genome.fa.s8027.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7662336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  11  of  38  ( 4505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254247--2254354	54	2.0	54	88	0	162	37	10	18	33	1.84
2254923--2255029	54	2.0	54	86	0	151	32	17	8	41	1.80
2255623--2255685	30	2.1	30	100	0	126	39	6	9	44	1.62
2261460--2261547	38	2.3	38	100	0	176	31	14	23	29	1.95
2261536--2261601	27	2.4	27	94	0	123	36	15	16	31	1.90
2263865--2263934	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
2264217--2264258	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2264349--2264439	31	3.0	31	95	3	159	42	16	6	34	1.74
2266598--2266652	26	2.1	26	100	0	110	30	7	7	54	1.55
2270306--2270353	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2278041--2278138	42	2.3	44	80	7	103	40	10	20	28	1.85
2280423--2280470	19	2.5	19	89	0	78	22	29	16	31	1.96
2288430--2288459	13	2.3	13	94	0	51	26	0	0	73	0.84
2306087--2306161	30	2.5	30	84	0	105	34	10	33	21	1.88
2306311--2306341	12	2.6	12	89	0	53	22	48	19	9	1.78
2307173--2307199	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2317575--2317629	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2323730--2323774	24	1.9	23	86	4	63	24	20	17	37	1.93
2327274--2327316	22	2.0	22	90	0	68	46	4	9	39	1.57
2330555--2330617	31	2.0	31	93	0	108	33	9	28	28	1.88
2334450--2334494	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2334462--2334778	151	2.1	149	93	3	539	34	21	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335328--2335373	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2335706--2335740	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
2336232--2336392	64	2.5	63	85	8	200	26	21	18	33	1.96
2337186--2337249	19	3.6	19	80	20	93	29	3	18	48	1.64
2337174--2337265	33	2.8	33	91	1	141	29	2	19	48	1.60
2337606--2337672	14	5.1	14	82	14	88	10	14	23	50	1.74
2337596--2337679	38	2.2	38	86	0	114	13	13	23	50	1.76
2337607--2337661	24	2.3	24	93	0	92	9	12	25	52	1.68
2337645--2337695	24	2.1	24	85	7	68	17	11	15	54	1.70
2337606--2337695	38	2.4	38	90	0	135	13	13	20	53	1.72
2338602--2338684	16	5.3	16	92	2	125	9	10	19	60	1.57
2338600--2338684	32	2.7	32	90	3	138	9	11	20	58	1.60
2338745--2338777	16	2.1	16	94	0	57	9	12	21	57	1.62
2343063--2343282	21	10.6	21	76	10	195	32	24	20	23	1.98
2343083--2343199	62	1.9	62	89	3	182	34	23	19	23	1.97
2343063--2343220	83	1.9	83	84	2	210	32	25	18	23	1.97
2343073--2343277	104	2.0	104	94	0	356	33	23	19	24	1.97
2343229--2343301	20	3.6	20	79	17	96	35	19	21	23	1.96
2343225--2343308	41	2.0	41	100	0	168	34	19	22	23	1.96
2343353--2343430	41	1.9	41	89	5	122	21	20	23	34	1.97
2343291--2343427	21	6.6	21	78	11	120	21	18	27	32	1.97
2343247--2343463	104	2.1	104	78	8	246	27	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343551--2343594	6	7.5	6	97	2	81	31	52	15	0	1.44
2344171--2344341	42	4.1	42	82	7	231	23	20	25	30	1.99
2344213--2344329	62	1.9	62	85	3	164	23	21	23	31	1.98
2344171--2344341	21	8.2	21	82	8	206	23	20	25	30	1.99
2347822--2347887	34	1.9	34	87	6	98	42	0	10	46	1.38
2347829--2347990	83	2.0	82	87	3	236	42	3	10	43	1.56
2348064--2348108	23	2.0	22	91	8	72	24	24	4	46	1.71
2348055--2348113	22	2.7	22	82	14	70	20	23	5	50	1.67
2349599--2349751	57	2.7	56	74	11	141	36	5	13	43	1.69
2352148--2352194	20	2.3	20	92	0	76	46	0	2	51	1.13
2352212--2352375	84	2.0	84	87	1	240	41	4	9	44	1.57
2353951--2354010	29	2.0	29	83	6	75	45	0	1	53	1.10
2356100--2356151	3	17.0	3	80	11	61	59	0	0	40	0.97
2356089--2356151	18	3.3	21	80	12	66	57	0	0	42	0.99
2356089--2356144	10	5.8	10	81	12	64	55	0	0	44	0.99
2356089--2356144	28	1.9	30	92	7	98	55	0	0	44	0.99
2356089--2356151	28	2.2	29	88	8	94	57	0	0	42	0.99
2356147--2356172	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2356479--2356633	80	1.9	80	93	0	265	30	19	13	36	1.90
2356390--2356746	193	1.8	193	90	0	570	28	18	14	38	1.90
2356559--2357599	113	9.2	113	96	0	1893	28	17	14	39	1.89
2356392--2357009	226	3.0	193	81	10	573	28	17	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2358384--2358526	54	2.7	54	81	7	170	24	21	15	38	1.92
2360572--2361142	115	5.0	115	94	0	966	30	20	15	33	1.93
2360572--2361142	229	2.5	230	93	0	966	30	20	15	33	1.93
2365272--2365313	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
2369494--2369551	3	19.0	3	79	10	64	58	0	0	41	0.98
2369496--2369563	15	4.8	15	75	18	58	61	0	0	38	0.96
2369483--2369547	28	2.3	28	89	7	96	55	0	0	44	0.99
2369495--2369563	28	2.5	28	81	11	79	62	0	0	37	0.96
2371234--2371305	24	3.1	23	73	15	76	47	0	0	52	1.00
2371246--2371313	20	3.2	21	75	8	66	48	0	0	51	1.00
2371283--2371316	16	2.0	16	88	11	50	55	0	0	44	0.99
2371295--2371356	26	2.4	25	81	7	72	53	4	0	41	1.22
2371428--2371510	43	1.9	44	87	7	125	45	2	2	49	1.28
2372748--2373011	99	2.6	101	85	4	325	48	17	10	24	1.78
2389533--2389608	19	3.8	19	78	11	71	34	15	23	26	1.95
2389529--2389701	95	1.8	95	86	7	253	35	15	24	24	1.94
2390027--2390422	217	1.8	217	89	1	623	29	18	19	32	1.96
2390024--2390432	54	7.6	55	86	2	537	29	18	20	32	1.96
2393322--2393374	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2393519--2393565	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
2400536--2400623	43	2.0	43	88	0	131	34	3	21	40	1.70
2404759--2404793	18	1.9	18	94	0	61	37	20	0	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416841--2416881	21	2.0	21	85	0	55	26	14	17	41	1.88
2423105--2423170	21	3.4	21	70	23	72	30	13	30	25	1.94
2423104--2423193	36	2.5	36	88	0	135	32	14	30	23	1.94
2425274--2425308	17	2.1	17	94	0	61	31	28	11	28	1.92
2431359--2431389	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2431697--2431766	23	3.0	23	80	0	86	18	24	20	37	1.94
2431769--2431817	24	2.1	23	92	3	80	18	22	24	34	1.96
2445390--2445465	30	2.6	30	84	15	113	59	3	10	26	1.48
2456901--2457110	73	2.9	74	90	4	336	34	9	15	40	1.80
2458168--2458200	14	2.4	14	90	10	50	54	27	3	15	1.55
2463393--2463418	13	2.0	13	100	0	52	15	15	23	46	1.83
2463381--2463431	20	2.5	20	87	0	66	15	17	21	45	1.86
2465473--2465507	16	2.2	16	100	0	70	48	14	11	25	1.77
2467821--2467858	14	2.5	15	87	8	51	78	0	13	7	0.94
2469810--2469866	27	2.2	25	87	6	78	1	31	1	64	1.13
2470485--2470546	20	2.7	22	75	25	58	29	0	1	69	0.98
2470485--2470569	44	1.9	44	81	11	102	30	0	2	67	1.04
2477575--2477661	3	29.0	3	79	4	95	62	0	2	35	1.08
2480390--2480421	15	2.1	15	94	0	55	18	3	62	15	1.45
2482364--2482393	14	2.1	14	93	0	51	60	13	0	26	1.34
2484060--2484111	23	2.3	23	93	0	86	48	26	7	17	1.74
2485604--2485653	21	2.4	21	96	0	91	34	12	18	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486255--2486358	49	2.1	49	96	0	190	44	14	18	23	1.86
2497465--2497534	20	3.6	19	84	5	79	37	20	7	35	1.80
2504352--2504487	38	3.8	38	68	16	119	23	20	20	35	1.96
2504344--2504516	67	2.6	67	92	0	283	24	21	19	34	1.96
2504402--2504543	29	4.6	29	73	15	115	28	20	20	30	1.97
2504402--2504612	96	2.2	96	90	0	323	27	20	20	31	1.98
2504457--2504612	29	5.1	29	75	13	150	26	21	21	30	1.98
2504486--2505060	62	9.0	64	77	8	458	29	22	15	32	1.94
2504505--2505065	190	2.9	190	82	3	650	29	22	14	32	1.94
2504504--2505062	252	2.2	251	79	7	619	29	22	14	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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