genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008182--2008248	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2008182--2008304	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
2009410--2009452	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2010305--2010426	20	6.8	19	64	20	57	42	18	24	13	1.87
2010330--2010428	33	3.0	33	87	1	144	39	20	26	14	1.90
2010427--2010493	19	3.5	19	83	2	80	10	16	23	49	1.77
2011016--2011109	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
2011037--2011171	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
2011098--2011190	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
2011098--2011193	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
2012605--2012650	14	3.3	14	87	0	74	50	23	15	10	1.75
2022515--2022545	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2022732--2022872	21	6.6	21	67	6	77	21	15	22	39	1.91
2023127--2023177	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2029455--2029498	22	2.0	22	90	0	70	47	11	15	25	1.79
2029591--2029633	22	2.0	22	85	0	59	30	32	13	23	1.93
2029599--2029632	11	3.1	11	86	0	50	29	32	14	23	1.94
2030348--2030507	32	5.1	31	75	8	119	33	18	17	30	1.94
2030401--2030485	32	2.7	32	87	5	120	34	15	16	34	1.90
2032564--2032714	42	3.5	44	74	11	136	20	17	23	38	1.93
2032564--2032706	21	6.7	21	70	6	108	20	17	23	37	1.94
2032565--2032722	21	7.4	21	70	16	76	20	18	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032705--2032752	24	2.0	24	87	0	69	18	22	20	37	1.94
2035102--2035173	33	2.2	32	87	2	99	29	29	12	29	1.93
2035377--2035417	18	2.3	18	100	0	82	53	0	19	26	1.45
2037501--2037549	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
2040754--2040795	20	2.1	20	82	8	50	64	0	21	14	1.29
2045058--2045099	21	2.0	21	85	0	57	28	16	23	30	1.96
2047397--2047445	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
2050338--2050365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2050623--2050657	18	1.9	18	94	0	61	20	20	34	25	1.96
2056746--2056794	21	2.3	21	96	0	89	24	14	30	30	1.94
2056868--2056959	20	4.6	20	77	8	87	32	25	19	22	1.97
2057113--2057146	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2057295--2057412	20	5.9	20	89	0	182	38	22	21	16	1.93
2057431--2057495	19	3.7	19	84	13	86	13	20	18	47	1.82
2057635--2057671	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2059114--2059172	21	2.8	20	73	12	57	20	13	44	22	1.86
2059542--2059607	20	3.4	19	81	6	78	37	24	24	13	1.91
2059614--2059676	18	3.7	18	74	20	71	15	20	20	42	1.89
2059661--2059715	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2060197--2060241	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2061561--2061619	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
2062114--2062165	20	2.6	20	87	0	77	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062174--2062227	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2062093--2062230	61	2.3	61	84	0	186	23	16	23	35	1.95
2062750--2062793	18	2.5	17	88	7	61	18	20	36	25	1.95
2064730--2064809	41	1.9	41	87	2	115	26	17	21	35	1.95
2064320--2065553	259	4.8	259	88	1	1794	33	15	16	34	1.90
2064320--2065553	517	2.4	516	88	1	1817	33	15	16	34	1.90
2067663--2067701	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2073491--2073585	31	3.1	30	68	14	70	34	18	4	42	1.70
2073491--2073674	60	3.1	58	80	10	167	33	23	4	38	1.75
2074803--2074839	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2075333--2075363	3	10.3	3	92	0	53	70	0	0	29	0.87
2075589--2075616	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2083902--2084078	45	3.9	45	93	1	293	18	31	18	31	1.95
2091623--2091944	120	2.7	119	80	6	344	25	24	14	35	1.93
2092772--2092843	36	2.0	36	83	2	92	33	19	25	22	1.97
2093391--2093437	21	2.2	21	84	3	58	36	0	25	38	1.56
2105950--2106022	35	2.1	35	84	2	92	35	20	23	20	1.96
2108851--2109060	104	2.0	105	99	0	413	32	9	27	30	1.88
2114465--2114525	23	2.7	23	82	5	72	27	19	29	22	1.98
2116870--2117740	432	2.0	432	98	0	1679	33	16	13	36	1.88
2120177--2120215	16	2.4	16	91	0	60	35	25	7	30	1.84
2129278--2129349	37	1.9	38	85	2	101	25	19	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130238--2130272	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2136712--2136851	32	4.4	32	80	6	160	38	13	17	30	1.89
2138117--2138154	20	1.9	20	88	0	58	34	23	21	21	1.97
2138593--2138654	25	2.6	25	76	19	62	43	1	14	40	1.55
2138994--2139102	31	3.5	31	79	7	130	30	17	18	33	1.94
2138994--2139121	31	4.1	31	78	7	107	29	17	19	32	1.95
2142908--2142962	25	2.2	25	78	18	62	41	0	16	41	1.48
2142963--2143005	19	2.3	19	80	8	52	39	4	23	32	1.75
2143157--2143267	31	3.5	31	76	9	109	28	17	22	31	1.96
2145911--2145956	21	2.3	21	88	7	69	32	23	32	10	1.90
2147288--2147326	20	1.9	21	94	5	71	30	5	12	51	1.62
2149974--2150019	14	3.1	14	79	11	56	50	0	0	50	1.00
2149974--2150033	30	2.0	31	86	3	86	48	0	0	51	1.00
2154926--2154985	29	2.1	29	87	6	86	50	1	11	36	1.49
2165863--2165900	20	1.9	19	89	5	58	78	5	7	7	1.07
2166021--2166070	20	2.6	19	87	6	73	68	2	4	26	1.18
2179665--2179784	5	23.0	5	74	17	68	75	3	6	15	1.15
2179665--2179837	14	11.9	14	67	21	72	73	4	6	15	1.20
2179667--2179837	10	17.7	9	67	11	63	73	4	7	15	1.20
2179707--2179784	20	3.8	20	81	10	86	75	3	5	15	1.12
2179738--2179803	29	2.2	30	84	10	91	75	4	4	15	1.12
2179672--2179837	30	5.5	30	73	15	103	73	4	7	15	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179739--2179837	18	5.8	17	72	15	71	73	4	6	16	1.18
2179764--2179835	19	3.9	18	78	8	65	73	4	5	16	1.18
2179791--2179835	22	2.0	22	83	8	56	75	2	6	15	1.11
2179897--2179978	20	4.3	19	72	16	62	67	1	4	26	1.19
2179912--2179968	23	2.4	24	80	14	64	66	1	5	26	1.22
2180063--2180091	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2184456--2184567	56	2.0	56	98	0	215	31	16	18	33	1.93
2184706--2184747	22	1.9	22	85	9	59	30	7	7	54	1.54
2185821--2185858	19	2.0	20	90	10	62	57	0	2	39	1.12
2190729--2190852	44	2.8	44	92	0	203	46	2	5	45	1.39
2190733--2190861	21	6.1	19	71	23	82	47	2	4	45	1.36
2190853--2190896	15	2.9	15	93	3	70	45	0	0	54	0.99
2191411--2191467	26	2.2	26	81	12	64	36	3	0	59	1.14
2191694--2191725	14	2.3	14	94	0	55	50	3	6	40	1.43
2193904--2194171	43	6.3	43	72	10	160	29	17	18	34	1.94
2193914--2194176	82	3.1	85	81	8	295	29	19	18	33	1.95
2200484--2200611	31	4.1	31	74	11	109	34	18	17	29	1.94
2201387--2201454	31	2.3	29	85	10	84	35	17	10	36	1.84
2202911--2202956	17	2.7	17	75	0	56	19	26	0	54	1.44
2204814--2204969	32	4.9	31	76	7	127	32	20	17	30	1.95
2210525--2210576	18	2.9	18	82	0	68	32	34	15	17	1.91
2211350--2211407	20	2.7	20	86	10	71	25	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2211395--2211533	65	2.2	63	84	8	183	25	23	17	32	1.97
2214464--2214624	49	3.6	46	72	22	171	33	28	18	19	1.95
2214511--2214649	18	8.0	18	69	16	105	31	30	18	19	1.96
2214511--2214649	36	3.5	36	73	22	134	31	30	18	19	1.96
2214464--2214654	85	2.2	85	97	0	364	32	28	19	18	1.96
2215418--2215475	20	2.6	22	84	10	75	27	22	18	31	1.97
2215463--2215604	65	2.2	63	83	10	173	27	22	16	33	1.96
2217973--2218022	21	2.3	23	93	6	86	32	24	10	34	1.88
2218590--2218641	18	2.9	18	83	11	79	32	32	15	19	1.93
2219416--2219475	20	2.7	22	85	10	79	26	20	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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