genome.fa.s8033.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008033.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3048429

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1969096--1969335	115	2.1	115	82	6	290	19	22	20	36	1.95
1969203--1969416	74	2.9	72	84	7	261	19	23	21	35	1.96
1974467--1974643	44	4.0	44	89	0	246	25	20	10	42	1.84
1974467--1974643	88	2.0	88	89	0	273	25	20	10	42	1.84
1982584--1982627	18	2.4	19	96	3	81	36	4	22	36	1.75
1987999--1988025	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1988115--1988153	17	2.3	17	86	8	53	71	5	0	23	1.05
1988923--1988949	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1991196--1991304	53	2.0	54	98	1	211	18	26	18	36	1.94
1997892--1997968	27	2.8	29	90	9	133	63	0	11	24	1.28
1997893--1997973	19	4.5	17	72	20	67	61	0	13	24	1.32
2001799--2001828	13	2.3	13	100	0	60	23	46	16	13	1.82
2001852--2002001	67	2.3	67	83	8	182	34	6	16	43	1.73
2001935--2001992	29	2.0	30	89	3	91	31	3	17	48	1.64
2002714--2002799	24	3.6	24	75	6	93	30	12	15	41	1.84
2002724--2002827	48	2.2	48	96	0	190	26	16	17	39	1.90
2009124--2009192	35	2.0	35	82	0	84	43	20	0	36	1.52
2009377--2009653	149	1.9	149	95	0	500	36	6	10	46	1.63
2010160--2010238	34	2.2	36	88	4	117	32	1	21	44	1.60
2011137--2011193	23	2.5	23	85	0	78	26	14	19	40	1.89
2011153--2011199	23	2.0	23	91	0	76	23	10	21	44	1.83
2011226--2011292	29	2.3	29	100	0	134	32	20	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011917--2011971	26	2.1	27	83	6	69	49	1	3	45	1.30
2019899--2020295	44	9.0	44	88	0	596	24	23	12	39	1.89
2025948--2026124	44	4.0	44	94	0	300	23	22	12	41	1.88
2028256--2028294	20	1.9	21	84	5	53	15	5	2	76	1.06
2029789--2030049	44	5.9	44	88	0	378	26	21	11	40	1.87
2033648--2033912	44	6.0	44	87	0	350	27	21	10	39	1.87
2036483--2036526	13	3.5	12	84	6	52	43	2	2	52	1.26
2037518--2037780	44	6.0	44	89	0	364	26	22	10	40	1.86
2039868--2039906	18	2.1	19	90	4	62	15	5	0	79	0.90
2040356--2040399	13	3.5	12	84	6	52	43	2	4	50	1.35
2042379--2042778	54	7.3	54	84	8	461	27	18	19	35	1.95
2042569--2042745	61	3.0	61	84	11	269	26	16	22	34	1.95
2042461--2042778	169	1.9	169	89	0	501	27	16	20	34	1.94
2042410--2042745	115	3.0	113	86	4	436	27	17	19	35	1.94
2043121--2043170	20	2.5	20	100	0	100	22	36	16	26	1.94
2050421--2050463	19	2.3	19	88	8	61	20	6	2	69	1.23
2051494--2051533	20	2.1	19	86	9	55	22	12	7	57	1.60
2052101--2052163	31	2.0	31	96	0	117	44	25	11	19	1.83
2052735--2052821	43	2.0	43	100	0	174	28	29	6	34	1.83
2053751--2054023	136	2.0	136	100	0	546	33	26	19	20	1.96
2054077--2054423	176	2.0	176	91	1	570	36	15	16	30	1.90
2056686--2056773	40	2.2	41	83	2	106	38	17	18	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056923--2057034	40	2.8	41	83	5	138	40	14	16	28	1.88
2058949--2058996	23	2.0	24	92	4	80	33	0	14	52	1.42
2069485--2069516	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
2072430--2073081	183	3.6	183	89	1	963	44	14	14	27	1.83
2075287--2075317	15	2.1	15	93	0	53	29	6	51	12	1.65
2075437--2075567	66	2.0	66	86	0	181	32	3	41	22	1.69
2078921--2078979	29	2.0	29	100	0	118	44	6	25	23	1.78
2079072--2079280	65	3.2	64	75	12	203	26	18	23	31	1.98
2086429--2086638	65	3.3	63	79	11	203	26	19	22	31	1.98
2088256--2088579	179	1.8	179	89	2	517	41	13	15	29	1.85
2088385--2088908	201	2.6	200	88	3	793	40	12	15	31	1.85
2091576--2091619	23	1.9	23	90	0	70	31	20	13	34	1.92
2093748--2094148	7	58.0	7	94	4	701	56	0	0	42	1.03
2094186--2094235	25	2.0	26	88	4	75	58	0	2	40	1.10
2095409--2095443	18	1.9	18	100	0	70	25	5	40	28	1.78
2095496--2095547	21	2.5	21	93	0	95	28	9	26	34	1.88
2095857--2096250	195	2.0	195	97	0	752	36	11	21	29	1.89
2100977--2101025	19	2.5	20	96	3	91	38	10	24	26	1.87
2101911--2101965	22	2.5	22	84	3	65	30	21	20	27	1.98
2101928--2101975	23	2.1	22	96	3	87	29	22	22	25	1.99
2103734--2103771	15	2.5	16	83	8	53	50	0	2	47	1.15
2103734--2103767	16	2.2	15	89	5	50	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103818--2103848	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2107944--2108064	57	2.1	56	83	4	145	59	6	14	19	1.57
2107984--2108064	28	2.9	28	77	7	92	60	4	14	19	1.52
2108000--2108040	14	2.9	14	88	0	64	56	4	17	21	1.60
2108228--2108265	13	2.8	14	92	4	60	18	7	34	39	1.80
2112051--2112108	30	1.9	30	82	6	73	37	13	15	32	1.87
2112413--2112595	65	2.8	65	78	8	167	40	15	14	28	1.87
2114585--2114674	45	2.0	45	100	0	180	35	15	17	31	1.92
2116379--2116603	44	5.0	44	84	6	301	41	12	21	24	1.88
2116467--2116582	25	5.1	25	59	23	67	40	13	23	22	1.90
2121265--2121292	8	3.5	8	100	0	56	53	0	46	0	1.00
2122434--2122706	44	6.0	45	82	8	290	40	12	22	24	1.88
2122798--2122861	14	5.0	12	77	17	58	1	20	1	76	0.95
2127351--2127385	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2131486--2131523	15	2.5	15	100	0	76	31	0	50	18	1.47
2132003--2132036	2	17.5	2	87	6	52	50	0	2	47	1.16
2132994--2133029	14	2.6	14	91	8	56	55	5	16	22	1.62
2133226--2133276	20	2.5	20	84	9	59	23	9	31	35	1.87
2136128--2136334	110	1.9	109	96	3	389	44	14	6	33	1.72
2136148--2136326	53	3.3	52	67	23	152	41	16	7	34	1.76
2137839--2138498	123	5.4	123	86	3	875	25	17	17	39	1.91
2152211--2152299	45	2.0	45	88	0	133	16	16	43	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157292--2157475	91	2.0	91	98	0	359	30	25	14	29	1.95
2160608--2160673	20	3.5	20	72	19	79	34	15	27	22	1.94
2160629--2160688	15	3.7	15	72	20	57	28	15	31	25	1.95
2160609--2160690	35	2.3	35	100	0	164	31	15	29	23	1.95
2160609--2160704	35	2.7	34	92	6	131	32	15	28	23	1.95
2161494--2161580	45	2.0	45	95	2	158	29	24	6	39	1.81
2161507--2161580	25	3.2	25	62	31	63	29	22	8	39	1.83
2165625--2165685	6	9.5	6	81	13	68	1	14	1	81	0.84
2165616--2165685	21	3.5	19	79	14	79	1	15	1	81	0.84
2165616--2165674	15	4.2	14	81	14	68	1	16	0	81	0.78
2165614--2165680	12	5.6	12	81	12	68	1	16	0	82	0.75
2168102--2168136	12	2.9	12	86	0	52	28	22	14	34	1.93
2168487--2168618	45	3.0	45	93	3	223	31	23	6	38	1.79
2169865--2169905	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2173095--2173189	40	2.4	40	87	1	120	30	29	18	21	1.97
2173106--2173192	40	2.2	39	89	4	138	31	27	19	21	1.98
2175762--2175791	15	2.0	15	100	0	60	46	6	0	46	1.29
2177445--2177534	37	2.4	38	78	10	105	43	8	18	28	1.80
2177482--2177662	53	3.4	53	79	0	191	49	8	16	25	1.73
2177689--2177803	38	3.0	37	80	7	124	49	8	13	28	1.71
2180408--2180886	5	96.6	5	98	1	930	60	19	0	20	1.37
2183873--2183947	39	1.9	39	86	0	105	32	21	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187782--2187880	26	3.8	26	76	11	78	74	0	22	3	0.95
2187782--2187880	18	5.6	17	72	13	76	74	0	22	3	0.95
2187799--2187875	20	3.8	20	75	3	82	74	0	22	3	0.98
2195293--2195510	102	2.1	102	83	3	269	36	14	11	37	1.83
2198394--2198665	132	2.1	132	90	3	422	37	14	12	36	1.84
2205605--2205679	38	1.9	38	89	2	114	46	0	0	53	1.00
2205613--2205706	38	2.6	38	81	8	97	47	0	0	52	1.00
2205772--2205842	36	2.0	36	88	5	108	21	39	8	30	1.83
2205814--2205868	24	2.3	24	100	0	110	21	29	12	36	1.91
2216133--2216168	18	2.0	18	100	0	72	44	27	5	22	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14