genome.fa.s7961.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007961.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110388_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2700559

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331872--2331905	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2331958--2331991	16	2.1	16	100	0	68	26	41	0	32	1.56
2335779--2335905	64	2.0	64	96	0	236	35	17	14	32	1.91
2337729--2337758	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
2347382--2347444	28	2.2	28	83	5	74	47	4	1	46	1.33
2350947--2350990	12	3.8	12	90	3	63	11	9	47	31	1.71
2350945--2350990	24	2.0	24	91	4	76	10	10	47	30	1.73
2351008--2351068	24	2.6	25	78	17	69	44	0	0	55	0.99
2351104--2351147	13	3.5	13	93	3	72	13	15	52	18	1.75
2365487--2365526	20	2.0	21	95	5	73	32	22	5	40	1.76
2366357--2366432	23	3.2	23	63	23	57	36	9	7	46	1.65
2366346--2366443	49	2.0	49	100	0	196	36	12	8	42	1.72
2379677--2379701	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
2387968--2388583	136	4.5	136	90	2	932	34	17	21	26	1.96
2395172--2395223	16	3.5	15	77	22	56	30	5	0	63	1.18
2395168--2395223	27	2.0	29	86	13	82	30	5	0	64	1.16
2395556--2395581	7	3.7	7	100	0	52	26	0	11	61	1.30
2395971--2396022	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
2403223--2403446	114	2.0	113	90	0	358	34	15	18	31	1.93
2404588--2404755	74	2.3	74	84	4	214	33	16	20	29	1.94
2406482--2407150	112	6.0	112	93	1	981	37	14	19	27	1.91
2408438--2408481	15	2.8	15	82	6	52	29	2	2	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409370--2410744	336	4.1	336	85	2	1782	22	32	11	33	1.90
2413333--2413383	24	2.2	24	80	19	63	45	0	3	50	1.20
2413336--2413385	25	2.1	24	85	14	68	48	0	6	46	1.27
2431190--2431339	26	5.7	27	71	10	121	38	8	14	38	1.76
2431130--2431393	94	2.9	92	70	18	259	35	7	15	41	1.76
2431182--2431336	80	1.9	79	93	1	265	38	8	15	37	1.78
2431303--2431545	69	3.6	67	77	10	246	38	6	13	41	1.71
2431354--2431551	65	3.0	66	82	10	269	39	7	13	39	1.72
2431355--2431545	64	2.9	66	84	9	255	39	7	13	39	1.73
2457916--2457995	42	1.9	42	92	5	135	28	22	7	41	1.81
2457925--2458019	42	2.3	42	83	10	115	30	21	8	40	1.83
2458348--2458385	15	2.5	15	91	0	58	34	15	23	26	1.95
2462690--2462733	18	2.3	20	88	7	65	50	0	9	40	1.34
2465971--2466029	23	2.6	23	97	0	109	37	15	16	30	1.90
2467302--2467326	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
2469627--2469749	30	4.1	30	94	1	203	31	26	21	21	1.98
2469738--2469835	31	3.2	30	78	13	117	32	18	19	29	1.96
2470501--2470545	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2474947--2475069	30	4.1	30	95	1	212	30	26	21	21	1.98
2475058--2475155	31	3.2	30	78	13	117	32	18	19	29	1.96
2480083--2480138	28	2.1	27	90	9	89	25	17	7	50	1.72
2489067--2489122	16	3.4	16	74	13	51	57	3	0	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489851--2489896	18	2.6	18	86	13	60	76	0	6	17	1.00
2489926--2489964	14	2.9	13	85	14	53	71	0	10	17	1.12
2489866--2489955	20	4.6	18	74	23	60	73	1	10	15	1.15
2489851--2489997	27	5.3	26	69	19	75	70	1	11	16	1.22
2489870--2489955	44	2.0	44	81	4	102	73	1	10	15	1.16
2489902--2490032	68	1.9	67	82	15	164	70	1	12	16	1.24
2490004--2490089	21	4.1	20	70	20	68	73	8	1	17	1.14
2490069--2490107	17	2.4	16	84	16	53	79	0	5	15	0.90
2490139--2490176	15	2.5	15	83	8	51	73	2	10	13	1.19
2492067--2492396	85	3.9	85	86	1	439	25	17	22	34	1.96
2492535--2492987	142	3.2	145	86	5	636	26	15	21	35	1.94
2495513--2495632	64	1.9	63	83	8	154	36	20	15	27	1.93
2501716--2501745	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2502727--2502883	2	79.0	2	88	1	235	45	1	3	49	1.28
2504373--2504416	2	21.5	2	90	4	70	47	4	0	47	1.22
2507106--2507230	64	2.0	64	88	3	189	38	16	18	27	1.91
2507690--2507907	103	2.1	103	95	0	391	25	12	24	37	1.90
2507924--2507986	23	2.7	23	85	9	85	22	26	26	23	2.00
2513618--2513758	64	2.2	64	87	2	194	36	17	19	26	1.94
2514241--2514460	105	2.1	103	94	1	386	25	13	25	36	1.92
2514477--2514539	23	2.7	23	85	4	83	20	25	28	25	1.99
2515134--2515180	23	2.0	23	100	0	94	29	42	4	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517943--2517986	19	2.3	19	84	11	54	52	25	2	20	1.58
2523522--2523610	33	2.7	33	92	0	142	44	15	5	33	1.70
2525827--2525865	19	2.1	19	100	0	78	23	30	15	30	1.95
2525829--2525877	19	2.6	19	90	6	73	24	32	14	28	1.94
2531886--2531910	7	3.6	7	100	0	50	72	0	12	16	1.13
2541853--2541886	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2548116--2548256	64	2.2	62	80	9	151	33	17	22	26	1.96
2548893--2548947	23	2.6	20	82	8	65	20	18	30	30	1.96
2552192--2552332	64	2.2	63	81	7	160	32	17	23	26	1.97
2552986--2553034	23	2.1	24	84	3	64	28	16	22	32	1.95
2560138--2560295	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
2560262--2560415	20	7.7	20	79	7	159	37	26	17	18	1.93
2560798--2560868	33	2.2	33	86	0	97	12	21	16	49	1.79
2560948--2561057	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
2560941--2561057	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
2561008--2561064	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2561000--2561069	33	2.1	33	100	0	140	47	20	24	8	1.78
2561075--2561177	19	6.1	18	71	20	87	11	23	20	44	1.84
2561097--2561171	14	4.7	15	73	20	55	10	24	22	42	1.85
2561075--2561179	51	2.0	52	96	1	194	11	23	20	44	1.83
2562874--2563249	93	4.1	93	98	0	727	22	12	19	45	1.83
2563297--2563425	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563333--2563425	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2563297--2563425	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2563421--2563555	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2563443--2563499	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2563426--2563518	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2565477--2565526	14	3.6	14	97	0	91	36	0	22	42	1.54
2565633--2565730	19	5.4	19	82	13	134	45	16	22	15	1.84
2565633--2565749	53	2.2	53	95	1	209	43	17	24	14	1.86
2565739--2565958	19	12.7	19	74	19	214	15	21	18	45	1.86
2565739--2565891	70	2.2	70	94	2	263	15	21	18	44	1.86
2565739--2565930	51	3.7	52	86	7	214	15	22	17	44	1.86
2565869--2565972	33	3.1	33	86	8	165	13	21	19	46	1.84
2565865--2565991	67	1.9	67	91	0	209	14	19	20	45	1.85
2567582--2567628	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2568310--2568580	20	13.5	20	84	2	292	19	16	24	39	1.92
2568310--2568580	40	6.8	40	88	3	330	19	16	24	39	1.92
2568567--2568649	21	4.0	21	75	6	87	26	16	22	33	1.96
2572392--2572438	19	2.4	19	79	10	51	57	0	4	38	1.18
2574110--2574158	22	2.2	22	82	7	55	61	0	8	30	1.25
2584141--2584205	31	2.1	31	85	5	87	32	26	18	23	1.97
2585319--2585352	17	2.0	17	100	0	68	35	23	5	35	1.79
2587131--2587383	131	1.9	131	91	1	409	35	28	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587723--2587768	22	2.0	22	83	8	56	30	13	0	56	1.37
2589285--2589323	17	2.3	17	86	8	53	33	0	2	64	1.08
2594130--2594315	75	2.5	75	85	1	248	32	11	13	42	1.80
2603749--2603779	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2606453--2606477	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2607907--2607981	3	25.3	3	92	8	127	68	0	0	32	0.90
2610135--2610193	28	2.1	28	96	3	111	35	13	10	40	1.78
2610935--2610979	20	2.3	20	88	3	65	48	13	4	33	1.62
2614372--2614418	18	2.7	18	86	3	60	25	25	10	38	1.88
2614599--2614730	65	2.0	66	98	1	257	27	18	19	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12