genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1939327--1939404	33	2.4	33	93	0	129	19	16	17	46	1.85
1939719--1939755	18	2.1	18	89	0	56	51	10	8	29	1.65
1940144--1940192	25	2.0	25	87	0	71	44	16	8	30	1.76
1940252--1940289	20	1.9	20	100	0	76	39	21	23	15	1.92
1941133--1941186	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
1942159--1942221	20	3.2	20	95	0	108	28	12	28	30	1.93
1944643--1945010	41	9.0	41	86	1	504	27	19	18	34	1.95
1944949--1945071	62	2.0	61	93	1	210	24	22	17	34	1.96
1945010--1945104	40	2.3	41	83	3	138	26	21	17	34	1.95
1947697--1947772	36	2.1	36	100	0	152	19	5	15	59	1.55
1947697--1947788	36	2.6	36	92	3	132	20	6	16	56	1.62
1949716--1949999	43	6.7	43	82	4	308	30	21	19	29	1.97
1949716--1950012	84	3.5	85	83	4	339	29	21	18	30	1.97
1949714--1949999	127	2.2	126	81	2	302	30	21	19	29	1.97
1953687--1953729	23	1.9	22	90	4	68	74	2	0	23	0.93
1956570--1956657	44	2.0	44	97	0	167	26	12	20	40	1.88
1960253--1960286	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
1960328--1960361	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
1960830--1961077	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
1961474--1961549	35	2.2	35	95	0	134	36	1	22	39	1.63
1966818--1966854	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
1968309--1968343	18	1.9	18	94	0	61	45	17	20	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977143--1977194	16	3.2	17	72	22	58	44	0	19	36	1.51
1977477--1977507	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
1978022--1978463	226	2.0	224	95	0	794	45	7	7	39	1.60
1978530--1978575	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
1978706--1978748	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
1980951--1981015	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
1981049--1981114	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
1982903--1982951	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
1983070--1984251	197	5.9	199	91	6	1965	36	15	16	31	1.90
1983680--1983734	21	2.6	21	100	0	110	40	16	16	27	1.89
1983701--1984251	192	2.8	198	96	3	1033	36	15	16	31	1.90
1985707--1985778	3	24.0	3	79	0	81	36	5	33	25	1.79
1986950--1987255	151	2.0	151	94	4	539	47	7	9	35	1.64
1987312--1987830	183	2.9	183	94	2	899	35	14	16	33	1.89
1990283--1990342	25	2.4	25	88	0	84	33	8	15	43	1.76
1990621--1990667	21	2.2	22	77	11	53	38	12	10	38	1.78
1990685--1990745	20	2.8	23	75	12	65	36	6	21	36	1.79
1990707--1990754	23	2.1	22	85	11	62	35	2	20	41	1.64
1991021--1991071	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
1991454--1991490	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
1991446--1991492	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
1991747--1991830	39	2.2	39	95	0	150	48	20	14	16	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1992232--1992304	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
1998445--1998547	36	2.9	36	95	0	179	23	15	17	43	1.87
2007388--2007461	30	2.5	30	84	2	96	10	29	24	35	1.89
2008506--2008590	42	2.0	42	100	0	170	44	0	2	52	1.13
2013021--2013097	26	3.0	26	94	0	136	10	46	23	19	1.80
2037286--2037310	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2056242--2056688	227	2.0	226	92	3	747	45	8	7	38	1.63
2056919--2056965	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
2059259--2059324	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
2060706--2060768	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2060706--2060778	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2061137--2061199	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2061137--2061209	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2060607--2062490	430	4.4	431	99	0	3745	40	8	13	38	1.74
2061567--2061629	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2061567--2061639	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2061997--2062059	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
2061997--2062069	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
2060607--2062490	861	2.2	861	99	0	3743	40	8	13	38	1.74
2062428--2062492	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
2062696--2062732	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2062688--2062734	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064810--2064837	14	2.0	14	100	0	56	7	14	28	50	1.69
2064817--2064862	24	1.9	24	86	0	65	13	8	17	60	1.56
2080251--2080276	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2080672--2080782	43	2.6	41	81	14	129	55	0	0	42	1.12
2084020--2084072	24	2.2	24	89	0	79	11	15	28	45	1.80
2087579--2087631	19	2.7	19	79	2	52	37	13	16	32	1.88
2098552--2098583	15	2.1	16	94	5	57	46	6	21	25	1.74
2100895--2101283	194	2.0	195	97	0	744	23	21	23	30	1.99
2104712--2105044	111	3.0	111	97	0	612	45	11	7	35	1.68
2105188--2105228	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
2105373--2105478	50	2.1	50	85	0	140	22	28	29	19	1.98
2105947--2106135	60	3.1	59	79	5	191	31	26	4	37	1.76
2116900--2116965	33	2.0	33	96	0	123	24	16	27	31	1.96
2132126--2132179	21	2.6	21	85	8	74	25	25	16	31	1.97
2132165--2132302	20	6.8	20	83	4	136	31	19	19	28	1.96
2132126--2132305	41	4.4	40	79	6	148	29	21	18	30	1.97
2132435--2132490	21	2.8	20	89	5	78	39	17	17	25	1.92
2132441--2132540	51	2.0	50	86	2	137	35	19	19	27	1.95
2132491--2132539	21	2.3	21	78	0	53	28	20	18	32	1.96
2132355--2133141	394	2.0	382	90	5	1235	32	14	19	33	1.92
2132806--2132850	20	2.2	20	92	7	74	33	20	20	26	1.97
2132817--2132860	20	2.2	20	88	8	63	43	15	18	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132860--2132922	20	3.1	20	84	4	90	22	20	17	39	1.92
2136609--2136657	15	3.3	15	85	0	62	10	18	59	12	1.60
2141769--2141805	5	7.2	5	90	6	56	45	0	0	54	1.00
2142719--2142825	29	3.6	29	76	9	92	37	10	11	41	1.75
2142913--2143010	29	3.4	29	84	1	126	36	11	11	40	1.77
2149235--2149261	13	2.1	13	100	0	54	37	7	18	37	1.79
2154800--2154846	18	2.6	18	82	3	58	51	6	0	42	1.27
2154869--2154933	28	2.3	29	89	2	96	46	4	0	49	1.22
2154900--2154968	33	2.1	32	81	2	75	43	5	0	50	1.26
2154991--2155113	54	2.3	53	83	8	158	53	0	6	39	1.27
2155030--2155113	23	3.3	25	80	14	84	55	0	5	38	1.24
2155030--2155088	24	2.5	24	86	8	77	55	0	5	38	1.22
2155007--2155113	54	2.0	54	88	3	162	53	0	6	40	1.27
2154981--2155342	30	12.6	29	72	13	212	49	2	8	39	1.46
2155253--2155339	28	3.1	27	77	11	84	52	3	6	36	1.45
2155329--2155378	18	2.7	18	78	3	55	44	0	12	44	1.41
2155750--2155801	23	2.3	23	83	6	63	38	5	0	55	1.24
2157330--2157395	27	2.4	27	100	0	132	28	13	15	42	1.85
2163627--2163682	21	2.7	21	97	0	103	28	25	25	21	1.99
2165437--2165484	23	2.1	23	88	7	71	20	22	22	33	1.97
2169767--2169875	21	5.2	21	66	22	77	22	19	27	31	1.97
2169767--2170062	41	7.2	41	92	0	466	22	19	25	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169848--2169916	21	3.3	21	67	18	63	21	20	27	30	1.98
2170761--2171068	42	7.3	42	93	0	535	34	23	20	21	1.96
2171696--2171725	15	2.1	14	93	6	51	16	6	26	50	1.70
2172047--2172079	17	1.9	17	93	0	57	48	6	3	42	1.43
2175463--2175640	91	2.0	91	91	0	293	20	24	15	40	1.90
2182448--2182472	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
2182815--2183232	210	2.0	210	89	4	646	34	6	13	44	1.71
2185177--2185484	43	7.2	43	84	5	383	23	23	20	33	1.97
2185177--2185484	128	2.4	128	87	3	431	23	23	20	33	1.97
2193184--2193247	3	21.3	3	100	0	128	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15