genome.fa.s7825.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007825.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110163_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2082551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10028--10053	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
10202--10291	42	2.1	42	83	4	110	36	33	13	16	1.88
10424--10818	168	2.4	169	96	1	735	35	10	7	46	1.67
13418--13478	23	2.7	23	94	0	104	52	0	4	42	1.23
16147--16208	27	2.2	26	76	20	63	19	27	3	50	1.63
23128--23365	111	2.1	111	89	0	359	26	14	14	44	1.84
24606--24684	33	2.4	33	89	0	113	41	32	11	13	1.81
24542--24717	32	5.3	32	70	18	110	37	28	9	24	1.87
25627--25674	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
26056--26107	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
26066--26128	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
26530--26618	39	2.3	39	90	0	142	19	12	19	49	1.79
26877--26913	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
27208--27258	25	2.0	25	88	0	75	41	19	5	33	1.76
27527--27578	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
27537--27599	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
27886--27951	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
30249--30291	20	2.3	18	82	17	61	18	16	11	53	1.72
30254--30300	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
30422--30469	20	2.4	20	86	10	71	16	16	10	56	1.67
30433--30482	20	2.5	20	78	12	57	18	14	12	56	1.68
48115--48152	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48120--48278	63	2.5	62	85	4	194	32	19	21	26	1.97
49493--49977	121	4.0	121	96	0	880	24	14	24	36	1.93
49629--49813	59	3.1	59	63	23	150	25	14	22	36	1.93
49838--49873	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
49984--50044	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
53831--53868	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
53837--53994	63	2.5	62	85	4	192	32	19	20	26	1.97
55312--55347	18	2.0	18	89	10	56	11	16	33	38	1.84
55209--55693	121	4.0	121	98	0	907	24	14	24	35	1.93
55224--55529	59	5.1	59	62	25	165	25	15	23	35	1.94
55433--55468	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
55554--55589	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
55700--55760	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
56897--57022	59	2.1	58	84	5	155	29	9	21	39	1.85
67032--67285	140	1.8	140	85	0	364	40	13	16	28	1.87
68939--69013	38	2.0	38	81	5	89	46	4	1	48	1.29
68953--69025	38	2.0	37	83	5	94	49	4	0	46	1.21
69406--69451	20	2.4	20	82	7	60	52	8	17	21	1.71
71229--71327	25	3.9	25	71	17	78	39	0	7	53	1.28
73056--73109	6	9.0	6	100	0	108	0	33	16	50	1.46
74556--74585	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84478--84539	11	5.7	11	68	24	51	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84587--84650	7	9.3	7	75	3	58	51	28	0	20	1.47
84587--84650	27	2.3	28	78	5	76	51	28	0	20	1.47
84602--84641	20	2.0	20	90	4	64	50	30	0	20	1.49
84591--84655	21	3.1	21	82	8	71	50	24	0	24	1.49
86432--86483	13	4.0	13	82	0	59	28	23	17	30	1.97
86654--86780	44	2.9	45	84	6	163	35	25	18	20	1.95
86656--87036	43	8.8	43	80	5	340	34	23	15	26	1.95
86700--86986	129	2.2	129	86	3	382	34	23	14	27	1.94
86700--87031	129	2.6	129	83	4	377	34	23	15	27	1.95
87315--87357	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
90893--90943	23	2.2	23	89	0	75	31	23	21	23	1.98
91087--91144	16	3.6	16	95	0	98	27	29	22	20	1.99
91081--91153	32	2.3	32	73	0	83	24	28	23	23	1.99
92245--92333	29	3.1	29	85	0	124	17	40	28	13	1.88
92540--92623	29	2.9	29	83	0	96	13	29	39	17	1.88
96376--96447	20	3.5	20	80	10	81	26	31	31	9	1.89
96375--96472	10	9.2	10	71	12	70	25	28	35	10	1.89
96398--96484	33	2.6	33	87	3	113	27	26	36	9	1.87
96573--96629	29	2.0	29	100	0	114	19	31	35	14	1.91
99850--99892	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
109103--109151	23	2.3	22	89	10	75	18	38	22	20	1.93
109134--109173	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114218--114262	21	2.1	21	91	0	72	42	24	8	24	1.83
122154--122249	15	6.5	15	70	9	63	62	4	5	28	1.35
122157--122250	29	3.2	28	72	19	75	62	4	5	27	1.35
130817--130863	14	3.5	14	74	11	53	63	34	0	2	1.06
132886--133133	121	2.0	123	98	1	482	36	16	16	31	1.91
138723--138783	21	3.2	21	68	29	64	32	4	19	42	1.73
138688--138822	35	3.8	36	85	6	161	33	5	17	43	1.71
143325--143444	35	3.3	35	88	6	170	31	5	19	44	1.72
150001--150053	16	3.3	16	70	0	52	37	24	13	24	1.91
149990--150068	32	2.5	32	91	2	115	44	24	12	18	1.85
150009--150062	16	3.4	16	71	0	54	40	29	12	16	1.86
150414--150756	75	4.5	75	80	11	360	43	3	7	45	1.49
150414--150753	39	8.9	38	80	13	312	43	3	7	45	1.50
150433--150758	151	2.1	152	85	10	427	44	3	7	45	1.48
150691--150778	14	6.4	13	73	12	52	42	2	3	52	1.31
150731--150778	15	3.4	14	83	13	62	39	2	4	54	1.32
150722--150778	30	1.9	30	88	0	87	43	1	3	50	1.29
150810--150843	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
151028--151057	16	1.9	15	93	6	51	20	40	26	13	1.89
152055--152161	15	7.6	13	69	21	56	16	7	0	74	1.09
152060--152125	30	2.2	31	83	8	82	16	6	0	77	0.96
152066--152118	25	2.1	26	82	6	65	18	5	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152096--152168	36	2.0	37	82	12	89	12	12	1	73	1.15
152189--152245	26	2.2	26	87	6	80	14	14	1	70	1.26
156759--157050	146	2.0	145	90	0	431	38	9	10	41	1.74
157398--157423	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
157356--157468	52	2.2	52	83	1	138	52	6	5	36	1.49
157791--157873	32	2.6	32	84	0	103	39	27	14	18	1.89
157806--157852	16	2.9	16	76	17	53	34	29	12	23	1.92
158638--158743	50	2.1	51	84	5	135	36	18	12	32	1.88
160217--160251	18	1.9	18	94	0	61	11	14	0	74	1.08
162017--162147	65	2.0	65	100	0	262	35	32	16	15	1.90
163509--163540	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
165276--165317	2	21.0	2	85	0	57	42	0	57	0	0.99
165278--165316	10	3.9	10	100	0	78	41	0	58	0	0.98
166824--166876	25	2.2	24	93	3	88	43	3	13	39	1.62
172957--172986	15	1.9	16	93	6	53	46	6	0	46	1.29
178156--178203	3	16.0	3	86	0	69	62	2	4	31	1.26
178173--178209	12	3.3	12	78	21	53	62	5	5	27	1.39
178358--178652	43	6.8	42	75	11	238	24	20	29	25	1.99
178400--178680	129	2.2	130	92	0	465	24	20	29	25	1.99
178492--178690	83	2.4	82	82	9	215	23	20	31	24	1.98
178400--178683	40	6.6	45	74	13	195	24	20	30	25	1.98
178530--178690	83	1.9	83	85	7	223	23	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178709--178762	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
179094--179128	15	2.3	15	100	0	70	40	0	20	40	1.52
179320--179514	29	6.3	29	69	21	121	44	11	9	34	1.74
179294--179498	64	3.2	63	84	3	275	43	11	11	33	1.77
179606--179743	29	5.0	27	84	9	127	49	13	9	28	1.72
179620--179745	29	4.5	29	91	3	179	47	13	9	29	1.74
180404--180449	4	12.2	4	82	13	62	26	0	21	52	1.47
180406--180441	18	2.1	17	94	5	63	25	0	22	52	1.47
188091--188146	3	19.0	3	85	3	78	62	1	3	32	1.23
190112--190252	53	2.7	53	85	2	167	19	6	24	48	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11