genome.fa.s7961.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007961.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110388_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2700559

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  10  of  12  ( 1371 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026633--2026919	19	16.9	15	80	15	93	14	20	18	47	1.83
2026647--2026933	33	8.2	34	78	17	233	13	20	18	47	1.83
2029208--2029232	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2029406--2029452	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2030135--2030503	20	18.5	20	85	4	449	20	18	26	34	1.95
2031402--2031471	3	22.3	3	84	11	72	68	1	2	27	1.12
2031402--2031465	23	2.8	23	81	6	69	68	1	3	26	1.13
2031455--2031522	24	2.8	23	78	10	66	69	1	1	27	1.06
2032526--2032551	9	2.9	9	100	0	52	23	11	7	57	1.59
2033781--2033885	46	2.3	46	93	1	176	42	5	18	33	1.73
2034063--2034129	17	3.6	17	76	21	71	20	23	31	23	1.98
2034034--2034131	40	2.5	38	85	3	133	26	23	27	22	1.99
2034938--2034981	22	2.0	23	86	4	63	15	6	0	77	0.97
2040399--2041010	262	2.4	258	88	7	876	40	19	11	28	1.87
2043780--2043820	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
2044692--2044728	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2048989--2049137	60	2.5	58	79	6	147	44	6	14	34	1.71
2055063--2055127	23	2.8	23	83	0	85	27	23	27	21	1.99
2055142--2055359	103	2.1	103	92	0	355	37	22	12	27	1.91
2075461--2075509	24	2.0	24	96	0	89	30	20	16	32	1.94
2076167--2076250	14	6.5	13	71	20	70	44	0	1	54	1.07
2076141--2076213	26	2.8	27	80	15	75	41	0	2	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076168--2076270	28	3.4	28	71	18	98	41	0	1	56	1.10
2076102--2076271	12	13.5	12	68	19	73	39	0	2	58	1.11
2076115--2076279	63	2.6	64	88	7	241	39	0	2	57	1.16
2076266--2076327	18	3.2	20	78	19	62	35	1	0	62	1.05
2076286--2076340	18	2.9	18	82	15	51	32	0	1	65	1.03
2076533--2076566	17	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
2077200--2077251	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2077759--2077850	28	3.3	28	100	0	184	41	16	19	22	1.90
2078794--2078885	19	4.5	20	78	10	98	23	20	23	31	1.98
2078784--2078885	21	5.0	21	78	9	104	22	20	23	33	1.97
2079752--2079943	42	4.6	42	92	2	298	34	23	21	20	1.97
2079777--2079996	63	3.5	63	82	10	186	35	24	20	19	1.96
2079752--2079996	42	5.9	41	88	5	275	34	23	21	20	1.97
2079925--2080005	42	1.9	42	97	0	153	35	22	22	19	1.96
2079759--2080010	21	12.2	18	71	15	63	35	23	21	20	1.96
2080013--2080081	21	3.3	21	93	0	120	15	17	33	33	1.92
2080634--2081002	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2081676--2081722	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2081897--2081921	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2082635--2082691	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2082616--2082708	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2082579--2082713	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082709--2082837	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2082709--2082800	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2082881--2083259	93	4.1	93	98	1	744	46	18	12	22	1.83
2082881--2083259	184	2.0	186	98	1	744	46	18	12	22	1.83
2084963--2085052	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2084955--2085069	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2084962--2085074	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2085086--2085140	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2085261--2085331	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2085512--2085566	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2085712--2085905	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2085712--2085905	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2085898--2085974	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
2085960--2086011	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2086248--2086283	19	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
2093568--2094541	287	3.4	285	91	1	1572	22	19	17	40	1.91
2095791--2095821	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
2098720--2098750	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
2107989--2108039	20	2.5	21	78	15	63	25	0	3	70	1.04
2108479--2108518	20	2.0	20	90	0	62	45	10	5	40	1.60
2108532--2108570	19	2.0	21	90	10	64	46	12	5	35	1.65
2108475--2108623	52	2.9	52	91	5	239	48	11	6	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108582--2108622	20	2.0	21	85	4	57	41	14	7	36	1.74
2113192--2113231	20	2.0	20	90	9	64	45	10	5	40	1.60
2113188--2113337	53	2.9	52	92	3	239	48	12	6	32	1.67
2113245--2113284	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
2113573--2113635	2	32.0	2	96	3	119	50	0	0	49	1.00
2123625--2123681	25	2.3	25	100	0	114	24	26	17	31	1.97
2124598--2124652	23	2.4	23	87	0	74	49	9	0	41	1.34
2126664--2126722	18	3.2	18	85	2	82	30	32	18	18	1.95
2138107--2138172	33	2.0	33	100	0	132	27	3	21	48	1.64
2141269--2141296	14	2.0	14	100	0	56	21	14	35	28	1.92
2145546--2145578	14	2.4	14	90	5	50	21	3	6	69	1.24
2145599--2145670	33	2.2	32	82	7	83	25	2	9	62	1.39
2151613--2151653	21	1.9	22	90	5	66	39	14	17	29	1.89
2153243--2153313	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
2153480--2153579	24	4.2	24	70	10	69	49	16	12	23	1.78
2156152--2156215	18	3.6	18	85	8	78	12	17	48	21	1.80
2171318--2171561	121	2.0	121	99	0	479	24	13	19	42	1.87
2182608--2182642	17	1.9	19	88	11	56	25	34	8	31	1.86
2193021--2193064	22	2.0	22	82	8	54	20	11	22	45	1.83
2196385--2196475	41	2.2	41	92	0	146	12	19	14	53	1.71
2196411--2196475	22	3.1	22	67	13	64	12	18	16	52	1.74
2196574--2196790	38	5.7	38	82	5	237	24	22	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196622--2196790	39	4.4	39	87	5	236	25	22	12	39	1.89
2202672--2203290	51	11.9	51	89	4	776	28	26	15	29	1.96
2204500--2204550	16	3.2	16	86	2	68	5	15	0	78	0.93
2204507--2204584	23	3.3	23	78	7	84	6	14	1	78	1.01
2204507--2204633	7	16.4	7	68	16	56	7	17	0	74	1.08
2204506--2204575	16	4.5	15	79	13	70	5	14	1	78	1.00
2204506--2204585	8	9.9	8	72	22	60	6	15	1	77	1.02
2232921--2232971	26	2.0	26	100	0	102	21	19	19	39	1.93
2239736--2239883	72	2.1	72	97	0	278	26	14	26	33	1.94
2246296--2246329	16	2.2	15	89	5	50	35	38	2	23	1.70
2252066--2252098	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2257827--2257854	5	5.6	5	100	0	56	21	17	0	60	1.36
2264721--2264836	30	3.8	31	85	4	103	31	13	6	48	1.69
2266926--2267028	49	2.1	49	85	0	134	26	22	23	28	1.99
2276133--2276215	17	5.3	17	73	16	81	13	22	45	18	1.84
2276158--2276214	5	10.6	5	76	14	51	8	22	49	19	1.76
2276140--2276214	22	3.4	22	94	0	132	10	22	48	18	1.79
2276211--2276290	10	8.3	10	77	21	82	26	28	30	15	1.96
2276211--2276310	29	3.4	29	86	6	130	28	27	29	16	1.97
2283474--2283512	17	2.3	17	100	0	78	12	23	46	17	1.83
2283510--2283615	19	5.5	19	80	10	110	27	29	27	16	1.97
2283514--2283636	10	12.7	10	80	10	132	28	27	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283509--2283635	29	4.4	28	90	4	164	28	27	27	16	1.97
2295786--2295850	2	33.5	2	83	11	82	50	1	1	46	1.20
2298795--2298969	60	2.9	60	76	3	183	32	25	5	36	1.79
2300635--2300678	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2316369--2316626	128	2.0	126	91	1	417	36	13	12	37	1.83
2317249--2317291	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
2317260--2317345	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
2323923--2324004	29	2.8	29	89	5	121	42	7	20	29	1.79
2323954--2324018	29	2.2	29	83	5	78	44	7	20	27	1.78
2329780--2329820	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12