genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649--1678	15	2.0	15	93	0	51	36	16	13	33	1.88
6154--6189	19	1.9	19	94	5	65	55	11	5	27	1.57
9188--9264	37	2.0	38	92	5	129	54	11	18	15	1.70
10272--10312	20	2.0	20	100	0	82	41	19	29	9	1.83
18216--18240	11	2.3	11	100	0	50	32	8	8	52	1.60
18562--18605	22	1.9	23	86	9	63	45	6	9	38	1.63
19228--19314	36	2.5	34	86	3	111	35	13	13	36	1.85
19228--19334	34	3.0	36	82	6	119	34	14	14	36	1.87
20792--20836	24	1.9	23	81	4	54	15	6	6	71	1.29
26868--26894	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
29283--29327	24	1.9	23	81	4	54	15	6	6	71	1.29
41183--41253	33	2.2	33	97	0	133	50	11	18	19	1.76
45383--45426	21	2.2	20	83	4	52	38	4	2	54	1.33
45987--46037	21	2.4	21	75	18	61	19	13	31	35	1.91
46505--46542	3	12.7	3	100	0	76	34	0	65	0	0.93
52093--52138	19	2.4	19	96	3	83	21	0	26	52	1.47
54711--54798	31	2.9	31	89	1	133	35	19	19	26	1.95
57440--57467	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
57956--58015	31	2.0	31	86	3	86	33	16	18	31	1.93
63233--63291	17	3.4	17	83	2	73	35	15	13	35	1.87
64921--64984	32	2.0	32	100	0	128	37	15	12	34	1.85
71623--71712	3	30.0	3	71	8	67	34	1	1	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71623--71710	21	4.2	21	77	10	81	34	1	1	63	1.09
75664--75746	2	41.5	2	100	0	166	50	0	0	49	1.00
76078--76554	55	8.7	56	90	3	604	28	22	15	34	1.94
76523--77368	54	15.6	54	87	3	1103	24	24	16	34	1.95
83243--83297	21	2.6	21	82	5	67	14	20	18	47	1.83
85676--85727	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
86212--86275	17	3.4	17	72	25	56	42	1	0	56	1.09
86203--86275	21	3.5	20	80	12	85	42	1	0	56	1.08
86209--86270	19	3.1	19	81	9	79	41	1	0	56	1.09
86200--86275	22	3.6	21	79	12	93	42	1	0	56	1.07
92911--92954	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
96929--96985	19	3.2	19	70	29	61	56	0	1	42	1.10
96960--97039	23	3.4	23	81	6	90	57	1	2	38	1.20
96929--97050	21	6.0	20	70	16	81	58	0	2	38	1.17
98467--98553	45	1.9	45	97	0	165	45	10	22	20	1.81
100633--100747	3	39.0	3	84	10	157	33	0	2	63	1.08
102259--102349	30	3.0	30	78	1	101	15	13	15	56	1.68
103097--103135	17	2.3	17	90	0	60	23	5	7	64	1.40
103410--103446	18	2.1	18	100	0	74	24	16	5	54	1.63
103800--103885	42	2.0	42	97	0	163	27	24	10	37	1.88
103844--104005	82	2.0	82	97	0	306	31	19	7	41	1.79
106925--106978	21	2.6	21	93	0	90	16	38	24	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112730--112781	23	2.3	23	77	6	63	23	40	19	17	1.91
119639--119690	26	2.0	25	82	14	61	19	5	17	57	1.59
121978--122039	31	2.0	31	93	0	106	24	4	11	59	1.51
129655--129842	94	2.0	94	100	0	376	34	26	18	21	1.96
135173--135213	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
136397--136473	30	2.6	30	100	0	154	20	11	28	38	1.88
136482--136521	18	2.2	18	100	0	80	17	50	22	10	1.76
138929--139043	47	2.4	48	88	4	162	25	15	19	40	1.91
138929--139043	24	4.8	24	87	6	162	25	15	19	40	1.91
141398--141432	18	1.9	18	100	0	70	17	45	22	14	1.84
143896--143991	24	4.0	24	89	2	122	23	15	19	40	1.90
151227--151251	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
152774--152808	16	2.1	18	89	10	56	48	17	0	34	1.47
154037--154146	54	2.0	54	91	3	177	31	16	13	38	1.88
159225--159509	146	2.0	146	96	1	527	42	7	6	43	1.58
161183--161254	30	2.4	30	90	0	108	41	9	20	27	1.84
168245--168301	30	1.9	30	100	0	114	36	24	21	17	1.94
174200--174256	24	2.4	24	100	0	114	28	21	33	17	1.96
176006--176038	5	6.6	5	100	0	66	21	57	21	0	1.41
179113--179185	30	2.5	31	82	8	89	38	8	19	34	1.81
188582--188617	17	2.1	17	89	0	54	38	2	5	52	1.39
190524--190564	18	2.3	18	86	0	55	31	36	4	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204066--204116	6	8.5	6	100	0	102	0	49	0	50	1.00
209607--209910	135	2.3	132	84	4	380	26	17	27	28	1.98
218002--218064	30	2.1	30	84	0	81	31	6	20	41	1.77
221652--221683	12	2.7	12	100	0	64	12	6	0	81	0.87
222553--222585	15	2.2	15	100	0	66	72	6	0	21	1.05
224334--224435	50	2.0	50	98	0	195	22	16	14	46	1.84
225286--225361	21	3.6	21	90	0	107	19	23	19	36	1.95
225349--225421	20	3.7	20	96	0	137	38	21	20	19	1.94
225408--225459	20	2.6	20	100	0	104	30	25	21	23	1.99
225637--225702	22	3.0	22	88	0	96	24	37	15	22	1.92
226070--226119	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
226104--226142	20	2.0	20	94	0	69	12	10	17	58	1.61
226106--226149	20	2.2	20	87	0	61	13	11	18	56	1.66
228013--228137	20	5.8	20	80	14	133	43	23	18	15	1.87
228056--228099	14	3.1	14	83	0	61	50	25	15	9	1.74
228163--228345	20	9.4	20	80	11	191	20	19	21	37	1.94
228148--228346	96	2.1	95	93	1	337	20	20	21	38	1.94
228825--228927	21	4.9	21	71	8	75	22	34	19	23	1.96
228826--228927	42	2.4	42	78	3	116	22	34	19	23	1.97
230466--230500	14	2.5	14	95	0	61	45	22	22	8	1.79
230552--230632	33	2.4	33	83	2	90	12	22	18	46	1.82
230606--230717	20	5.6	20	92	0	179	17	21	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233107--233160	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
233999--234085	20	4.3	20	95	0	147	22	19	27	29	1.98
234072--234207	20	6.8	20	94	0	236	19	19	20	41	1.91
234207--234259	21	2.5	21	84	0	70	35	16	24	22	1.95
235370--235451	31	2.6	31	94	0	137	32	13	6	47	1.67
235922--235956	17	2.1	17	100	0	70	40	0	0	60	0.97
236347--236429	29	2.9	29	64	7	69	48	8	0	43	1.33
237627--237985	195	1.8	195	93	1	630	30	13	21	34	1.92
245198--245289	42	2.2	42	92	3	150	45	17	9	27	1.79
246035--246081	13	3.6	13	97	0	85	31	10	8	48	1.68
255952--255983	15	2.0	17	88	11	50	68	0	9	21	1.17
260855--260893	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
261195--261288	30	3.1	30	83	3	100	34	28	20	17	1.95
261249--261343	31	3.1	31	80	3	111	34	21	17	26	1.95
262367--262414	19	2.6	19	83	9	55	22	27	20	29	1.99
265012--265056	22	2.0	24	86	8	67	37	26	4	31	1.76
265370--265463	30	3.1	30	83	3	100	34	28	20	17	1.95
265424--265518	31	3.1	31	78	3	102	34	20	17	27	1.95
265945--266000	25	2.2	25	100	0	112	23	23	0	53	1.46
266478--266535	20	2.6	22	86	10	75	25	22	22	29	1.99
266523--266663	64	2.2	63	81	7	160	26	23	17	32	1.97
274117--274148	13	2.5	13	94	0	55	43	18	0	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275509--275545	20	1.9	19	89	10	58	51	10	18	18	1.75
277341--277374	7	4.7	7	85	7	50	29	2	0	67	1.05
278554--278606	21	2.5	21	81	0	61	18	26	18	35	1.95
278596--278647	21	2.5	21	87	3	70	40	19	21	19	1.92
279512--279565	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
282023--282085	19	3.3	19	86	2	72	41	19	20	19	1.91
282068--282162	33	2.9	33	91	0	154	46	17	23	12	1.82
282030--282166	19	7.7	19	70	16	87	44	18	23	13	1.85
282172--282289	33	3.4	33	85	11	164	10	21	22	46	1.80
282191--282289	19	5.5	19	84	11	145	11	22	21	45	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15