genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477095--2477126	17	1.9	17	93	6	57	37	6	0	56	1.25
2479636--2479838	45	4.5	45	89	1	293	28	22	8	40	1.83
2479943--2480064	40	3.0	40	93	0	208	33	25	16	24	1.96
2483909--2483995	5	17.8	5	73	18	60	5	14	2	77	1.06
2483950--2483986	14	2.6	15	87	12	60	0	13	5	81	0.86
2483952--2483995	23	1.9	23	86	9	63	0	13	4	81	0.83
2490446--2490484	11	3.5	11	100	0	78	56	0	25	17	1.41
2491016--2491103	44	2.2	36	70	29	88	29	22	7	39	1.83
2490908--2491108	45	4.5	44	82	4	226	29	22	8	39	1.83
2491219--2491341	40	3.1	40	95	0	219	33	25	16	25	1.96
2494918--2495001	40	2.1	39	86	2	114	38	10	16	34	1.84
2501699--2501751	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
2502443--2502498	30	2.0	29	82	10	71	39	5	1	53	1.34
2507468--2507524	15	3.9	15	90	6	91	57	0	38	3	1.16
2508498--2508540	7	6.0	7	81	5	50	37	0	4	58	1.19
2508498--2508540	15	3.0	14	83	6	50	37	0	4	58	1.19
2508498--2508540	22	2.0	22	85	0	59	37	0	4	58	1.19
2508539--2508586	24	1.9	26	83	8	64	54	0	2	43	1.12
2511919--2511949	16	1.9	16	93	0	53	45	9	16	29	1.79
2511949--2512025	21	3.8	21	69	19	56	36	7	12	42	1.72
2512400--2512727	68	4.8	68	84	9	434	28	11	11	47	1.75
2512500--2512604	31	3.2	31	65	19	86	25	12	12	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512463--2512573	37	3.2	37	65	19	101	27	10	12	48	1.74
2512824--2512887	32	2.0	32	96	0	119	23	6	20	50	1.71
2514475--2514501	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2514564--2514607	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2523130--2523172	21	2.0	21	86	9	59	62	9	13	13	1.53
2526143--2526276	64	2.1	65	85	1	180	38	7	18	35	1.79
2527530--2527584	21	2.6	22	80	5	60	34	0	1	63	1.05
2528768--2528802	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2533207--2533866	106	6.5	106	82	8	685	34	25	18	21	1.96
2533223--2533822	291	2.0	296	84	5	771	34	25	18	21	1.96
2533814--2534658	252	3.3	252	91	2	1302	31	24	18	25	1.97
2534647--2534765	32	3.7	32	72	8	114	31	26	20	21	1.98
2535195--2535249	21	2.6	22	80	5	60	34	0	1	63	1.05
2536431--2536455	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2538806--2538860	24	2.3	24	83	0	74	10	16	25	47	1.79
2538827--2538867	14	2.9	14	88	0	64	9	12	21	56	1.65
2539948--2539978	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
2540049--2540081	16	2.1	16	94	0	57	9	6	24	60	1.49
2542577--2542605	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2543854--2543930	39	2.0	39	85	10	104	46	0	19	33	1.50
2544886--2544959	21	3.6	21	70	3	78	22	18	24	33	1.97
2544879--2544982	41	2.5	41	93	0	190	20	20	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544971--2545042	22	3.4	21	73	11	76	18	16	25	40	1.91
2544951--2545062	41	2.7	41	90	6	165	17	18	22	41	1.91
2544994--2545061	19	3.4	19	71	11	64	19	16	22	42	1.89
2545144--2545168	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
2545704--2545748	5	8.6	5	92	2	63	2	20	53	24	1.57
2545873--2545965	20	4.6	20	83	2	132	39	23	22	13	1.90
2545873--2545993	20	5.9	20	79	2	125	38	23	20	16	1.92
2545873--2545990	61	1.9	61	100	0	236	38	23	21	16	1.93
2547989--2548034	18	2.5	18	86	10	58	63	0	8	28	1.24
2552176--2552218	18	2.5	17	82	17	61	65	0	11	23	1.25
2554283--2554320	7	5.4	7	100	0	76	26	0	31	42	1.56
2554276--2554337	21	3.0	21	83	9	90	25	3	30	40	1.72
2555474--2555718	6	41.3	6	88	8	369	33	0	16	50	1.45
2559779--2559871	7	13.3	7	98	0	168	41	0	46	11	1.40
2562232--2562298	3	22.3	3	96	0	125	34	1	0	64	1.03
2575089--2575173	10	8.9	10	72	21	67	80	0	20	0	0.72
2575092--2575173	17	4.6	17	73	18	60	80	0	19	0	0.71
2575090--2575171	24	3.5	23	81	15	89	80	0	19	0	0.71
2575092--2575172	7	11.6	7	75	17	62	81	0	18	0	0.69
2575088--2575166	34	2.3	35	84	4	106	79	0	20	0	0.73
2575490--2575529	16	2.5	16	88	8	55	30	7	10	52	1.62
2576207--2576849	83	7.7	83	96	0	1117	26	13	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2577612--2578228	116	5.4	115	91	4	912	36	13	20	29	1.91
2578371--2578449	3	26.3	3	97	0	149	34	1	0	64	1.02
2581685--2581727	11	3.6	12	84	9	52	53	0	0	46	1.00
2585925--2585968	19	2.3	20	81	14	58	31	2	2	63	1.19
2588876--2588914	13	3.0	13	100	0	78	23	15	7	53	1.67
2590139--2590167	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2590998--2591120	16	7.7	16	89	0	183	44	31	18	4	1.71
2590998--2591118	32	3.8	32	94	0	206	45	30	19	4	1.71
2591589--2591650	20	3.1	20	78	0	61	46	17	14	20	1.83
2592087--2592136	18	2.8	18	96	0	91	14	16	12	58	1.64
2593922--2593947	12	2.2	12	100	0	52	30	7	7	53	1.57
2594069--2594108	15	2.7	15	100	0	80	37	5	12	45	1.64
2600787--2601119	168	2.0	164	97	2	630	42	5	18	33	1.73
2601295--2601336	21	2.0	21	90	0	66	14	28	28	28	1.95
2602051--2602579	59	9.1	59	87	5	740	28	20	13	37	1.90
2602999--2603049	22	2.5	19	77	20	57	25	29	13	31	1.94
2603004--2603048	22	2.0	23	91	4	74	24	28	13	33	1.93
2603406--2603441	17	2.3	15	90	9	54	36	2	0	61	1.11
2604955--2605033	3	27.0	3	74	14	67	56	0	0	43	0.99
2605187--2606128	76	12.4	76	96	0	1740	34	22	19	23	1.96
2606983--2607033	22	2.3	22	86	0	75	39	15	9	35	1.81
2607404--2607667	54	4.9	54	90	0	368	23	22	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612027--2612092	11	6.0	10	77	16	60	4	12	0	83	0.79
2612021--2612086	34	1.9	34	90	6	107	6	10	0	83	0.81
2612079--2612129	26	2.0	24	92	7	84	5	13	11	68	1.37
2614947--2615002	27	2.1	27	89	0	85	60	7	12	19	1.55
2614976--2615003	12	2.3	12	100	0	56	53	7	14	25	1.66
2617072--2617107	17	2.3	15	90	9	54	36	2	0	61	1.11
2617330--2617362	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
2617419--2617474	16	3.5	16	71	14	53	67	0	5	26	1.11
2618730--2618808	3	27.0	3	74	14	67	56	0	0	43	0.99
2626265--2626303	18	2.2	18	100	0	78	33	15	12	38	1.85
2626756--2626844	30	2.8	32	75	14	94	23	22	31	22	1.98
2633467--2633524	20	2.6	22	78	10	66	32	18	20	27	1.97
2634346--2634461	18	6.4	18	89	0	178	18	25	31	25	1.97
2654471--2654555	34	2.5	35	94	1	145	20	34	27	18	1.96
2654592--2654629	20	1.9	20	94	0	67	18	31	26	23	1.97
2654667--2654708	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
2654737--2654776	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2656040--2656077	3	13.0	3	86	5	51	68	0	28	2	1.03
2657800--2657839	20	2.0	20	85	9	55	20	35	27	17	1.95
2658010--2658049	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2661367--2661400	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2667517--2667559	15	2.9	15	82	0	50	25	32	39	2	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670497--2670611	44	2.6	44	91	2	178	24	18	24	33	1.97
2680160--2680199	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2688425--2688461	15	2.3	17	90	9	60	67	5	8	18	1.36
2693126--2693183	28	2.0	29	87	9	84	44	3	1	50	1.29
2693286--2693330	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
2693317--2693345	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
2693287--2693352	23	3.0	23	82	4	64	46	0	1	51	1.10
2693377--2693466	47	1.9	46	82	13	112	51	1	1	46	1.15
2693506--2693568	23	2.8	24	80	7	69	52	0	1	46	1.10
2693471--2693550	32	2.4	34	82	12	96	48	0	3	47	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15