genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219480--2219602	65	1.9	63	81	6	149	26	19	17	36	1.94
2228408--2228446	18	2.2	18	100	0	78	30	17	7	43	1.77
2228935--2228985	12	4.1	12	74	18	50	66	9	9	13	1.44
2230653--2230705	18	2.9	18	82	0	61	18	18	32	30	1.96
2264119--2264275	64	2.5	64	79	10	178	35	17	19	26	1.95
2264804--2264841	15	2.6	15	83	4	51	18	18	28	34	1.95
2268692--2268760	25	2.8	25	100	0	138	27	26	28	17	1.97
2269227--2269267	20	2.0	20	85	0	55	14	31	29	24	1.95
2272020--2272173	64	2.4	64	79	8	179	33	18	19	27	1.96
2287260--2287769	243	2.1	244	96	2	943	49	9	7	33	1.64
2288081--2288119	20	2.0	20	94	0	69	35	7	0	56	1.28
2288676--2288720	7	6.9	7	75	14	51	44	0	0	55	0.99
2288675--2288720	20	2.3	20	89	10	69	43	0	0	56	0.99
2289893--2290006	57	2.0	57	81	6	133	21	11	4	63	1.45
2290163--2290198	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2292925--2292983	30	2.0	30	93	0	100	55	10	28	5	1.54
2309307--2309362	6	8.5	6	78	21	51	82	1	16	0	0.76
2309207--2309331	63	2.0	64	85	3	155	52	9	25	12	1.70
2309307--2309356	7	7.1	7	89	10	68	82	2	16	0	0.77
2309307--2309356	15	3.6	14	85	15	68	82	2	16	0	0.77
2310494--2310675	98	1.9	97	87	10	273	36	24	19	19	1.94
2311445--2311489	7	6.9	7	75	14	51	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311444--2311489	20	2.3	20	89	10	69	43	0	0	56	0.99
2313358--2313430	18	3.9	18	71	16	51	16	12	1	69	1.25
2313350--2313421	20	3.8	19	76	18	62	16	11	1	70	1.22
2317156--2317321	89	1.8	92	88	5	259	37	18	15	28	1.91
2321261--2321314	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
2345576--2345615	21	1.9	21	89	0	62	2	7	52	37	1.43
2345952--2346015	31	2.1	31	93	0	110	25	0	25	50	1.50
2349839--2349870	11	2.9	11	90	0	55	21	0	0	78	0.76
2352626--2352763	60	2.3	59	81	7	154	32	17	18	31	1.94
2352828--2352857	14	2.1	14	93	0	51	50	3	0	46	1.18
2360343--2360524	36	5.1	36	85	4	217	40	15	20	22	1.91
2360356--2360609	71	3.6	71	75	11	256	40	14	20	24	1.90
2360530--2360609	37	2.1	38	90	2	126	40	13	21	25	1.90
2361080--2361246	64	2.6	64	87	1	255	29	14	20	35	1.92
2364770--2364809	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
2371579--2371623	23	2.0	23	90	0	72	31	24	24	20	1.98
2372297--2372418	64	1.9	64	86	0	172	25	17	21	36	1.95
2380807--2381094	153	1.9	153	98	0	558	30	13	19	37	1.90
2381074--2381119	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
2383645--2383689	23	2.0	23	86	0	63	33	26	22	17	1.96
2383653--2383702	23	2.2	23	88	0	73	28	26	28	18	1.98
2384362--2384483	64	1.9	64	89	0	190	24	18	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384514--2384562	21	2.3	21	100	0	98	26	20	24	28	1.99
2389273--2389349	35	2.2	35	92	0	127	33	0	22	44	1.53
2390324--2390366	20	2.1	21	86	4	61	39	6	2	51	1.42
2390858--2390891	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2401312--2401642	168	2.0	164	97	2	626	43	14	13	27	1.83
2403279--2403304	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2403669--2403708	20	2.0	20	85	0	53	42	2	5	50	1.37
2403745--2403830	38	2.3	38	100	0	172	47	6	6	38	1.58
2404436--2404484	19	2.6	18	78	9	53	34	2	0	63	1.06
2404538--2404601	28	2.2	31	81	10	73	54	1	1	42	1.19
2404813--2404849	17	2.2	17	86	13	51	51	0	0	48	1.00
2405177--2405246	33	2.1	33	100	0	140	18	35	17	28	1.93
2407027--2407057	5	6.4	5	92	7	55	80	0	0	19	0.71
2407027--2407056	14	2.1	14	100	0	60	80	0	0	20	0.72
2408324--2408351	13	2.2	13	100	0	56	35	14	25	25	1.93
2408885--2409016	59	2.3	59	89	1	194	28	28	16	26	1.97
2411078--2411145	21	3.1	21	76	4	64	47	4	2	45	1.38
2414436--2414539	44	2.3	45	85	8	133	33	24	20	22	1.97
2416351--2416408	23	2.5	23	77	0	62	18	18	24	37	1.94
2420954--2421011	20	2.7	20	81	10	62	32	20	18	27	1.97
2421317--2421350	9	3.6	10	88	11	54	29	0	17	52	1.45
2421498--2421561	2	32.0	2	100	0	128	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423633--2423669	18	2.0	20	84	10	51	35	40	0	24	1.55
2424541--2424725	21	8.3	21	69	22	85	44	7	2	45	1.42
2424557--2424711	22	6.9	21	74	16	73	43	7	2	45	1.46
2424662--2424722	19	3.1	19	88	7	77	45	6	1	45	1.39
2425307--2425709	206	2.0	205	94	0	716	37	8	23	30	1.84
2429656--2429680	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2431902--2432190	43	6.4	43	67	19	142	24	17	30	27	1.97
2431935--2432215	134	2.1	134	88	4	415	24	17	30	27	1.97
2432247--2432301	28	2.0	28	85	0	74	43	16	12	27	1.84
2432580--2432654	31	2.4	31	84	8	91	41	14	16	28	1.87
2433337--2433474	36	3.8	36	79	11	131	37	11	17	33	1.86
2433441--2433656	107	2.0	106	85	7	287	42	12	16	29	1.84
2433739--2433930	100	1.9	102	79	5	219	38	10	14	36	1.81
2433898--2434038	71	2.0	72	85	4	196	39	12	17	31	1.86
2433904--2434038	36	3.8	36	83	6	166	37	12	17	33	1.87
2435589--2435637	24	2.0	24	84	7	64	0	14	12	73	1.10
2435610--2435699	14	6.5	13	80	14	83	1	15	10	73	1.15
2435610--2435707	28	3.6	27	83	6	108	1	16	10	72	1.17
2435612--2435693	41	1.9	43	80	11	98	1	14	10	73	1.16
2435953--2436018	30	2.2	30	86	0	87	33	19	31	15	1.93
2438544--2438575	14	2.3	14	94	0	55	18	40	18	21	1.91
2440470--2440496	10	2.7	10	100	0	54	59	0	18	22	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443374--2443413	2	19.5	2	94	5	71	50	2	0	47	1.14
2446593--2446648	28	2.0	28	100	0	112	42	17	14	25	1.87
2447743--2447914	86	2.0	86	98	0	335	27	17	15	39	1.90
2451604--2451786	40	4.4	41	70	15	124	21	16	27	34	1.95
2451632--2451843	44	4.9	44	74	10	195	23	16	24	35	1.95
2451552--2451849	127	2.3	127	92	0	506	22	17	25	34	1.96
2454766--2454810	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2456112--2456212	31	3.2	31	78	8	123	27	18	18	34	1.95
2456200--2456293	30	3.1	30	89	3	127	20	21	26	31	1.98
2459435--2459479	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2460782--2460878	32	3.1	32	78	14	128	28	17	18	35	1.94
2460781--2460881	31	3.2	31	81	10	125	28	18	18	33	1.95
2460869--2460962	30	3.1	30	90	3	136	20	21	27	30	1.98
2467453--2467484	15	2.1	16	94	5	57	56	6	6	31	1.49
2481326--2481397	32	2.2	32	97	0	135	52	1	0	45	1.09
2493282--2493449	84	2.0	84	96	2	311	29	19	22	29	1.98
2494482--2494681	99	2.0	99	100	0	400	35	23	14	28	1.93
2495136--2495176	21	2.0	21	95	0	73	24	21	26	26	2.00
2495778--2495897	44	2.7	45	86	1	161	26	17	17	38	1.92
2501890--2501942	19	2.8	19	91	0	88	22	26	16	33	1.96
2502925--2502977	19	2.8	19	91	0	88	22	26	16	33	1.96
2503009--2503060	19	2.7	19	100	0	104	21	34	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504884--2504977	42	2.3	40	80	7	107	22	23	23	30	1.99
2504794--2505234	225	2.0	225	89	1	679	31	15	19	33	1.93
2505301--2505408	42	2.6	39	78	14	99	25	23	19	31	1.98
2505456--2505599	38	3.8	38	92	0	227	40	18	18	22	1.91
2505473--2505639	76	2.2	73	77	14	160	40	19	16	23	1.91
2506147--2506234	30	2.9	30	89	0	140	53	0	2	44	1.13
2506242--2506309	14	4.5	14	74	15	64	38	0	5	55	1.24
2506145--2506277	15	8.5	15	78	11	124	48	0	3	48	1.19
2506190--2506511	54	6.1	52	87	6	212	38	0	9	51	1.36
2506257--2506494	32	8.4	32	74	25	250	36	0	10	52	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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