genome.fa.s7754.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3698414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
667830--667922	21	4.5	21	75	4	91	40	17	24	17	1.90
667832--667922	41	2.2	41	98	0	173	41	16	25	16	1.89
667849--667983	41	3.3	41	81	6	123	39	20	21	19	1.93
667911--668005	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
668193--668236	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
668500--668537	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
669858--669902	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
670375--670420	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
670386--670430	20	2.3	20	88	3	74	37	17	24	20	1.93
670394--670509	19	6.6	19	69	21	83	43	21	22	12	1.87
670430--670487	14	3.9	14	77	16	62	48	24	18	8	1.76
670414--670504	32	2.8	33	93	3	157	47	21	19	10	1.80
670521--670578	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
670516--670594	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
672686--672763	20	3.9	20	89	0	120	19	21	21	37	1.95
673811--673864	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
674039--674063	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
676355--676452	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
676355--676448	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
676448--676489	19	2.2	19	86	0	57	19	19	21	40	1.92
676597--676633	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
677991--678051	21	3.0	20	73	7	59	21	19	36	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678030--678113	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
680113--680173	20	3.1	19	79	9	68	44	18	24	13	1.85
680138--680234	33	2.9	33	89	1	140	40	24	23	11	1.88
680815--680908	20	4.7	20	76	2	80	23	19	23	34	1.97
680834--680911	41	1.9	41	83	0	102	20	17	21	39	1.92
688134--688289	21	7.5	21	73	12	126	32	24	21	21	1.98
688144--688289	62	2.4	62	96	0	265	32	23	21	22	1.98
688279--688372	21	4.6	20	74	15	84	23	20	25	30	1.98
689040--689115	6	12.7	6	100	0	152	0	17	50	32	1.46
689191--689246	20	2.7	21	78	10	62	32	21	21	25	1.98
689236--689390	20	7.6	20	80	12	151	23	20	20	36	1.95
689295--689431	21	6.6	21	76	14	131	23	20	24	32	1.98
689276--689431	83	1.9	83	89	2	242	23	20	23	32	1.98
696766--696818	21	2.5	21	90	0	79	30	33	20	15	1.93
696822--697074	21	12.3	19	74	15	182	22	20	22	34	1.97
696830--697071	42	5.8	42	90	1	371	21	20	23	35	1.96
697184--697233	6	8.3	6	100	0	100	34	50	16	0	1.45
697961--698094	21	6.4	21	66	17	82	39	20	17	23	1.92
697957--698135	42	4.3	42	80	4	200	37	21	18	22	1.94
698022--698135	21	5.4	21	79	8	97	38	23	18	19	1.93
699683--699754	2	36.0	2	92	0	108	44	0	4	51	1.20
705987--706062	30	2.5	30	80	0	89	38	10	31	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706137--706180	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
706138--706185	8	6.4	7	95	4	53	52	0	0	47	1.00
708222--708256	17	2.1	17	88	0	52	62	2	0	34	1.10
709019--709052	3	11.7	3	93	6	61	70	29	0	0	0.87
709223--709252	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
732303--732350	25	1.9	25	87	8	71	41	10	6	41	1.64
735832--735887	24	2.3	24	90	0	85	41	14	14	30	1.85
735929--736013	30	2.8	29	77	15	82	37	12	18	30	1.89
738689--738732	22	2.0	22	90	0	70	27	15	15	40	1.88
744018--744098	22	3.6	22	96	1	144	24	29	27	18	1.98
744032--744094	10	5.5	13	65	27	52	26	26	26	19	1.99
745757--745801	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
751142--751529	184	2.1	184	91	1	627	46	8	3	42	1.49
753849--753882	17	2.0	17	88	11	52	70	0	0	29	0.87
753827--753906	22	3.5	22	83	11	74	67	3	0	28	1.08
754337--754393	15	3.9	13	78	17	51	36	0	1	61	1.07
754580--754630	15	3.6	14	79	7	50	45	0	7	47	1.32
755283--755338	25	2.2	25	96	0	103	48	10	17	23	1.79
756497--757388	405	2.2	405	89	2	1432	34	13	28	23	1.93
756498--757347	270	3.1	270	92	1	1353	34	12	28	24	1.92
756589--757339	135	5.6	135	96	0	1360	35	13	27	23	1.92
774827--774935	55	2.0	55	89	3	166	28	7	9	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775624--775669	23	2.0	23	87	8	67	36	0	54	8	1.32
776810--776885	32	2.4	32	86	2	109	39	15	10	34	1.82
777677--777708	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
778097--778123	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
780192--780371	88	2.0	88	91	2	290	53	12	12	21	1.72
780718--780842	59	2.1	59	82	5	146	35	14	13	36	1.86
782238--782268	14	2.2	14	94	0	53	32	29	6	32	1.83
784298--784353	25	2.2	25	80	0	67	25	3	0	71	1.02
785168--785237	29	2.6	28	82	8	83	42	2	2	51	1.31
789133--789173	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
790068--790106	15	2.5	15	95	4	69	20	53	0	25	1.45
798393--798457	33	2.0	33	90	6	105	53	26	9	10	1.65
814601--814657	30	2.0	30	86	6	82	52	1	0	45	1.11
815609--815664	28	2.0	28	86	6	78	37	23	10	28	1.88
819208--819238	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
819222--819265	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
819308--819348	18	2.3	18	86	0	55	65	4	0	29	1.13
820695--820764	3	24.0	3	75	5	63	62	1	0	35	1.04
820695--820764	20	3.5	20	80	2	68	62	1	0	35	1.04
820680--820769	29	3.1	29	80	6	101	61	2	0	36	1.09
820727--821654	466	2.0	463	94	0	1631	32	14	14	38	1.87
821444--821802	138	2.6	139	85	4	485	25	18	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821446--821802	139	2.6	138	86	3	486	26	18	15	39	1.90
821832--822171	113	3.0	112	87	3	479	27	19	15	37	1.92
826190--826324	72	1.9	72	87	0	198	37	18	18	25	1.94
827901--827945	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
829597--829655	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
832830--832874	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
833822--833848	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
834532--834590	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
837294--837357	26	2.3	30	79	20	84	64	0	3	32	1.10
837953--837993	18	2.3	18	86	0	55	65	2	0	31	1.05
839447--839480	12	2.8	12	86	0	50	70	0	0	29	0.87
848814--848850	17	2.2	17	90	9	58	54	18	13	13	1.71
860472--860596	60	2.1	60	85	8	166	32	16	15	35	1.90
869868--869905	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
869855--869983	18	6.8	17	68	21	55	23	6	2	67	1.27
869916--869950	16	2.1	18	89	10	56	28	5	0	65	1.15
873127--873210	17	5.1	16	73	19	59	77	8	13	1	1.05
873150--873200	23	2.2	23	82	6	59	80	7	9	1	0.98
873166--873234	25	2.9	23	76	21	63	73	8	14	2	1.18
873133--873204	8	9.0	8	70	11	58	79	6	12	1	0.99
873173--873224	25	2.1	25	86	10	72	76	7	11	3	1.12
873160--873234	23	3.2	24	78	9	75	76	8	13	2	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873861--873931	22	3.2	22	95	0	124	33	23	14	28	1.94
874347--874382	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
874810--875143	36	9.5	35	74	12	184	26	18	14	40	1.89
874820--875143	72	4.6	72	75	11	224	26	18	14	39	1.90
874871--875143	72	3.9	71	75	12	276	27	18	13	40	1.89
874882--875206	138	2.4	137	81	2	400	28	19	12	40	1.88
875118--875274	68	2.4	68	84	3	203	32	22	8	35	1.86
875918--876854	105	9.0	105	93	1	1497	33	26	17	22	1.96
877402--877503	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
877400--877537	37	3.8	37	84	4	156	42	13	13	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15