genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2358585--2358623	17	2.3	17	95	0	69	35	7	15	41	1.76
2372085--2372128	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
2376016--2376065	21	2.4	21	75	0	55	16	16	34	34	1.90
2376621--2376668	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2377785--2377823	15	2.7	15	84	7	55	69	0	2	28	1.02
2377780--2377823	13	3.1	14	83	6	54	70	0	4	25	1.06
2379042--2379199	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
2379249--2379302	28	1.9	28	92	0	90	27	27	20	24	1.99
2379229--2379322	48	2.0	47	89	8	145	30	27	19	22	1.98
2379277--2379423	40	3.7	40	96	0	258	38	24	17	19	1.92
2379166--2379423	20	12.5	20	81	8	221	37	24	17	20	1.94
2380106--2380152	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2380327--2380351	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2382686--2382785	19	5.5	19	82	12	138	15	22	17	46	1.84
2382669--2382785	53	2.2	53	93	1	200	14	23	17	44	1.85
2382892--2382928	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2384910--2384966	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2384891--2384983	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2384854--2384988	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2384984--2385112	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2384984--2385075	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2385156--2385722	93	6.1	93	98	0	1098	45	18	12	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387426--2387501	14	4.7	14	74	22	53	42	23	25	9	1.83
2387440--2387523	19	4.7	19	78	14	97	42	22	23	10	1.85
2387418--2387523	52	2.0	52	94	0	185	44	20	24	10	1.83
2387535--2387591	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2387519--2387599	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2387576--2387651	21	3.7	21	80	3	100	13	25	15	46	1.82
2387575--2387652	41	1.9	41	94	0	138	14	25	15	44	1.84
2387542--2387651	21	5.8	20	71	17	99	12	24	17	45	1.83
2387731--2387801	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
2387983--2388037	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2388184--2388377	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	36	1.95
2388184--2388377	60	3.2	60	82	0	244	19	19	25	36	1.95
2388344--2388501	21	7.8	20	72	8	86	18	17	24	39	1.92
2388344--2388442	42	2.4	43	77	11	100	21	18	22	38	1.93
2390819--2390865	24	2.0	23	87	4	67	23	23	23	29	1.99
2390867--2390948	24	3.4	24	91	1	128	18	26	26	28	1.98
2397345--2397403	21	2.8	20	85	10	73	47	28	5	18	1.70
2398476--2398507	11	2.9	11	100	0	64	18	9	43	28	1.81
2399749--2399846	21	4.8	20	75	10	85	33	20	22	23	1.97
2399749--2399846	42	2.4	42	79	6	112	33	20	22	23	1.97
2399906--2399961	21	2.7	19	76	15	58	25	21	21	32	1.98
2400052--2400100	6	8.5	6	88	8	75	30	20	48	0	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400054--2400099	11	4.1	11	94	2	74	32	19	47	0	1.50
2400052--2400100	17	2.8	18	87	9	75	30	20	48	0	1.50
2403674--2403701	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
2403673--2403713	15	2.7	15	85	7	57	43	17	2	36	1.62
2410301--2410333	15	2.2	15	100	0	66	33	33	18	15	1.92
2410445--2410513	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
2410478--2410513	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
2410821--2411004	64	2.9	63	84	3	226	26	17	20	35	1.95
2410884--2411046	64	2.5	64	81	5	179	28	20	17	33	1.95
2419139--2419183	20	2.2	20	100	0	90	24	31	20	24	1.98
2419351--2419407	22	2.6	22	91	0	87	19	42	19	19	1.90
2419764--2419869	20	5.4	20	82	7	101	15	16	21	47	1.82
2419833--2419876	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2421764--2421829	20	3.3	20	84	0	87	36	25	21	16	1.94
2421862--2421904	19	2.3	19	88	8	61	18	16	20	44	1.87
2421867--2421905	19	2.0	20	95	5	71	15	15	17	51	1.77
2421911--2421958	20	2.4	20	92	0	78	18	18	27	35	1.95
2421911--2421968	20	2.9	20	79	5	55	18	17	24	39	1.92
2422444--2422565	42	2.9	42	78	8	133	24	33	17	24	1.96
2424058--2424135	20	3.9	20	86	6	95	43	23	17	15	1.87
2424058--2424135	40	2.0	40	86	0	111	43	23	17	15	1.87
2424174--2424324	20	7.8	20	78	8	170	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424125--2424308	74	2.5	74	86	0	244	25	18	21	34	1.96
2425167--2425207	13	3.2	13	82	0	55	34	24	29	12	1.91
2427223--2427323	35	2.9	35	93	0	175	34	25	31	7	1.85
2427394--2427454	24	2.5	24	83	0	68	44	18	13	24	1.85
2430019--2430048	12	2.6	11	90	10	51	56	0	16	26	1.40
2433379--2433403	12	2.1	12	100	0	50	8	8	24	60	1.52
2433783--2433830	14	3.4	14	80	5	53	41	4	0	54	1.20
2435804--2435843	14	2.9	14	85	3	55	17	5	5	72	1.21
2438133--2438209	36	2.1	37	85	2	102	29	19	22	28	1.98
2438229--2438267	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
2440958--2441024	21	3.2	20	76	17	57	25	19	26	28	1.99
2446858--2446948	45	2.0	46	89	2	139	28	19	24	27	1.99
2446968--2447006	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
2451300--2451339	5	8.0	5	100	0	80	20	0	40	40	1.52
2452027--2452078	21	2.5	21	84	3	70	40	19	23	17	1.91
2452046--2452140	41	2.3	41	80	3	111	36	23	18	21	1.95
2452067--2452161	20	4.7	20	76	7	84	32	25	17	24	1.97
2452348--2452391	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
2452654--2452712	20	3.0	20	84	0	73	15	18	22	44	1.87
2452849--2452903	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2454031--2454075	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2454557--2454609	20	2.7	20	78	0	61	41	24	18	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454612--2454669	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2454596--2454686	32	2.8	33	93	3	157	48	21	17	12	1.80
2454703--2454795	33	2.8	33	93	1	152	12	18	21	47	1.82
2454780--2454835	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
2455200--2455287	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
2456702--2456737	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2456874--2456941	19	3.8	19	81	14	92	47	16	22	14	1.82
2456968--2457055	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
2456948--2457035	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
2457269--2457318	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
2457345--2457396	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
2458409--2458433	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2460723--2460814	19	5.4	18	68	24	74	44	19	23	11	1.84
2460723--2460816	33	2.8	33	95	0	170	43	20	24	11	1.85
2460825--2460891	19	3.8	19	75	18	81	11	22	20	44	1.84
2460998--2461034	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2462390--2462594	42	4.9	41	72	11	155	23	18	35	22	1.96
2462390--2462456	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2462420--2462595	84	2.1	84	96	0	325	24	17	35	22	1.95
2462814--2462998	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	22	1.82
2464729--2464784	14	3.6	14	74	21	58	42	23	25	8	1.82
2464710--2464801	33	2.8	33	96	0	166	43	22	22	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464681--2464806	19	7.1	19	75	17	110	42	21	23	11	1.86
2464796--2464837	19	2.2	19	86	0	57	14	19	21	45	1.85
2464802--2464868	19	3.5	19	87	2	98	11	16	23	47	1.80
2465385--2465437	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2465450--2465496	20	2.3	20	96	0	85	25	19	25	29	1.98
2465570--2465610	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2466661--2466716	28	2.0	29	82	3	69	55	5	14	25	1.60
2467863--2467927	22	3.0	22	97	0	121	13	36	26	23	1.92
2470632--2470683	24	2.2	24	89	0	77	23	21	26	28	1.99
2470632--2470693	24	2.6	24	84	0	70	25	17	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15