genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692422--692560	41	3.6	37	83	12	154	16	21	25	36	1.94
693297--693476	21	8.9	21	70	13	101	40	23	18	17	1.91
693355--693390	18	2.0	18	100	0	72	50	16	22	11	1.77
693299--693565	41	6.6	41	76	10	180	40	23	17	17	1.91
693299--693477	62	3.0	60	79	10	213	39	24	18	17	1.92
693427--693534	20	5.3	20	64	8	56	45	24	15	14	1.84
695365--695464	30	3.4	30	75	17	93	48	2	4	46	1.32
695362--695412	19	2.8	18	77	8	59	54	0	3	41	1.19
695403--695438	18	1.9	19	88	5	56	44	5	2	47	1.41
695560--695600	2	20.5	2	94	0	73	53	0	0	46	1.00
695737--695797	19	3.2	19	73	15	54	42	0	31	26	1.55
696036--696285	2	126.5	2	66	22	93	48	3	3	44	1.36
696036--696287	15	16.5	15	70	20	109	48	3	3	44	1.35
696036--696136	31	3.2	30	77	19	100	51	1	1	44	1.24
696396--696453	30	2.0	30	86	10	84	41	0	36	22	1.54
695336--696680	681	2.0	668	94	2	2372	39	5	13	42	1.68
696704--696754	10	5.3	10	79	9	52	5	25	45	23	1.75
696726--696880	4	39.2	4	88	2	224	1	27	45	25	1.61
696992--697043	2	25.0	2	88	7	77	50	1	1	46	1.23
697155--697185	14	2.2	14	94	0	53	61	29	0	9	1.28
697525--697575	20	2.4	21	74	9	59	45	5	7	41	1.57
698461--698503	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701737--701824	24	3.7	24	92	0	140	21	18	21	38	1.93
703955--703998	15	2.8	15	89	6	61	15	34	25	25	1.95
706442--706529	24	3.7	24	89	6	133	22	19	21	36	1.95
706437--706539	24	4.3	24	83	4	109	25	16	20	37	1.93
707344--707380	15	2.4	17	82	17	53	43	2	10	43	1.53
707344--707485	20	7.2	20	78	14	86	46	2	4	46	1.36
707370--707469	2	49.0	2	78	15	98	46	1	4	49	1.27
707548--707615	7	9.7	7	80	0	55	51	29	0	19	1.47
707548--707602	14	3.9	14	85	0	65	52	29	0	18	1.45
707548--707615	21	3.2	21	78	0	64	51	29	0	19	1.47
707824--707899	20	3.7	21	79	10	68	47	3	6	42	1.48
707849--707908	21	3.0	21	83	11	65	50	1	3	45	1.28
707849--707908	2	30.0	2	77	12	61	50	1	3	45	1.28
707982--708041	7	8.6	7	83	7	59	51	30	0	18	1.46
707982--708049	21	3.2	21	87	4	84	52	29	0	17	1.45
707982--708034	14	3.8	14	94	0	79	50	32	0	16	1.46
708219--708268	23	2.1	24	92	3	84	46	4	2	48	1.32
708307--708333	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
708289--708379	30	3.3	26	71	25	73	39	4	3	52	1.38
708534--708579	16	2.9	16	86	0	65	43	13	21	21	1.86
708604--708680	32	2.4	32	78	8	86	18	19	25	36	1.94
718526--718692	90	1.9	90	96	0	307	35	11	7	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733923--733982	27	2.2	26	79	5	66	61	3	20	15	1.47
736478--736513	18	1.9	19	94	5	65	25	22	27	25	2.00
741998--742039	18	2.4	18	76	4	50	54	4	16	23	1.61
742308--742356	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
742328--742487	65	2.5	65	84	7	193	26	20	23	30	1.98
742328--742537	65	3.2	64	78	12	182	26	19	23	30	1.98
743009--743052	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
744480--744533	23	2.3	23	100	0	108	29	5	38	25	1.79
750520--750729	65	3.2	64	75	13	155	27	19	21	31	1.98
756324--756378	27	2.0	27	92	0	92	27	9	25	38	1.86
757310--757523	43	4.9	44	84	13	298	21	4	7	66	1.34
757311--757567	85	2.9	91	80	13	209	22	4	8	64	1.39
757308--757583	129	2.1	125	80	14	303	21	4	8	65	1.38
765700--766404	356	2.0	356	98	0	1356	25	16	19	38	1.92
776629--776701	35	2.1	35	89	5	112	43	27	0	28	1.55
776622--776693	14	5.1	14	73	15	60	43	27	0	29	1.56
777083--777116	11	3.0	11	83	8	50	17	23	35	23	1.95
778671--778720	26	2.0	25	84	11	66	48	4	6	42	1.46
779495--779542	25	1.9	25	100	0	96	22	25	20	31	1.98
785782--785813	16	2.0	16	93	0	55	56	3	0	40	1.15
799526--799603	8	9.9	8	74	18	56	53	1	0	44	1.08
799516--799602	32	2.7	31	82	12	106	51	1	0	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799510--799592	40	2.1	42	84	10	113	49	1	0	49	1.08
799562--799612	23	2.2	23	82	6	59	54	1	1	41	1.22
800298--800389	46	2.0	46	100	0	184	41	6	17	34	1.75
803470--803530	29	2.1	30	96	3	115	32	13	18	36	1.89
805904--805982	41	1.9	41	82	5	97	36	16	20	26	1.93
806549--806595	22	2.1	22	96	0	85	44	8	14	31	1.76
807667--807934	83	3.2	83	79	4	265	32	13	17	36	1.89
810056--810118	28	2.2	28	97	0	117	17	15	31	34	1.92
815047--815105	21	2.8	21	84	0	55	45	18	33	1	1.60
815403--815489	44	2.0	44	83	0	111	34	26	11	27	1.91
815551--815803	43	5.9	43	84	1	319	33	22	18	24	1.96
815522--815800	129	2.2	129	83	1	335	33	23	18	24	1.97
815551--815803	129	2.0	129	87	0	371	33	22	18	24	1.96
815779--815830	27	1.9	27	88	0	77	40	36	7	15	1.76
820262--820306	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
820262--820303	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
820690--820726	16	2.3	17	86	9	51	67	5	2	24	1.25
824140--824167	14	2.0	14	100	0	56	0	0	14	85	0.59
824486--824530	11	4.2	10	81	13	54	73	2	11	13	1.19
831466--831560	49	1.9	49	81	8	113	65	5	5	24	1.34
833704--833737	17	2.0	17	88	0	50	44	2	5	47	1.42
833727--833767	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840097--840255	44	3.8	44	75	7	150	30	16	24	28	1.96
840659--840736	21	3.7	21	94	0	129	0	38	19	42	1.51
840678--840733	12	5.0	12	71	20	50	0	37	19	42	1.52
846453--846572	41	3.0	40	79	9	136	42	17	16	23	1.89
846571--846722	41	3.8	41	79	2	175	28	21	21	27	1.99
848042--848094	22	2.4	22	90	0	79	32	16	5	45	1.71
851087--851207	16	7.8	16	67	22	69	73	0	5	19	1.08
851164--851214	17	3.2	15	76	18	50	74	0	0	25	0.82
851158--851383	93	2.4	93	89	7	309	62	0	6	30	1.20
851247--851296	17	2.9	17	90	3	73	70	0	2	28	0.99
851247--851308	21	3.2	20	76	17	58	70	0	1	27	0.96
851247--851313	17	3.6	19	80	15	70	70	0	2	26	1.02
851340--851381	17	2.4	18	92	4	68	71	0	2	26	0.98
851748--851780	12	2.8	12	86	4	50	63	3	24	9	1.38
855819--855882	3	21.3	3	80	15	62	62	0	34	3	1.11
859644--859696	18	2.9	19	78	10	58	67	0	5	26	1.12
862879--862908	15	2.1	14	93	6	51	6	0	3	90	0.56
862764--863024	129	2.0	130	94	5	460	31	6	6	55	1.50
863607--863656	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
865327--865369	7	6.1	7	100	0	86	27	27	16	27	1.97
866042--866136	42	2.3	42	87	3	129	24	11	17	46	1.81
869997--870032	12	2.9	12	87	4	54	47	5	11	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870501--870569	23	3.1	22	78	17	81	34	13	21	30	1.91
870505--870575	21	3.3	22	75	15	76	32	12	22	32	1.92
872638--872734	37	2.6	37	86	0	140	41	16	12	29	1.85
873212--873303	21	4.3	21	72	15	82	33	3	2	60	1.25
873460--873492	13	2.5	13	100	0	66	24	0	12	63	1.28
875311--875343	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
875327--875449	53	2.3	55	97	2	232	41	12	9	36	1.76
875431--875499	10	7.7	10	70	23	64	55	18	14	11	1.69
875435--875491	16	3.9	16	72	25	63	54	19	15	10	1.70
875431--875499	26	2.7	26	97	0	129	55	18	14	11	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15