genome.fa.s8027.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7662336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  13  of  38  ( 4505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762743--2762800	15	3.9	15	77	8	55	32	3	22	41	1.71
2762960--2763038	23	3.4	22	77	10	86	24	26	18	30	1.98
2775492--2775531	21	2.0	20	90	5	62	67	2	2	27	1.16
2775551--2775595	21	2.3	19	84	7	54	71	6	0	22	1.09
2776368--2776394	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2776421--2776481	30	2.0	30	93	6	104	37	3	1	57	1.25
2776430--2776484	18	3.4	18	67	27	59	40	3	0	56	1.17
2782297--2782329	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
2796119--2796153	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
2796242--2796293	24	2.2	23	83	13	61	21	11	0	67	1.22
2796329--2796369	4	10.2	4	100	0	82	24	0	0	75	0.80
2799901--2799938	20	2.0	20	89	5	60	50	5	2	42	1.39
2802892--2803246	134	2.7	134	81	5	396	23	17	33	25	1.96
2803314--2803390	30	2.6	29	82	12	77	33	11	20	33	1.89
2803479--2803534	28	2.0	28	92	0	94	44	16	8	30	1.78
2803589--2803653	32	2.0	32	87	0	94	27	27	18	26	1.98
2804658--2804764	14	8.4	13	74	14	73	1	16	5	75	1.08
2804667--2804806	20	7.2	18	75	16	86	1	15	5	77	1.02
2809840--2809874	17	2.1	17	94	0	61	34	28	14	22	1.93
2810855--2810879	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
2811367--2811391	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2814762--2814848	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815058--2815107	12	4.2	12	89	0	82	8	32	26	34	1.85
2815062--2815107	3	15.3	3	90	0	65	6	32	26	34	1.82
2817033--2817078	18	2.6	17	86	10	65	60	2	4	32	1.28
2817301--2817430	51	2.5	51	85	4	156	19	28	36	16	1.93
2818118--2818197	13	6.0	13	70	10	54	21	1	33	43	1.60
2818118--2818206	7	13.0	7	71	12	60	20	1	34	43	1.59
2819297--2819365	23	3.0	23	82	0	93	30	24	26	18	1.98
2821144--2821181	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
2823158--2823191	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2825976--2826053	39	2.0	39	97	0	147	41	12	11	34	1.80
2830331--2830365	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
2831797--2831821	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
2835665--2835825	60	2.7	61	80	2	182	39	6	21	32	1.78
2838532--2838574	4	11.0	4	85	5	61	51	23	2	23	1.60
2840089--2840118	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2841271--2841433	89	1.8	89	93	2	283	47	6	9	36	1.63
2843561--2843623	23	2.7	22	75	20	65	44	1	17	36	1.59
2843561--2843648	25	3.7	24	78	17	85	47	1	15	35	1.53
2849724--2850369	321	2.0	321	96	0	1195	35	20	3	39	1.71
2850495--2850582	18	4.4	18	76	20	95	30	32	19	17	1.94
2853210--2853253	23	1.9	23	95	0	79	18	25	27	29	1.98
2853315--2853369	22	2.4	24	81	6	60	29	10	18	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2853367--2853452	23	3.7	23	72	14	77	18	24	26	30	1.98
2859215--2859247	15	2.2	15	94	0	57	39	9	6	45	1.61
2866125--2866186	27	2.3	27	100	0	124	19	17	29	33	1.95
2866821--2866893	36	2.0	36	94	0	128	39	9	21	28	1.85
2868653--2868740	24	3.7	24	77	6	88	19	12	18	50	1.78
2868681--2868745	12	5.4	12	70	7	60	13	10	18	56	1.65
2868656--2868747	48	1.9	48	90	0	148	18	13	17	51	1.77
2871112--2871238	60	2.1	60	81	8	143	41	6	19	32	1.77
2881933--2882965	105	9.9	105	91	2	1605	32	25	19	22	1.98
2884597--2884638	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2884846--2884890	9	5.0	9	84	7	56	22	4	0	73	1.01
2884857--2884892	18	2.0	18	94	0	63	27	2	0	69	1.02
2885625--2885672	20	2.3	21	85	7	62	43	12	14	29	1.82
2885794--2885847	25	2.2	25	96	0	99	40	12	20	25	1.88
2886001--2886030	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
2886350--2886420	29	2.4	29	95	0	124	36	14	15	33	1.87
2886989--2887024	17	2.1	17	89	0	54	50	27	8	13	1.71
2890058--2890133	39	1.9	39	81	5	91	32	18	23	25	1.97
2893539--2893685	14	10.2	14	68	21	81	25	0	28	44	1.59
2893535--2893662	49	2.6	49	91	2	195	27	0	26	45	1.59
2893699--2893788	21	4.6	21	68	20	68	28	0	21	50	1.49
2895725--2895790	11	5.9	11	82	7	71	28	19	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896530--2896567	18	2.1	18	85	9	51	47	2	2	47	1.30
2897208--2897265	22	2.4	25	86	11	86	55	0	1	43	1.10
2897304--2897357	23	2.3	24	93	3	92	42	1	9	46	1.46
2898127--2898195	13	5.5	13	70	19	65	27	8	14	49	1.73
2898122--2898199	25	3.1	25	90	0	120	26	8	14	50	1.72
2898882--2898952	6	13.0	6	68	28	52	50	1	0	47	1.09
2898861--2898950	29	3.2	29	78	10	82	51	2	1	45	1.21
2898881--2898952	11	6.6	11	73	23	64	51	1	0	47	1.09
2898882--2898949	25	2.5	28	83	11	88	51	1	0	47	1.09
2898882--2899014	29	4.5	28	73	19	103	49	2	2	45	1.26
2898967--2899109	31	4.8	31	69	14	86	50	4	2	41	1.38
2898874--2899109	15	16.0	15	65	21	90	50	3	2	44	1.32
2898882--2899149	88	3.0	91	78	12	256	48	4	2	44	1.37
2899010--2899078	21	3.2	21	78	10	77	47	4	2	44	1.37
2899091--2899193	22	4.8	22	75	11	88	48	8	5	36	1.58
2899120--2899172	21	2.5	21	87	0	79	47	5	7	39	1.56
2899212--2899314	20	5.2	20	69	27	78	42	7	6	42	1.60
2899203--2899340	59	2.4	55	82	9	170	41	9	7	42	1.65
2899215--2899276	22	2.9	21	79	13	72	45	4	8	41	1.55
2899215--2899278	24	2.9	22	79	9	69	45	4	7	42	1.54
2899256--2899296	15	2.6	16	88	7	66	41	4	7	46	1.53
2899298--2899371	37	2.1	36	82	10	89	39	13	6	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2899203--2899360	57	2.7	58	81	11	180	41	10	7	41	1.67
2899463--2899496	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2899497--2899570	7	10.6	7	79	0	76	16	2	31	50	1.59
2899497--2899564	21	3.2	21	87	0	100	17	2	29	50	1.61
2899652--2899703	15	3.4	15	82	17	63	38	1	7	51	1.42
2899663--2899703	17	2.4	17	91	4	64	41	2	7	48	1.44
2899674--2899719	20	2.3	20	88	3	67	41	8	4	45	1.55
2899758--2899802	20	2.2	20	84	4	54	22	4	31	42	1.73
2900187--2900243	19	2.9	19	84	10	71	26	28	0	45	1.54
2900189--2900286	19	4.7	19	70	23	63	29	27	0	42	1.56
2900378--2900602	13	17.3	13	68	15	101	44	3	5	47	1.43
2900470--2900503	18	1.9	17	88	5	50	50	0	2	47	1.16
2900398--2900606	90	2.3	90	94	0	373	44	3	5	47	1.42
2900433--2900627	49	4.1	48	75	14	145	45	3	4	47	1.37
2901825--2901919	39	2.4	39	77	6	111	47	3	14	34	1.61
2901939--2902007	3	23.3	3	91	8	115	68	0	0	31	0.90
2905119--2905151	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2905230--2905275	13	3.5	13	84	0	65	36	13	21	28	1.91
2905230--2905287	26	2.2	26	90	0	89	32	15	22	29	1.95
2918090--2918114	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2918171--2918482	85	3.7	85	89	0	473	33	16	20	30	1.95
2920526--2920666	23	6.3	23	89	4	191	24	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2921758--2921901	57	2.4	60	83	8	168	45	4	2	47	1.36
2929310--2929400	30	3.1	28	78	10	94	45	5	7	41	1.56
2930071--2930135	2	33.0	2	79	14	73	47	3	3	46	1.33
2939358--2939409	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
2942818--2942846	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2943558--2943690	42	3.2	42	80	2	144	30	16	16	36	1.91
2944034--2944092	21	2.8	21	89	0	82	49	20	10	20	1.77
2956059--2956173	41	2.8	40	83	7	142	33	14	19	33	1.92
2960018--2960408	194	2.0	194	99	0	773	30	14	26	28	1.95
2966851--2966909	31	1.9	31	92	0	100	27	25	10	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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