genome.fa.s8027.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7662336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  12  of  38  ( 4505 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505085--2505503	89	4.7	89	83	3	473	31	19	20	29	1.97
2505115--2505468	178	2.0	178	89	1	539	29	18	20	31	1.96
2505475--2506618	55	20.8	55	81	3	1111	31	20	17	30	1.95
2506577--2506915	81	4.2	80	82	6	400	35	21	16	25	1.94
2506583--2506875	162	1.8	162	89	4	466	35	21	17	25	1.95
2507050--2507088	3	13.3	3	94	5	71	35	0	0	64	0.94
2507134--2507189	23	2.5	23	85	2	69	46	19	12	21	1.83
2507153--2507200	23	2.1	23	88	0	69	45	25	10	18	1.81
2509075--2509101	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
2511226--2511350	60	2.1	60	81	0	142	32	15	16	36	1.90
2512208--2512302	31	3.0	31	78	1	91	30	7	14	47	1.72
2514856--2514901	3	16.3	3	82	13	62	67	0	0	32	0.91
2514851--2514894	22	2.0	23	90	4	72	65	0	0	34	0.93
2515126--2515779	109	5.8	110	83	7	698	28	19	14	37	1.91
2515244--2515779	222	2.4	219	87	4	718	28	19	14	37	1.91
2515777--2515931	76	2.0	76	97	0	292	34	20	20	25	1.96
2516114--2516306	37	5.3	36	72	4	172	40	11	16	31	1.84
2516104--2516310	73	2.8	73	89	4	328	38	12	16	32	1.86
2516345--2516671	165	2.0	165	92	1	539	37	14	13	35	1.84
2517185--2517283	22	4.5	22	90	0	162	41	11	12	35	1.78
2519817--2520039	114	2.0	113	90	0	356	30	21	14	33	1.93
2522248--2522324	15	5.0	15	79	6	82	1	16	2	79	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522260--2522320	32	1.9	32	89	0	95	1	13	3	81	0.88
2522621--2522685	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
2525946--2526003	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2528049--2528083	14	2.4	15	85	9	54	2	17	42	37	1.64
2528143--2528185	3	15.3	3	81	13	56	67	0	0	32	0.91
2528135--2528181	11	4.5	11	80	15	55	65	0	0	34	0.93
2528135--2528187	22	2.4	22	87	3	79	67	0	0	32	0.91
2532646--2532700	28	2.0	27	86	10	76	56	0	7	36	1.27
2534544--2534659	42	2.8	42	95	0	205	14	20	17	47	1.82
2534835--2534897	23	2.6	24	78	19	60	52	0	0	47	1.00
2534887--2534934	13	3.6	13	77	5	60	47	2	0	50	1.12
2534928--2535017	29	3.3	25	72	20	72	43	1	1	54	1.14
2535183--2535252	20	3.5	20	94	0	122	37	12	10	40	1.77
2535235--2535316	15	5.5	15	82	2	103	36	18	6	39	1.75
2535235--2535316	30	2.8	30	90	1	121	36	18	6	39	1.75
2535420--2535595	14	13.3	14	80	12	187	0	71	0	27	0.90
2535420--2535594	18	9.9	18	77	15	179	0	72	0	27	0.90
2535422--2535594	4	44.8	4	74	19	138	0	72	0	27	0.89
2535482--2535584	6	16.2	6	76	15	66	0	74	0	24	0.87
2538613--2538659	22	2.1	22	84	4	58	38	23	12	25	1.90
2541170--2541295	47	2.8	45	82	5	146	29	23	7	39	1.83
2541400--2541521	40	3.0	40	96	0	217	32	26	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551681--2551772	31	3.0	30	79	10	87	38	8	8	44	1.66
2558608--2558674	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
2558792--2559353	77	7.4	77	84	6	655	27	17	15	39	1.90
2558855--2559353	144	3.3	149	83	8	622	27	17	16	39	1.91
2558857--2559289	221	2.0	220	90	0	686	26	17	16	39	1.90
2560617--2560685	24	2.9	24	95	0	120	27	27	11	33	1.91
2561790--2561909	64	1.9	63	82	5	152	37	20	17	24	1.94
2562593--2562653	23	2.7	23	78	0	77	19	24	26	29	1.99
2564938--2565637	360	1.9	358	93	1	1186	38	14	9	37	1.78
2566899--2566966	35	1.9	35	90	0	109	27	0	26	45	1.54
2573338--2573401	5	12.8	5	72	18	53	78	0	1	20	0.84
2573334--2573401	25	2.7	26	79	6	86	77	0	2	19	0.89
2573337--2573402	9	6.5	11	73	19	54	78	0	1	19	0.82
2573343--2573412	20	3.6	18	74	18	52	74	1	2	21	1.03
2574633--2574714	28	2.9	28	76	10	87	62	1	1	35	1.11
2574635--2574980	5	68.6	5	68	22	126	53	3	2	41	1.28
2574648--2574704	23	2.5	23	86	11	82	63	1	0	35	1.05
2574691--2574982	2	157.5	2	67	23	142	51	3	2	42	1.31
2574647--2574957	7	44.9	7	73	15	220	52	3	2	41	1.30
2574669--2574962	62	4.7	61	68	19	158	52	3	2	42	1.30
2578038--2578070	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2583113--2583197	31	2.8	31	81	10	104	34	8	10	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583309--2583414	52	2.0	52	100	0	212	27	16	16	38	1.91
2584582--2584673	31	3.1	31	85	6	136	38	9	13	39	1.77
2585870--2587466	801	2.0	799	93	1	2734	37	12	12	38	1.80
2596792--2596826	17	2.1	17	100	0	70	11	22	48	17	1.79
2596778--2596802	7	3.6	7	100	0	50	24	28	32	16	1.96
2598254--2598284	11	2.8	11	95	0	53	67	0	19	12	1.22
2602580--2602623	20	2.2	20	95	0	79	0	6	11	81	0.86
2602587--2602623	10	3.7	10	85	0	56	0	5	8	86	0.70
2609094--2609145	26	2.0	26	96	0	95	25	19	11	44	1.84
2611814--2611866	26	2.0	26	96	0	97	24	16	11	47	1.80
2613745--2613957	67	3.2	66	88	3	313	39	14	17	28	1.89
2618883--2618912	14	2.1	14	93	0	51	60	6	10	23	1.52
2619160--2619220	30	2.0	30	83	0	77	55	14	13	16	1.69
2621033--2621083	20	2.5	20	93	6	86	23	27	11	37	1.90
2624313--2624371	29	2.0	29	87	6	84	37	13	11	37	1.82
2624744--2624924	93	2.0	92	83	11	232	40	18	6	35	1.75
2625811--2625882	33	2.2	33	80	9	85	37	31	2	27	1.71
2627490--2627543	21	2.6	21	90	0	90	24	50	7	18	1.72
2627745--2627799	18	3.1	18	81	0	56	45	43	1	9	1.46
2627760--2627799	9	4.4	9	80	0	53	50	42	0	7	1.30
2631767--2631840	31	2.4	31	100	0	148	51	18	0	29	1.47
2639855--2639894	19	2.0	20	85	4	55	27	30	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660014--2660060	24	2.0	24	87	8	69	29	2	10	57	1.44
2666912--2666954	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
2666911--2666960	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
2671237--2671354	59	2.0	59	90	3	184	27	19	17	35	1.94
2693114--2693175	19	3.2	19	71	11	63	32	9	12	45	1.75
2693113--2693232	38	3.1	38	91	1	186	30	11	13	44	1.79
2693126--2693194	19	3.6	19	68	14	61	28	11	15	43	1.82
2695782--2695820	20	2.0	20	94	0	69	33	5	20	41	1.74
2699546--2699630	43	2.0	42	86	9	118	29	27	18	24	1.98
2699552--2699652	21	4.8	21	72	11	80	32	26	17	22	1.97
2700214--2700344	54	2.4	54	83	3	165	27	23	17	31	1.97
2700328--2700379	20	2.6	21	76	11	56	26	28	13	30	1.94
2706677--2706775	21	4.7	21	72	12	85	34	27	17	21	1.95
2706669--2706775	43	2.5	43	77	4	110	32	27	16	23	1.96
2707339--2707480	54	2.6	54	83	3	160	26	21	19	33	1.97
2707471--2707528	20	2.9	20	100	0	116	29	29	10	31	1.90
2707451--2707528	40	2.0	40	87	5	113	26	29	10	33	1.89
2712590--2712714	31	4.0	32	76	11	123	32	20	18	29	1.96
2723007--2723217	41	5.1	41	71	13	139	27	15	22	35	1.94
2723690--2723738	24	2.0	24	100	0	98	36	4	22	36	1.73
2732600--2732667	34	2.0	34	91	0	109	35	14	13	36	1.85
2734932--2734994	25	2.5	25	92	5	101	6	12	9	71	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734954--2734994	13	3.2	13	79	6	57	9	12	9	68	1.40
2734948--2734989	12	3.4	12	80	6	57	7	11	7	73	1.23
2742140--2742176	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2742837--2742870	15	2.3	15	94	0	59	50	8	11	29	1.69
2745177--2745251	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
2745948--2746048	48	2.1	48	87	7	143	56	4	2	35	1.36
2756046--2756098	21	2.5	21	84	9	63	45	3	0	50	1.19
2756073--2756110	16	2.4	16	86	8	51	44	0	2	52	1.14
2760553--2760609	21	2.8	20	82	10	71	33	14	22	29	1.93
2762173--2762197	10	2.5	10	100	0	50	52	0	16	32	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38