genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4097--4125	9	3.2	9	100	0	58	68	0	20	10	1.18
8726--8797	23	3.3	23	67	25	73	25	19	2	52	1.59
8717--8802	43	2.0	43	100	0	172	25	18	2	53	1.56
8717--8786	24	3.1	24	64	19	69	27	18	1	52	1.54
12772--12805	12	2.8	12	90	0	50	41	0	0	58	0.98
14829--14922	42	2.2	43	92	5	154	14	22	29	32	1.94
14948--15062	57	2.0	57	94	0	203	36	7	15	40	1.77
16966--16993	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
16943--16979	10	3.7	10	85	0	56	27	37	24	10	1.88
16963--17008	24	1.9	24	86	0	65	23	36	32	6	1.81
17045--17219	29	5.9	29	82	6	215	20	29	35	14	1.92
17041--17219	92	1.9	92	90	0	286	19	29	36	15	1.92
17074--17192	63	1.9	63	87	3	177	21	27	35	15	1.94
21638--21667	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23022--23059	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
30608--30651	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
31580--31617	20	1.9	20	88	0	58	31	31	15	21	1.94
31578--31751	91	1.9	91	82	6	219	30	25	14	29	1.95
33160--33208	21	2.3	22	82	10	57	34	16	16	32	1.91
48641--48707	25	2.7	25	93	4	109	37	14	11	35	1.84
50298--50341	22	2.0	22	100	0	88	40	27	0	31	1.56
55182--55229	20	2.4	20	92	0	87	33	16	14	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55873--55907	18	1.9	18	88	0	52	40	25	11	22	1.88
56653--56691	17	2.3	17	95	0	69	7	23	41	28	1.82
68805--68835	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
76378--76421	24	1.9	23	86	9	63	15	18	4	61	1.50
77381--77493	22	5.4	22	82	6	103	18	18	23	38	1.93
77402--77449	19	2.5	19	100	0	96	18	20	18	41	1.90
79770--79884	60	1.9	58	84	3	149	33	22	2	41	1.68
80593--80679	26	3.2	25	70	20	59	13	25	11	49	1.76
81724--81779	29	1.9	29	88	0	85	19	25	8	46	1.79
81760--81809	26	1.9	26	87	0	73	18	20	10	52	1.73
83591--83622	15	2.1	15	100	0	64	25	25	15	34	1.95
90461--90537	24	3.2	24	75	19	79	36	2	0	61	1.10
90512--90581	30	2.3	30	85	0	86	41	5	1	51	1.34
90574--90599	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
112344--112400	9	6.7	9	76	11	57	31	1	1	64	1.13
112336--112393	16	3.6	16	88	4	80	32	1	1	63	1.14
112331--112397	16	4.2	16	85	7	75	29	1	1	67	1.09
118171--118246	20	3.9	19	86	5	107	32	19	18	28	1.96
118178--118287	20	5.8	20	75	14	90	35	20	19	24	1.96
118297--118348	20	2.6	20	90	0	77	15	15	21	48	1.81
119902--120004	21	4.9	21	77	4	109	24	20	34	20	1.96
119895--120004	42	2.6	42	81	2	141	25	19	36	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120486--120536	20	2.5	20	87	0	66	41	25	19	13	1.88
120499--120537	20	2.0	20	94	0	69	38	25	23	12	1.90
120507--120579	20	3.7	19	78	5	74	41	21	19	17	1.91
120585--120622	20	1.9	20	94	0	67	13	21	18	47	1.82
120589--120664	33	2.3	34	90	2	118	14	21	19	44	1.86
120656--120723	20	3.5	20	83	4	93	17	22	25	35	1.95
120882--120931	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
122641--122730	20	4.6	20	83	1	101	45	22	17	14	1.85
122641--122746	20	5.4	19	83	5	97	46	22	16	14	1.83
122746--122782	14	2.6	14	100	0	74	8	16	24	51	1.71
123120--123184	22	3.0	22	77	4	71	23	15	41	20	1.89
123390--123435	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
123401--123437	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
146598--146660	21	3.0	21	90	4	99	25	26	23	23	2.00
146597--146668	22	3.3	22	88	3	110	26	25	20	27	1.99
152397--152612	84	2.6	83	81	2	272	33	17	17	31	1.94
152852--153010	41	3.9	41	79	1	158	28	22	16	32	1.96
152832--153047	41	5.2	41	77	6	134	28	19	17	34	1.95
152954--153107	42	3.6	42	80	4	166	28	15	16	39	1.89
152976--153098	44	2.8	44	82	2	151	27	16	17	38	1.91
155256--155300	8	5.6	8	100	0	90	0	62	0	37	0.96
156476--156542	34	2.0	34	87	0	98	23	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156885--156924	20	2.0	20	90	9	64	30	17	22	30	1.97
156952--157009	20	2.9	20	84	0	62	36	20	10	32	1.87
156977--157026	20	2.5	20	93	3	84	42	18	2	38	1.61
158356--158392	13	2.8	13	95	4	65	40	13	0	45	1.43
159781--159845	20	3.3	20	87	10	98	36	21	6	35	1.79
165013--165073	21	3.0	21	88	7	81	22	4	18	54	1.63
168298--168353	18	2.8	20	80	20	64	8	12	1	76	1.08
175471--175538	22	3.1	22	79	10	68	63	0	23	13	1.30
175493--175538	22	2.0	23	88	12	69	63	0	21	15	1.31
184204--184336	36	3.7	36	96	0	239	42	13	17	26	1.86
188893--188945	23	2.3	23	90	0	79	33	24	22	18	1.97
188901--188961	23	2.7	23	87	5	88	29	26	22	21	1.99
189180--189239	31	2.0	30	83	9	77	36	26	1	35	1.67
196050--196109	31	2.0	30	83	9	77	36	26	1	35	1.67
196152--196209	21	2.5	22	81	16	64	41	8	12	37	1.73
201232--201270	12	3.2	12	77	0	51	23	12	17	46	1.83
203148--203232	28	3.0	28	92	0	134	27	29	14	29	1.95
203150--203237	14	6.3	14	72	0	77	27	28	15	28	1.96
206311--206360	26	1.9	26	91	0	82	26	22	20	32	1.98
214659--214716	28	2.0	29	90	3	91	53	5	6	34	1.50
226409--226459	9	6.0	9	75	13	54	62	1	0	35	1.06
226410--226457	16	2.9	17	84	12	64	62	2	0	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226411--226460	17	3.0	17	91	2	75	60	4	0	36	1.16
240827--240947	30	4.1	30	73	13	97	57	9	14	19	1.64
241714--241748	18	1.9	18	88	0	52	31	40	2	25	1.70
242332--242374	3	14.3	3	90	0	68	62	2	0	34	1.08
247642--247711	3	24.0	3	85	5	99	61	0	1	37	1.05
247860--247908	20	2.4	20	86	3	62	30	18	22	28	1.97
247973--248027	20	2.8	20	74	0	56	29	16	25	29	1.97
247843--248130	118	2.4	120	88	2	440	34	17	16	31	1.92
247999--248230	99	2.3	100	88	4	355	32	18	17	32	1.94
250966--250999	10	3.6	9	88	11	50	8	2	0	88	0.62
250965--251006	19	2.2	20	86	4	59	9	4	2	83	0.88
263009--263065	3	19.7	3	85	7	82	61	0	1	36	1.07
272586--272644	20	2.8	21	89	7	93	30	23	27	18	1.98
272679--272723	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94
274245--274336	23	4.0	23	92	0	148	19	27	26	27	1.99
277293--277379	35	2.5	34	78	12	88	56	10	8	25	1.60
277975--278010	18	2.0	18	100	0	72	22	22	27	27	1.99
279515--279735	110	2.0	111	93	2	383	44	10	8	36	1.70
282606--282682	38	2.1	37	82	7	93	48	3	1	46	1.28
286049--286108	31	1.9	31	93	0	102	40	8	8	43	1.65
286570--286631	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
286626--286784	62	2.6	63	90	7	247	55	2	0	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286647--286729	40	2.2	36	85	12	105	53	2	0	44	1.13
294190--294233	21	2.1	21	84	16	56	54	2	2	40	1.25
296930--296982	15	3.4	15	81	5	61	47	11	7	33	1.68
297380--297434	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
297420--297518	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
297513--297552	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
299855--299900	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
299854--299893	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
299983--300040	27	2.1	28	84	9	75	24	17	13	44	1.85
300127--300191	32	2.0	32	100	0	130	21	32	12	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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