genome.fa.s8029.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3983240

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888347--1888463	21	5.6	21	80	2	128	23	35	18	22	1.95
1889559--1889961	207	1.9	206	93	3	693	26	7	23	41	1.82
1890478--1890549	36	2.0	36	100	0	144	27	22	25	25	2.00
1893481--1893519	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
1893687--1893725	20	1.9	20	89	5	60	33	12	23	30	1.92
1894570--1894600	16	1.9	16	93	0	53	19	9	16	54	1.68
1895523--1895556	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
1895530--1895567	16	2.2	16	90	9	58	42	0	5	52	1.24
1895601--1895634	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
1896103--1896350	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
1896752--1896827	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
1897231--1897258	14	2.0	14	100	0	56	57	14	14	14	1.66
1900661--1900699	18	2.3	16	91	8	60	35	2	0	61	1.10
1900990--1901145	59	2.6	59	81	2	177	30	25	7	37	1.82
1901252--1901417	60	2.8	60	81	2	174	39	6	22	31	1.78
1905386--1905426	21	2.1	20	86	13	59	41	7	0	51	1.30
1907050--1907209	65	2.5	64	92	5	261	31	21	16	30	1.96
1907050--1907229	65	2.8	64	83	13	235	30	23	17	29	1.97
1909147--1909186	21	1.9	21	90	10	64	55	7	7	30	1.56
1915872--1915923	19	2.7	19	96	0	95	32	30	19	17	1.95
1915807--1915968	84	1.9	83	90	6	256	31	23	17	27	1.97
1918239--1918273	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919122--1919205	37	2.5	33	81	14	100	19	22	5	52	1.67
1924281--1924323	21	2.0	21	81	0	50	51	11	11	25	1.72
1926071--1926101	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1926087--1926188	38	2.7	35	74	24	86	46	0	1	50	1.19
1926360--1926408	25	2.0	25	84	8	64	42	6	6	44	1.54
1927583--1927633	26	1.9	27	84	4	68	37	13	0	49	1.43
1928548--1928596	19	2.6	19	90	0	80	51	6	16	26	1.68
1928664--1928707	21	2.0	22	86	4	63	25	27	25	22	2.00
1929792--1929834	21	2.0	21	82	8	52	32	25	13	27	1.94
1932554--1932579	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1936397--1936425	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1945222--1945248	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
1948396--1948580	81	2.3	81	83	4	223	17	25	12	44	1.83
1948532--1948613	33	2.5	33	87	0	110	9	26	13	50	1.73
1948551--1948654	33	3.0	35	82	6	108	14	29	12	43	1.82
1948646--1949447	81	10.5	80	73	13	627	16	22	15	45	1.84
1948646--1949037	147	2.6	149	84	8	470	15	23	15	45	1.84
1948719--1948856	67	2.0	68	90	1	215	15	23	16	44	1.86
1948782--1949447	159	4.3	159	75	12	573	16	23	14	45	1.84
1949007--1949110	36	3.0	36	79	13	135	13	27	14	44	1.83
1948989--1949107	33	3.5	33	80	10	132	11	29	13	45	1.79
1949063--1949195	69	1.9	69	86	3	187	18	24	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1949128--1949452	78	4.1	79	74	7	248	16	20	14	47	1.82
1949389--1949503	60	1.9	60	87	3	169	20	19	13	46	1.83
1949325--1949586	139	1.9	141	87	3	386	17	21	15	46	1.84
1949243--1949667	220	1.9	219	86	4	606	17	22	14	45	1.84
1949462--1950347	81	11.7	80	76	14	338	16	23	15	44	1.85
1949614--1949722	48	2.3	48	83	3	130	19	22	14	44	1.87
1949725--1949800	35	2.1	36	92	2	127	11	28	18	40	1.86
1949804--1950258	70	6.4	71	84	10	495	16	21	16	45	1.86
1949768--1950340	71	7.9	71	82	10	528	16	22	15	44	1.85
1949768--1950340	141	4.0	142	79	12	555	16	22	15	44	1.85
1950135--1950348	82	2.7	75	85	7	243	16	23	14	45	1.84
1950130--1950348	78	2.8	79	85	6	293	16	23	14	45	1.84
1950588--1950843	80	3.2	80	76	6	257	13	22	16	47	1.82
1950778--1950902	59	2.1	58	83	5	153	16	22	14	46	1.83
1950837--1951184	80	4.4	79	82	5	393	15	26	14	43	1.86
1951225--1951397	71	2.7	60	77	21	206	20	23	14	42	1.88
1951263--1951454	71	2.7	71	91	4	314	18	22	15	43	1.87
1951490--1951788	80	3.8	80	75	11	246	15	20	16	47	1.83
1951683--1951929	72	3.5	72	93	2	410	17	21	17	44	1.87
1951926--1952001	33	2.3	33	100	0	152	5	27	11	55	1.57
1951959--1952128	78	2.2	78	88	10	258	13	26	12	47	1.78
1952314--1952792	221	2.2	215	84	7	624	13	26	19	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952340--1952715	75	5.0	74	68	16	211	14	27	18	40	1.89
1959097--1959136	18	2.3	18	86	4	64	35	10	5	50	1.58
1960241--1960295	3	18.0	3	80	17	60	27	5	1	65	1.25
1960247--1960293	16	2.9	16	90	6	69	27	6	2	63	1.30
1960247--1960296	19	2.6	19	83	0	64	26	6	2	66	1.26
1960299--1960328	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
1960246--1960328	20	4.3	20	76	22	65	24	4	1	69	1.14
1960326--1960360	15	2.2	16	90	5	54	0	0	11	88	0.51
1960449--1960479	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
1960449--1960482	11	3.0	11	95	4	59	29	0	0	70	0.87
1965782--1965827	22	2.1	22	87	0	65	26	21	23	28	1.99
1966251--1966329	24	3.3	24	98	0	149	24	30	8	36	1.86
1976702--1976809	4	28.0	4	75	17	56	19	0	4	75	1.04
1976706--1976817	17	6.9	17	66	24	62	17	0	5	75	1.03
1976702--1976799	21	4.6	21	73	19	78	19	1	5	74	1.06
1976703--1976813	13	8.4	13	69	18	77	18	0	4	76	1.00
1979155--1979194	16	2.5	16	83	0	53	57	7	7	27	1.53
1979181--1979206	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1979229--1979262	13	2.6	13	100	0	68	58	29	5	5	1.45
1983946--1984001	18	3.1	18	78	17	62	0	21	1	76	0.87
1984723--1984841	21	5.7	21	83	3	141	21	17	38	21	1.93
1984723--1984841	42	2.8	42	90	0	175	21	17	38	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984985--1985026	12	3.5	12	83	0	57	66	2	2	28	1.16
1985123--1985173	21	2.5	20	83	6	57	37	27	13	21	1.91
1991420--1991615	98	2.0	98	91	0	320	32	15	26	25	1.96
1996732--1996824	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
1996729--1996824	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
1996751--1996885	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
1996813--1996907	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
1997095--1997138	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
1997402--1997439	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
1998759--1998803	18	2.5	18	81	0	54	24	42	17	15	1.88
1999276--1999342	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
1999331--1999388	14	3.9	14	79	16	62	48	24	17	10	1.78
1999315--1999405	32	2.8	33	93	3	157	47	21	18	12	1.81
1999276--1999410	19	7.6	19	73	19	94	42	22	20	13	1.87
1999422--1999511	14	5.9	14	73	19	81	7	17	25	48	1.74
1999417--1999527	32	3.4	32	94	1	195	9	18	24	47	1.77
1999436--1999585	20	8.4	19	74	15	108	12	20	24	43	1.85
1999599--1999665	25	2.6	26	76	11	75	22	8	16	52	1.71
2001431--2001466	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2001552--2001621	19	4.0	18	75	17	58	40	20	22	17	1.92
2001583--2001650	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
2001669--2001725	20	2.8	20	94	0	96	21	22	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2002092--2002127	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2002682--2002717	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2001689--2003093	590	2.4	589	99	0	2747	32	12	18	36	1.88
2003963--2004021	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
2004196--2004220	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2006514--2006607	33	2.8	33	96	0	170	44	19	23	12	1.85
2006514--2006611	19	5.7	19	67	22	81	44	19	23	12	1.84
2006607--2006649	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2006635--2006668	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
2006790--2006826	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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