genome.fa.s7754.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110020_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3698414

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257124--2257195	21	3.4	21	81	11	67	51	0	2	45	1.15
2257394--2257484	42	2.2	42	92	4	148	49	19	10	19	1.78
2259980--2260035	23	2.4	23	93	0	94	39	14	17	28	1.89
2260838--2260923	32	2.7	32	83	1	111	51	6	18	23	1.70
2271885--2271962	37	2.1	37	95	4	140	29	20	19	30	1.97
2274344--2274390	20	2.6	17	76	20	51	38	4	0	57	1.18
2274709--2274859	27	5.3	27	77	12	133	45	31	7	15	1.73
2274736--2274835	33	3.2	31	73	21	100	43	34	9	14	1.76
2274745--2274808	33	1.9	33	90	3	101	45	32	9	12	1.74
2274705--2274836	61	2.2	61	90	1	203	43	33	8	14	1.75
2275382--2275420	21	1.9	20	84	5	51	41	7	12	38	1.72
2276821--2276880	19	3.0	19	79	11	66	43	38	1	16	1.58
2276829--2276882	21	2.7	20	86	11	74	42	38	1	16	1.59
2281817--2282254	222	2.0	219	90	2	700	25	13	20	41	1.88
2290254--2290308	12	4.8	12	71	13	53	41	5	16	36	1.71
2291627--2292498	183	4.8	182	86	2	1052	45	13	14	26	1.82
2292501--2292997	182	2.7	181	87	4	714	45	12	14	27	1.81
2293385--2293429	19	2.4	19	92	3	74	42	0	20	37	1.52
2293680--2293718	18	2.2	18	86	9	53	46	5	7	41	1.55
2294681--2294736	24	2.5	22	77	13	60	41	1	7	50	1.40
2295396--2295433	18	2.1	18	95	0	67	55	0	39	5	1.23
2296900--2296948	19	2.6	19	90	3	73	30	2	10	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297326--2297758	227	1.9	227	93	0	749	41	17	13	27	1.87
2297545--2298028	199	2.4	199	88	3	704	43	15	13	28	1.84
2298376--2298433	15	3.7	15	81	6	62	24	46	1	27	1.62
2300971--2301016	21	2.2	21	88	0	65	45	17	15	21	1.85
2300981--2301027	21	2.3	21	85	7	62	44	19	12	23	1.85
2300987--2301843	199	4.3	198	86	3	1148	42	15	13	28	1.85
2304367--2305051	198	3.4	197	79	5	736	39	15	14	30	1.87
2304367--2305046	204	3.4	195	81	4	745	39	15	14	30	1.87
2305060--2305104	23	2.0	23	86	0	63	42	15	8	33	1.78
2320636--2320776	64	2.2	63	81	7	160	33	17	23	25	1.96
2324956--2324993	20	1.9	20	100	0	76	34	21	21	23	1.97
2329203--2329330	42	3.0	42	96	0	229	19	23	17	39	1.93
2330542--2330613	26	2.7	26	79	16	76	55	1	1	41	1.17
2330576--2330627	4	13.0	4	95	0	68	57	0	0	42	0.98
2337990--2338096	50	2.1	50	81	5	117	15	29	28	26	1.96
2338257--2338297	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
2339965--2339999	18	1.9	18	88	0	52	28	22	20	28	1.98
2341156--2341267	51	2.2	51	82	6	129	25	27	28	17	1.98
2341418--2341444	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2341809--2341847	2	19.5	2	83	0	51	48	7	0	43	1.31
2344109--2344926	4	204.5	4	100	0	1636	24	0	25	50	1.50
2351675--2351747	38	1.9	38	83	10	96	45	0	1	53	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366786--2366826	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2370321--2370465	71	2.0	71	89	6	222	38	17	23	20	1.93
2370369--2370465	35	2.8	33	90	4	99	36	20	22	20	1.96
2370326--2370465	36	3.9	35	85	6	176	37	18	23	20	1.94
2370321--2370465	72	2.0	72	89	6	224	38	17	23	20	1.93
2371592--2371653	31	2.0	31	87	6	90	43	4	17	33	1.71
2371587--2371660	31	2.3	34	75	20	86	44	6	16	32	1.73
2371783--2371830	25	1.9	25	86	0	69	39	6	22	31	1.79
2373479--2373514	18	2.0	18	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2387308--2387342	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2388851--2388907	30	1.9	29	89	3	87	28	3	10	57	1.48
2390804--2390832	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2391551--2391585	18	1.9	18	94	0	61	34	5	8	51	1.56
2394676--2394726	15	3.1	15	75	20	57	45	9	9	35	1.71
2395626--2395657	11	3.1	11	86	13	50	53	0	0	46	1.00
2396002--2396030	14	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
2396072--2396130	25	2.3	26	80	11	68	52	11	5	30	1.59
2396729--2396774	24	2.0	23	83	12	58	26	28	6	39	1.81
2397653--2397697	20	2.2	21	84	11	58	42	0	2	55	1.12
2402859--2402898	15	2.5	16	88	8	55	70	0	0	30	0.88
2402860--2402900	19	2.2	19	90	0	64	68	0	0	31	0.90
2402859--2402904	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403354--2403502	37	4.0	37	93	0	244	32	14	12	40	1.83
2404228--2404256	14	2.0	15	93	6	51	34	3	13	48	1.60
2407051--2407085	17	2.1	18	89	10	56	71	8	5	14	1.29
2407491--2407531	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2408486--2408521	3	12.3	3	94	5	65	33	0	0	66	0.92
2414737--2414780	2	22.0	2	90	0	70	47	2	0	50	1.13
2421123--2421173	24	2.1	24	85	7	68	21	33	21	23	1.97
2421156--2421406	39	6.4	38	81	5	135	23	37	19	19	1.94
2421186--2421422	78	3.0	78	82	4	271	24	37	20	18	1.94
2421186--2421412	39	5.8	39	83	4	190	24	37	19	18	1.94
2424283--2424338	12	4.7	12	75	6	51	48	1	0	50	1.11
2424751--2424803	23	2.3	21	79	17	61	50	1	0	47	1.12
2425375--2425591	93	2.3	93	83	0	263	48	9	29	12	1.72
2426313--2427602	30	43.2	30	73	7	676	45	9	24	21	1.81
2426929--2426984	28	2.0	28	82	6	69	50	8	19	21	1.75
2427603--2427708	29	3.7	29	76	8	117	45	12	22	19	1.84
2427607--2427708	28	3.5	29	77	9	118	45	12	21	20	1.84
2427710--2427782	21	3.6	21	75	14	64	53	1	0	45	1.09
2427771--2427804	17	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
2428032--2428365	30	11.1	30	74	10	130	46	9	22	21	1.80
2428192--2428360	60	2.8	60	80	5	173	47	10	20	21	1.79
2428074--2428360	90	3.2	89	74	9	253	46	10	21	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428674--2428707	18	2.0	17	88	11	52	38	8	41	11	1.73
2429505--2429580	30	2.6	28	85	4	89	50	7	27	14	1.71
2429524--2429877	30	11.8	30	74	7	164	46	9	23	20	1.80
2429650--2429934	60	4.8	59	75	9	195	46	9	23	20	1.79
2429620--2429878	90	2.9	88	75	10	222	47	10	22	20	1.80
2429730--2430056	90	3.7	87	77	10	243	47	7	22	22	1.77
2429731--2430056	30	11.0	30	72	13	142	46	7	23	22	1.77
2430806--2430961	31	5.0	31	92	1	251	37	21	19	21	1.95
2431139--2431185	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2431696--2431739	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2434713--2434868	31	5.0	31	92	1	251	37	21	19	21	1.95
2435046--2435092	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
2435604--2435647	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
2436348--2437009	30	22.1	30	74	10	317	44	8	25	21	1.81
2436348--2436988	90	7.1	90	73	9	361	44	8	24	21	1.81
2436944--2437084	75	1.9	75	82	5	178	43	9	24	21	1.83
2437060--2437180	30	4.1	29	75	5	107	44	14	23	18	1.85
2437010--2437178	60	2.8	60	74	1	160	43	12	23	20	1.85
2437239--2437273	16	2.3	15	90	5	52	37	0	0	62	0.95
2437732--2438051	30	10.7	30	71	14	173	45	10	25	19	1.80
2437725--2438051	60	5.5	59	80	2	307	46	10	24	18	1.81
2437724--2438059	90	3.7	90	73	10	278	46	11	24	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450573--2450611	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
2455444--2455486	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2455466--2455616	67	2.3	67	87	4	207	26	27	27	18	1.98
2455921--2455992	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
2456007--2456065	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80
2456285--2456351	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2462376--2462418	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2462398--2462548	67	2.3	67	87	4	207	26	27	27	18	1.98
2462850--2462921	29	2.5	29	90	0	108	37	11	12	38	1.79
2462936--2462994	30	1.9	31	86	3	84	37	6	22	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15