genome.fa.s7772.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110053_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1636317

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1024 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345382--1345428	23	2.0	25	84	12	64	57	4	0	38	1.18
1348388--1348479	39	2.4	39	94	0	166	32	16	21	29	1.95
1352067--1352212	73	2.0	73	100	0	292	28	32	10	27	1.91
1353883--1354012	39	3.3	39	86	6	156	32	18	26	22	1.97
1354931--1355009	27	2.9	26	67	14	61	25	15	20	39	1.91
1357201--1357269	21	3.2	21	69	18	70	17	2	50	28	1.60
1357222--1357287	22	3.0	22	67	20	66	18	6	50	25	1.70
1357186--1357287	43	2.4	43	95	1	179	20	4	48	26	1.70
1357201--1357277	21	3.6	21	70	16	68	16	3	51	27	1.62
1361743--1361809	30	2.2	30	97	0	125	32	14	26	25	1.95
1367143--1367183	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
1367264--1367731	118	3.7	128	90	6	789	20	24	22	33	1.97
1368126--1368231	33	3.2	33	79	4	122	37	2	3	55	1.33
1368756--1368878	63	2.0	63	96	0	228	23	21	35	18	1.95
1368750--1368885	21	6.5	21	86	6	179	22	24	34	18	1.96
1368890--1368935	20	2.2	21	84	3	58	21	13	41	23	1.88
1370654--1370732	33	2.4	32	81	12	90	59	1	0	39	1.06
1375537--1375580	22	2.0	22	86	4	63	34	18	13	34	1.90
1376016--1376055	21	1.9	21	84	0	53	42	17	2	37	1.63
1376435--1376477	17	2.5	18	81	7	54	51	4	2	41	1.35
1376443--1376476	18	1.9	17	88	5	50	44	5	2	47	1.42
1378492--1378519	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386929--1387118	94	2.0	94	100	0	380	28	13	21	36	1.92
1387841--1387875	13	2.8	13	91	4	54	74	0	2	22	0.95
1387842--1387875	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
1390482--1390546	14	4.4	15	81	14	73	32	4	20	43	1.72
1390409--1390550	45	3.2	45	82	10	157	35	7	19	37	1.81
1390482--1390546	30	2.2	29	86	8	87	32	4	20	43	1.72
1390623--1390723	23	4.4	23	85	0	130	15	25	23	34	1.95
1390645--1390756	46	2.4	47	80	8	131	16	24	24	35	1.94
1391638--1391696	27	2.2	27	87	0	91	23	16	30	28	1.97
1396112--1396156	19	2.4	19	96	0	81	35	11	11	42	1.76
1405620--1405667	21	2.3	21	78	7	53	56	12	4	27	1.54
1408934--1408984	19	2.7	20	82	11	54	23	5	0	70	1.09
1416662--1416722	30	2.1	29	87	3	86	49	11	9	29	1.71
1418588--1418613	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1420612--1420636	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
1420631--1420689	24	2.5	24	97	0	109	44	20	0	35	1.52
1422148--1422203	18	3.1	19	77	15	64	41	1	0	57	1.09
1422263--1422304	21	2.0	21	85	0	57	14	14	21	50	1.78
1435804--1435837	13	2.6	14	90	9	54	79	0	8	11	0.94
1435808--1435841	13	2.4	14	85	14	52	79	0	5	14	0.91
1435873--1436043	31	5.2	32	69	22	111	45	5	3	46	1.43
1435873--1436043	32	5.2	32	73	16	125	45	5	3	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435877--1436139	36	7.5	37	79	13	247	44	4	4	46	1.45
1435882--1436127	37	7.1	36	77	15	209	44	4	4	45	1.46
1436871--1437509	81	7.7	82	78	6	673	23	21	25	29	1.99
1436871--1437509	165	3.9	165	96	0	1161	23	21	25	29	1.99
1436894--1437509	84	7.4	84	78	5	689	22	21	25	29	1.99
1443940--1443974	14	2.6	14	95	4	63	80	0	8	11	0.92
1444013--1444181	30	5.2	30	74	18	112	45	5	3	45	1.43
1444098--1444276	36	4.9	37	83	9	190	43	4	5	46	1.47
1444069--1444275	71	2.9	72	81	13	232	42	4	5	46	1.47
1450520--1450602	26	3.2	26	64	16	71	33	4	15	45	1.67
1450515--1450622	53	2.0	53	100	0	216	31	5	12	50	1.64
1454578--1454614	18	2.1	18	94	0	65	27	16	18	37	1.92
1455164--1455345	98	1.9	98	94	0	319	31	18	16	34	1.93
1467457--1467507	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
1468680--1468882	43	4.7	43	79	11	177	46	6	21	24	1.75
1468662--1468844	43	4.3	42	79	8	190	46	7	19	26	1.75
1468820--1468881	21	2.9	21	76	11	63	46	6	24	22	1.75
1468664--1468941	129	2.2	125	81	7	301	47	7	19	26	1.76
1471337--1471382	23	2.0	23	91	0	74	17	21	30	30	1.96
1474029--1474198	29	5.9	29	90	1	245	15	35	27	21	1.94
1474202--1474259	28	2.1	28	93	0	98	1	27	25	44	1.64
1474784--1474876	29	2.9	31	73	18	84	44	0	8	47	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1474836--1474890	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
1475147--1475194	22	2.2	22	92	0	78	45	4	14	35	1.64
1476480--1476524	23	2.0	23	86	0	63	40	2	2	55	1.24
1476474--1476524	23	2.5	20	77	20	52	39	1	1	56	1.22
1477411--1477525	60	1.9	60	96	0	212	46	10	0	41	1.44
1477496--1477532	11	3.1	12	88	11	58	40	10	0	48	1.38
1477446--1477525	21	4.0	21	66	21	53	46	11	0	42	1.39
1477586--1477664	22	3.5	22	70	20	72	48	11	0	40	1.39
1477679--1477803	60	2.1	59	94	2	216	46	11	0	42	1.39
1477586--1477971	157	2.5	156	95	0	682	46	10	0	42	1.39
1477738--1478049	48	6.6	48	77	14	292	45	9	0	43	1.42
1477919--1478049	38	3.3	40	82	7	106	43	5	2	48	1.38
1477965--1478039	3	25.7	3	75	5	55	41	1	4	53	1.28
1477835--1477960	60	2.1	60	95	1	227	46	12	0	41	1.42
1477703--1478258	26	22.6	25	67	20	137	44	9	1	44	1.43
1477959--1478232	124	2.2	122	90	5	435	43	7	2	46	1.44
1478195--1478232	12	3.2	12	96	3	69	42	7	0	50	1.31
1478428--1478462	17	2.0	18	94	5	63	37	5	0	57	1.23
1481481--1481541	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
1481775--1481834	17	3.3	17	73	15	57	50	11	0	38	1.39
1481904--1481945	13	2.9	16	76	23	56	66	16	9	7	1.42
1481909--1481943	13	2.6	14	90	9	63	68	14	11	5	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482867--1482900	17	2.0	17	100	0	68	29	0	47	23	1.52
1483013--1483084	36	2.0	36	97	2	137	16	38	25	19	1.92
1483053--1483145	29	3.2	29	65	17	84	18	36	23	21	1.95
1491702--1491733	7	4.6	7	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1492053--1492091	16	2.4	17	83	8	55	53	0	0	46	1.00
1493309--1493637	167	2.0	163	97	2	622	44	13	9	33	1.75
1495125--1495159	14	2.6	14	90	4	54	45	14	17	22	1.84
1495399--1495445	21	2.2	22	88	7	78	44	10	8	36	1.70
1495405--1495446	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
1496231--1496265	15	2.4	14	90	4	52	68	0	2	28	1.04
1503631--1503687	22	2.6	22	83	8	64	68	3	12	15	1.34
1506713--1506744	14	2.3	14	94	0	55	6	15	25	53	1.65
1507839--1507879	16	2.6	16	92	0	64	9	12	21	56	1.65
1507951--1507983	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
1508173--1508223	25	2.0	25	92	0	84	15	41	27	15	1.88
1514548--1514590	18	2.4	18	88	7	61	20	9	4	65	1.40
1517472--1517496	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
1518852--1518894	18	2.4	17	81	11	50	23	6	23	46	1.76
1532475--1532508	3	11.3	3	93	0	59	35	0	2	61	1.11
1544314--1544562	130	2.0	126	89	7	384	10	44	7	36	1.68
1548385--1548409	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
1555484--1555556	2	37.5	2	86	5	105	50	2	0	46	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1555613--1555654	22	2.0	21	86	13	59	42	4	0	52	1.22
1557975--1558021	21	2.3	21	74	3	51	38	6	17	38	1.75
1558152--1558277	32	3.9	32	84	6	175	25	16	22	35	1.95
1558523--1558563	3	13.7	3	89	0	64	34	0	4	60	1.18
1559341--1559399	23	2.6	23	81	2	75	50	13	10	25	1.72
1560570--1560603	18	1.9	18	88	5	52	14	23	8	52	1.69
1572839--1572911	20	3.7	20	98	0	137	39	17	20	21	1.92
1572900--1573095	61	3.2	61	92	1	322	29	27	21	21	1.98
1572921--1573108	20	9.3	20	83	6	245	29	27	20	22	1.99
1572921--1573108	81	2.3	81	86	5	256	29	27	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9