genome.fa.s8017.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008017.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110483_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3132588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693506--2693615	49	2.1	55	79	12	126	49	0	1	49	1.11
2697021--2697078	30	2.0	29	83	10	73	53	8	10	27	1.64
2697399--2697437	17	2.3	17	90	0	60	38	0	0	61	0.96
2697094--2697511	205	2.1	200	93	5	718	32	6	13	47	1.69
2700341--2700396	10	5.4	11	83	10	73	58	21	1	17	1.47
2700338--2700396	21	2.8	20	85	7	82	59	22	1	16	1.46
2701958--2702013	10	5.4	11	83	10	73	58	21	1	17	1.47
2701955--2702013	21	2.8	20	85	7	82	59	22	1	16	1.46
2705814--2705866	20	2.7	20	93	0	97	37	16	13	32	1.88
2706872--2707022	32	4.7	32	78	0	122	37	14	17	30	1.90
2710415--2710533	24	5.0	24	86	4	168	39	19	15	26	1.91
2710415--2710551	72	1.9	72	85	5	188	41	18	13	26	1.88
2714155--2714201	20	2.3	20	100	0	94	29	19	25	25	1.98
2714155--2714215	20	3.0	20	90	4	77	27	21	24	26	1.99
2715950--2716141	29	6.7	28	81	7	172	41	16	5	36	1.73
2716859--2716952	27	3.5	27	91	0	152	35	12	14	37	1.85
2719510--2719626	20	5.3	22	68	15	98	36	1	17	43	1.60
2719513--2719634	44	2.8	44	100	0	244	34	1	18	45	1.60
2719542--2719615	24	3.2	24	70	14	84	35	2	20	41	1.66
2721994--2722056	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
2724428--2724453	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2727249--2727509	137	1.9	137	87	0	387	34	24	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727428--2727553	54	2.3	54	93	0	216	35	19	15	29	1.92
2727290--2727700	191	2.2	191	89	0	624	34	24	15	25	1.94
2727481--2727836	137	2.6	137	88	1	507	34	24	14	26	1.94
2728003--2728031	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2728668--2728711	19	2.3	19	96	0	79	13	20	27	38	1.90
2728916--2728941	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2733428--2733456	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2736655--2736702	23	2.0	24	84	4	62	56	0	0	43	0.99
2739842--2739871	8	3.8	8	95	0	51	0	30	10	60	1.30
2752206--2752259	22	2.4	24	76	17	62	40	31	3	24	1.72
2753364--2753423	14	4.5	13	72	17	52	41	0	1	56	1.09
2753370--2753417	25	1.9	25	83	8	62	43	0	2	54	1.12
2754511--2754535	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2754601--2754662	23	2.6	23	78	21	65	40	4	0	54	1.22
2754612--2754675	23	2.8	21	82	15	74	37	7	1	53	1.40
2755359--2755384	5	5.2	5	100	0	52	61	0	19	19	1.35
2755497--2755558	30	2.1	30	82	11	74	32	9	9	48	1.69
2757424--2757457	17	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
2758214--2758289	35	2.2	35	87	0	107	43	19	0	36	1.52
2758286--2758360	35	2.1	35	90	4	116	32	0	22	45	1.53
2762630--2762704	35	2.1	35	90	0	114	45	24	0	30	1.53
2762700--2762776	35	2.2	35	83	4	102	38	0	19	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768539--2768930	195	2.0	195	90	1	615	27	13	18	40	1.88
2769206--2769294	3	30.0	3	76	10	85	29	0	3	67	1.07
2774723--2774754	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2782079--2782163	33	2.5	35	87	12	117	82	0	17	0	0.67
2782085--2782170	7	11.9	7	75	15	61	82	0	17	0	0.67
2782083--2782170	40	2.2	40	87	4	122	82	0	17	0	0.66
2782079--2782167	34	2.7	32	80	16	101	82	0	17	0	0.68
2782079--2782171	41	2.2	43	84	7	129	82	0	17	0	0.66
2783397--2783710	114	2.7	114	94	0	538	31	15	21	31	1.94
2784405--2784821	113	3.7	113	90	2	637	38	13	19	28	1.90
2784776--2784838	19	3.4	19	71	20	60	42	12	23	20	1.86
2784763--2784861	37	2.5	38	90	8	146	44	10	23	22	1.83
2784651--2785018	152	2.5	146	88	7	557	39	11	19	28	1.87
2784765--2784869	20	5.3	20	65	22	60	41	10	21	25	1.85
2784916--2785003	36	2.5	35	94	1	149	48	10	21	19	1.78
2784950--2785225	119	2.3	118	83	9	323	43	15	18	23	1.88
2785364--2785454	3	31.7	3	74	12	75	30	0	2	67	1.03
2785369--2785454	34	2.6	33	76	7	88	30	0	2	67	1.03
2789262--2789460	103	2.0	101	97	2	380	32	15	18	33	1.92
2793891--2793923	16	2.1	16	94	0	57	30	6	9	54	1.56
2796878--2796953	30	2.7	29	91	6	120	28	11	7	51	1.67
2804615--2804691	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807533--2807562	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
2810723--2810772	26	1.9	26	95	0	91	44	12	12	32	1.78
2813344--2813497	76	2.0	76	84	2	202	36	18	17	27	1.93
2818000--2818058	22	2.7	22	74	10	57	38	1	3	55	1.26
2821725--2821797	21	3.1	23	75	20	71	65	4	1	28	1.19
2822859--2822927	35	1.9	36	97	2	131	42	23	8	26	1.83
2824484--2824525	13	3.2	13	77	9	50	73	0	9	16	1.08
2824472--2824529	20	2.8	21	73	19	59	75	0	8	15	1.02
2825819--2825883	32	2.0	32	96	0	121	32	27	9	30	1.88
2826402--2826882	98	4.9	98	97	0	899	22	19	23	34	1.97
2826234--2826888	196	3.3	196	91	3	977	22	19	23	33	1.97
2826234--2826882	294	2.2	300	90	4	1004	22	19	23	33	1.97
2857993--2858195	74	2.7	73	85	6	250	24	30	24	20	1.99
2858902--2859114	108	2.0	105	96	2	390	40	19	14	25	1.89
2859692--2859746	23	2.4	21	77	16	56	52	3	0	43	1.18
2859708--2859753	23	2.0	23	84	12	60	50	0	0	50	1.00
2861446--2861597	76	2.0	76	100	0	304	35	19	14	30	1.92
2866074--2866312	119	2.0	119	100	0	478	31	25	12	30	1.92
2867979--2868327	36	9.7	36	83	4	411	21	24	20	32	1.98
2868004--2868327	72	4.5	72	89	1	461	20	24	21	33	1.97
2868002--2868327	108	3.0	107	86	4	458	20	24	21	33	1.97
2870269--2870480	107	1.9	111	87	8	317	40	10	13	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871545--2871611	31	2.2	31	88	0	98	37	14	17	29	1.91
2873759--2873803	17	2.6	17	85	3	54	40	13	8	37	1.76
2876592--2876863	4	68.8	4	97	2	514	49	25	0	25	1.53
2877234--2877338	18	5.6	18	75	16	97	29	27	20	21	1.98
2877275--2877341	20	3.5	20	79	8	66	29	28	17	23	1.97
2877235--2877338	38	2.8	38	81	8	133	29	27	20	22	1.98
2878552--2878607	20	2.5	22	78	21	64	23	23	21	32	1.98
2881347--2881529	2	91.5	2	100	0	366	50	49	0	0	1.00
2881873--2881965	18	4.9	18	81	10	105	26	30	21	21	1.98
2881872--2881968	20	5.1	20	81	8	121	26	28	21	22	1.99
2881884--2881965	38	2.2	38	91	4	130	26	30	20	21	1.98
2882821--2882928	2	56.5	2	90	9	181	50	0	0	50	1.00
2888469--2888512	16	2.8	16	82	0	52	47	13	13	25	1.79
2888493--2888532	21	1.9	21	84	0	53	32	17	25	25	1.97
2890320--2890354	17	2.1	17	94	0	61	14	22	48	14	1.79
2890376--2890413	11	3.8	10	90	10	60	36	28	21	13	1.91
2890376--2890414	20	1.9	20	94	5	69	35	28	20	15	1.93
2895973--2896244	136	2.0	136	100	0	544	50	16	6	25	1.69
2897418--2897456	10	3.9	10	80	12	53	35	28	23	12	1.91
2903164--2903220	18	3.1	18	73	14	53	42	0	1	56	1.10
2908577--2908669	46	2.0	46	100	0	186	35	8	12	43	1.74
2912623--2912871	117	2.1	117	89	0	390	32	20	32	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2912623--2912934	117	2.7	116	84	4	342	32	19	32	15	1.93
2913542--2913576	15	2.3	15	95	0	61	20	11	31	37	1.88
2915846--2915875	15	1.9	16	93	6	53	30	3	0	66	1.07
2917240--2917270	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2931654--2931695	20	2.0	21	90	4	68	35	14	9	40	1.78
2938954--2939008	19	2.9	19	86	5	67	30	0	1	67	1.01
2938945--2939010	22	3.0	22	86	2	87	28	0	3	68	1.05
2938955--2939010	3	20.0	3	82	14	66	32	0	1	66	1.03
2940335--2940399	12	5.2	12	74	20	53	29	1	3	66	1.16
2940357--2940399	3	14.3	3	80	9	52	27	0	2	69	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15