genome.fa.s7772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110053_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1636317

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472--1536	19	3.7	19	70	19	68	43	20	24	12	1.86
1719--1752	14	2.4	14	90	0	59	44	23	0	32	1.54
3136--3205	21	3.3	21	64	7	52	24	18	34	22	1.96
3133--3216	42	2.0	42	88	0	123	23	16	38	21	1.93
5227--5324	32	3.0	33	86	4	135	39	26	22	11	1.87
5296--5364	19	3.7	19	86	11	106	44	23	20	11	1.83
5203--5364	20	9.1	19	72	18	116	43	22	21	12	1.86
5360--5404	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
5969--6046	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
5950--6043	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
6032--6128	21	4.7	21	85	2	142	15	25	18	40	1.90
5969--6064	41	2.3	41	80	3	104	20	19	21	37	1.94
6012--6128	62	1.9	62	87	7	175	17	24	19	38	1.93
6051--6132	41	2.0	41	97	0	155	15	24	18	41	1.89
20205--20244	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
20433--20479	17	2.8	17	80	6	51	17	2	2	78	0.94
22740--24288	312	5.0	312	98	0	2954	40	18	13	27	1.88
28221--28299	36	2.2	36	88	0	113	29	16	13	40	1.87
28237--28311	36	2.1	36	87	0	105	30	12	13	44	1.80
28383--28496	39	3.0	39	83	3	124	26	21	16	35	1.94
28473--28630	65	2.4	65	88	1	237	32	18	13	35	1.90
28577--28663	37	2.4	37	90	1	131	25	21	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28527--28732	102	2.0	102	93	0	349	31	20	12	35	1.90
28407--28897	167	2.9	166	82	5	506	30	20	12	37	1.89
28613--28795	65	2.8	65	86	4	235	30	20	10	38	1.86
28679--28828	36	4.4	36	73	15	165	26	21	11	40	1.87
30523--30560	18	2.1	19	85	14	53	23	10	0	65	1.23
30640--30673	10	3.4	10	87	0	50	0	29	0	70	0.87
30674--30704	13	2.4	13	94	0	53	25	0	0	74	0.82
30675--30713	20	2.0	20	85	10	53	25	5	0	69	1.09
32738--32772	12	3.0	12	87	8	54	62	8	8	20	1.49
38692--38726	12	3.0	12	87	8	54	62	8	8	20	1.49
43438--43542	29	3.6	29	84	1	120	47	19	1	31	1.60
50664--50794	29	4.6	29	86	6	178	48	15	0	36	1.45
50726--50778	17	3.4	17	70	24	62	49	15	0	35	1.45
50795--50830	17	2.1	18	94	5	65	11	25	47	16	1.79
57145--57169	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
68108--68174	23	2.9	23	86	0	98	17	23	25	32	1.97
68464--68534	35	2.0	36	83	5	90	30	4	15	49	1.64
85179--85238	10	5.8	10	84	7	75	68	3	5	23	1.24
85179--85238	21	2.9	20	82	7	75	68	3	5	23	1.24
86276--86334	10	5.7	10	78	11	57	23	5	3	67	1.26
87059--87143	29	2.9	29	85	0	107	21	30	30	17	1.96
88164--88215	24	2.2	24	82	6	61	44	21	11	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91664--91707	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
91684--91746	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
93797--94190	195	2.0	195	99	0	779	28	22	22	26	1.99
96297--96376	29	2.8	30	86	3	76	50	5	0	45	1.23
96315--96366	14	3.6	14	74	5	59	46	3	0	50	1.20
96310--96375	29	2.3	28	94	2	105	48	6	0	45	1.27
96651--96751	30	3.4	30	95	0	175	49	13	0	36	1.43
96651--96722	15	4.9	14	71	21	58	48	13	0	37	1.43
96651--96783	60	2.2	59	85	7	171	48	12	0	38	1.47
96963--97012	21	2.4	22	90	6	77	56	12	0	32	1.36
97030--97099	37	1.9	36	90	3	97	54	4	0	41	1.20
97598--97659	23	2.7	23	92	0	97	41	16	22	19	1.89
97603--97657	12	4.8	12	75	6	60	41	18	20	20	1.90
109743--109798	24	2.3	24	90	0	85	30	25	16	28	1.96
109937--110041	19	5.2	19	81	13	120	35	5	26	32	1.80
110488--110644	21	7.6	21	68	14	103	22	15	23	37	1.93
110472--110667	41	4.8	41	87	2	286	22	15	24	36	1.94
110933--110989	22	2.5	23	75	16	57	52	10	3	33	1.53
127111--127185	31	2.4	31	84	6	98	45	8	16	30	1.75
130118--130178	12	5.2	12	75	11	54	34	24	4	36	1.77
132468--132509	21	2.0	20	82	13	50	47	4	7	40	1.52
139017--139077	29	2.0	32	90	9	101	32	6	16	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139194--139221	14	2.0	14	100	0	56	28	28	28	14	1.95
139192--139241	18	3.0	18	83	16	72	28	32	28	12	1.92
139403--139442	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
143374--143445	20	3.7	19	84	12	85	27	22	18	31	1.97
143499--143551	21	2.5	21	87	0	70	28	18	18	33	1.95
147213--147272	31	1.9	31	90	6	95	41	6	8	43	1.61
147296--147338	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
147298--147346	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
147318--148431	32	39.3	32	68	26	567	52	13	0	33	1.42
147286--148349	80	13.0	83	75	16	598	53	13	0	33	1.43
147420--147473	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
147286--147585	54	5.5	54	78	10	347	53	13	0	33	1.42
147517--147559	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
147651--147693	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
147653--147701	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
147297--148016	221	3.3	215	88	8	966	53	14	0	32	1.43
147775--147828	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
147602--148273	54	12.2	54	76	10	637	52	13	0	32	1.43
147872--147914	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
147928--147998	22	3.2	22	78	6	81	56	18	0	25	1.42
147287--148364	355	3.1	350	90	6	1603	53	13	0	33	1.43
147975--148115	26	5.0	26	80	12	81	54	15	0	29	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148152--148200	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
148204--148313	22	4.7	22	68	16	78	52	9	0	37	1.39
148209--148344	72	1.9	71	93	1	236	52	8	0	37	1.38
148280--148386	53	2.2	46	85	12	142	52	7	0	40	1.30
148367--148391	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
148381--148476	25	3.4	28	73	21	94	46	5	0	47	1.24
148372--148484	57	1.9	59	86	10	162	46	4	0	49	1.22
166103--166153	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
166111--166269	63	2.6	63	91	7	256	41	0	1	56	1.10
166165--166248	40	2.2	37	87	10	116	44	0	1	54	1.07
166176--166272	21	4.7	20	68	21	56	42	0	2	55	1.11
166113--166314	63	3.3	61	82	12	195	41	0	1	56	1.12
166264--166325	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
166833--166891	19	3.2	19	73	9	68	3	11	32	52	1.54
167226--167285	31	1.9	31	93	0	102	43	10	6	40	1.64
175077--175127	22	2.3	23	86	3	68	33	17	23	25	1.96
175088--175149	23	2.8	22	87	7	81	33	20	22	22	1.97
175814--175876	32	2.0	32	87	6	92	19	25	28	26	1.98
177828--177868	21	1.9	22	90	5	66	53	0	34	12	1.38
182851--182914	29	2.2	29	85	0	83	53	0	4	42	1.22
183912--183953	22	1.9	22	85	0	57	26	9	0	64	1.24
183952--184027	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184999--185045	21	2.2	21	88	0	67	48	6	29	14	1.69
191228--191421	39	4.7	41	77	11	218	26	7	15	50	1.71
191225--191421	82	2.4	81	93	3	331	26	7	16	49	1.71
192828--192896	30	2.3	30	85	5	86	40	18	11	28	1.86
192855--192945	30	3.0	30	77	6	103	34	17	21	26	1.96
196583--196665	30	2.8	30	87	5	107	37	18	19	25	1.94
197238--197284	19	2.5	19	85	0	58	44	19	21	14	1.86
199860--200042	14	13.9	13	67	24	93	45	3	7	42	1.50
199918--200042	38	3.4	38	82	6	157	45	5	7	41	1.55
199971--200041	24	3.2	22	84	9	74	43	2	7	46	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9