genome.fa.s8027.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008027.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7662336

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  2  of  38  ( 4505 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240538--240747	20	10.4	20	82	7	237	38	23	17	20	1.93
240515--240747	40	5.8	40	86	7	276	37	24	16	21	1.94
241430--241476	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
241651--241675	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
243969--244170	19	11.7	19	73	19	192	46	17	20	15	1.84
243997--244170	52	3.3	52	95	0	312	45	16	21	15	1.84
243955--244164	33	6.2	33	76	13	221	46	18	20	14	1.83
244179--244277	19	5.4	19	84	12	145	14	22	17	46	1.83
244160--244277	53	2.2	53	96	1	220	13	24	17	44	1.85
244383--244419	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
245864--245948	43	2.0	43	85	0	116	22	16	40	21	1.91
246343--246458	19	6.6	19	73	19	99	45	25	18	10	1.81
246380--246436	14	3.7	14	72	20	51	45	28	19	7	1.76
246361--246453	33	2.8	33	91	0	159	47	24	19	8	1.77
246454--246582	19	7.3	19	76	17	134	8	16	28	46	1.76
246470--246528	14	3.9	14	78	20	64	6	16	28	47	1.72
246454--246548	33	2.9	33	95	0	163	7	16	28	47	1.74
246630--247098	93	5.1	93	96	1	879	46	19	12	21	1.83
248792--248875	19	4.7	19	80	14	106	45	21	21	11	1.84
248770--248875	52	2.0	52	96	0	194	46	19	22	11	1.82
248871--248929	19	3.4	18	73	22	54	8	18	25	47	1.77
248887--248943	14	3.7	14	77	20	60	8	22	22	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248871--248951	33	2.5	33	93	0	135	8	20	22	48	1.77
248927--249004	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
248928--249003	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
249083--249153	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
249334--249388	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
249534--249688	40	3.8	40	83	4	195	17	18	26	38	1.92
249535--249688	20	7.7	20	82	7	177	17	18	26	37	1.93
249675--249757	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
249655--249753	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
252508--252535	13	2.2	13	100	0	56	14	10	46	28	1.78
252712--252741	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
256768--256842	31	2.4	32	84	6	100	24	13	29	33	1.93
257623--257759	60	2.3	60	81	5	143	40	5	21	32	1.76
265021--265069	16	3.1	16	75	13	57	30	6	26	36	1.81
265140--265668	83	6.4	83	83	0	585	34	17	20	28	1.95
265147--265668	166	3.2	165	84	1	677	34	17	20	28	1.95
265624--265707	41	2.1	39	82	4	96	41	13	19	26	1.87
266636--266687	24	2.2	24	86	6	70	15	40	5	38	1.71
273823--273863	21	2.0	21	100	0	82	56	9	4	29	1.53
274062--274184	55	2.3	55	98	1	239	58	8	13	20	1.60
275886--276425	124	4.4	121	86	4	656	25	16	25	32	1.96
275872--276425	244	2.3	245	84	2	713	25	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275963--276425	245	1.9	242	86	3	635	25	17	24	33	1.96
277690--277752	27	2.3	26	82	12	74	4	11	6	77	1.10
277931--277958	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
282054--282745	111	6.2	111	92	0	1035	32	11	10	45	1.75
283153--283201	23	2.1	23	88	0	71	34	20	10	34	1.86
283229--283279	23	2.2	23	89	0	75	33	19	9	37	1.85
283135--283394	87	3.0	87	92	0	403	32	13	11	42	1.80
283316--283359	23	1.9	23	90	0	70	34	9	9	47	1.67
283324--283375	23	2.3	23	82	0	68	36	9	9	44	1.70
288159--288217	30	2.0	30	93	0	100	23	10	30	35	1.88
289615--289647	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
291998--292043	12	3.8	12	82	11	58	34	2	2	60	1.21
296666--296792	25	5.1	24	73	21	93	74	0	22	3	0.99
296681--296792	32	3.5	33	72	22	73	74	0	23	2	0.95
296681--296792	19	5.6	19	73	16	77	74	0	23	2	0.95
296676--296792	43	2.9	41	80	12	125	74	0	22	3	0.97
298709--299698	38	26.2	38	77	6	850	24	19	16	39	1.91
299580--299660	42	1.9	42	82	9	103	28	18	16	37	1.92
299704--299892	45	4.2	45	75	5	168	23	14	19	42	1.87
299673--299888	90	2.4	90	85	1	281	25	13	18	42	1.86
300465--300853	134	2.9	134	88	0	580	27	19	18	33	1.96
301043--301097	3	18.3	3	96	0	101	34	1	0	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302125--302156	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
302194--302238	12	3.8	13	80	19	62	20	17	24	37	1.93
302195--302253	23	2.6	23	94	0	100	23	18	22	35	1.96
302195--302271	11	6.8	11	75	14	59	23	19	22	35	1.96
310870--310930	7	9.0	7	77	13	65	42	37	0	19	1.52
310874--310924	13	3.8	13	80	12	59	43	39	0	17	1.49
310868--310930	26	2.3	27	89	5	92	44	36	0	19	1.51
310868--310907	19	2.1	19	90	9	64	45	37	0	17	1.49
314752--314860	24	4.5	24	74	8	105	21	13	16	48	1.80
314754--314860	48	2.2	48	83	6	128	21	13	16	48	1.80
315688--315939	69	3.6	69	81	6	269	31	20	9	38	1.85
315891--316003	55	2.0	56	89	1	174	30	22	8	38	1.84
315816--316069	126	2.0	127	83	3	316	29	21	11	37	1.88
315946--316273	70	4.7	70	75	8	222	29	21	10	38	1.88
315745--316146	196	2.1	196	83	3	524	30	21	10	37	1.87
316136--316171	15	2.4	15	85	0	54	33	25	11	30	1.90
318455--318502	20	2.3	22	79	13	57	64	2	2	31	1.16
320253--320302	25	2.0	25	100	0	100	20	28	4	48	1.67
328021--328045	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
329385--329438	24	2.2	24	83	0	72	37	22	20	20	1.95
329435--329508	23	3.2	23	80	3	85	27	20	28	24	1.99
329438--329509	24	3.0	24	83	2	92	27	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329637--329679	15	2.9	15	85	0	59	37	18	11	32	1.87
329671--329796	57	2.2	59	81	11	154	40	15	2	41	1.60
330303--330352	21	2.5	20	83	9	57	34	24	12	30	1.91
334654--334814	65	2.5	65	89	5	238	27	19	22	30	1.98
334654--334855	65	3.1	64	83	6	212	26	18	23	31	1.98
337444--337531	23	3.9	22	75	10	88	27	21	23	27	1.99
337452--337544	44	2.1	44	84	11	120	27	20	23	27	1.99
343348--343507	65	2.5	65	89	5	236	26	16	23	32	1.96
345360--345417	24	2.5	24	85	2	73	37	22	17	22	1.93
345417--345488	23	3.0	23	78	6	81	34	20	23	20	1.96
347949--347983	12	2.8	12	87	12	52	17	28	5	48	1.69
348588--348625	14	2.7	14	88	8	51	71	0	10	18	1.14
348749--349014	25	11.4	25	70	19	191	40	7	3	48	1.47
348760--348935	45	3.9	45	72	16	157	40	9	3	46	1.55
348848--348910	20	3.3	18	80	10	56	42	7	3	46	1.49
348749--348968	89	2.4	89	86	6	280	40	8	3	48	1.51
348977--349026	25	1.9	25	84	8	64	42	4	6	48	1.46
348752--349053	72	4.3	69	71	17	155	40	7	3	47	1.51
360121--360192	32	2.2	32	85	0	90	37	11	20	30	1.88
366515--366562	21	2.2	23	85	7	64	60	2	2	35	1.20
371316--371527	116	1.8	116	98	0	415	34	4	7	53	1.49
378761--378801	3	13.3	3	94	5	73	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378767--378817	22	2.2	25	89	10	81	64	1	0	33	1.05
378953--378977	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
378866--379055	71	2.7	71	83	10	230	44	7	5	42	1.56
378990--379014	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
378885--379079	108	1.8	104	84	6	266	42	6	5	45	1.54
378883--379055	34	4.9	34	77	16	176	43	6	5	43	1.55
379756--380572	166	5.0	166	95	0	1419	22	21	26	29	1.99
385319--385343	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
385439--385485	22	2.1	22	88	0	67	48	2	8	40	1.45
394550--394606	3	19.3	3	79	16	66	66	1	0	31	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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