genome.fa.s8033.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3048429

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215--349	42	3.2	42	68	19	116	27	26	22	22	2.00
215--415	86	2.3	86	88	0	285	28	24	23	22	1.99
1778--1820	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
1843--1902	28	2.1	27	84	9	75	23	8	0	68	1.16
1870--1929	5	11.6	5	79	10	50	20	3	3	73	1.12
8829--8870	18	2.3	18	87	0	57	21	9	0	69	1.17
8908--8971	10	6.7	10	75	18	57	23	3	0	73	0.97
8920--9013	5	17.4	5	71	22	57	15	7	2	74	1.14
8920--9013	11	8.7	10	70	20	57	15	7	2	74	1.14
13934--14195	55	4.8	55	86	2	332	30	14	24	30	1.95
13934--14244	110	2.8	110	82	6	330	30	15	23	30	1.95
13935--14357	55	7.7	55	81	5	221	31	16	23	28	1.96
14565--14594	12	2.5	12	100	0	60	26	0	0	73	0.84
17192--17397	110	1.9	110	90	0	331	37	17	13	31	1.88
19349--19395	17	2.7	17	87	9	51	63	0	4	31	1.13
19358--19395	17	2.2	18	95	4	69	60	0	5	34	1.19
19681--19727	24	2.0	24	86	0	67	10	4	17	68	1.35
19723--19749	10	2.7	10	100	0	54	22	18	7	51	1.70
19801--19838	16	2.3	17	90	4	60	47	18	0	34	1.49
19995--20056	10	5.8	10	73	14	52	12	12	17	56	1.67
20008--20073	24	2.8	24	83	4	80	13	12	15	59	1.62
20343--20473	60	2.2	60	85	1	172	35	11	15	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22567--22598	15	2.1	15	94	0	55	31	0	37	31	1.58
24556--24614	20	2.9	20	82	2	64	30	6	23	38	1.81
24836--24873	20	1.9	20	88	0	58	44	13	2	39	1.57
28386--28418	17	1.9	17	93	0	57	45	6	3	45	1.43
29440--29496	20	2.8	20	86	7	71	31	8	24	35	1.86
30694--30832	29	4.8	29	86	3	208	34	5	23	35	1.79
37901--37941	18	2.3	18	91	8	66	12	26	31	29	1.92
37971--38083	29	3.9	29	89	1	174	32	5	28	33	1.80
40084--40113	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
40083--40153	37	1.9	37	91	0	115	71	2	9	15	1.23
40219--40259	18	2.3	18	86	0	55	70	0	4	24	1.06
40678--40939	123	2.1	123	82	2	303	27	12	21	38	1.90
48251--48320	32	2.2	32	82	10	81	71	2	11	14	1.25
48176--48318	73	1.9	74	80	8	166	69	1	9	19	1.24
48391--48433	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
52083--52109	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
58717--58751	18	1.9	18	88	11	54	45	2	5	45	1.41
62402--62466	24	2.7	24	85	4	87	18	24	29	27	1.98
63118--63236	54	2.2	54	80	3	132	33	14	20	31	1.92
67018--67395	200	1.9	201	79	3	431	33	19	11	35	1.87
73377--73408	8	4.2	8	84	15	50	0	21	0	78	0.76
73371--73434	14	4.5	15	83	13	75	1	18	0	79	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73370--73433	19	3.2	19	81	18	76	1	18	0	79	0.81
76874--76902	10	2.7	11	94	5	51	0	20	0	79	0.74
80633--80692	13	4.4	13	74	12	57	5	16	1	76	1.04
80617--80691	34	2.3	32	84	13	100	6	16	2	74	1.14
96842--96916	30	2.5	31	82	4	98	30	33	25	10	1.90
98578--98651	19	4.1	19	70	8	64	24	25	27	22	2.00
98578--98647	36	1.9	37	88	2	106	21	25	28	24	1.99
100415--100544	66	2.0	67	84	4	174	38	22	20	19	1.93
102127--102192	26	2.6	25	83	7	87	39	21	15	24	1.91
103164--103223	31	1.9	31	96	0	111	20	11	20	48	1.80
113986--114066	21	3.7	22	79	10	87	22	34	24	18	1.96
113984--114045	23	2.9	21	83	7	81	20	33	25	19	1.96
122748--123155	205	2.0	198	95	4	737	39	15	14	30	1.88
130207--130256	23	2.2	23	100	0	100	48	20	4	28	1.67
133781--133820	21	1.9	22	90	10	66	12	5	40	42	1.64
133902--133954	20	2.7	20	90	0	88	28	22	30	18	1.98
133994--134052	22	2.7	22	97	0	109	22	22	30	25	1.99
134248--134288	21	2.0	21	85	9	57	46	2	14	36	1.58
136810--136849	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
137908--137947	21	1.9	21	85	10	55	42	0	15	42	1.46
150470--150518	18	2.7	18	81	9	55	53	0	6	40	1.26
152286--154978	676	4.0	676	93	0	4448	37	11	17	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168610--168647	16	2.4	16	100	0	76	73	0	0	26	0.83
168608--168656	16	2.9	16	81	6	62	75	0	0	24	0.80
168610--168647	8	4.8	8	86	0	58	73	0	0	26	0.83
169885--169935	21	2.3	22	83	12	61	41	0	3	54	1.19
175162--175370	105	2.0	104	97	2	393	30	12	22	34	1.91
178588--178639	27	1.9	27	100	0	104	40	7	26	25	1.82
180217--180490	55	5.0	55	87	0	370	31	16	17	34	1.92
181270--181300	16	1.9	16	100	0	62	45	12	12	29	1.80
181651--181909	55	4.7	55	81	6	258	31	15	17	35	1.92
181652--181861	109	1.9	109	84	5	282	31	15	16	37	1.89
182913--183202	55	5.3	55	81	2	316	30	16	18	34	1.94
182913--183183	109	2.5	110	84	3	332	30	16	18	34	1.93
184371--184593	55	4.1	55	86	2	315	30	14	16	38	1.89
184371--184627	108	2.4	110	84	5	333	30	14	16	38	1.89
184386--184627	55	4.4	54	82	6	267	30	14	16	38	1.88
185823--186075	55	4.6	55	85	5	307	31	14	15	38	1.88
185816--186075	110	2.4	109	86	6	362	30	14	16	38	1.88
192600--192732	29	4.6	29	74	4	124	35	18	7	39	1.79
199980--200174	30	6.6	29	74	4	149	36	20	6	36	1.78
199989--200174	58	3.2	59	77	5	205	36	19	6	37	1.78
200179--200215	13	2.8	13	87	0	56	16	21	40	21	1.91
200199--200232	17	2.0	17	88	0	50	17	17	41	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200231--200303	18	4.0	18	92	1	119	23	35	23	17	1.95
202512--202546	6	5.7	6	86	6	52	0	14	0	85	0.59
202509--202546	19	1.9	19	94	5	67	0	15	0	84	0.63
202716--202755	20	2.0	21	85	5	55	62	0	17	20	1.33
204517--204679	55	3.0	55	86	5	215	30	18	17	33	1.94
205757--205890	55	2.4	55	91	0	205	32	15	14	37	1.89
205741--205912	55	3.1	54	82	6	195	30	18	16	35	1.92
206676--206753	22	3.6	22	75	6	97	42	12	17	26	1.86
206680--206770	42	2.2	42	91	0	155	41	14	20	23	1.89
206701--206770	20	3.4	20	69	7	59	40	15	22	21	1.91
206969--207116	55	2.7	55	91	2	226	32	16	14	35	1.90
206968--207143	55	3.2	54	84	4	201	32	16	15	35	1.90
207937--208016	22	3.6	22	98	0	151	42	15	15	27	1.86
208358--208525	55	3.1	54	84	6	221	31	17	16	34	1.92
212604--212634	11	2.9	11	95	4	55	16	0	0	83	0.64
213057--213125	29	2.4	28	76	11	68	24	8	0	66	1.19
213063--213139	14	5.4	14	72	20	61	27	7	0	64	1.20
213191--213218	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
221173--221275	52	2.0	53	90	1	163	33	21	17	27	1.96
221190--221320	54	2.5	52	85	5	156	35	20	16	27	1.94
221050--221455	188	2.2	188	85	2	519	33	23	17	26	1.96
221229--221541	135	2.3	137	83	2	398	34	23	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221241--221588	135	2.6	135	82	4	344	34	22	15	27	1.95
225619--225651	10	3.4	10	83	8	50	27	12	12	48	1.76
226909--226958	25	2.0	25	96	0	91	48	18	16	18	1.82
230046--230201	53	3.0	53	90	2	255	37	17	16	28	1.92
233189--233225	19	1.9	19	88	0	56	18	27	21	32	1.97
233335--233374	16	2.5	16	100	0	80	37	17	15	30	1.90
236773--236832	3	20.0	3	77	13	61	33	0	0	66	0.92
238123--238180	22	2.7	22	79	12	66	31	0	3	65	1.09
239005--239055	20	2.6	19	82	14	59	27	1	1	68	1.11
242314--242347	15	2.3	15	94	0	59	23	17	8	50	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14