genome.fa.s8027.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7662336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  10  of  38  ( 4505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036891--2036919	15	1.9	15	100	0	58	44	6	20	27	1.77
2037031--2037139	21	5.1	21	66	2	65	22	15	24	36	1.93
2037489--2037697	65	3.2	62	79	11	188	27	22	18	31	1.97
2045478--2045552	8	9.4	8	74	11	64	22	0	29	48	1.51
2045477--2045554	32	2.4	32	100	0	156	25	0	28	46	1.53
2046204--2046347	63	2.3	64	80	6	159	29	20	17	31	1.96
2046239--2046390	63	2.4	65	82	4	184	28	22	18	30	1.97
2046394--2046517	54	2.3	54	100	0	248	33	20	14	30	1.93
2047321--2047365	9	5.0	9	80	0	54	55	2	13	28	1.50
2082963--2083015	26	2.1	24	83	16	63	52	3	0	43	1.19
2086964--2087021	2	30.0	2	74	19	52	48	3	1	46	1.29
2088500--2088650	9	16.8	9	70	16	57	14	9	1	73	1.17
2088613--2088649	19	1.9	19	89	10	58	16	5	2	75	1.10
2092351--2092546	95	2.1	94	82	5	243	33	17	16	32	1.93
2093936--2094088	36	4.2	36	82	7	186	27	18	13	39	1.89
2093936--2094088	72	2.1	72	89	2	227	27	18	13	39	1.89
2094058--2094192	67	2.0	67	80	5	148	37	18	9	34	1.84
2094394--2094455	31	2.0	31	100	0	124	32	25	16	25	1.96
2094567--2094649	43	1.9	43	82	4	105	28	22	15	32	1.95
2095458--2095531	2	39.0	2	77	20	79	50	1	1	47	1.18
2096841--2096881	19	2.2	18	86	4	55	19	4	0	75	0.98
2096835--2096912	31	2.5	30	82	12	79	16	7	1	74	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096969--2096999	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2098200--2098320	3	40.3	3	100	0	242	33	0	0	66	0.92
2099994--2100033	18	2.2	18	95	0	71	40	30	2	27	1.70
2101158--2101241	22	4.0	22	78	12	104	27	27	19	26	1.99
2101139--2101235	22	4.9	18	78	9	68	28	30	17	22	1.97
2101338--2101389	23	2.3	23	96	0	95	34	23	1	40	1.66
2101346--2101404	23	2.6	22	82	10	66	38	23	3	33	1.72
2101681--2101721	18	2.3	18	91	0	64	26	19	24	29	1.98
2108165--2108236	18	3.8	18	79	13	90	29	31	20	18	1.96
2108165--2108242	40	2.0	40	94	0	138	29	29	20	20	1.98
2108178--2108242	22	3.1	22	78	17	84	29	26	20	24	1.99
2112448--2112914	235	2.0	235	93	0	790	29	21	14	34	1.93
2114217--2114261	21	2.2	21	84	4	56	42	17	20	20	1.90
2114211--2114261	20	2.5	20	80	3	57	41	17	19	21	1.91
2121664--2121705	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
2123204--2123257	24	2.2	25	86	6	74	35	5	14	44	1.69
2123510--2123570	29	2.0	30	87	6	88	34	13	3	49	1.58
2126638--2126677	20	2.0	21	85	5	55	47	7	5	40	1.54
2126847--2127360	149	3.4	148	77	8	454	47	5	18	28	1.70
2127768--2127903	45	3.0	45	96	0	254	30	16	11	42	1.82
2133443--2133575	68	2.0	68	98	0	257	36	12	12	37	1.82
2133923--2133960	13	2.8	14	81	18	53	78	2	0	18	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133923--2133974	6	8.2	6	79	12	50	76	5	0	17	0.97
2133927--2133977	23	2.3	21	87	12	68	76	5	0	17	0.98
2133932--2133974	18	2.4	17	88	7	59	76	6	0	16	0.99
2134006--2134050	21	2.2	21	84	11	58	60	8	8	22	1.55
2134818--2134905	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
2135798--2135909	59	1.9	59	87	3	163	27	15	26	30	1.96
2135801--2135940	59	2.4	59	80	4	149	32	15	25	27	1.95
2135962--2136070	42	2.6	42	82	4	132	33	21	21	24	1.97
2135875--2136381	228	2.2	226	88	2	755	31	18	22	27	1.97
2136298--2136431	59	2.3	59	82	2	153	25	14	26	33	1.94
2136329--2136440	59	1.9	59	88	0	170	25	14	27	32	1.95
2136330--2136454	59	2.1	59	84	0	160	28	13	26	32	1.94
2136558--2136770	56	3.8	57	78	11	226	41	17	9	31	1.82
2150890--2150933	21	2.1	21	83	8	54	38	2	2	56	1.24
2151484--2151510	12	2.2	12	100	0	54	40	14	0	44	1.46
2153453--2153499	3	15.7	3	95	0	85	63	0	0	36	0.94
2155785--2155817	15	2.2	15	94	0	57	21	6	60	12	1.53
2155900--2155943	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2157202--2157226	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
2158118--2159034	400	2.3	401	91	1	1491	36	13	17	32	1.89
2158118--2159034	201	4.6	201	92	1	1500	36	13	17	32	1.89
2160502--2160554	3	17.7	3	80	0	61	39	3	32	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160502--2160553	12	4.3	12	92	0	68	40	3	32	23	1.72
2161821--2162564	251	3.0	251	91	1	1152	37	14	16	31	1.89
2164116--2164243	48	2.8	47	80	5	136	29	21	7	42	1.79
2164347--2164468	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
2171343--2171424	40	2.0	40	95	0	146	31	28	15	24	1.96
2175289--2175997	200	3.5	196	81	7	721	39	13	16	30	1.87
2176015--2176177	87	1.9	87	97	0	308	33	14	11	40	1.82
2176099--2176143	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
2177766--2177804	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
2182615--2182678	11	5.8	11	82	15	71	79	1	17	1	0.89
2182615--2182679	13	5.2	12	80	14	62	80	1	16	1	0.88
2182615--2182679	26	2.6	25	81	18	73	80	1	16	1	0.88
2184519--2184903	55	7.0	54	85	5	486	32	9	15	42	1.78
2184519--2184903	163	2.3	164	85	2	504	32	9	15	42	1.78
2184732--2185144	111	3.8	108	79	7	290	32	9	16	41	1.81
2184869--2185198	53	6.2	53	74	10	271	30	9	17	42	1.81
2185236--2185349	42	2.7	42	82	1	140	27	21	22	28	1.99
2185244--2185315	20	3.5	20	66	7	54	23	22	23	30	1.99
2185326--2185579	85	3.0	86	86	2	359	25	24	16	33	1.96
2185546--2185699	59	2.6	59	87	1	218	28	28	14	27	1.96
2185858--2185967	42	2.6	42	85	5	134	25	17	24	32	1.96
2185867--2185982	20	5.5	22	71	12	73	25	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185906--2185982	20	3.7	21	75	5	75	25	19	23	31	1.98
2185906--2185992	41	2.1	42	86	2	122	27	20	21	29	1.98
2187065--2187105	20	2.1	19	86	4	55	70	0	9	19	1.14
2191381--2191405	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2191889--2191983	29	3.2	30	71	12	97	31	13	18	35	1.90
2191898--2191989	31	3.0	31	72	12	100	34	13	19	32	1.90
2192066--2192105	20	2.0	20	90	4	64	65	0	0	35	0.93
2192068--2192098	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2193549--2193580	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
2193646--2193720	10	7.7	10	69	21	61	58	20	10	10	1.60
2193653--2193719	16	4.2	16	90	0	89	59	20	8	10	1.57
2193642--2193714	32	2.3	32	88	4	105	60	19	9	10	1.57
2195183--2195244	24	2.6	24	86	0	88	53	22	11	12	1.71
2196439--2196468	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
2198963--2199054	24	3.8	24	84	5	132	27	16	18	38	1.92
2201163--2201187	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
2201177--2201237	13	4.3	13	73	18	50	18	45	21	14	1.84
2201172--2201218	18	2.6	18	89	0	76	19	48	21	10	1.78
2201229--2201260	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
2201228--2201269	15	2.7	15	92	7	66	11	35	28	23	1.91
2203740--2203831	24	3.8	24	85	5	132	27	16	18	38	1.92
2210257--2210346	43	2.1	43	97	0	171	28	14	32	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213204--2213512	45	6.9	45	87	0	413	32	17	9	41	1.81
2213212--2213550	135	2.5	135	85	2	378	32	18	9	39	1.83
2218539--2218608	25	2.7	26	69	8	63	20	12	14	52	1.73
2219142--2219246	29	3.6	29	85	0	120	23	21	19	35	1.96
2220933--2220969	19	1.9	19	94	0	65	35	16	8	40	1.78
2222829--2222885	24	2.3	24	82	8	62	14	14	10	61	1.57
2222906--2222972	31	2.2	31	88	0	98	44	26	13	14	1.83
2236381--2236421	21	2.1	19	86	9	55	24	17	24	34	1.96
2249358--2249402	22	2.0	22	95	0	81	13	15	28	42	1.85
2252262--2252987	136	5.3	136	91	0	1137	34	24	16	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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