genome.fa.s7772.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110053_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1636317

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785631--787224	106	15.0	106	92	1	2493	22	18	25	34	1.96
788682--788736	17	3.3	16	82	12	67	3	7	7	81	0.96
788689--788741	28	1.9	27	85	11	72	3	7	7	81	0.99
793024--793078	19	2.9	19	71	15	51	65	3	9	21	1.37
793164--793230	21	3.1	21	79	10	66	71	0	2	25	1.00
793204--793246	18	2.4	18	84	0	50	62	0	4	32	1.15
793165--793399	22	11.1	21	67	20	84	63	1	4	30	1.23
793238--793401	6	27.0	6	71	19	53	62	2	3	31	1.25
793356--793380	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
793430--793493	23	2.7	23	83	11	69	67	1	1	29	1.09
793447--793490	19	2.4	18	80	3	52	65	2	0	31	1.05
793886--793983	37	2.6	37	85	0	124	33	12	14	39	1.83
799395--799484	28	3.2	28	74	13	85	23	15	13	47	1.80
800157--800198	22	2.0	22	90	4	68	30	9	19	40	1.83
803014--803058	21	2.1	22	84	12	58	55	0	2	42	1.12
809889--809970	41	2.0	40	92	2	137	26	28	8	36	1.86
813828--813880	19	2.7	19	88	8	72	30	33	16	18	1.94
818340--818386	22	2.1	22	96	0	85	44	10	8	36	1.70
821322--821364	21	2.0	21	86	0	59	9	41	16	32	1.80
826826--826909	41	2.0	41	84	4	107	32	7	8	52	1.59
827431--827469	15	2.6	15	88	8	53	41	2	0	56	1.13
827812--827924	20	5.7	20	86	7	151	29	19	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827793--827925	40	3.3	40	76	13	132	27	20	21	30	1.98
827812--827925	59	1.9	59	85	1	156	28	19	21	30	1.97
827874--827934	20	3.2	20	88	4	63	22	22	21	32	1.98
828457--828530	20	3.6	21	85	5	91	51	18	17	12	1.76
828560--828653	33	2.8	33	91	1	152	11	22	22	43	1.85
828555--828681	20	7.1	19	69	20	85	12	23	18	45	1.83
830369--830834	94	5.1	94	92	2	734	21	12	18	47	1.81
830369--830834	187	2.5	185	91	2	742	21	12	18	47	1.81
830924--831034	39	2.9	38	87	2	132	48	23	18	9	1.76
830924--831025	19	5.3	19	91	4	141	50	23	19	6	1.72
831034--831166	33	3.8	33	72	14	124	10	22	21	45	1.82
831067--831190	19	6.6	19	68	15	80	11	20	20	47	1.80
831060--831173	39	3.1	39	82	7	132	11	21	20	47	1.81
831114--831188	20	3.8	19	80	7	78	12	21	21	45	1.84
831642--831708	21	3.2	21	65	21	50	23	34	20	20	1.97
831615--831708	42	2.2	42	81	7	102	22	34	21	22	1.97
832286--832321	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
832428--832507	14	4.8	17	71	23	55	47	20	21	11	1.80
832428--832507	33	2.4	33	93	0	133	47	20	21	11	1.80
832517--832643	33	3.8	33	91	0	191	13	23	17	45	1.83
832585--832664	19	4.4	19	72	16	71	18	21	17	42	1.89
832627--832709	20	4.2	20	72	15	64	22	20	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835177--835230	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
835177--835244	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
836093--836219	20	6.3	20	78	8	98	31	19	21	27	1.97
836176--836218	21	2.0	21	86	4	59	37	16	25	20	1.93
841109--841398	148	2.0	148	95	1	528	35	5	10	48	1.61
841899--841975	35	2.2	35	86	9	104	37	1	20	40	1.61
842986--843038	18	3.0	18	88	2	81	18	47	20	13	1.82
843074--843141	29	2.3	29	84	0	82	29	4	23	42	1.73
847438--847479	18	2.3	18	87	0	57	45	0	19	35	1.50
847450--847499	15	3.1	16	83	13	59	36	4	10	50	1.55
851398--851443	18	2.5	18	92	3	74	47	4	10	36	1.58
852846--852884	19	2.0	19	85	5	51	35	0	0	64	0.94
853895--853924	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
855480--855511	16	2.0	16	93	0	55	25	15	6	53	1.65
856256--856379	31	4.0	31	76	10	126	33	18	18	29	1.95
861782--861909	31	4.1	31	75	6	114	35	20	16	27	1.94
861801--861909	31	3.5	31	76	14	116	36	18	16	28	1.92
864253--864286	16	2.1	16	88	0	50	26	14	20	38	1.91
866318--866381	33	2.0	32	90	3	101	34	9	12	43	1.75
866307--866391	33	2.7	31	81	13	95	35	9	16	38	1.81
866351--866489	67	2.1	66	86	5	192	41	12	18	28	1.86
867110--867171	21	3.2	21	70	25	73	41	11	19	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866444--867177	36	20.4	36	90	1	1035	37	13	23	25	1.91
867363--868061	84	8.4	83	74	10	453	25	20	23	31	1.98
867532--867942	165	2.5	164	91	1	671	24	21	24	29	1.99
867584--868063	248	1.9	248	83	5	612	25	21	24	29	1.99
867568--868067	83	6.1	80	76	8	468	25	20	24	29	1.99
873417--873451	19	1.9	17	88	11	52	68	0	14	17	1.21
873437--873483	22	2.2	22	85	11	62	74	2	4	19	1.09
873485--873536	20	2.7	19	80	11	61	65	9	3	21	1.38
877877--877921	24	2.0	23	83	12	58	20	13	2	64	1.38
878899--878944	20	2.3	21	81	11	60	39	0	0	60	0.97
878894--878945	19	2.7	20	81	6	70	38	0	0	61	0.96
878930--879002	33	2.3	31	82	13	87	46	0	4	49	1.21
878904--879011	31	3.7	29	74	15	71	46	0	2	50	1.15
879041--879085	23	2.0	23	86	0	63	42	0	4	53	1.21
879042--879110	23	3.0	23	80	6	59	44	0	2	52	1.16
879269--879331	23	2.8	22	80	7	65	53	0	1	44	1.10
879268--879324	22	2.6	22	81	10	64	54	0	1	43	1.10
881913--881947	3	11.7	3	88	11	54	71	0	0	28	0.86
881967--882140	9	18.0	9	66	19	50	74	4	7	13	1.17
881967--882016	27	1.9	25	88	8	73	80	6	2	12	0.98
881993--882034	9	4.4	10	79	8	52	71	2	9	16	1.23
881968--882041	23	3.0	23	75	18	60	77	4	5	13	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883297--883329	10	3.7	9	84	15	50	54	3	0	42	1.15
883685--883795	2	60.0	2	83	15	132	55	0	0	43	1.05
883685--883807	59	2.1	61	90	7	200	56	0	0	42	1.11
883677--883819	18	8.5	17	76	17	122	57	1	1	39	1.16
883682--883807	8	18.0	7	80	17	115	56	0	0	42	1.10
883677--883812	10	12.1	11	79	14	104	57	0	1	40	1.13
885570--885603	17	1.9	18	94	5	61	0	14	0	85	0.60
892774--892814	21	2.0	20	90	4	64	68	4	12	14	1.36
896202--896236	15	2.4	14	86	9	52	91	5	2	0	0.50
896201--896235	9	4.0	9	85	7	54	88	8	2	0	0.61
896120--896254	10	12.8	10	72	17	69	74	5	2	17	1.15
896233--896274	9	4.4	10	79	8	52	71	0	11	16	1.14
896304--896328	10	2.5	10	100	0	50	84	0	8	8	0.79
896304--896339	18	1.9	18	88	5	54	80	0	5	13	0.88
896459--896489	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
898753--898790	17	2.2	18	85	4	51	39	0	2	57	1.12
905883--905972	20	4.5	20	90	0	126	27	17	21	33	1.96
906056--906267	107	2.0	107	87	3	311	37	16	19	25	1.93
909324--909384	23	2.7	23	86	0	95	18	26	26	29	1.98
912791--912871	31	2.6	30	82	7	99	49	18	2	29	1.61
918448--918492	22	2.0	22	100	0	90	31	20	22	26	1.98
928980--929045	33	2.0	33	84	0	87	21	25	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936709--936756	25	1.9	25	86	0	69	50	10	12	27	1.73
948605--948635	16	1.9	16	93	0	53	19	22	29	29	1.98
951281--951351	21	3.4	21	75	7	65	28	11	28	32	1.91
953414--953480	14	5.1	14	70	12	52	29	1	4	64	1.22
953423--953584	82	2.0	82	91	0	261	32	1	9	56	1.42
957356--957382	12	2.2	12	100	0	54	70	7	7	14	1.32
959397--959430	16	2.1	16	94	0	59	41	23	20	14	1.89
959422--959477	23	2.4	23	93	0	94	23	25	21	30	1.99
969066--970025	478	2.0	478	94	0	1697	25	12	20	41	1.87
970337--970504	82	2.0	82	93	2	284	32	1	11	54	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9