genome.fa.s8033.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3048429

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  12  of  14  ( 1580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220045--2220158	20	5.7	20	81	6	104	31	24	18	25	1.97
2220042--2220158	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
2220678--2220744	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
2220740--2220829	19	4.7	19	90	2	144	11	18	22	47	1.80
2220740--2220829	39	2.3	38	92	1	144	11	18	22	47	1.80
2220812--2220899	33	2.6	33	87	1	122	12	23	23	39	1.89
2220878--2220924	20	2.3	20	79	13	60	12	25	17	44	1.84
2222928--2223050	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2222984--2223050	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2224411--2224446	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2224629--2224755	33	3.9	32	85	8	184	14	22	19	43	1.88
2224622--2224751	66	2.0	66	96	0	242	16	20	19	43	1.87
2227043--2227067	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2227242--2227295	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
2228355--2228412	20	2.9	20	92	0	89	37	20	24	17	1.93
2228436--2228489	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
2228418--2228488	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
2228577--2228613	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2230536--2230597	13	4.3	14	74	20	56	46	24	17	11	1.81
2230519--2230605	32	2.7	33	92	5	151	45	21	19	12	1.83
2230461--2230605	19	8.2	19	71	19	89	42	23	20	13	1.87
2230625--2230682	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230620--2230698	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
2230620--2230698	14	4.8	17	71	22	62	10	18	24	46	1.80
2230683--2230737	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2231219--2231263	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
2232582--2232619	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2233106--2233220	20	5.7	20	84	2	122	23	18	24	33	1.96
2233086--2233223	61	2.3	61	84	0	186	23	17	22	36	1.95
2233209--2233301	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
2233209--2233301	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
2233106--2233241	61	2.2	61	82	2	166	22	19	23	34	1.97
2235106--2235176	20	3.5	20	94	0	115	33	18	9	38	1.84
2237888--2237994	19	5.5	19	72	18	69	32	18	8	40	1.81
2239184--2239288	50	2.1	50	94	0	183	41	16	19	22	1.89
2246551--2246589	21	1.9	20	84	5	51	38	20	15	25	1.92
2260651--2260689	21	1.9	21	84	5	53	28	12	23	35	1.91
2274988--2275560	81	7.1	81	86	2	731	31	20	11	36	1.88
2274988--2275552	242	2.3	242	85	2	733	31	20	11	36	1.88
2275712--2275926	55	3.9	55	81	2	270	34	16	11	37	1.85
2275712--2275926	111	1.9	110	85	0	295	34	16	11	37	1.85
2276244--2276318	20	3.8	20	98	0	141	26	33	14	25	1.94
2277880--2277914	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2279280--2279384	37	2.8	37	83	0	129	29	12	14	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279926--2280451	105	5.0	105	87	3	697	22	18	25	33	1.96
2280650--2280725	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
2280625--2280838	104	2.1	103	89	2	324	35	12	21	30	1.90
2280741--2280815	39	1.9	39	83	5	98	37	13	22	26	1.91
2280926--2281042	36	3.1	36	67	4	90	38	14	18	28	1.90
2280909--2281083	72	2.4	74	83	8	207	41	12	18	28	1.86
2282226--2282566	183	1.9	183	95	1	621	30	22	20	27	1.98
2288074--2288106	9	3.7	9	100	0	66	78	0	0	21	0.75
2288074--2288128	18	3.2	17	85	10	67	74	0	5	20	1.01
2288378--2288482	37	2.8	37	83	0	129	29	15	14	40	1.86
2296170--2296345	81	2.2	81	86	2	246	29	22	11	36	1.89
2308940--2308979	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2310902--2311131	65	3.6	64	81	8	227	27	16	26	30	1.96
2311030--2311080	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2314425--2314602	65	2.8	65	83	5	204	27	15	26	30	1.96
2314550--2314600	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2314456--2314651	65	3.0	63	80	12	193	28	15	25	30	1.96
2316158--2316218	30	2.0	31	81	12	72	14	14	21	49	1.79
2319231--2319287	24	2.3	26	87	9	91	8	15	15	59	1.59
2322131--2322275	53	2.7	54	85	3	193	37	9	14	37	1.79
2322427--2323058	81	7.8	81	86	2	815	37	11	20	31	1.87
2326199--2326328	26	5.0	26	91	0	206	26	15	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330594--2330631	19	2.0	20	94	5	69	36	0	5	57	1.21
2339456--2339506	11	4.5	11	80	4	66	0	5	9	84	0.78
2344175--2344246	11	6.6	11	79	7	76	0	4	12	83	0.79
2344168--2344243	32	2.4	31	80	12	84	1	3	13	81	0.89
2351585--2351664	39	2.1	39	95	0	142	35	16	33	15	1.90
2360737--2360768	16	2.0	16	100	0	64	6	31	6	56	1.49
2364956--2364998	20	2.2	20	91	4	70	37	13	4	44	1.65
2367775--2367875	40	2.4	42	80	15	111	32	1	14	50	1.55
2374733--2374787	24	2.3	24	87	0	74	58	16	14	10	1.64
2376073--2376107	11	3.1	11	91	4	52	60	0	11	28	1.32
2383194--2383239	13	3.7	12	85	8	56	4	15	0	80	0.86
2383445--2383474	15	2.0	15	100	0	60	66	0	20	13	1.24
2392291--2392365	37	2.0	37	94	0	132	20	14	13	52	1.75
2397784--2397850	26	2.6	26	97	0	125	37	0	37	25	1.56
2398350--2398388	15	2.5	15	87	4	60	58	0	25	15	1.37
2398534--2398645	35	3.2	36	84	3	147	31	4	35	28	1.77
2415423--2415452	13	2.2	14	94	5	53	70	6	20	3	1.25
2418700--2419035	168	2.0	168	99	0	663	35	24	18	21	1.95
2424257--2424307	19	2.6	20	93	3	86	45	5	13	35	1.68
2428227--2428265	17	2.4	16	83	16	53	74	2	15	7	1.15
2430416--2430457	22	2.0	21	90	4	66	23	2	35	38	1.68
2435117--2435171	24	2.3	24	77	0	56	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443398--2443445	13	3.6	13	80	5	60	2	18	2	77	0.97
2443780--2443818	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
2457469--2457509	14	3.0	14	96	3	75	4	21	7	65	1.37
2473224--2473299	38	2.0	38	97	0	143	36	9	21	32	1.85
2493951--2493994	22	2.0	23	86	4	63	15	15	13	54	1.71
2506647--2506689	21	2.0	21	90	0	68	16	16	34	32	1.91
2506653--2506698	21	2.2	21	84	7	58	21	17	32	28	1.96
2515544--2515585	17	2.6	17	85	14	63	0	16	4	78	0.91
2515880--2515921	22	2.0	21	90	4	66	23	2	35	38	1.68
2517163--2517196	2	17.5	2	87	6	52	50	0	2	47	1.16
2518291--2518340	17	3.4	17	65	35	51	42	0	32	26	1.56
2518289--2518347	27	2.2	27	100	0	118	38	0	30	30	1.57
2521483--2521545	13	5.3	11	77	22	65	33	36	1	28	1.67
2521530--2521598	33	2.1	33	83	5	86	30	36	1	31	1.67
2522486--2522560	28	2.6	29	81	14	75	10	13	13	62	1.54
2527000--2527305	153	2.0	153	98	1	587	32	17	23	26	1.97
2528700--2528743	21	2.2	21	92	8	74	50	4	11	34	1.59
2529544--2529603	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
2531073--2531138	20	3.3	21	77	12	59	6	15	4	74	1.18
2531921--2531973	21	2.5	20	82	11	63	3	13	5	77	1.09
2532683--2532733	19	2.6	20	87	3	68	43	5	15	35	1.71
2536010--2536078	29	2.4	29	84	13	83	7	15	2	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536609--2536659	19	2.6	19	87	3	75	47	5	13	33	1.67
2536582--2536788	100	2.1	100	95	0	369	33	13	20	32	1.91
2536709--2536759	20	2.6	19	84	3	66	49	5	11	33	1.64
2548516--2548565	19	2.6	19	87	0	73	42	6	14	38	1.70
2549462--2549521	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
2551857--2551881	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2552596--2552645	19	2.5	20	80	3	57	46	4	12	38	1.60
2553543--2553602	30	2.0	31	86	3	86	53	10	8	28	1.63
2572623--2572673	19	2.6	20	87	3	68	43	5	15	35	1.71
2573369--2573408	20	2.0	21	85	5	55	50	7	17	25	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14