genome.fa.s7961.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007961.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110388_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2700559

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4208--4407	99	2.0	99	98	0	382	35	14	10	40	1.80
4478--4512	13	2.5	14	86	13	54	22	0	0	77	0.78
5382--5454	32	2.5	29	79	16	80	35	26	13	24	1.93
5556--5611	23	2.4	23	87	0	85	25	19	19	35	1.95
5865--5897	13	2.4	14	90	10	50	12	33	3	51	1.54
6993--7031	19	2.2	19	86	9	55	33	10	25	30	1.89
8157--8197	21	2.0	20	90	4	64	19	0	29	51	1.47
8349--8378	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
9079--9434	111	3.2	111	91	2	552	33	11	10	44	1.76
9882--10351	111	4.2	111	89	0	672	32	11	11	45	1.75
10743--10805	23	2.7	23	85	0	81	38	15	11	34	1.83
10765--10923	87	1.8	87	90	0	255	34	12	11	41	1.79
10851--10895	23	2.0	23	90	0	72	37	17	11	33	1.85
13706--13822	56	2.1	56	96	0	216	21	30	26	21	1.98
17969--18621	127	5.2	126	89	0	975	22	22	20	34	1.97
17967--18621	253	2.6	252	89	2	983	22	22	20	34	1.97
19031--19129	34	2.9	34	87	0	144	36	4	7	52	1.48
19643--19711	21	3.3	21	88	8	104	24	26	31	17	1.97
21344--21394	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
22096--22145	18	2.8	19	85	8	61	76	2	20	2	0.99
25515--25565	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
27391--27474	14	6.2	14	66	16	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29672--29730	29	2.0	29	93	0	100	47	20	0	32	1.50
33515--33624	57	1.9	57	87	3	159	34	18	25	21	1.96
44780--44805	11	2.4	11	100	0	52	26	7	15	50	1.71
50504--50543	17	2.4	17	91	0	62	20	32	20	27	1.97
60117--60143	14	1.9	14	100	0	54	77	0	22	0	0.76
70393--70441	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
70630--70668	2	20.0	2	89	5	62	51	0	2	46	1.14
71851--72074	123	1.8	127	90	4	359	25	20	14	39	1.91
72576--72630	18	3.1	18	100	0	110	50	5	16	27	1.66
72997--73062	13	4.8	14	77	20	59	1	22	0	75	0.88
72993--73032	16	2.3	18	87	8	57	0	20	0	80	0.72
73002--73065	16	4.0	16	75	4	58	1	23	0	75	0.90
79976--80015	15	2.7	15	96	0	71	47	0	20	32	1.50
83594--83626	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
98240--98271	13	2.5	13	95	5	57	21	0	78	0	0.76
98479--98511	12	2.6	13	90	4	50	48	0	0	51	1.00
98477--98518	14	3.0	14	86	6	50	50	0	2	47	1.14
98621--98654	14	2.4	14	90	0	50	32	2	0	64	1.08
114902--115254	191	1.8	190	89	5	552	42	25	10	21	1.85
127572--127644	20	3.7	20	94	0	119	36	24	19	19	1.94
128460--128512	24	2.3	23	90	3	79	20	16	20	41	1.90
130498--130606	20	5.8	20	76	13	97	38	22	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130505--130671	33	4.9	34	82	9	162	41	21	22	13	1.88
130525--130671	33	4.3	33	83	11	179	42	21	23	12	1.87
130676--130733	19	3.1	19	90	5	82	12	15	22	50	1.77
136131--136200	21	3.3	21	65	0	50	21	40	21	17	1.92
137806--137841	14	2.6	14	90	0	54	36	0	19	44	1.51
138087--138140	24	2.2	24	96	0	99	42	20	16	20	1.89
138087--138154	24	2.8	24	88	0	73	39	20	16	23	1.91
138480--138504	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
142786--142832	21	2.3	21	82	10	53	23	2	0	74	0.93
147905--147939	15	2.2	16	90	5	54	57	0	0	42	0.99
153120--153156	20	1.9	19	89	10	58	48	10	21	18	1.78
155863--155964	30	3.5	30	84	10	149	28	17	13	40	1.88
166862--166971	39	2.8	40	86	8	129	43	23	11	20	1.85
166900--166975	20	3.8	20	84	3	109	40	25	15	18	1.90
166884--166971	39	2.3	39	92	5	144	45	23	12	18	1.83
167087--167137	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
171119--171231	59	1.9	59	94	3	201	30	1	16	51	1.55
171310--171359	20	2.5	20	96	0	91	40	26	16	18	1.90
183281--183314	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
183902--183939	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
184091--184197	19	6.0	19	70	26	83	28	10	20	40	1.85
184092--184146	20	2.8	20	86	8	69	29	9	23	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184098--184228	51	2.5	50	87	7	183	30	9	19	39	1.85
184235--184384	40	3.8	37	75	15	122	18	15	26	40	1.89
184220--184363	20	7.2	20	76	10	123	17	14	25	43	1.87
184235--184363	60	2.2	58	87	8	188	17	15	26	41	1.89
191468--191511	23	2.0	22	81	4	52	54	2	2	40	1.25
193818--193864	18	2.7	18	86	3	60	38	6	27	27	1.81
196368--196415	18	2.7	18	75	12	53	56	12	2	29	1.48
199229--199291	29	2.1	30	85	8	85	39	9	7	42	1.67
199520--199562	22	1.9	23	85	4	61	58	9	0	32	1.30
203027--203079	19	2.8	19	81	13	65	50	0	0	49	1.00
207869--207907	19	2.1	18	90	4	60	33	10	7	48	1.66
210225--210292	35	1.9	35	87	0	100	42	22	0	35	1.54
217523--217643	63	1.9	63	86	0	170	31	23	20	24	1.98
217938--218001	32	2.0	32	82	11	78	34	9	9	46	1.68
218186--218369	22	8.7	22	84	7	231	17	23	30	28	1.97
224405--224546	22	6.8	22	79	10	122	16	21	31	30	1.95
224405--224546	40	3.5	40	83	5	176	16	21	31	30	1.95
232326--232398	23	3.2	23	98	0	137	35	21	8	34	1.84
232417--232461	22	2.0	22	86	0	63	37	13	11	37	1.80
232817--232889	23	3.2	23	90	0	110	39	20	5	34	1.76
231928--233803	491	3.8	490	93	1	3158	40	10	7	41	1.68
233306--233378	23	3.2	23	88	0	101	38	19	5	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231928--233803	981	1.9	976	93	1	3220	40	10	7	41	1.68
237606--237632	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
237954--237986	7	4.7	7	96	0	57	33	0	0	66	0.92
238472--238555	43	2.0	43	95	0	150	44	5	14	35	1.69
239554--239617	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
241860--242164	152	2.0	152	100	0	610	36	14	10	38	1.80
246549--246588	12	3.5	11	87	12	55	77	0	2	20	0.88
246642--246985	37	9.4	37	76	13	304	42	6	3	47	1.46
246642--246985	73	4.7	72	77	14	278	42	6	3	47	1.46
246673--246909	36	6.4	35	81	14	214	42	5	3	48	1.41
246873--246936	31	2.1	29	85	5	83	40	7	6	45	1.58
248297--248324	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
249936--249970	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
250611--250731	55	2.2	55	98	0	233	26	13	6	53	1.63
251616--251673	23	2.6	23	94	5	102	39	3	12	44	1.58
254819--255295	125	3.8	126	96	1	877	21	25	19	32	1.97
254819--255295	251	1.9	251	96	0	893	21	25	19	32	1.97
255680--255779	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
256296--256389	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
263423--263510	10	9.1	10	77	12	94	18	23	30	27	1.97
263423--263512	19	4.7	19	90	6	128	17	25	30	26	1.98
263506--263563	17	3.4	17	100	0	116	17	44	24	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263553--263582	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
263553--263578	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
271289--271329	22	1.9	21	85	14	57	58	19	17	4	1.56
286459--286554	37	2.5	39	84	3	133	45	4	7	42	1.51
286536--286590	21	2.5	21	88	5	74	47	3	9	40	1.53
286495--286590	23	4.6	21	72	20	69	46	4	8	40	1.53
286460--286669	97	2.1	97	83	8	257	47	5	7	40	1.55
286557--286677	38	3.2	36	80	15	131	47	5	7	38	1.56
286556--286724	37	4.6	36	70	21	93	47	4	7	40	1.53
286702--286757	25	2.2	25	81	15	71	44	1	3	50	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12