genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827949--828016	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
828681--828726	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
833045--833130	23	3.7	24	72	10	79	30	24	25	19	1.98
833812--833865	19	2.8	20	91	2	83	14	33	31	20	1.93
836703--836730	13	2.2	13	100	0	56	25	14	14	46	1.82
836786--836834	25	2.0	25	87	0	71	34	10	12	42	1.76
841005--841041	19	2.0	19	89	5	58	24	0	2	72	0.97
841438--841519	19	4.0	19	68	17	56	41	1	2	54	1.21
843304--843357	21	2.6	21	93	0	90	25	16	25	31	1.97
844170--844299	41	3.2	41	84	6	167	39	20	19	21	1.93
844147--844241	22	4.5	22	75	7	88	37	22	17	22	1.94
844271--844322	20	2.6	20	100	0	104	42	23	25	9	1.84
844327--844376	21	2.4	21	100	0	100	30	30	16	24	1.96
844339--844384	21	2.2	21	88	0	65	34	30	15	19	1.93
844537--844586	23	2.1	24	85	3	66	42	0	6	52	1.26
854400--854444	25	2.0	22	83	16	56	48	17	0	33	1.48
854728--854754	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
856294--856358	3	21.3	3	76	9	60	56	0	1	41	1.08
856305--856354	13	4.0	13	89	5	77	56	0	0	44	0.99
866928--866953	13	2.0	13	100	0	52	69	0	23	7	1.14
867156--867244	46	1.9	46	84	6	117	35	11	10	42	1.74
872421--872751	55	6.1	55	75	14	239	31	22	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872421--872748	111	3.0	109	81	11	372	31	22	14	30	1.94
872449--872764	51	5.9	51	77	14	284	31	22	14	31	1.94
872768--872838	37	1.9	36	91	2	115	21	21	19	38	1.94
874104--874263	7	23.1	7	75	16	77	7	16	0	76	1.00
874099--874263	13	12.0	13	70	11	71	7	15	0	76	1.01
874125--874209	20	4.5	19	79	16	72	9	21	0	69	1.16
874149--874222	35	2.1	35	85	5	96	6	17	0	75	1.01
887867--887980	20	5.7	20	81	6	104	32	25	17	24	1.97
887846--887979	61	2.2	61	78	6	146	33	24	19	22	1.97
888514--888555	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
888551--888640	39	2.3	38	94	1	153	12	18	22	46	1.82
888551--888735	19	10.1	19	76	15	158	12	21	22	43	1.86
888570--888651	39	2.1	39	86	6	114	8	20	26	43	1.80
888623--888710	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
888678--888735	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
889290--889325	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
889504--889653	19	8.7	19	63	20	69	16	22	20	41	1.90
889508--889634	33	3.9	32	85	8	184	15	22	18	42	1.89
889501--889633	66	2.0	66	95	0	239	17	22	18	41	1.90
891919--891943	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
892118--892171	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
893225--893275	20	2.5	20	96	0	93	35	27	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893225--893282	20	2.9	20	89	5	91	39	24	20	15	1.91
893318--893366	19	2.6	19	90	0	80	16	18	14	51	1.77
893483--893517	14	2.6	13	90	4	52	45	22	0	31	1.53
895378--895444	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
895433--895490	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
895417--895495	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
895524--895581	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
895507--895597	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
895582--895624	19	2.3	19	84	8	52	18	23	20	37	1.94
896110--896154	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
897754--897797	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
897985--898057	20	3.7	20	78	7	76	27	17	27	27	1.98
898043--898143	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
898088--898163	21	3.7	21	80	3	100	15	25	18	40	1.90
898088--898165	41	1.9	41	100	0	156	16	25	17	39	1.91
898151--898179	14	2.1	14	100	0	58	13	24	27	34	1.93
899267--899328	17	3.5	17	91	8	90	41	1	0	56	1.09
900552--900601	23	2.2	23	88	0	73	40	8	20	32	1.81
900607--901286	197	3.4	198	80	6	730	30	14	15	39	1.87
904707--904751	21	2.1	21	91	0	72	33	28	22	15	1.95
905941--906068	31	4.1	31	78	9	143	27	18	20	33	1.96
906027--906123	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906054--906126	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
910412--910539	31	4.1	31	76	9	125	28	17	19	34	1.95
910414--910542	62	2.1	62	82	7	163	28	19	18	33	1.96
910525--910597	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
914157--914671	182	2.8	182	85	4	646	27	14	13	44	1.83
920318--920363	15	3.1	15	90	0	65	67	0	32	0	0.91
920318--920360	5	8.6	5	84	0	50	67	0	32	0	0.91
920322--920363	20	2.1	20	95	0	75	66	0	33	0	0.92
922239--922290	20	2.7	20	93	3	88	23	13	13	50	1.77
945678--945727	26	2.0	24	85	11	66	26	24	22	28	1.99
951068--951109	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
952296--952455	64	2.5	64	82	4	171	23	23	20	33	1.97
955312--955349	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
956809--956861	24	2.2	24	100	0	106	47	7	22	22	1.76
957218--957277	23	2.4	25	81	8	70	53	18	16	11	1.72
957496--957543	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
959103--959136	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
966354--966402	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
967579--967711	66	2.0	68	85	5	182	28	15	9	46	1.76
968958--969079	40	3.0	40	100	0	244	32	9	27	30	1.89
971145--971186	21	2.0	21	95	0	75	16	40	28	14	1.88
983141--983182	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983231--983356	40	3.2	40	74	11	120	46	4	7	41	1.54
983361--983569	73	3.0	68	79	15	230	43	3	7	44	1.50
983297--983545	110	2.3	109	80	11	276	45	4	7	42	1.51
983525--983583	31	1.9	31	85	0	82	44	3	6	45	1.47
1000441--1000500	31	2.0	30	87	9	86	36	1	25	36	1.66
1005039--1005188	60	2.5	60	90	0	237	34	20	20	25	1.96
1005598--1005622	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1012125--1012168	22	2.0	22	86	0	61	47	29	2	20	1.62
1018653--1018693	13	3.1	13	92	3	64	41	7	14	36	1.74
1018716--1018755	20	2.0	20	90	5	62	67	12	0	20	1.22
1019149--1019210	23	2.7	23	73	14	65	29	19	29	22	1.98
1020797--1020842	19	2.4	19	96	0	83	30	26	19	23	1.98
1027668--1027726	23	2.8	19	85	12	64	22	33	25	18	1.96
1029158--1029220	28	2.2	28	97	0	117	34	23	4	36	1.76
1031235--1031274	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
1035399--1035439	13	3.1	13	92	3	64	41	7	14	36	1.74
1036253--1036283	15	2.1	15	93	0	53	58	6	0	35	1.24
1039500--1039550	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
1039500--1039837	20	16.6	20	79	6	214	38	19	23	18	1.93
1039604--1039835	40	5.7	40	84	4	293	36	18	25	20	1.94
1039603--1039835	83	2.8	83	88	1	337	36	18	24	20	1.95
1039500--1039837	40	8.3	40	75	10	265	38	19	23	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1039917--1039973	6	9.5	6	100	0	114	33	50	15	0	1.44
1040668--1040723	6	9.5	6	98	1	105	0	16	51	32	1.44
1040801--1040844	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
1040831--1041084	20	12.4	20	86	3	292	20	25	18	36	1.95
1040833--1041063	40	5.7	40	89	3	327	20	25	17	36	1.95
1040831--1041085	103	2.5	103	87	1	345	20	25	18	36	1.95
1040841--1041063	123	1.8	123	94	0	392	21	25	17	35	1.95
1041098--1041171	20	3.7	20	92	5	123	9	18	18	52	1.72
1043048--1043120	21	3.5	21	78	10	78	57	0	0	42	0.98
1043081--1043117	17	2.1	17	95	5	65	62	0	0	37	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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