3	30	1.49
2173787--2173828	22	2.0	22	85	4	59	45	4	4	45	1.45
2173884--2173911	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2178237--2178281	23	1.9	24	86	4	65	26	33	2	37	1.69
2179303--2179350	22	2.2	22	96	0	87	35	14	0	50	1.44
2186332--2186442	45	2.5	45	84	0	150	21	45	10	21	1.82
2188736--2188770	18	1.9	18	88	0	52	25	37	11	25	1.90
2189508--2190034	6	89.8	6	95	4	961	33	0	16	49	1.48
2190244--2190296	20	2.7	19	71	8	52	54	1	1	41	1.22
2193232--2193505	144	1.9	144	90	0	440	22	24	23	29	1.99
2193232--2193583	144	2.4	144	83	5	390	21	25	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195969--2196044	11	6.5	11	68	25	50	63	3	3	28	1.30
2196014--2196073	15	3.8	17	73	13	65	70	0	6	23	1.11
2196019--2196062	19	2.3	19	84	7	54	70	0	4	25	1.06
2197400--2197476	3	24.7	3	81	7	91	61	1	0	37	1.05
2197722--2198591	113	7.6	113	83	9	1127	28	17	15	38	1.90
2197804--2198075	130	2.1	130	97	0	508	27	18	12	41	1.86
2197917--2197957	17	2.4	17	100	0	82	19	19	4	56	1.60
2197934--2198591	226	2.9	226	97	0	1241	27	17	14	39	1.89
2197722--2198591	339	2.5	344	94	4	1490	28	17	15	38	1.90
2198992--2199046	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
2199418--2199618	54	3.8	54	82	6	218	25	21	14	37	1.92
2199418--2199618	104	1.9	104	85	6	278	25	21	14	37	1.92
2207170--2207221	14	3.7	14	84	0	59	51	9	15	23	1.72
2207336--2207387	28	1.9	26	88	7	77	59	9	9	21	1.57
2208777--2208837	31	1.9	31	83	3	77	67	3	4	24	1.26
2208796--2208855	27	2.3	27	81	16	72	65	1	5	28	1.23
2209762--2209804	19	2.3	18	84	11	52	69	0	4	25	1.07
2211073--2211130	3	18.7	3	82	7	71	62	1	0	36	1.06
2211073--2211130	16	3.7	15	81	6	71	62	1	0	36	1.06
2211075--2211129	19	2.9	19	84	12	78	60	1	0	38	1.08
2217999--2218033	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
2221872--2221922	22	2.3	22	78	21	54	29	1	7	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223268--2224428	393	3.0	395	91	7	1929	38	12	8	39	1.75
2224258--2224295	20	2.0	20	84	5	51	47	10	15	26	1.78
2226797--2227473	176	3.9	179	90	8	1067	33	15	15	35	1.89
2227274--2227310	19	1.9	19	89	10	58	29	18	10	40	1.85
2227465--2227517	22	2.4	22	84	6	63	35	9	11	43	1.73
2227762--2227800	20	2.0	20	89	0	60	51	7	12	28	1.67
2228907--2228980	3	24.7	3	78	0	76	25	33	5	35	1.79
2228915--2229005	42	2.2	42	87	0	128	21	32	7	37	1.82
2228920--2228987	9	7.6	9	73	6	57	23	33	7	35	1.83
2228911--2229008	6	16.3	6	76	8	56	21	32	7	38	1.81
2230468--2232282	396	4.6	398	97	1	3376	31	15	14	38	1.88
2230468--2232282	199	9.1	199	97	1	3351	31	15	14	38	1.88
2230468--2232282	798	2.3	794	97	1	3399	31	15	14	38	1.88
2232364--2232408	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
2234197--2234262	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
2236567--2236609	20	2.3	18	82	17	61	20	16	9	53	1.70
2236572--2236618	20	2.3	20	89	10	78	19	17	8	55	1.67
2236740--2236785	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
2236850--2237286	228	1.9	222	92	3	732	39	7	7	45	1.61
2239538--2239671	69	1.9	69	93	0	232	25	10	22	41	1.85
2244421--2244557	45	3.0	45	89	0	211	21	10	45	21	1.81
2246610--2246651	18	2.5	17	85	14	52	69	19	11	0	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2251143--2251370	45	5.0	45	87	0	330	20	10	47	21	1.80
2251144--2251370	90	2.5	90	97	0	427	20	10	47	22	1.80
2252135--2252165	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2253377--2253444	25	2.7	25	86	0	100	48	14	23	13	1.79
2254365--2254489	57	2.2	57	92	0	205	18	20	12	49	1.78
2256522--2256569	14	3.4	14	71	5	51	47	4	14	33	1.63
2256905--2256949	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
2256905--2256978	35	2.1	34	83	11	89	47	0	2	50	1.15
2256906--2256956	23	2.2	23	85	0	66	47	0	1	50	1.12
2257064--2257152	31	2.9	33	75	16	91	46	1	2	50	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15