genome.fa.s8033.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3048429

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698750--698905	80	1.9	82	84	2	208	32	17	19	30	1.95
702020--702076	19	2.8	20	78	7	71	21	7	19	52	1.69
702530--702564	13	2.6	14	90	9	63	80	5	8	5	1.03
704976--705018	7	6.1	7	83	0	50	51	2	0	46	1.13
710157--710453	50	6.0	50	94	0	515	58	14	3	23	1.51
711090--711133	15	2.8	16	82	6	63	13	34	31	20	1.92
714227--714351	27	4.7	27	94	3	200	30	10	14	44	1.78
717897--717991	27	3.6	27	91	2	158	30	11	14	43	1.81
724471--724560	46	2.0	46	88	0	135	22	18	12	46	1.82
724855--725152	54	5.5	54	88	3	429	33	20	18	27	1.96
725506--725549	19	2.3	19	88	0	61	31	25	13	29	1.94
729301--729459	79	2.0	80	98	1	311	49	3	22	23	1.66
729302--729493	79	2.4	78	89	3	251	48	4	21	25	1.67
730974--731022	21	2.3	21	80	13	55	10	12	8	69	1.37
731178--731594	208	2.0	208	97	2	732	38	14	21	25	1.92
738498--738534	18	2.0	19	94	5	67	32	8	10	48	1.67
739067--739091	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
739933--740227	54	5.5	54	80	7	339	33	19	17	29	1.95
739935--740232	162	1.8	162	87	1	445	32	20	17	29	1.95
746917--746970	20	2.7	20	75	11	65	27	29	14	27	1.95
746978--747024	21	2.2	21	88	0	76	23	25	17	34	1.96
747015--747085	20	3.6	20	84	5	92	38	23	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747820--747853	12	2.8	12	95	0	59	58	26	0	14	1.36
747979--748032	24	2.2	24	86	0	72	24	18	16	40	1.90
751410--751530	48	2.6	45	79	8	134	30	20	6	42	1.78
751415--751530	46	2.5	48	83	5	139	31	20	6	41	1.79
751634--751754	40	3.0	40	96	0	224	34	27	15	22	1.94
753728--753777	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
754145--754199	24	2.3	25	81	9	69	32	5	14	47	1.67
754164--754200	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
754156--754208	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
754472--754555	39	2.2	39	95	0	150	48	20	14	16	1.80
754807--754844	20	1.9	20	94	0	67	15	15	23	44	1.85
754907--755044	61	2.2	63	83	8	165	50	16	1	31	1.55
758497--758569	13	5.5	13	73	15	51	16	42	24	16	1.88
758505--758582	8	10.1	8	76	18	85	14	41	24	20	1.89
758509--758560	18	2.7	19	88	11	79	15	44	23	17	1.86
758544--758583	7	5.4	7	91	8	62	12	35	27	25	1.92
758544--758582	15	2.6	15	100	0	78	12	35	25	25	1.92
761943--761987	13	3.3	13	84	6	54	15	42	22	20	1.89
761921--761966	18	2.6	18	96	0	83	17	52	19	10	1.74
761964--761995	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
761961--761994	15	2.3	15	100	0	68	14	35	26	23	1.94
763285--763320	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764248--764338	24	3.8	24	85	2	121	25	17	19	37	1.94
764248--764338	47	1.9	48	88	2	139	25	17	19	37	1.94
767970--768051	18	4.9	18	72	23	65	76	3	15	3	1.06
767972--768076	30	3.5	29	78	17	99	76	3	17	2	1.06
767990--768086	33	2.9	34	84	10	119	77	3	16	3	1.03
768020--768078	21	2.7	22	77	15	68	74	3	20	1	1.05
767973--768052	15	4.9	16	79	11	83	77	3	16	2	1.02
767972--768087	12	10.2	11	71	19	71	76	3	16	3	1.06
767994--768087	17	5.6	16	76	9	82	77	3	15	3	1.02
775877--775926	20	2.6	19	81	6	64	16	16	22	46	1.84
775948--775979	13	2.5	13	94	0	55	75	15	9	0	1.05
776359--776407	20	2.4	20	86	3	62	22	20	18	38	1.93
776373--776437	20	3.2	20	91	0	94	18	18	21	41	1.90
776461--776519	20	3.0	20	75	7	66	25	13	27	33	1.93
776616--776644	12	2.5	12	94	5	51	62	10	0	27	1.28
778011--778059	23	2.1	23	92	0	80	22	26	32	18	1.97
790462--790493	16	2.0	16	100	0	64	31	12	6	50	1.65
796162--796305	25	5.8	25	83	3	146	15	11	25	47	1.79
801775--801813	20	2.0	20	89	0	60	43	17	12	25	1.85
802540--802578	19	2.1	19	85	0	51	30	25	7	35	1.84
805965--806007	21	2.0	22	95	4	79	58	0	4	37	1.19
809846--809907	32	2.0	30	84	6	79	19	41	24	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809867--809910	17	2.5	18	88	3	72	20	47	22	9	1.78
809923--810014	29	3.2	28	86	4	130	36	4	21	36	1.74
810908--810988	32	2.6	31	80	5	83	22	29	25	22	1.99
811044--811096	25	2.1	25	89	0	79	28	7	16	47	1.74
817227--817264	19	2.0	19	94	0	67	15	28	31	23	1.96
817259--817299	17	2.4	17	91	4	64	19	43	21	14	1.87
817259--817316	18	3.3	18	85	4	73	20	43	22	13	1.87
817311--817509	29	6.9	29	80	8	219	38	5	21	34	1.77
817311--817501	59	3.3	58	84	5	242	39	5	21	32	1.78
818719--818757	6	6.3	6	82	5	51	20	15	12	51	1.76
818721--818756	19	1.9	18	88	5	54	22	16	13	47	1.82
822744--823228	135	3.6	136	84	1	607	31	21	15	31	1.94
823476--823505	3	10.3	3	92	7	53	36	0	0	63	0.95
824810--824835	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
824922--824967	20	2.3	19	81	7	56	28	6	8	56	1.54
837377--837445	34	2.0	34	97	0	129	36	24	8	30	1.86
850948--851033	40	2.2	40	95	0	154	39	23	10	26	1.87
853458--853506	24	2.0	24	96	0	89	42	10	12	34	1.76
854570--854632	31	2.0	31	93	0	108	38	34	3	23	1.71
861933--861995	31	2.0	31	87	0	90	39	33	3	23	1.71
872940--872980	20	2.1	20	86	4	57	21	43	4	29	1.73
874144--874186	23	1.9	23	90	4	70	23	9	9	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881490--881532	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
885444--885493	8	5.8	9	75	17	52	22	0	4	74	0.99
885498--885536	20	2.0	20	89	0	60	33	7	10	48	1.66
885888--885936	25	1.9	26	84	12	66	36	4	8	51	1.51
886294--886413	51	2.4	50	84	5	152	16	32	30	20	1.95
886524--886565	10	4.2	10	85	11	59	30	28	0	40	1.57
886586--886614	14	2.1	14	93	6	51	20	6	6	65	1.40
886689--886909	110	2.0	111	90	0	354	36	8	8	46	1.64
888415--888450	18	2.0	18	100	0	72	27	27	22	22	1.99
888951--889023	25	3.0	24	68	24	62	26	6	4	63	1.38
892586--892694	51	2.2	49	87	9	152	28	23	23	23	2.00
892586--892706	47	2.5	49	85	8	149	28	24	23	23	2.00
892730--892842	51	2.2	51	84	4	140	19	30	33	15	1.93
901255--901336	42	2.0	42	85	0	110	15	24	15	43	1.86
904149--904208	21	2.9	21	92	0	102	26	25	23	25	2.00
909869--909926	23	2.7	20	74	25	64	29	17	17	36	1.92
918195--918237	20	2.2	20	91	0	68	37	6	0	55	1.27
918477--918529	3	17.7	3	79	14	56	37	0	0	62	0.96
918474--918527	28	2.0	27	86	10	76	38	0	0	61	0.96
918480--918527	10	4.9	10	82	12	64	37	0	0	62	0.95
920627--920693	27	2.5	28	76	13	68	34	1	0	64	1.03
920661--920710	20	2.5	20	83	9	66	28	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924003--924034	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
930323--931790	489	3.0	489	97	0	2729	36	16	20	26	1.94
931968--932007	17	2.3	18	91	4	64	80	0	17	2	0.83
931969--932014	18	2.6	18	86	13	69	82	0	13	4	0.81
932368--932418	18	2.8	18	81	3	66	33	5	5	54	1.48
933606--933646	17	2.4	17	95	0	73	51	2	24	21	1.60
933627--934678	113	9.3	113	89	2	1553	37	15	18	28	1.91
935009--935061	3	17.7	3	79	14	56	37	0	0	62	0.96
935006--935059	28	2.0	27	86	10	76	38	0	0	61	0.96
935012--935059	10	4.9	10	82	12	64	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14