genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  4  of  18  ( 2124 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662766--662928	19	9.1	19	74	15	132	12	22	20	44	1.85
665068--665137	21	3.3	21	66	7	61	22	37	20	20	1.95
666486--666521	14	2.6	14	86	0	54	30	0	22	47	1.52
666628--666689	19	3.3	19	90	4	90	43	24	17	14	1.86
666685--666815	19	7.7	19	69	23	103	14	22	19	44	1.86
666689--666815	33	3.9	32	86	8	184	14	22	18	44	1.87
666682--666814	66	2.0	66	94	2	232	16	21	18	42	1.89
669103--669127	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
669302--669355	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
670138--670187	21	2.4	21	86	3	66	40	16	24	20	1.91
670172--670263	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
670473--670527	19	2.8	19	72	2	56	43	21	20	14	1.87
670475--670541	20	3.4	20	75	4	82	38	23	20	16	1.92
670580--670654	19	3.9	19	82	6	98	16	18	14	50	1.78
670651--670688	20	1.9	20	94	0	67	13	15	26	44	1.83
672216--672296	41	2.0	42	87	2	119	19	16	40	23	1.90
672228--672317	21	4.3	21	80	6	103	20	15	40	24	1.91
672202--672317	42	2.8	41	80	5	117	20	18	37	23	1.94
672664--672736	20	3.7	20	90	0	74	34	27	16	21	1.95
672670--672781	40	2.8	40	83	4	120	37	25	21	16	1.93
672690--672778	20	4.5	20	87	2	126	35	24	24	14	1.93
672788--672904	19	6.6	19	73	19	92	13	20	21	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672810--672868	14	3.9	14	76	20	64	10	15	23	50	1.74
672793--672884	33	2.8	33	94	0	166	11	17	21	48	1.79
672869--672912	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
673463--673510	18	2.7	18	86	0	78	14	10	45	29	1.78
674825--674867	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
675382--675448	20	3.3	20	85	0	89	28	11	29	29	1.92
675356--675493	41	3.4	41	75	6	136	23	15	24	36	1.94
675376--675490	20	5.7	20	75	6	79	24	15	26	33	1.95
675423--675511	41	2.2	41	85	4	117	21	20	23	34	1.96
675484--675551	21	3.3	21	91	2	102	22	22	16	39	1.92
675541--675593	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
677163--678686	6	262.5	6	89	9	2404	50	33	0	16	1.47
678840--678873	9	3.7	9	88	4	50	50	14	8	26	1.72
679382--679410	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
679455--679486	6	5.3	6	92	0	55	37	31	12	18	1.88
679452--679486	18	1.9	18	100	0	70	40	31	11	17	1.85
679759--679823	22	2.9	22	77	11	78	26	24	21	27	1.99
698719--698902	92	2.0	93	84	3	246	41	14	19	24	1.88
702323--702362	20	2.0	20	100	0	80	40	10	10	40	1.72
702366--702408	12	3.6	12	78	12	52	30	18	2	48	1.60
702366--702412	24	2.0	24	95	0	85	31	17	4	46	1.67
702666--702690	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705013--705053	20	2.0	20	100	0	82	24	19	51	4	1.66
710517--710599	33	2.5	33	88	9	116	51	9	0	38	1.35
712298--712352	17	3.4	15	78	14	56	12	9	0	78	0.97
712296--712339	23	1.9	23	81	9	54	13	6	0	79	0.92
721958--721984	5	5.4	5	100	0	54	81	18	0	0	0.69
722137--722175	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
726719--726755	19	2.0	18	89	5	56	18	2	2	75	1.04
727578--727662	33	2.5	33	90	9	129	51	10	0	37	1.37
728858--728985	20	6.3	20	84	5	141	30	27	17	24	1.97
728855--728971	61	1.9	61	89	0	180	33	26	17	22	1.96
728886--729012	41	3.1	40	78	6	139	33	25	18	22	1.97
729735--729788	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
729963--729987	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
732254--732310	19	2.9	20	76	5	62	36	22	21	19	1.95
733821--733887	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
733821--733943	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
734161--734345	91	2.0	90	89	6	282	47	18	11	22	1.81
736031--736152	20	6.8	19	67	20	75	42	20	24	12	1.86
736056--736152	33	2.9	33	92	1	158	40	22	25	11	1.87
736153--736233	18	4.5	17	89	9	117	8	17	24	49	1.74
736153--736233	17	4.5	18	90	9	121	8	17	24	49	1.74
736796--736849	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751126--751169	17	2.6	17	100	0	88	50	4	0	45	1.22
753050--753108	31	1.9	31	96	0	109	27	30	10	32	1.89
760015--760057	23	1.9	22	81	13	52	53	0	2	44	1.13
759866--760118	136	1.9	134	82	5	321	45	6	6	41	1.56
761605--761641	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
761786--762025	116	2.1	116	94	0	417	27	20	21	31	1.98
768591--768652	22	3.0	21	77	11	65	27	37	24	11	1.89
769304--769330	9	3.0	9	100	0	54	11	22	22	44	1.84
774214--774265	3	17.0	3	84	4	68	63	1	1	32	1.16
774230--774277	6	6.7	7	80	19	55	66	0	2	31	1.03
774537--774876	187	1.8	188	85	1	486	29	18	15	37	1.91
774663--775626	113	8.5	113	93	3	1611	27	17	15	39	1.90
776030--776104	22	3.4	22	90	0	123	38	13	14	33	1.85
780939--781028	8	10.4	9	77	14	84	2	13	0	84	0.72
780925--781037	10	11.8	10	78	10	80	1	14	0	84	0.71
780925--781011	1	87.0	1	73	0	66	2	11	0	86	0.67
781017--781070	26	2.0	26	96	3	99	3	14	11	70	1.29
780926--781033	7	15.6	7	78	16	86	1	13	0	84	0.71
787981--788045	10	7.0	10	83	11	68	61	0	1	36	1.05
787988--788037	3	16.0	3	87	8	73	64	0	2	34	1.05
787988--788037	19	2.7	18	87	9	73	64	0	2	34	1.05
787989--788049	6	8.7	7	79	16	65	65	0	1	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788202--788253	9	5.6	9	80	8	52	59	0	1	38	1.08
788209--788254	3	15.0	3	86	4	65	63	0	2	34	1.07
788209--788271	9	6.0	11	81	14	55	65	0	1	33	1.03
788209--788261	19	2.8	19	88	5	72	64	0	1	33	1.05
787970--788413	223	2.0	220	95	4	795	39	14	9	36	1.79
788540--788619	22	3.6	22	94	0	133	37	13	15	33	1.86
790146--790212	35	1.9	35	84	6	91	32	26	10	29	1.90
793123--793311	71	2.7	68	88	7	276	35	17	20	25	1.95
795931--795962	16	2.0	16	93	0	55	53	12	15	18	1.73
798713--798961	133	1.9	132	81	6	306	44	7	6	41	1.57
800520--800558	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
800554--800580	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
806041--806120	16	4.6	17	68	22	51	58	2	1	37	1.19
809521--809636	57	2.0	57	96	0	214	26	6	20	45	1.76
819259--819297	20	1.9	21	89	5	62	33	2	5	58	1.33
819566--819610	14	3.5	13	77	22	51	8	11	26	53	1.65
819556--819617	24	2.6	24	92	0	97	11	12	24	51	1.72
819575--819630	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
819990--820022	16	2.1	16	94	0	57	6	9	24	60	1.49
821007--821081	20	3.7	20	75	12	64	36	25	20	18	1.95
821110--821364	20	12.6	20	75	9	214	38	25	18	18	1.92
821110--821364	40	6.3	40	82	7	284	38	25	18	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821110--821361	121	2.1	121	86	4	348	38	25	17	18	1.92
821921--822011	20	4.6	20	82	9	114	50	19	17	12	1.77
821921--822015	40	2.4	40	84	7	131	50	18	18	11	1.77
822115--822159	20	2.3	20	96	3	83	15	22	22	40	1.91
822118--822167	20	2.5	20	90	0	82	12	22	24	42	1.87
824066--824132	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
824019--824132	42	2.7	41	81	5	104	22	35	19	21	1.96
825315--825399	19	4.4	20	83	5	104	14	18	21	45	1.84
825315--825399	39	2.2	38	85	6	109	14	18	21	45	1.84
827949--828002	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18